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[jalview.git] / resources / lang / Messages.properties
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4 action.load_scheme = Load scheme
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211 label.find_tip = Search alignment, selection or sequence ids for a subsequence (ignoring gaps).<br>Accepts regular expressions - search Help for 'regex' for details.
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261 label.chimera_path_tip = Jalview will first try any path entered here, else standard installation locations.<br>Double-click to browse for file.
262 label.invalid_chimera_path = Chimera path not found or not executable
263 label.chimera_missing = Chimera structure viewer not found.<br/>Please enter the path to Chimera (if installed),<br/>or download and install UCSF Chimera.
264 label.chimera_failed = Error opening Chimera - is it installed?\nCheck path in Preferences, Structure
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302 label.paste_features_annotations_Tcoffee_here = Paste your features / annotations / T-coffee score file here.
303 label.removed_columns = Removed {0} columns.
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306 label.order_by_params = Order by {0}
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308 label.paste_pdb_file= Paste your PDB file here.
309 label.paste_pdb_file_for_sequence = Paste PDB file for sequence {0}
310 label.could_not_parse_newick_file  = Could not parse Newick file\!\n {0}
311 label.successfully_pasted_tcoffee_scores_to_alignment= Successfully pasted T-Coffee scores to alignment.
312 label.failed_add_tcoffee_scores = Failed to add T-Coffee scores: 
313 label.successfully_pasted_annotation_to_alignment= Successfully pasted annotation to alignment.
314 label.couldnt_parse_pasted_text_as_valid_annotation_feature_GFF_tcoffee_file = Couldn't parse pasted text as a valid annotation, feature, GFF, or T-Coffee score file
315 label.successfully_pasted_alignment_file = Successfully pasted alignment file
316 label.paste_your_alignment_file = Paste your alignment file here
317 label.paste_your = Paste your
318 label.finished_searching = Finished searching
319 label.search_results= Search results {0} : {1}
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322 label.size = Size:
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324 label.enter_redundancy_threshold = Enter the redundancy threshold
325 label.calculating = Calculating....
326 label.modify_conservation_visibility = Modify conservation visibility
327 label.colour_residues_above_occurence = Colour residues above % occurence
328 label.set_this_label_text = set this label text
329 label.sequences_from = Sequences from {0}
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331 label.successfully_saved_to_file_in_format = Successfully saved to file: {0} in {1} format.
332 label.copied_sequences_to_clipboard = Copied {0} sequences to clipboard.
333 label.check_file_matches_sequence_ids_alignment = Check that the file matches sequence IDs in the alignment.
334 label.problem_reading_tcoffee_score_file = Problem reading T-COFFEE score file
335 label.source_to_target = {0} ... {1}
336 label.per_sequence_only= Per-sequence only
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339 label.jalview = Jalview
340 label.csv_spreadsheet = CSV (Spreadsheet)
341 label.status = Status
342 label.channels = Channels
343 label.channel_title_item_count = {0} ({1})
344 label.blog_item_published_on_date = {0} {1} 
345 label.select_das_service_from_table = Select a DAS service from the table to read a full description here.</font></html>
346 label.session_update = Session Update
347 label.new_vamsas_session = New Vamsas Session
348 action.load_vamsas_session = Load Vamsas Session...
349 action.save_vamsas_session = Save Vamsas Session
350 label.select_vamsas_session_opened_as_new_vamsas_session= Select a vamsas session to be opened as a new vamsas session.
351 label.open_saved_vamsas_session = Open a saved VAMSAS session
352 label.groovy_console = Groovy Console...
353 label.lineart = Lineart
354 label.dont_ask_me_again = Don't ask me again
355 label.select_eps_character_rendering_style = Select EPS character rendering style
356 label.invert_selection = Invert Selection
357 label.optimise_order = Optimise Order
358 label.seq_sort_by_score = Sequence sort by Score
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361 label.fetch_das_features = Fetch DAS Features
362 label.selected_database_to_fetch_from = Selected {0} database {1} to fetch from {2} 
363 label.database_param = Database: {0}
364 label.example = Example
365 label.example_param = Example: {0}
366 label.select_file_format_before_saving = You must select a file format before saving!
367 label.file_format_not_specified = File format not specified
368 label.alignment_contains_hidden_columns = The Alignment contains hidden regions (hidden sequences/columns).\nDo you want to save only the visible alignment?
369 label.couldnt_save_file = Couldn't save file: {0}
370 label.error_saving_file = Error Saving File
371 label.remove_from_default_list = Remove from default list?
372 label.remove_user_defined_colour = Remove user defined colour
373 label.you_must_select_least_two_sequences = You must select at least 2 sequences.
374 label.invalid_selection = Invalid Selection
375 label.principal_component_analysis_must_take_least_four_input_sequences = Principal component analysis must take\nat least 4 input sequences.
376 label.sequence_selection_insufficient = Sequence selection insufficient
377 label.you_need_more_two_sequences_selected_build_tree = You need to have more than two sequences selected to build a tree!
378 label.not_enough_sequences = Not enough sequences
379 label.selected_region_to_tree_may_only_contain_residues_or_gaps =  The selected region to create a tree may\nonly contain residues or gaps.\nTry using the Pad function in the edit menu,\nor one of the multiple sequence alignment web services.
380 label.sequences_selection_not_aligned = Sequences in selection are not aligned
381 label.sequences_must_be_aligned_before_creating_tree = The sequences must be aligned before creating a tree.\nTry using the Pad function in the edit menu,\n or one of the multiple sequence alignment web services.
382 label.sequences_not_aligned = Sequences not aligned
383 label.problem_reading_tree_file =  Problem reading tree file
384 label.possible_problem_with_tree_file = Possible problem with tree file
385 label.select_at_least_three_bases_in_at_least_one_sequence_to_cDNA_translation = Please select at least three bases in at least one sequence in order to perform a cDNA translation.
386 label.translation_failed = Translation Failed
387 label.error_when_translating_sequences_submit_bug_report = Unfortunately, something went wrong when translating your sequences.\nPlease take a look in the Jalview java console\nand submit a bug report including the stacktrace.
388 label.implementation_error  = Implementation error:
389 label.automatically_associate_pdb_files_with_sequences_same_name = Do you want to automatically associate the {0} PDB files with sequences in the alignment that have the same name?
390 label.automatically_associate_pdb_files_by_name = Automatically Associate PDB files by name
391 label.ignore_unmatched_dropped_files_info = <html>Do you want to <em>ignore</em> the {0} files whose names did not match any sequence IDs ?</html>
392 label.ignore_unmatched_dropped_files = Ignore unmatched dropped files?
393 label.view_name_original = Original
394 label.enter_view_name = Enter View Name
395 label.enter_label = Enter label
396 label.enter_label_for_the_structure = Enter a label for the structure?
397 label.pdb_entry_is_already_displayed = {0} is already displayed.\nDo you want to re-use this viewer ?
398 label.map_sequences_to_visible_window = Map Sequences to Visible Window: {0}
399 label.add_pdbentry_to_view = Do you want to add {0} to the view called\n{1}\n
400 label.align_to_existing_structure_view = Align to existing structure view
401 label.pdb_entries_couldnt_be_retrieved = The following pdb entries could not be retrieved from the PDB\:\n{0}\nPlease retry, or try downloading them manually.
402 label.couldnt_load_file = Couldn't load file
403 label.couldnt_find_pdb_id_in_file = Couldn't find a PDB id in the file supplied. Please enter an Id to identify this structure.
404 label.no_pdb_id_in_file = No PDB Id in File
405 label.couldnt_read_pasted_text = Couldn't read the pasted text {0}
406 label.error_parsing_text = Error parsing text
407 label.enter_local_das_source = Enter Nickname & URL of Local DAS Source
408 label.you_can_only_edit_or_remove_local_das_sources = You can only edit or remove local DAS Sources!
409 label.public_das_source = Public DAS source - not editable
410 label.input_alignment_from_url = Input Alignment From URL
411 label.input_alignment = Input Alignment
412 label.couldnt_import_as_vamsas_session = Couldn't import {0} as a new vamsas session.
413 label.vamsas_document_import_failed = Vamsas Document Import Failed
414 label.couldnt_locate = Couldn't locate {0}
415 label.url_not_found = URL not found
416 label.no_link_selected = No link selected
417 label.new_sequence_url_link = New sequence URL link
418 label.cannot_edit_annotations_in_wrapped_view = Cannot edit annotations in wrapped view
419 label.wrapped_view_no_edit = Wrapped view - no edit
420 label.error_retrieving_data = Error Retrieving Data
421 label.user_colour_scheme_must_have_name = User colour scheme must have a name
422 label.no_name_colour_scheme = No name for colour scheme
423 label.invalid_url = Invalid URL !
424 label.error_loading_file = Error loading file
425 label.problems_opening_file = Encountered problems opening {0}!!
