help/html/whatsNew.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   4  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>What's new ?</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26         <p>
  27                 <strong>What's new ?</strong></p>
  28         <p>
  29                 Jalview 2.8.1 includes new features for group creation, RNA secondary
  30                 structure prediction and a host bug fixes. It also includes support
  31                 for <a href="http://www.compbio.dundee.ac.uk/JABAWS">version 2.1
  32                         of JABA</a> and includes a Spanish translation of its user interface.<br />
  33                 The highlights are detailed below, and the full list is given in the <a
  34                         href="releases.html#Jalview2.8.1">Jalview 2.8.1 Release Notes</a>.
  35         </p>
  36         <p>The Desktop and web based applet include new keystrokes for
  37                 defining and undefining groups, and PAM250 has been added to the range
  38                 of score models available for use by the tree and PCA calculations.
  39                 The Jalview project file format has also been extended for handling
  40                 RNA and protein secondary structure annotation, in anticipation for
  41                 new structure based secondary structure support in Jalview 2.8.2.</p>
  42         <p><strong>Internationalisation</strong></p>
  43         <p>Jalview 2.8.1 is the first release to include support for
  44                 displaying Jalview's user interface in different languages. In August
  45                 2013, David Rold&aacute;n-Martinez took on the task of
  46                 internationalising Jalview's user interface. He also recruited Sara
  47                 Hern&aacute;ndez D&iacute;az and Laura Ferrandis Martinez who created
  48                 Jalview's first spanish user interface translation.</p>
  49         <p>
  50                 If you notice any problems, or would like to help translate Jalview's
  51                 user interface into other languages, head over to <a
  52                         href="http://issues.jalview.org">issues.jalview.org</a> and put in a
  53                 feature request describing the translations you can provide to the <a
  54                         href="http://issues.jalview.org/browse/JAL/component/10682">i18n
  55                         component</a>. David has also <a
  56                         href="https://wiki.jalview.org/index.php/Development:i18n">documented
  57                         the process of creating i18n translations</a> to help you get started.
  58         </p>
  59         <p><strong>RNA Secondary Structure Prediction with JABA 2.1</strong></p>
  60         <p>
  61                 This version of Jalview includes a client to access the new services available in <a
  62                         href="http://www.compbio.dundee.ac.uk/jabaws/">JABA v2.1</a> , which
  63                 provides services for RNA consensus secondary structure prediction and
  64                 two new alignment programs (<a
  65                         href="http://sourceforge.net/projects/glprobs/">GLProbs</a> and <a
  66                         href="http://sourceforge.net/projects/msaprobs/">MSAProbs</a>).</p>
  67         <p>
  68                 To see how to perform RNA secondary structure predictions like the one below, take a look at the <a href="webServices/RNAalifold.html">RNAAliFold
  69                         client documentation</a>.
  70         </p>
  71   <div align="center">
  72     <img src="webServices/RNAalifoldAnnotationRows.png" width="500" height="216"> <br> <em>The RNAalifold client was implemented by Jalview's 2013
  73                         summer student, Dan Barton.</em>
  74         </div>
  75 </body>
  76 </html>