help/html/whatsNew.html

   1 <html>
   2 <!--
   3  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   4  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   5  *
   6  * This file is part of Jalview.
   7  *
   8  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License
  10  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  11  * of the License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  14  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  15  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  16  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  17  *
  18  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  19  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  20  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  21  -->
  22 <head>
  23 <title>What's new ?</title>
  24 </head>
  25 <body>
  26   <p>
  27     <strong>What's new ?</strong>
  28   </p>
  29   <p>
  30     Jalview 2.10 is the next major release in the Jalview 2 series. Full
  31     details are in the <a href="releases.html#Jalview.2.10.0">Jalview
  32       2.10 Release Notes</a>, but the highlights are below.
  33   </p>
  34   <p>
  35     <strong>Highlights in Jalview 2.10</strong>
  36   <ul>
  37     <li><strong>Ensembl sequence fetcher.</strong> Annotated Genes,
  38       transcripts and proteins can be retrieved via Jalview's new <a
  39       href="features/ensemblsequencefetcher.html">Ensembl REST
  40         client</a>. Support for import of Ensembl data also allows:
  41       <ul>
  42         <li><strong>Sequence variant data.</strong> Jalview
  43           propagates variant annotation imported via Ensembl onto
  44           protein products, complete with associated metadata such as
  45           clinical significance.</li>
  46         <li><strong>Aligned locus view.</strong> Transcripts
  47           retrieved for a gene identifier via the Ensembl or
  48           EnsemblGenomes sequence databases are automatically aligned to
  49           their reference genome.</li>
  50       </ul></li>
  51     <li><strong>Working with structures.</strong>
  52       <ul>
  53         <li><strong>More accurate structure mappings.</strong>
  54           Jalview now utilises the PDBe's SIFTS database (at EMBL-EBI)
  55           to <a href="features/siftsmapping.html">match structures
  56             to UniProt sequences</a>, even for structures containing
  57           multiple copies of a sequence.</li>
  58         <li><strong>Import structures as mmCIF</strong>. Jalview
  59           now downloads data from the EMBL-EBI's PDBe site as <a href="features/mmcif.html">mmCIF</a>.
  60           This allows very large structures to be imported, such as the HIV virus capsid assembly.</li>
  61       </ul></li>
  62     <li><strong>UniProt Free Text Search</strong>. The new search
  63       dialog for UniProt allows you to browse and retrieve sequences
  64       from UniProt with free-text search and more structured queries</li>
  65     <li><strong>Reference sequence based alignment
  66         visualisation.</strong>. When a reference sequence is defined for the
  67       alignment, the alignment column ruler is now numbered according to
  68       the reference sequence. The reference sequence for alignment views
  69       can also be saved and restored from Jalview projects.</li>
  70     <li></li>
  71   </ul>
  72
  73 </body>
  74 </html>