426 label.file_open_error = File open error
427 label.no_das_sources_selected_warn = No das sources were selected.\nPlease select some sources and\ntry again.
428 label.no_das_sources_selected_title = No DAS Sources Selected
429 label.colour_scheme_exists_overwrite = Colour scheme {0} exists.\nContinue saving colour scheme as {1}?"
430 label.duplicate_scheme_name = Duplicate scheme name
431 label.jalview_new_questionnaire = There is a new Questionnaire available. Would you like to complete it now ?\n
432 label.jalview_user_survey = Jalview User Survey
433 label.alignment_properties = Alignment Properties: {0}
434 label.alignment_props = Alignment Properties
435 label.input_cut_paste = Cut & Paste Input
436 label.input_cut_paste_params = Cut & Paste Input - {0}
437 label.alignment_output_command = Alignment output - {0}
438 label.annotations = Annotations
439 label.structure_options = Structure Options
440 label.features = Features
441 label.overview_params = Overview {0}
442 label.paste_newick_file = Paste Newick file
443 label.load_tree_from_file = From File - 
444 label.colour_by_annotation = Colour by Annotation
445 label.selection_output_command = Selection output - {0}
446 label.annotation_for_displayid = <p><h2>Annotation for {0} </h2></p><p>
447 label.pdb_sequence_mapping = PDB - Sequence Mapping
448 label.pca_details = PCA details
449 label.redundancy_threshold_selection = Redundancy threshold selection
450 label.user_defined_colours = User defined colours
451 label.jalviewLite_release = JalviewLite - Release {0}
452 label.jaview_build_date = Build date: {0}
453 label.jalview_authors_1 = Authors: Jim Procter, Andrew Waterhouse, Mungo Carstairs, Tochukwu Ofoegbu, Lauren Lui, Jan Engelhardt,
454 label.jalview_authors_2 = Natasha Sherstnev, Daniel Barton, Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle, David Martin & Geoff Barton.
455 label.jalview_dev_managers = Development managed by The Barton Group, University of Dundee, Scotland, UK.
456 label.jalview_distribution_lists = For help, see the FAQ at www.jalview.org and/or join the jalview-discuss@jalview.org mailing list
457 label.jalview_please_cite = If  you use Jalview, please cite:
458 label.jalview_cite_1_authors = Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)
459 label.jalview_cite_1_title = Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench
460 label.jalview_cite_1_ref = Bioinformatics doi: 10.1093/bioinformatics/btp033
461 label.right_click = Right click
462 label.to_add_annotation = to add annotation
463 label.alignment_has_no_annotations = Alignment has no annotations
464 label.retrieving_pdb_data = Retrieving PDB data...
465 label.label = Label
466 label.no_features_added_to_this_alignment = No Features added to this alignment!!
467 label.features_can_be_added_from_searches_1 = (Features can be added from searches or
468 label.features_can_be_added_from_searches_2 = from Jalview / GFF features files)
469 label.calculating_pca= Calculating PCA
470 label.reveal_columns = Reveal Columns
471 label.jalview_cannot_open_file = Jalview can't open file
472 label.jalview_applet = Jalview applet
473 label.loading_data = Loading data
474 label.memory_stats = Total Free Memory: {0} MB; Max Memory: {1} MB; {2} %
475 label.calculating_tree = Calculating tree
476 label.state_queueing = queuing
477 label.state_running = running
478 label.state_complete = complete
479 label.state_completed = finished
480 label.state_job_cancelled = job cancelled!!
481 label.state_job_error = job error!
482 label.server_error_try_later = Server Error! (try later)
483 label.error_loading_pdb_data = Error loading PDB data!!
484 label.fetching_pdb_data = Fetching PDB data...
485 label.structure_type = Structure type
486 label.settings_for_type = Settings for {0}
487 label.view_full_application = View in Full Application
488 label.load_associated_tree = Load Associated Tree...
489 label.load_features_annotations = Load Features/Annotations...
490 label.export_features = Export Features...
491 label.export_annotations = Export Annotations...
492 label.to_upper_case = To Upper Case
493 label.to_lower_case = To Lower Case
494 label.toggle_case = Toggle Case
495 label.edit_name_description = Edit Name/Description...
496 label.create_sequence_feature = Create Sequence Feature...
497 label.edit_sequence = Edit Sequence
498 label.edit_sequences = Edit Sequences
499 label.sequence_details = Sequence Details
500 label.jmol_help = Jmol Help
501 label.chimera_help = Chimera Help
502 label.close_viewer = Close Viewer
503 label.confirm_close_chimera = This will close Jalview''s connection to {0}.<br>Do you want to close the Chimera window as well?
504 label.chimera_help = Chimera Help
505 label.all = All
506 label.sort_by = Sort alignment by
507 label.sort_by_score = Sort by Score
508 label.sort_by_density = Sort by Density
509 label.sequence_sort_by_density = Sequence sort by Density
510 label.sort_ann_by = Sort annotations by
511 label.sort_annotations_by_sequence = Sort by sequence
512 label.sort_annotations_by_label = Sort by label
513 label.reveal = Reveal
514 label.hide_columns = Hide Columns
515 label.load_jalview_annotations = Load Jalview Annotations or Features File
516 label.load_tree_file = Load a tree file
517 label.retrieve_parse_sequence_database_records_alignment_or_selected_sequences = Retrieve and parse sequence database records for the alignment or the currently selected sequences
518 label.standard_databases = Standard Databases
519 label.fetch_embl_uniprot = Fetch from EMBL/EMBLCDS or Uniprot/PDB and any selected DAS sources
520 label.reset_min_max_colours_to_defaults = Reset min and max colours to defaults from user preferences.
521 label.align_structures_using_linked_alignment_views = Align structures using {0} linked alignment views
522 label.connect_to_session = Connect to session {0}
523 label.threshold_feature_display_by_score = Threshold the feature display by score.
524 label.threshold_feature_no_thereshold = No Threshold
525 label.threshold_feature_above_thereshold = Above Threshold
526 label.threshold_feature_below_thereshold = Below Threshold
527 label.adjust_thereshold = Adjust threshold
528 label.toggle_absolute_relative_display_threshold = Toggle between absolute and relative display threshold.
529 label.display_features_same_type_different_label_using_different_colour = Display features of the same type with a different label using a different colour. (e.g. domain features)
530 label.select_colour_minimum_value = Select Colour for Minimum Value
531 label.select_colour_maximum_value = Select Colour for Maximum Value
532 label.open_new_jmol_view_with_all_structures_associated_current_selection_superimpose_using_alignment = Open a new structure viewer with all structures associated with the current selection and superimpose them using the alignment.
533 label.open_url_param = Open URL {0}
534 label.open_url_seqs_param = Open URL ({0}..) ({1} seqs)
535 label.load_pdb_file_associate_with_sequence = Load a PDB file and associate it with sequence {0}
536 label.reveal_hidden_columns = Reveal Hidden Columns with Right Mouse Button
537 label.dark_colour = Dark Colour
538 label.light_colour = Light Colour
539 label.highlightnode = Left click to select leaves.<br>Double-click to invert leaves.<br>Right click to change colour.
540 label.load_colour_scheme = Load colour scheme
541 label.copy_format_from = Copy format from
542 label.toggle_enabled_views = When enabled, allows many views to be selected.
543 label.select_all_views = Select all views
544 label.select_many_views = Select many views
545 label.edit_notes_parameter_set = Click to edit the notes for this parameter set.
546 label.open_local_file = Open local file
547 label.enable_automatically_sort_alignment_when_open_new_tree = Enable this to automatically sort<br>the alignment when you open<br> a new tree.
548 label.listen_for_selections = Listen for selections
549 label.selections_mirror_selections_made_same_sequences_other_views = When selected, selections in this view will mirror<br>selections made on the same sequences in other views.
550 label.toggle_sequence_visibility = Shift+H toggles sequence visiblity
551 label.toggle_columns_visibility = Ctrl+H toggles column visiblity.
552 label.toggles_visibility_hidden_selected_regions = H toggles visibility of hidden or selected regions
553 label.rename_tab_eXpand_reGroup=  Right-click to rename tab <br> Press X to eXpand tabs, G to reGroup.
554 label.right_align_sequence_id = Right Align Sequence Id
555 label.sequence_id_tooltip = Sequence ID Tooltip
556 label.no_services = <No Services>
557 label.select_copy_raw_html = Select this if you want to copy raw html
558 label.share_data_vamsas_applications = Share data with other vamsas applications
559 label.connect_to = Connect to
560 label.join_existing_vamsas_session = Join an existing vamsas session
561 label.from_url = from URL
562 label.any_trees_calculated_or_loaded_alignment_automatically_sort = When selected, any trees calculated or loaded onto the alignment will automatically sort the alignment
563 label.sort_with_new_tree = Sort With New Tree
564 label.from_textbox = from Textbox
565 label.window = Window
566 label.preferences = Preferences
567 label.tools = Tools
568 label.fetch_sequences = Fetch Sequences
569 action.fetch_sequences = Fetch Sequences...
