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   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
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   5  * This file is part of Jalview.
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  -->
  21 <!DOCTYPE html SYSTEM "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
  22 <html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">
  23 <head>Database Reference Fetching
  24 </head>
  25 <p>
  26 <p>
  27   <strong>Discovering Database References for Sequences</strong><br>
  28   Database references associated with a sequence are displayed as an
  29   abbreviated list in the tooltip shown when mousing over its sequence
  30   ID, and can be viewed in full via the
  31   <a href="../io/exportseqreport.html">Sequence Details</a> window. .
  32   Jalview also uses references for the retrieval of
  33   <a href="../features/viewingpdbs.html">PDB structures</a> and <a
  34     href="../features/dasfeatures.html">DAS features</a>, and for
  35   retrieving sequence cross-references such as the protein products of a
  36   DNA sequence.
  37 </p>
  38 <p>
  39   <strong>Initiating reference retrieval</strong><br> The
  40   application provides three ways to access the retrieval function.
  41   Either:
  42 <ul>
  43   <li>select the <strong>Discover PDB IDs</strong> option from the
  44     structure submenu of the sequence's popup menu
  45   </li>
  46   <li>Choose one of the options from the 'Fetch DB Refs' submenu in
  47     the alignment window's <strong>Web Services</strong> menu:
  48     <ul>
  49       <li><em>Standard Databases</em> will fetch references from
  50         the EBI databases plus currently selected DAS sources</li>
  51       <li>The other entries submenus leading to lists of individual
  52         database sources that Jalview can access.</li>
  53     </ul>
  54   </li>
  55   <li>Answer 'Yes' when asked if you wish to retrieve database
  56     references for your sequences after initiating a DAS Sequence
  57     Feature fetch.</li>
  58 </ul>
  59 <p>Jalview discovers references for a sequence by generating a set
  60   of ID queries from the ID string of each sequence in the alignment. It
  61   then tries to query a subset of all the databases it can access in
  62   order to match the alignment sequence to any records retrieved from
  63   the database. If a match is found, then the sequence is annotated with
  64   that database's reference, and any cross-references that its records
  65   contain.</p>
  66 <p>
  67   <strong>The Sequence Identification Process</strong><br> The
  68   method of accession id discovery is derived from the method which
  69   earlier Jalview versions used for UniProt sequence feature retrieval,
  70   and was originally restricted to the identification of valid UniProt
  71   accessions.<br> Essentially, Jalview will try to retrieve records
  72   from a subset of the databases accessible by the <a
  73     href="../features/seqfetch.html">sequence fetcher</a> using each
  74   sequence's ID string (or each string in the ID separated by the
  75   '&#8739;' symbol).
  76 </p>
  77 <p>If a record (or set of records) is retrieved by any query derived
  78   from the ID string of a sequence, then the sequence is aligned to the
  79   ones retrieved to determine the correct start and end residue
  80   positions (which are displayed when the 'Show Full Sequence ID'
  81   option). This is important for the correct display of the location of
  82   any features associated with that database.</p>
  83 <p>If the alignment reveals differences between the sequence in the
  84   alignment and the one in the record, then Jalview will assume that the
  85   aligned sequence is not the one in the retrieved record.</p>
  86 <p>
  87   In some cases, the ID used to retrieve records may be out of date and
  88   a dialog box will be opened indicating that a 100% match between the
  89   sequence and the record was identified, but the sequence name is
  90   different. In this case, the can be manually changed (by right
  91   clicking on the sequence ID and selecting <strong>Sequence&#8594;Edit
  92     Name</strong>).
  93 <ul>
  94   <li><em>Note</em><br> Please remember to save your alignment
  95     if either the start/end numbering, or the sequence IDs were updated
  96     during the ID retrieval process.</li>
  97 </ul>
  98 <body></body>
  99 </html>