help/html/whatsNew.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>What's new ?</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>What's new in Jalview 2.10.2 ?</strong>
  28   </p>
  29   <p>
  30     This August 2018 release of Jalview introduces new user interface
  31     features, improved and more extensible tree and PCA analysis, more
  32     robust 3D structure viewing with UCSF Chimera and an updated service
  33     client for JABAWS. The full list of bug fixes and new features can
  34     be found in the <a href="releases.html#Jalview.2.10.2"> 2.10.2
  35       Release Notes</a>, but the highlights are below.
  36   </p>
  37   <ul>
  38     <li><strong>New dialog and faster and more
  39         configurable Tree and PCA calculations</strong><br> Menu entries for
  40       calculating PCA and different types of tree have been replaced by
  41       a single <a href="calculations/calculations.html"><em>Calculations</em>
  42         dialog box</a>. The underlying implementation for the PCA and tree
  43       calculations have been made faster and more memory efficient.</li>
  44     <li><strong>Extensible score models</strong><br />A new
  45       framework has also been created for the score models used to
  46       calculate distances between sequences and shade alignments. This
  47       framework allows import of substitution matrices in NCBI and
  48       AAIndex format.<br /> <strong>PCA Bug Fixes</strong>. Jalview's
  49       implementation of PCA differed in its treatment of gaps and
  50       non-standard residues. The BLOSUM62 matrix also included a typo
  51       that affected results. See the <a
  52       href="releases.html#2102scoremodelbugs">2.10.2 release note
  53         about score model bugs</a> for details and how to reinstate legacy
  54       behaviour.</li>
  55     <li><strong>Update to JABAWS 2.2</strong><br />Jalview's
  56       alignment, protein conservation analysis, and protein disorder and
  57       RNA secondary structure prediction services are now provided by <a
  58       href="http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws">JABAWS 2.2</a>.
  59       Several of the programs provided as JABAWS 2.2 services have been
  60       updated, so their options and parameters have changed.</li>
  61     <li><strong>URL linkouts to other bioinformatics
  62         databases</strong><br />New preferences for <a
  63       href="webServices/urllinks.html">opening web pages for
  64         database cross-references</a> via the UK Elixir's EMBL-EBI's MIRIAM
  65       database and identifiers.org services.</li>
  66     <li><strong>Showing and hiding regions</strong> <br /> <a
  67       href="menus/popupMenu.html#hideinserts">Hide insertions</a> in the
  68       PopUp menu has changed its behaviour. Prior to 2.10.2, columns
  69       were only shown or hidden according to gaps in the sequence under
  70       the popup menu. Now, only columns that are gapped in all selected
  71       sequences as well as the sequence under the popup menu are hidden,
  72       and column visibility outside the selected region is left as is.
  73       This makes it easy to filter insertions from the alignment view
  74       (just select the region containing insertions to remove) without
  75       affecting the rest of the hidden columns.</li>
  76     <li><strong>Gap count - a.k.a. the Occupancy
  77         Annotation Row</strong><br /> Another way to filter columns according to
  78       the presence of gaps is to enable the <strong>Occupancy
  79         Annotation</strong> row via Jalview's Preferences. This annotation row
  80       shows a histogram of the number of aligned residues at each
  81       column. The <a href="features/columnFilterByAnnotation.html">Select
  82         By Annotation</a> dialog now also includes a percentage threshold
  83       mode, to make it easy to filter alignments to show only those
  84       columns with a particular fraction of aligned sequences.</li>
  85     <li><strong>Recent search history for Find, PDBe and
  86         Uniprot</strong><br />Easily repeat a previous search for <a
  87       href="features/search.html#queryhistory">Find</a> and the free
  88       text search system (for querying Uniprot and the PDBe).</li>
  89     <li><strong>Improved Overview Window</strong><br />The <a
  90       href="features/overview.html">alignment overview</a> is now easier
  91       to use when working with alignments of more than 5000 rows and
  92       columns, and features a new pop-up menu that allows hidden regions
  93       to be excluded from the overview. It also works with CDS/Protein
  94       alignments and MSA views in wrapped mode.</li>
  95     <li><strong>3D Structure</strong><br />Jalview's communication
  96       with UCSF Chimera has been made more robust, particularly when
  97       working with many structures and long sequences. Regions in
  98       structures that correspond to hidden regions in an alignment view
  99       are now left un-coloured, making it easier to highlight specific
 100       features in 3D. See below for <a href="#experimental">experimental
 101         features for exchanging annotation between Chimera and Jalview.</a></li>
 102   </ul>
 103   <p>
 104     <strong>Scripting</strong><br />New <a
 105       href="http://www.jalview.org/examples/groovy">groovy examples</a>
 106     demonstrate Jalview 2.10.2 APIs for creation of data-driven
 107     colourschemes, and custom alignment file handlers. The <a
 108       href="groovy/featuresCounter.html">FeatureAnnotationWorker</a>
 109     introduced in Jalview 2.10 has also been refactored to allow
 110     efficient counting across multiple feature types. Please be aware
 111     that feature counter scripts created for earlier versions will not
 112     execute in Jalview 2.10.2.
 113   </p>
 114   <p>
 115     <strong><a name="experimental">Experimental Features</a></strong>
 116   </p>
 117   <p>
 118     This release of Jalview introduces an <em>Experimental Features</em>
 119     option in the Jalview Desktop's <em>Tools</em> menu that allows you
 120     to try out features that are still in development. To access the
 121     experimental features below - first enable the <strong>Tools&#8594;Enable
 122       Experimental Features</strong> option, and then restart Jalview.
 123   </p>
 124   <ul>
 125     <li><em>Annotation transfer between Chimera and Jalview</em><br />Two
 126       <a href="features/chimera.html#experimental">new entries in
 127         the Chimera viewer's Chimera menu</a> allow positional annotation to
 128       be exchanged between Chimera and Jalview.</li>
 129   </ul>
 130
 131 </body>
 132 </html>