570 label.stop_vamsas_session = Stop Vamsas Session
571 label.collect_garbage = Collect Garbage
572 label.show_memory_usage = Show Memory Usage
573 label.show_java_console = Show Java Console
574 label.show_jalview_news = Show Jalview News
575 label.take_snapshot = Take snapshot
576 label.monospaced_fonts_faster_to_render = Monospaced fonts are faster to render
577 label.anti_alias_fonts = Anti-alias Fonts (Slower to render)
578 label.monospaced_font= Monospaced
579 label.quality = Quality
580 label.maximize_window = Maximize Window
581 label.conservation = Conservation
582 label.consensus = Consensus
583 label.histogram = Histogram
584 label.logo = Logo
585 label.non_positional_features = List Non-positional Features
586 label.database_references = List Database References
587 label.share_selection_across_views = Share selection across views
588 label.scroll_highlighted_regions = Scroll to highlighted regions
589 label.gap_symbol = Gap Symbol
590 label.prot_alignment_colour = Protein Alignment Colour
591 label.nuc_alignment_colour = Nucleotide Alignment Colour
592 label.address = Address
593 label.port = Port
594 label.default_browser_unix = Default Browser (Unix)
595 label.send_usage_statistics = Send usage statistics
596 label.check_for_questionnaires = Check for questionnaires
597 label.check_for_latest_version = Check for latest version
598 label.url_linkfrom_sequence_id = URL link from Sequence ID
599 label.use_proxy_server = Use a proxy server
600 label.eps_rendering_style = EPS rendering style
601 label.append_start_end = Append /start-end (/15-380)
602 label.full_sequence_id = Full Sequence Id
603 label.smooth_font = Smooth Font
604 label.autocalculate_consensus = AutoCalculate Consensus
605 label.pad_gaps = Pad Gaps
606 label.pad_gaps_when_editing = Pad Gaps When Editing
607 label.automatically_set_id_width = Automatically set ID width
608 label.figure_id_column_width = Figure ID column width
609 label.use_modeller_output = Use Modeller Output
610 label.wrap_alignment = Wrap Alignment
611 label.right_align_ids = Right Align Ids
612 label.sequence_name_italics = Italic Sequence Ids
613 label.open_overview = Open Overview
614 label.default_colour_scheme_for_alignment = Default Colour Scheme for alignment
615 label.annotation_shading_default = Annotation Shading Default
616 label.default_minimum_colour_annotation_shading = Default Minimum Colour for annotation shading
617 label.default_maximum_colour_annotation_shading = Default Maximum Colour for annotation shading
618 label.visual = Visual
619 label.connections = Connections
620 label.output = Output
621 label.editing = Editing
622 label.das_settings = DAS Settings
623 label.web_services = Web Services
624 label.right_click_to_edit_currently_selected_parameter = Right click to edit currently selected parameter.
625 label.let_jmol_manage_structure_colours = Let Jmol manage structure colours
626 label.let_chimera_manage_structure_colours = Let Chimera manage structure colours
627 label.marks_leaves_tree_not_associated_with_sequence = Marks leaves of tree not associated with a sequence
628 label.index_web_services_menu_by_host_site = Index web services in menu by the host site
629 label.option_want_informed_web_service_URL_cannot_be_accessed_jalview_when_starts_up = Check this option if you want to be informed<br>when a web service URL cannot be accessed by Jalview<br>when it starts up
630 label.new_service_url = New Service URL
631 label.edit_service_url = Edit Service URL
632 label.delete_service_url = Delete Service URL
633 label.details = Details
634 label.options = Options
635 label.parameters = Parameters
636 label.available_das_sources = Available DAS Sources
637 label.full_details = Full Details
638 label.authority = Authority
639 label.type = Type
640 label.proxy_server = Proxy Server
641 label.file_output = File Output
642 label.select_input_type = Select input type
643 label.set_options_for_type = Set options for type
644 label.data_input_parameters = Data input parameters
645 label.data_returned_by_service = Data returned by service
646 label.rsbs_encoded_service = RSBS Encoded Service
647 label.parsing_errors = Parsing errors
648 label.simple_bioinformatics_rest_services = Simple Bioinformatics Rest Services
649 label.web_service_discovery_urls = Web Service Discovery URLS
650 label.input_parameter_name = Input Parameter name
651 label.short_descriptive_name_for_service = Short descriptive name for service
652 label.function_service_performs = What kind of function the service performs (e.g. alignment, analysis, search, etc).
653 label.brief_description_service = Brief description of service
654 label.url_post_data_service = URL to post data to service. Include any special parameters needed here
655 label.optional_suffix = Optional suffix added to URL when retrieving results from service
656 label.preferred_gap_character = Which gap character does this service prefer?
657 label.gap_character = Gap character
658 label.move_return_type_up_order= Move return type up order
659 label.move_return_type_down_order= Move return type down order
660 label.update_user_parameter_set = Update this existing user parameter set
661 label.delete_user_parameter_set = Delete the currently selected user parameter set
662 label.create_user_parameter_set = Create a new parameter set with the current settings.
663 label.revert_changes_user_parameter_set = Undo all changes to the current parameter set
664 label.start_job_current_settings = Start Job with current settings
665 label.cancel_job_close_dialog = Close this dialog and cancel job
666 label.input_output = Input/Output
667 label.cut_paste = Cut'n'Paste
668 label.adjusting_parameters_for_calculation = Adjusting parameters for existing Calculation
669 label.2d_rna_structure_line = 2D RNA {0} (alignment)
670 label.2d_rna_sequence_name = 2D RNA - {0}
671 label.edit_name_and_description_current_group = Edit name and description of current group.
672 label.view_structure_for = View structure for {0}
673 label.view_all_structures = View all {0} structures.
674 label.view_all_representative_structures = View all {0} representative structures.
675 label.open_new_jmol_view_with_all_representative_structures_associated_current_selection_superimpose_using_alignment = Opens a new structure viewer with all representative structures\nassociated with the current selection\nsuperimposed with the current alignment.
676 label.associate_structure_with_sequence = Associate Structure with Sequence
677 label.from_file = From File
678 label.enter_pdb_id = Enter PDB Id
679 label.discover_pdb_ids = Discover PDB IDs
680 label.text_colour = Text Colour
681 action.set_text_colour = Text Colour...
682 label.structure = Structure
683 label.view_structure = View Structure
684 label.view_protein_structure = View Protein Structure
685 label.show_pdbstruct_dialog = 3D Structure Data...
686 label.view_rna_structure = VARNA 2D Structure
687 label.clustalx_colours = Clustalx colours
688 label.above_identity_percentage = Above % Identity
689 label.create_sequence_details_report_annotation_for = Annotation for {0}
690 label.sequence_details_for = Sequence Details for {0}
691 label.sequence_name = Sequence Name
692 label.sequence_description = Sequence Description
693 label.edit_sequence_name_description = Edit Sequence Name/Description
694 label.spaces_converted_to_backslashes = Spaces have been converted to _
695 label.no_spaces_allowed_sequence_name = No spaces allowed in Sequence Name
696 label.select_outline_colour = Select Outline Colour
697 label.web_browser_not_found_unix = Unixers\: Couldn't find default web browser.\nAdd the full path to your browser in Preferences."
698 label.web_browser_not_found = Web browser not found
699 label.select_pdb_file_for = Select a PDB file for {0}
700 label.html = HTML
701 label.wrap = Wrap
702 label.show_database_refs = Show Database Refs
703 label.show_non_positional_features = Show Non-Positional Features
704 label.save_png_image = Save As PNG Image
705 label.load_tree_for_sequence_set = Load a tree for this sequence set
706 label.export_image = Export Image
707 label.vamsas_store = VAMSAS store
708 label.translate_cDNA = Translate as cDNA
709 label.reverse = Reverse
710 label.reverse_complement = Reverse Complement
711 label.linked_view_title = Linked CDS and protein view
712 label.align = Align
713 label.extract_scores = Extract Scores
714 label.get_cross_refs = Get Cross-References
715 label.sort_alignment_new_tree = Sort Alignment With New Tree
716 label.add_sequences = Add Sequences
717 label.new_window = New Window
718 label.split_window = Split Window
719 label.refresh_available_sources = Refresh Available Sources
720 label.use_registry = Use Registry
721 label.add_local_source = Add Local Source
722 label.set_as_default = Set as Default
723 label.show_labels = Show labels
724 label.background_colour = Background Colour
725 action.background_colour = Background Colour...
