help/html/whatsNew.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>What's new ?</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>What's new in Jalview 2.10.5 ?</strong>
  28   </p>
  29   <p>Jalview 2.10.5 is a minor release that includes critical
  30     patches for users working with Ensembl, RNA secondary structure
  31     annotation, and those running Jalview on OSX with Java 10.</p>
  32   <ul>
  33     <li>Jalview's default memory limit increased to 1G. <br/>If you have
  34       problems starting Jalview 2.10.5 and you have 1G or less
  35       physical memory on your machine, you will need to <a
  36       href="memory.html#memsetting">reduce the memory</a> allocated to
  37       Jalview.
  38     </li>
  39     <li>EPS, PNG and SVG export now includes hidden sequence
  40       markers, and representative sequences are marked in bold.</li>
  41     <li>Ensembl Client updated for Ensembl Rest API v7.<br />The
  42       latest Ensembl API is not backwards compatible with earlier
  43       versions of Jalview, so if you require Ensembl functionality you
  44       will need to install this release.
  45     </li>
  46     <li>Improved support for VIENNA extended dot-bracket notation
  47       for RNA secondary structure.</li>
  48     <li>Positional and selected region highlighting in VARNA
  49       'trimmed sequence' view made more reliable.</li>
  50   </ul>
  51   <p>
  52     The full list of bugs fixed in this release can be found in the <a
  53       href="releases.html#Jalview.2.10.5">2.10.5 Release Notes</a>. The
  54     majority of bug fixes and improvements in 2.10.5 are due to Jalview users
  55     contacting us via the jalview-discuss email list. Thanks to everyone
  56     who took the time to help make Jalview better !
  57   </p>
  58   <p>
  59     <strong>Jalview and Java 10</strong>
  60   </p>
  61   <p>This release addresses a critical bug for OSX users who are
  62     running Jalview with Java 10 which can prevent files being saved
  63     correctly through the 'Save As' dialog box.</p>
  64     <em>Known Issues</em>
  65   <ul>
  66     <li>OSX: The 'Open File' dialog for Jalview's Groovy Console
  67       appears with the title 'Save As', and attempting to select a file to load yields a FileNotFound exception.</br>The workaround is to first clear the 'Untitled' filename before selecting the file you wish to load.
  68       </li>
  69     <li>OSX: Links don't open when clicked on or via the Sequence or Alignment window popup menu.</li>
  70     <li>OSX (Webstart): Jalview only displays old news feed items</li>
  71   </ul>
  72 </body>
  73 </html>