726 label.associate_nodes_with = Associate Nodes With
727 label.jalview_pca_calculation = Jalview PCA Calculation
728 label.link_name = Link Name
729 label.pdb_file = PDB file
730 label.colour_with_jmol = Colour with Jmol
731 label.colour_with_chimera = Colour with Chimera
732 label.align_structures = Align Structures
733 label.jmol = Jmol
734 label.chimera = Chimera
735 label.sort_alignment_by_tree = Sort Alignment By Tree
736 label.mark_unlinked_leaves = Mark Unlinked Leaves
737 label.associate_leaves_with = Associate Leaves With
738 label.save_colour_scheme_with_unique_name_added_to_colour_menu = Save your colour scheme with a unique name and it will be added to the Colour menu
739 label.case_sensitive = Case Sensitive
740 label.lower_case_colour = Lower Case Colour
741 label.index_by_host = Index by Host
742 label.index_by_type = Index by Type
743 label.enable_jabaws_services = Enable JABAWS Services
744 label.display_warnings = Display Warnings
745 label.move_url_up = Move URL Up
746 label.move_url_down = Move URL Down
747 label.add_sbrs_definition = Add a SBRS Definition
748 label.edit_sbrs_definition = Edit SBRS Definition
749 label.delete_sbrs_definition = Delete SBRS Definition
750 label.your_sequences_have_been_verified = Your sequences have been verified against known sequence databases. Some of the ids have been\n altered, most likely the start/end residue will have been updated.\n Save your alignment to maintain the updated id.\n\n
751 label.sequence_names_updated = Sequence names updated
752 label.dbref_search_completed = DBRef search completed
753 label.show_all_chains = Show all chains
754 label.fetch_all_param = Fetch all {0}
755 label.paste_new_window = Paste To New Window
756 label.settings_for_param = Settings for {0}
757 label.view_params = View {0}
758 label.aacon_calculations = AACon Calculations
759 label.aacon_settings = Change AACon Settings...
760 tooltip.aacon_calculations = When checked, AACon calculations are updated automatically.
761 tooltip.aacon_settings = Modify settings for AACon calculations.
762 label.rnalifold_calculations = RNAAliFold Prediction
763 label.rnalifold_settings = Change RNAAliFold settings...
764 tooltip.rnalifold_calculations = When checked, RNA secondary structure predictions will be calculated for the alignment, and updated when edits are made.
765 tooltip.rnalifold_settings = Modify settings for the RNAAliFold prediction. Use this to hide or show different results of the RNA calculation, and change RNA folding parameters.
766 label.all_views = All Views
767 label.align_sequences_to_existing_alignment = Align sequences to an existing alignment
768 label.realign_with_params = Realign with {0}
769 label.calcname_with_default_settings = {0} with Defaults
770 label.action_with_default_settings = {0} with default settings
771 label.edit_settings_and_run = Edit settings and run...
772 label.view_and_change_parameters_before_alignment = View and change the parameters before alignment
773 label.run_with_preset_params = Run {0} with preset
774 label.view_and_change_parameters_before_running_calculation = View and change parameters before running calculation
775 label.view_documentation = View documentation
776 label.select_return_type = Select return type
777 label.translation_of_params = Translation of {0}
778 label.features_for_params = Features for - {0}
779 label.annotations_for_params = Annotations for - {0}
780 label.generating_features_for_params = Generating features for - {0}
781 label.generating_annotations_for_params = Generating annotations for - {0}
782 label.varna_params = VARNA - {0}
783 label.sequence_feature_settings = Sequence Feature Settings
784 label.pairwise_aligned_sequences = Pairwise Aligned Sequences
785 label.original_data_for_params = Original Data for {0}
786 label.points_for_params = Points for {0}
787 label.transformed_points_for_params = Transformed points for {0}
788 label.graduated_color_for_params = Graduated Feature Colour for {0}
789 label.select_backgroud_colour = Select Background Colour
790 label.invalid_font = Invalid Font
791 label.separate_multiple_accession_ids = Enter one or more accession IDs separated by a semi-colon ";"
792 label.separate_multiple_query_values = Enter one or more {0}s separated by a semi-colon ";"
793 label.search_all = Enter one or more search values separated by a semi-colon ";" (Note: This Searches the entire PDB database)
794 label.replace_commas_semicolons = Replace commas with semi-colons
795 label.parsing_failed_syntax_errors_shown_below_param = Parsing failed. Syntax errors shown below {0}
796 label.parsing_failed_unrecoverable_exception_thrown_param = \nParsing failed. An unrecoverable exception was thrown\:\n {0}
797 label.example_query_param = Example query: {0}
798 label.enter_value_increase_conservation_visibility = Enter value to increase conservation visibility
799 label.enter_percentage_identity_above_which_colour_residues = Enter % identity above which to colour residues
800 label.wswublast_client_credits = To display sequence features an exact Uniprot id with 100% sequence identity match must be entered.\nIn order to display these features, try changing the names of your sequences to the ids suggested below.\n\nRunning WSWUBlast at EBI.\nPlease quote Pillai S., Silventoinen V., Kallio K., Senger M., Sobhany S., Tate J., Velankar S., Golovin A., Henrick K., Rice P., Stoehr P., Lopez R.\nSOAP-based services provided by the European Bioinformatics Institute.\nNucleic Acids Res. 33(1)\:W25-W28 (2005));
801 label.blasting_for_unidentified_sequence = BLASTing for unidentified sequences
802 label.select_columns_containing = Select columns containing
803 label.select_columns_not_containing = Select columns that do not contain
804 option.trim_retrieved_seqs = Trim retrieved sequences
805 label.trim_retrieved_sequences = When the reference sequence is longer than the sequence that you are working with, only keep the relevant subsequences.
806 label.use_sequence_id_1 = Use $SEQUENCE_ID$ or $SEQUENCE_ID=/<regex>/=$
807 label.use_sequence_id_2 = \nto embed sequence id in URL
808 label.ws_parameters_for = Parameters for {0}
809 label.switch_server = Switch server
810 label.choose_jabaws_server = Choose a server for running this service
811 label.services_at = Services at {0}
812 label.rest_client_submit = {0} using {1}
813 label.fetch_retrieve_from =Retrieve from {0}</html>
814 label.fetch_retrieve_from_all_sources = Retrieve from all {0} sources in {1}<br>First is :{2}<html> 
815 #label.feature_settings_click_drag = <html>Click/drag feature types up or down to change render order.<br/>Double click to select columns containing feature in alignment/current selection<br/>Pressing Alt will select columns outside features rather than inside<br/>Pressing Shift to modify current selection (rather than clear current selection)<br/>Press CTRL or Command/Meta to toggle columns in/outside features<br/></html>
816 label.feature_settings_click_drag = Drag up or down to change render order.<br/>Double click to select columns containing feature.
817 label.transparency_tip = Adjust transparency to 'see through' feature colours.
818 label.opt_and_params_further_details = see further details by right-clicking
819 label.opt_and_params_show_brief_desc_image_link = <html>Click to show brief description<br><img src="{0}"/> Right click for further information.</html> 
820 label.opt_and_params_show_brief_desc = <html>Click to show brief description<br></html>
821 label.adjusts_width_generated_eps_png = <html>Adjusts the width of the generated EPS or PNG file to ensure even the longest sequence ID or annotation label is displayed</html>
822 label.manually_specify_width_left_column = <html>Manually specify the width of the left hand column where sequence IDs and annotation labels will be rendered in exported alignment figures. This setting will be ignored if 'Automatically set ID width' is set</html>
823 label.job_created_when_checked = <html>When checked, a job is created for every sequence in the current selection.</html>
824 label.when_checked_job_visible_region_and_results = <html>When checked, a single job is created for the visible region and results mapped back onto their location in the alignment. Otherwise, a job would be created for every contiguous region visible in the alignment or current selection (e.g. a multiple alignment).</html>
825 label.flat_file_representation = <html>Flat file representation of this rest service using the Really Simple Bioinformatics Service formalism</html>
826 label.result_of_parsing_rsbs = <html>Results of parsing the RSBS representation</html>
827 label.user_preset = User Preset
828 label.service_preset = Service Preset
829 label.run_with_preset = Run {0} with preset
830 label.view_service_doc_url = <html>View <a href="{0}">{1}</a></html>
831 label.submit_sequence = <html>Submit {0} {1} {2} {3} to<br/>{4}</html>
832 action.by_title_param = By {0}
833 label.alignment = Alignment
834 label.secondary_structure_prediction = Secondary Structure Prediction
835 label.sequence_database_search = Sequence Database Search
836 label.analysis = Analysis
837 label.protein_disorder = Protein Disorder 
838 label.source_from_db_source = Sources from {0}
839 label.from_msname = from {0}
840 label.superpose_with = Superpose with
841 action.do = Do
842 label.scale_label_to_column = Scale Label to Column
843 label.add_new_row = Add New Row
844 label.edit_label_description = Edit Label/Description
845 label.hide_row = Hide This Row
846 label.delete_row = Delete This Row
847 label.show_all_hidden_rows = Show All Hidden Rows
848 label.export_annotation = Export Annotation
849 label.copy_consensus_sequence = Copy Consensus Sequence
850 label.helix = Helix
851 label.sheet = Sheet
852 label.rna_helix = RNA Helix
853 label.remove_annotation = Remove Annotation
854 label.colour_by = Colour by...
855 label.muscle_multiple_protein_sequence_alignment = Muscle Multiple Protein Sequence Alignment
856 label.mafft_multiple_sequence_alignment = MAFFT Multiple Sequence Alignment
857 label.clustalw_multiple_sequence_alignment = ClustalW Multiple Sequence Alignment
858 label.jnet_secondary_structure_prediction = JNet Secondary Structure Prediction
859 label.multiharmony = Multi-Harmony
860 label.unable_start_web_service_analysis = Unable to start web service analysis
861 label.job_couldnt_be_started_check_input = The Job couldn't be started. Please check your input, and the Jalview console for any warning messages.
862 label.prompt_each_time = Prompt each time
863 label.use_source = Use Source
864 label.couldnt_save_project = Couldn't save project
865 label.error_whilst_saving_current_state_to = Error whilst saving current state to {0}
866 label.error_whilst_loading_project_from = Error whilst loading project from {0}
867 label.couldnt_load_project = Couldn't load project
868 label.pca_sequences_not_aligned = The sequences must be aligned before calculating PCA.\nTry using the Pad function in the edit menu,\nor one of the multiple sequence alignment web services.
869 label.invalid_name_preset_exists = Invalid name - preset already exists.
870 label.invalid_name = Invalid name
871 label.set_proxy_settings = Please set up your proxy settings in the 'Connections' tab of the Preferences window
872 label.proxy_authorization_failed = Proxy Authorization Failed
873 label.internal_jalview_error = Internal Jalview Error
874 label.secondary_structure_prediction_service_couldnt_be_located = The Secondary Structure Prediction Service named {0} at {1} couldn't be located.
875 label.service_called_is_not_msa_service = The Service called \n{0}\nis not a \nMultiple Sequence Alignment Service\!
876 label.msa_service_is_unknown = The Multiple Sequence Alignment Service named {0} is unknown
877 label.service_called_is_not_seq_search_service = The Service called \n{0}\nis not a \nSequence Search Service\!
878 label.seq_search_service_is_unknown = The Sequence Search Service named {0} is unknown
879 label.feature_type = Feature Type
880 label.display = Display
881 label.service_url = Service URL
882 label.copied_sequences = Copied sequences
883 label.cut_sequences = Cut Sequences
884 label.conservation_colour_increment = Conservation Colour Increment ({0})
885 label.percentage_identity_thereshold = Percentage Identity Threshold ({0})
886 label.error_unsupported_owwner_user_colour_scheme = Unsupported owner for User Colour scheme dialog
887 label.save_alignment_to_file = Save Alignment to file
888 label.save_features_to_file = Save Features to File
889 label.save_annotation_to_file = Save Annotation to File
890 label.no_features_on_alignment = No features found on alignment
891 label.save_pdb_file = Save PDB File
892 label.save_text_to_file = Save Text to File
893 label.save_state = Save State
894 label.restore_state = Restore State
895 label.saving_jalview_project = Saving jalview project {0}
896 label.loading_jalview_project = Loading jalview project {0}
897 label.save_vamsas_document_archive = Save Vamsas Document Archive
898 label.saving_vamsas_doc = Saving VAMSAS Document to {0}
899 label.load_feature_colours = Load Feature Colours
900 label.save_feature_colours = Save Feature Colour Scheme
901 label.dataset_for = {0} Dataset for {1}
902 label.select_startup_file = Select startup file
903 label.select_default_browser = Select default web browser
904 label.save_tree_as_newick = Save tree as newick file
905 label.create_eps_from_tree = Create EPS file from tree
906 label.create_png_from_tree = Create PNG image from tree
907 label.save_colour_scheme = Save colour scheme
908 label.edit_params_for = Edit parameters for {0}
909 label.choose_filename_for_param_file = Choose a filename for this parameter file
910 label.save_as_html = Save as HTML
911 label.recently_opened = Recently Opened
912 label.blasting_for_unidentified_sequence_jobs_running = BLASTing for unidentified sequences - {0}  jobs running.
913 label.tree_from = Tree from {0}
914 label.webservice_job_title = {0} using {1}
915 label.select_visible_region_of = selected {0} region of {1}
916 label.visible = Visible
917 label.select_unselect_visible_regions_from = select and unselected {0} regions from {1}
918 label.visible_region_of = visible region of
919 label.webservice_job_title_on = {0} using {1} on {2}
920 label.updating_vamsas_session = Updating vamsas session
921 label.loading_file = Loading File: {0}
922 label.edit_params = Edit {0}
923 error.not_implemented = Not implemented
924 error.no_such_method_as_clone1_for = No such method as clone1 for {0}
925 error.null_from_clone1 = Null from clone1!
926 error.implementation_error_sortbyfeature = Implementation Error - sortByFeature method must be one of FEATURE_SCORE, FEATURE_LABEL or FEATURE_DENSITY.
927 error.not_yet_implemented = Not yet implemented
928 error.unknown_type_dna_or_pep = Unknown Type {0} - dna or pep are the only allowed values.
929 error.implementation_error_dont_know_thereshold_annotationcolourgradient = Implementation error: don't know about threshold setting for current AnnotationColourGradient.
930 error.implementation_error_embeddedpopup_not_null = Implementation error - embeddedPopup must be non-null
931 error.invalid_colour_for_mycheckbox = Invalid color for MyCheckBox
932 error.implementation_error_unrecognised_render_object_for_features_type = Implementation Error: Unrecognised render object {0} for features of type {1}
933 error.implementation_error_unsupported_feature_colour_object = Implementation error: Unsupported feature colour object.
934 error.invalid_separator_parameter = Invalid separator parameter - must be non-zero length
935 error.alignment_cigararray_not_implemented = Alignment(CigarArray) not yet implemented
936 error.weak_sequencei_equivalence_not_yet_implemented = Weak sequenceI equivalence not yet implemented.
937 error.implementation_error_can_only_make_alignmnet_from_cigararray = Implementation Error - can only make an alignment view from a CigarArray of sequences.
938 error.empty_view_cannot_be_updated = empty view cannot be updated.
939 error.mismatch_between_number_of_sequences_in_block = Mismatch between number of sequences in block {0} ({1}) and the original view ({2})
940 error.padding_not_yet_implemented = Padding not yet implemented
941 error.mismatch_between_visible_blocks_to_update_and_number_of_contigs_in_view = Mismatch between visible blocks to update and number of contigs in view (contigs=0,blocks={0})
942 error.unknown_seq_cigar_operation = Unknown SeqCigar operation {0}
943 error.implementation_bug_parse_cigar_string = Implementation bug in parseCigarString
944 error.implementation_error_invalid_operation_string = Implementation error. Invalid operation string.
945 error.invalid_range_string = Invalid range string (must be zero or positive number)
946 error.implementation_error_delete_range_out_of_bounds = Implementation Error: deleteRange out of bounds: start must be non-negative and less than end.
947 error.implementation_error = Implementation error
948 error.implementation_error_unknown_operation = Implementation Error! Unknown operation {0}
949 error.implementation_error_unexpected_null_from_get_sequence_and_deletions = Implementation Error - unexpected null from getSequenceAndDeletions
950 error.implementation_error_set_seq_null = Implementation Error - _setSeq(null,...)
951 error.implementation_error_s = Implementation Error: _s= {0}
952 error.implementation_error_seqcigar_possible = SeqCigar: Possible implementation error: sequence is longer than dataset sequence
953 error.implmentation_bug_seq_null = Implementation Bug. Null seq
954 error.implementation_bug_cigar_operation_list_range_list = Implementation Bug. Cigar Operation list!= range list
955 error.not_yet_implemented_cigar_object_from_cigar_string = NOT YET Implemented: Constructing a Cigar object from a cigar string and a gapped sequence.
956 error.implementation_bug_cigar_operation = Implementation Bug. Cigar Operation {0} {1} not one of {2}, {3}, or {4}.
957 error.implementation_error_for_new_cigar = Implementation error for new Cigar(SequenceI)
958 error.implementation_error_cigar_seq_no_operations = Implementation error: {0}th sequence Cigar has no operations.
959 error.implementation_error_jmol_getting_data = Implementation error - Jmol seems to be still working on getting its data - report at http://issues.jalview.org/browse/JAL-1016
960 error.implementation_error_no_pdbentry_from_index = Implementation error - no corresponding pdbentry (for index {0}) to add sequences mappings to
961 error.jmol_version_not_compatible_with_jalview_version = Jmol version {0} is not compatible with this version of Jalview. Report this problem at issues.jalview.org
962 error.not_implemented_remove = Remove: Not implemented
963 error.not_implemented_clone = Clone: Not implemented
964 error.implementation_error_chimera_getting_data = Implementation error - Chimera seems to be still working on getting its data - report at http://issues.jalview.org/browse/JAL-1016
965 error.call_setprogressbar_before_registering_handler = call setProgressBar before registering the progress bar's handler.
966 label.cancelled_params = Cancelled {0}
967 error.implementation_error_cannot_show_view_alignment_frame = Implementation error: cannot show a view from another alignment in an AlignFrame.
968 error.implementation_error_dont_know_about_thereshold_setting = Implementation error: don't know about threshold setting for current AnnotationColourGradient.
969 error.eps_generation_not_implemented = EPS Generation not yet implemented
970 error.png_generation_not_implemented = PNG Generation not yet implemented
971 error.try_join_vamsas_session_another = Trying to join a vamsas session when another is already connected
972 error.invalid_vamsas_session_id = Invalid vamsas session id
973 error.implementation_error_cannot_create_groovyshell = Implementation Error. Cannot create groovyShell without Groovy on the classpath!
974 label.groovy_support_failed = Jalview Groovy Support Failed
975 label.couldnt_create_groovy_shell = Couldn't create the groovy Shell. Check the error log for the details of what went wrong.
976 error.unsupported_version_calcIdparam = Unsupported Version for calcIdparam {0}
977 error.implementation_error_cant_reorder_tree = Implementation Error: Can't reorder this tree. Not DefaultMutableTreeNode.
978 error.invalid_value_for_option = Invalid value {0} for option {1}
979 error.implementation_error_cannot_import_vamsas_doc = Implementation Error - cannot import existing vamsas document into an existing session, Yet!
980 label.vamsas_doc_couldnt_be_opened_as_new_session = VAMSAS Document could not be opened as a new session - please choose another
981 error.implementation_error_vamsas_operation_not_init = Impementation error! Vamsas Operations when client not initialised and connected
982 error.jalview_no_connected_vamsas_session = Jalview not connected to Vamsas session
983 error.implementation_error_cannot_recover_vamsas_object_mappings = IMPLEMENTATION ERROR: Cannot recover vamsas object mappings - no backup was made
984 error.setstatus_called_non_existent_job_pane = setStatus called for non-existent job pane {0}
985 error.implementation_error_cannot_find_marshaller_for_param_set =Implementation error: Can't find a marshaller for the parameter set
986 error.implementation_error_old_jalview_object_not_bound =IMPLEMENTATION ERROR: old jalview object is not bound ! ({0})
987 error.implementation_error_vamsas_doc_class_should_bind_to_type = Implementation Error: Vamsas Document Class {0} should bind to a {1} (found a {2})
988 error.implementation_error_jalview_class_should_bind_to_type = Implementation Error: Jalview Class {0} should bind to a {1} (found a {2})
989 error.invalid_vamsas_rangetype_cannot_resolve_lists = Invalid vamsas RangeType - cannot resolve both lists of Pos and Seg from choice!
990 error.implementation_error_maplist_is_null = Implementation error. MapList is null for initMapType.
991 error.implementation_error_cannot_have_null_alignment = Implementation error: Cannot have null alignment property key
992 error.implementation_error_null_fileparse = Implementation error. Null FileParse in copy constructor
993 error.implementation_error_cannot_map_alignment_sequences = IMPLEMENTATION ERROR: Cannot map an alignment of sequences from different datasets into a single alignment in the vamsas document.
994 error.implementation_error_cannot_duplicate_colour_scheme = Serious implementation error: cannot duplicate colourscheme {0}
995 error.implementation_error_structure_selection_manager_null = Implementation error. Structure selection manager's context is 'null'
996 exception.ssm_context_is_null = SSM context is null
997 error.idstring_seqstrings_only_one_per_sequence = idstrings and seqstrings contain one string each per sequence
998 error.cannot_have_mixed_length_replacement_vectors = Cannot have mixed length replacement vectors. Replacement vector for {0} is {1} strings long, and have already seen a {2} length vector.
999 error.cannot_have_zero_length_vector_replacement_strings = Cannot have zero length vector of replacement strings - either 1 value or n values.
1000 error.implementation_error_multiple_single_sequence_prediction_jobs_not_supported = Implementation Error! Multiple single sequence prediction jobs are not yet supported
1001 error.implementation_error_invalid_msa_index_for_job =Implementation Error! Invalid msaIndex for JPredJob on parent MSA input object!
1002 error.implementation_error_startjob_called = Implementation error - StartJob(JpredJob) called on {0}
1003 error.multiple_jnet_subjob_merge_not_implemented = Multiple JNet subjob merging not yet implemented
1004 label.job_never_ran = Job never ran - input returned to user.
1005 error.implementation_error_minlen_must_be_greater_zero = Implementation error: minlen must be zero or more
1006 error.implementation_error_msawbjob_called = Implementation error - StartJob(MsaWSJob) called on a WSJobInstance {0}
1007 error.implementation_error_cannot_attach_ws_menu_entry = IMPLEMENTATION ERROR: cannot attach WS Menu Entry without service handle reference!
1008 error.parameter_migration_not_implemented_yet = Parameter migration not implemented yet
1009 error.implementation_error_cannot_set_jaba_option = Implementation error: cannot set Jaba Option to a value outside its allowed value range!
1010 error.implementation_error_valuetype_doesnt_support_jabaws_type = IMPLEMENTATION ERROR: jalview.ws.params.ValueConstrainI.ValueType does not support the JABAWS type : {0}
1011 error.cannot_create_jabaws_param_set = Cannot create a JabaWSParamSet from non-JabaWS parameters
1012 error.cannot_set_arguments_to_jabaws_param_set = Cannot set arguments to a JabaWSParamSet that are not JabaWS arguments
1013 error.implementation_error_runner_config_not_available = Implementation Error: Runner Config not available for a JABAWS service of type {0} ({1})
1014 error.implementation_error_cannot_handle_jaba_param = Implementation Error: Cannot handle Jaba parameter object {0}
1015 error.implementation_error_attempt_to_delete_service_preset = Implementation error: Attempt to delete a service preset!
1016 error.implementation_error_cannot_locate_oldname_presetname = Implementation error: Can't locate either oldname ({0}) or presetName ({1}in the datastore!"
1017 error.implementation_error_jabaws_param_set_only_handled_by = Implementation error: JabaWsParamSets can only be handled by JabaParamStore
1018 error.cannot_set_source_file_for = Cannot set source file for {0}
1019 error.mismatch_service_instance_preset = Probable mismatch between service instance and preset!
1020 error.cannot_set_params_for_ws_preset = Cannot set Parameters for a Jaba Web service's preset
1021 error.implementation_error_can_only_instantiate_jaba_param_sets = Implementation error: Can only instantiate Jaba parameter sets
1022 error.no_aacon_service_found = No AACon service found
1023 error.implementation_error_couldnt_copy_value_constraint = Implementation error: could not copy ValueConstrain!
1024 error.couldnt_encode_as_utf8 = Couldn't encode {0} as UTF-8.
1025 error.tree_inputtype_not_yet_implemented = Tree InputType not yet implemented
1026 error.implementation_error_need_to_have_httpresponse = Implementation Error: need to have an HttpResponse to process
1027 error.dbrefsource_implementation_exception =DBRefSource Implementation Exception
1028 error.implementation_error_dbinstance_must_implement_interface = Implmentation Error - getDbInstances must be given a class that implements jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy (was given{0})
1029 error.implementation_error_must_init_dbsources =Implementation error. Must initialise dbSources
1030 label.view_controller_toggled_marked = {0} {1} columns {2} containing features of type {3}  across {4} sequence(s)
1031 label.toggled = Toggled
1032 label.marked = Marked
1033 label.not = not
1034 label.no_feature_of_type_found = No features of type {0} found.
1035 label.submission_params = Submission {0}
1036 label.empty_alignment_job = Empty Alignment Job
1037 label.add_new_sbrs_service = Add a new Simple Bioinformatics Rest Service
1038 label.edit_sbrs_entry = Edit Simple Bioinformatics Rest Service entry
1039 label.pca_recalculating = Recalculating PCA
1040 label.pca_calculating = Calculating PCA
1041 label.select_foreground_colour = Choose foreground colour
1042 label.select_colour_for_text = Select Colour for Text
1043 label.adjunst_foreground_text_colour_thereshold = Adjust Foreground Text Colour Threshold
1044 label.select_subtree_colour = Select Sub-Tree Colour
1045 label.create_new_sequence_features = Create New Sequence Feature(s)
1046 label.amend_delete_features = Amend/Delete Features for {0}
1047 exception.out_of_bounds_for_file = Out of bounds for file: i={0}, Final Buffer: i0={1} iend={2}
1048 exception.null_string_given_to_regex_search = Null String Given to Regex.search
1049 exception.null_string_like_given_to_regex_search = Null StringLike Given to Regex.search
1050 exception.null_string_given_to_regex_reverse_search = Null String Given to Regex.reverseSearch
1051 exception.null_string_like_given_to_regex_reverse_search = Null StringLike Given to Regex.reverseSearch
1052 exception.null_string_like_given_to_regex_search_from = Null String Given to Regex.searchFrom
1053 exception.null_string_like_given_to_regex_search_region = Null String Given to Regex.searchRegion
1054 exception.replace_null_regex_pointer = Replacer has null Regex pointer
1055 exception.bad_pattern_to_regex_perl_code = bad pattern to Regex.perlCode: {0}
1056 exception.no_stub_implementation_for_interface = There is no stub implementation for the interface: {0}
1057 exception.cannot_set_endpoint_address_unknown_port = Cannot set Endpoint Address for Unknown Port {0}
1058 exception.querying_matching_opening_parenthesis_for_non_closing_parenthesis = Querying matching opening parenthesis for non-closing parenthesis character {0}
1059 exception.mismatched_unseen_closing_char = Mismatched (unseen) closing character {0}
1060 exception.mismatched_closing_char = Mismatched closing character {0}
1061 exception.mismatched_opening_char = Mismatched opening character {0} at {1}
1062 exception.invalid_datasource_couldnt_obtain_reader = Invalid datasource. Could not obtain Reader
1063 exception.index_value_not_in_range = {0}: Index value {1} not in range [0..{2}]
1064 exception.unterminated_cigar_string = Unterminated cigar string
1065 exception.unexpected_operation_cigar_string_pos = Unexpected operation {0} in cigar string (position {1} in {2}
1066 exception.couldnt_parse_responde_from_annotated3d_server = Couldn't parse response from Annotate3d server
1067 exception.application_test_npe = Application test: throwing an NullPointerException It should arrive at the console
1068 exception.overwriting_vamsas_id_binding = Overwriting vamsas id binding
1069 exception.overwriting_jalview_id_binding = Overwriting jalview id binding
1070 error.implementation_error_unknown_file_format_string = Implementation error: Unknown file format string
1071 exception.failed_to_resolve_gzip_stream = Failed to resolve GZIP stream
1072 exception.problem_opening_file_also_tried = Problem opening {0} (also tried {1}) : {2}
1073 exception.problem_opening_file = Problem opening {0} : {1}
1074 exception.failed_to_read_data_from_source = Failed to read data from source: {0}
1075 exception.no_init_source_stream = Unitialised Source Stream
1076 exception.invalid_source_stream = Invalid Source Stream: {0}
1077 error.implementation_error_reset_called_for_invalid_source = Implementation Error: Reset called for invalid source.
1078 exception.number_of_residues_in_query_sequence_differ_from_prediction = Number of residues in {0} supposed query sequence ({1}\n{2})\ndiffer from number of prediction sites in prediction ({3})
1079 label.mapped = mapped
1080 exception.jpredconcide_entry_has_unexpected_number_of_columns = JPredConcise: Entry ({0}) has an unexpected number of columns
1081 exception.couldnt_parse_concise_annotation_for_prediction = Couldn't parse concise annotation for prediction profile.\n{0}
1082 exception.newfile = NewickFile\: {0}\n
1083 label.no_tree_read_in = No Tree read in
1084 exception.rnaml_couldnt_access_datasource = Couldn't access datasource ({0})
1085 exception.ranml_couldnt_process_data = Couldn't process data as RNAML file ({0})
1086 exception.ranml_invalid_file = Invalid RNAML file ({0})
1087 exception.ranml_problem_parsing_data = Problem parsing data as RNAML ({0})
1088 exception.pfam_no_sequences_found = No sequences found (PFAM input)
1089 exception.stockholm_invalid_format = This file is not in valid STOCKHOLM format: First line does not contain '# STOCKHOLM'
1090 exception.couldnt_parse_sequence_line = Could not parse sequence line: {0}
1091 exception.error_parsing_line = Error parsing {0}
1092 exception.unknown_annotation_detected = Unknown annotation detected: {0} {1}
1093 exception.couldnt_store_sequence_mappings = Couldn't store sequence mappings for {0}
1094 exception.matrix_too_many_iteration = Too many iterations in {0} (max is {1})
1095 exception.browser_not_found = Exception in finding browser: {0}
1096 exception.browser_unable_to_locate = Unable to locate browser: {0}
1097 exception.invocation_target_exception_creating_aedesc = InvocationTargetException while creating AEDesc: {0}
1098 exception.illegal_access_building_apple_evt= IllegalAccessException while building AppleEvent: {0}
1099 exception.instantiation_creating_aedesc = InstantiationException while creating AEDesc: {0}
1100 exception.unable_to_launch_url = Unable to launch URL: {0}
1101 exception.unable_to_create_internet_config = Unable to create an Internet Config instance: {0}
1102 exception.invocation_target_calling_url = InvocationTargetException while calling openURL: {0}
1103 exception.illegal_access_calling_url = IllegalAccessException while calling openURL: {0}
1104 exception.interrupted_launching_browser = InterruptedException while launching browser: {0}
1105 exception.das_source_doesnt_support_sequence_command = Source {0} does not support the sequence command.
1106 exception.invalid_das_source = Invalid das source: {0}
1107 exception.ebiembl_retrieval_failed_on = EBI EMBL XML retrieval failed on {0}:{1}
1108 label.no_embl_record_found = # No EMBL record retrieved for {0}:{1}
1109 label.embl_successfully_parsed = # Successfully parsed the {0} queries into an Alignment
1110 exception.no_pdb_records_for_chain = No PDB Records for {0} chain {1}
1111 exception.unexpected_handling_rnaml_translation_for_pdb = Unexpected exception when handling RNAML translation of PDB data
1112 exception.couldnt_recover_sequence_properties_for_alignment = Couldn't recover sequence properties for alignment
1113 exception.unknown_format_for_file = Unknown format {0} for file \: \n{1}
1114 label.remove_gaps = Remove Gaps
1115 exception.couldnt_recover_sequence_props_for_jnet_query = Couldn't recover sequence properties for JNet Query sequence!
1116 exception.server_timeout_try_later = Server timed out - try again later\n
1117 exception.web_service_returned_null_try_later= Server at {0} returned null object, it probably cannot be contacted. Try again later.
1118 exception.cannot_contact_service_endpoint_at = Cannot contact service endpoint at {0}
1119 error.implementation_error_cannot_find_service_url_in_given_set = Implementation error: Cannot find service url in the given url set!
1120 error.implementation_error_cannot_find_service_url_in_given_set_param_store = Implementation error: Cannot find service url in the given url set for this service parameter store ({0}}
1121 exception.jobsubmission_invalid_params_set = Invalid parameter set. Check Jalview implementation
1122 exception.notvaliddata_group_contains_less_than_min_seqs = Group contains less than {0} sequences.
1123 exception.outofmemory_loading_pdb_file = Out of memory loading PDB File
1124 exception.eps_coudnt_write_output_file = Could not write to the output file: {0}
1125 exception.eps_method_not_supported = Method not currently supported by EpsGraphics2D version {0}
1126 exception.eps_unable_to_get_inverse_matrix = Unable to get inverse of matrix: {0}
1127 warn.job_cannot_be_cancelled_close_window = This job cannot be cancelled.\nJust close the window.
1128 warn.service_not_supported = Service not supported!
1129 warn.input_is_too_big = Input is too big!
1130 warn.invalid_job_param_set = Invalid job parameter set!
1131 warn.oneseq_msainput_selection = The current selection only contains a single sequence. Do you want to submit all sequences for alignment instead ?   
1132 info.job_couldnt_be_run_server_doesnt_support_program = Job could not be run because the server doesn't support this program.\n{0}
1133 info.job_couldnt_be_run_exceeded_hard_limit = Job could not be run because it exceeded a hard limit on the server.\n{0}
1134 info.job_couldnt_be_run_incorrect_param_setting = Job could not be run because some of the parameter settings are not supported by the server.\n{0}\nPlease check to make sure you have used the correct parameter set for this service\!\n
1135 info.no_jobs_ran = No jobs ran
1136 info.failed_to_submit_prediction = Failed to submit the prediction\:\n{0} {1}
1137 info.invalid_jnet_job_result_data ={0}\n{1}\nInvalid JNet job result data\!\n{2}
1138 info.failed_to_submit_sequences_for_alignment = Failed to submit sequences for alignment.\nIt is most likely that there is a problem with the server.\nJust close the window\n
1139 info.alignment_object_method_notes = \nAlignment Object Method Notes\n
1140 info.server_exception = \n{0} Server exception\!\n{1}
1141 info.invalid_msa_input_mininfo = Need at least two sequences with at least 3 residues each, with no hidden regions between them.  
1142 info.invalid_msa_notenough = Not enough sequence data to align
1143 status.processing_commandline_args = Processing commandline arguments...
1144 status.das_features_being_retrived = DAS features being retrieved...
1145 status.searching_for_sequences_from = Searching for sequences from {0}
1146 status.finished_searching_for_sequences_from = Finished searching for sequences from {0}
1147 label.eps_file = EPS file
1148 label.png_image = PNG image
1149 status.saving_file = Saving {0}
1150 status.export_complete = {0} Export completed.
1151 status.fetching_pdb = Fetching PDB {0}
1152 status.refreshing_news = Refreshing news
1153 status.importing_vamsas_session_from = Importing VAMSAS session from {0}
1154 status.opening_params = Opening {0}
1155 status.waiting_sequence_database_fetchers_init = Waiting for Sequence Database Fetchers to initialise
1156 status.init_sequence_database_fetchers = Initialising Sequence Database Fetchers
1157 status.fetching_sequence_queries_from = Fetching {0} sequence queries from {1}
1158 status.finshed_querying = Finished querying
1159 status.parsing_results = Parsing results.
1160 status.processing = Processing...
1161 status.refreshing_web_service_menus = Refreshing Web Service Menus
1162 status.collecting_job_results = Collecting job results.
1163 status.fetching_das_sequence_features = Fetching DAS Sequence Features
1164 status.no_das_sources_active = No DAS Sources Active
1165 status.das_feature_fetching_cancelled = DAS Feature Fetching Cancelled
1166 status.das_feature_fetching_complete = DAS Feature Fetching Complete
1167 status.fetching_db_refs = Fetching db refs
1168 status.loading_cached_pdb_entries = Loading Cached PDB Entries
1169 status.searching_for_pdb_structures = Searching for PDB Structures
1170 status.opening_file = opening file
1171 status.colouring_chimera = Colouring Chimera
1172 label.font_doesnt_have_letters_defined = Font doesn't have letters defined\nso cannot be used\nwith alignment data
1173 label.font_too_small = Font size is too small
1174 label.error_loading_file_params = Error loading file {0}
1175 label.error_loading_jalview_file = Error loading Jalview file
1176 warn.out_of_memory_when_action = Out of memory when {0}\!\!\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory.
1177 warn.out_of_memory_loading_file = Out of memory loading file {0}\!\!\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory.
1178 label.out_of_memory = Out of memory
1179 label.invalid_id_column_width = Invalid ID Column width
1180 warn.user_defined_width_requirements = The user defined width for the\nannotation and sequence ID columns\nin exported figures must be\nat least 12 pixels wide.
1181 label.couldnt_create_sequence_fetcher = Couldn't create SequenceFetcher
1182 warn.couldnt_create_sequence_fetcher_client = Could not create the sequence fetcher client. Check error logs for details.
1183 warn.server_didnt_pass_validation = Service did not pass validation.\nCheck the Jalview Console for more details.
1184 warn.url_must_contain = Sequence URL must contain $SEQUENCE_ID$ or a regex $SEQUENCE_ID=/<regex>/=$
1185 warn.urls_not_contacted = URLs that could not be contacted
1186 warn.urls_no_jaba = URLs without any JABA Services
1187 info.validate_jabaws_server = Validate JabaWS Server ?\n(Look in console output for results)
1188 label.test_server = Test Server?
1189 info.you_want_jalview_to_find_uniprot_accessions = Do you want Jalview to find\nUniprot Accession ids for given sequence names?
1190 label.find_uniprot_accession_ids = Find Uniprot Accession Ids
1191 label.new_sequence_fetcher = New Sequence Fetcher
1192 label.additional_sequence_fetcher = Additional Sequence Fetcher
1193 label.select_database_retrieval_source = Select Database Retrieval Source
1194 label.overwrite_existing_file = Overwrite existing file?
1195 label.file_already_exists = File exists
1196 label.edit_jabaws_url = Edit JABAWS URL
1197 label.add_jabaws_url = Add new JABAWS URL
1198 label.news_from_jalview = News from http://www.jalview.org
1199 label.cut_paste_alignmen_file = Cut & Paste Alignment File
1200 label.enter_redundancy_thereshold = Enter the redundancy threshold
1201 label.select_dark_light_set_thereshold = <html><i>Select a dark and light text colour, then set the threshold to<br>switch between colours, based on background colour</i></html>
1202 label.select_feature_colour = Select Feature Colour
1203 label.delete_all = Delete all sequences
1204 warn.delete_all = <html>Deleting all sequences will close the alignment window.<br>Confirm deletion or Cancel.
1205 label.add_annotations_for = Add annotations for
1206 action.choose_annotations = Choose Annotations...
1207 label.choose_annotations = Choose Annotations
1208 label.find = Find
1209 label.invalid_search = Search string invalid
1210 error.invalid_regex = Invalid regular expression
1211 label.ignore_gaps_consensus = Ignore Gaps In Consensus
1212 label.show_group_histogram = Show Group Histogram
1213 label.show_group_logo = Show Group Logo
1214 label.normalise_group_logo = Normalise Group Logo
1215 label.show_histogram = Show Histogram
1216 label.show_logo = Show Logo
1217 label.normalise_logo = Normalise Logo
1218 label.no_colour_selection_in_scheme = Please make a colour selection before applying colour scheme
1219 label.no_colour_selection_warn = Error saving colour scheme
1220 label.open_split_window? = Would you like to open as a split window, with cDNA and protein linked?
1221 label.open_split_window = Open split window
1222 label.no_mappings = No mappings found
1223 action.no = No
1224 action.yes = Yes
1225 label.for = for
1226 label.select_by_annotation = Select/Hide Columns by Annotation
1227 action.select_by_annotation = Select/Hide Columns by Annotation...
1228 label.threshold_filter =  Threshold Filter
1229 action.hide = Hide
1230 action.select = Select
1231 label.alpha_helix = Alpha Helix
1232 label.beta_strand = Beta Strand
1233 label.turn = Turn
1234 label.select_all = Select All
1235 label.structures_filter = Structures Filter
1236 label.search_filter = Search Filter
1237 label.description = Description
1238 label.include_description= Include Description
1239 action.back = Back
1240 label.hide_insertions = Hide Insertions
1241 label.mark_as_representative = Mark as representative
1242 label.open_jabaws_web_page = Open JABAWS web page
1243 label.opens_the_jabaws_server_homepage = Opens the JABAWS server's homepage in web browser
1244 label.pdb_sequence_getcher = PDB Sequence Fetcher
1245 label.result = result
1246 label.results = results
1247 label.structure_chooser = Structure Chooser
1248 label.select = Select : 
1249 label.invert = Invert 
1250 label.select_pdb_file = Select PDB File
1251 info.select_filter_option = Select Filter Option/Manual Entry
1252 info.associate_wit_sequence = Associate with Sequence
1253 label.search_result = Search Result
1254 label.found_structures_summary = Found Structures Summary
1255 label.configure_displayed_columns = Customise Displayed Options
1256 label.start_jalview = Start Jalview
1257 label.biojs_html_export = BioJS
1258 label.scale_as_cdna = Scale protein residues to codons
1259 label.scale_protein_to_cdna = Scale Protein to cDNA
1260 label.scale_protein_to_cdna_tip = Make protein residues same width as codons in split frame views
1261 info.select_annotation_row = Select Annotation Row
1262 info.enter_search_text_here = Enter Search Text Here
1263 info.enter_search_text_to_enable = Enter Search Text to Enable
1264 info.search_in_annotation_label = Search in {0} Label
1265 info.search_in_annotation_description = Search in {0} Description
1266 info.change_threshold_mode_to_enable = Change Threshold Mode to Enable
1267 label.couldnt_read_data = Couldn't read data
1268 label.embbed_biojson = Embed BioJSON to HTML export
1269 action.export_groups = Export Groups
1270 action.export_annotations = Export Annotations
1271 action.export_hidden_columns = Export Hidden Columns
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1273 action.export_features = Export Features
1274 label.export_settings = Export Settings
1275 label.save_as_biojs_html = Save as BioJs HTML
1276 label.pdb_web-service_error = PDB Web-service Error
1277 label.structure_chooser_manual_association = Structure Chooser - Manual association
1278 label.structure_chooser_filter_time = Structure Chooser - Filter time ({0})
1279 label.structure_chooser_no_of_structures = Structure Chooser - {0} Found ({1})
1280 info.no_pdb_entry_found_for = No PDB entry found for {0}
1281 exception.unable_to_detect_internet_connection = Jalview is unable to detect an internet connection
1282 exception.pdb_rest_service_no_longer_available = PDB rest services no longer available!
1283 exception.resource_not_be_found = The requested resource could not be found
1284 exception.pdb_server_error = There seems to be an error from the PDB server
1285 exception.pdb_server_unreachable = Jalview is unable to reach the PDBe Solr server. \nPlease ensure that you are connected to the internet and try again.
1286 label.nw_mapping = Needleman & Wunsch Alignment
1287 label.sifts_mapping = SIFTs Mapping
1288 label.mapping_method = Sequence \u27f7 Structure mapping method
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1290 status.waiting_for_user_to_select_output_file = Waiting for user to select {0} file.
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1292 info.error_creating_file = Error creating {0} file.
1293 exception.outofmemory_loading_mmcif_file = Out of memory loading mmCIF File
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