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[jalview.git] / resources / lang / Messages.properties
1 action.refresh_services = Refresh Services
2 action.reset_services = Reset Services
3 action.merge_results = Merge Results
4 action.load_scheme = Load scheme
5 action.save_scheme = Save scheme
6 label.scheme_changed = Changes to scheme ''{0}'' have not been saved.<br><br>Save changes, or continue without saving to make a new colour scheme.
7 label.save_changes = Save Changes
8 label.dont_save_changes = Don't Save
9 action.save_image = Save Image
10 action.paste = Paste
11 action.show_html_source = Show HTML Source
12 action.print = Print...
13 action.web_service = Web Service
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23 action.edit = Edit
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87 action.invert_sequence_selection = Invert Sequence Selection
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123 action.save = Save
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181 label.score_model_pam250 = PAM 250
182 label.score_model_smithwatermanscore = Score between two sequences aligned with Smith-Waterman with default Peptide/Nucleotide matrix
183 label.score_model_sequencefeaturesimilarity = Distance measure of average number of features not shared at sequence positions 
184 label.score_model_conservation = Physicochemical property conservation
185 label.score_model_enhconservation = Physicochemical property conservation
186 label.status_bar = Status bar
187 label.out_to_textbox = Output to Textbox
188 label.occupancy = Occupancy
189 # delete Clustal - use FileFormat name instead
190 label.clustal = Clustal
191 # label.colourScheme_<schemeName> as in JalviewColourScheme
192 label.colourScheme_clustal = Clustalx
193 label.colourScheme_blosum62 = BLOSUM62 Score
194 label.colourScheme_%_identity = Percentage Identity
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196 label.colourScheme_taylor = Taylor
197 label.colourScheme_hydrophobic = Hydrophobicity
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202 label.colourScheme_purine/pyrimidine = Purine/Pyrimidine
203 label.colourScheme_nucleotide = Nucleotide
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221 label.add_reference_annotations = Add reference annotations
222 label.find_tip = Search alignment, selection or sequence ids for a subsequence (ignoring gaps).<br>Accepts regular expressions - search Help for 'regex' for details.
223 label.colour_text = Colour Text
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269 label.structure_viewer = Default structure viewer
270 label.chimera_path = Path to Chimera program
271 label.chimera_path_tip = Jalview will first try any path entered here, else standard installation locations.<br>Double-click to browse for file.
272 label.invalid_chimera_path = Chimera path not found or not executable
273 label.chimera_missing = Chimera structure viewer not found.<br/>Please enter the path to Chimera (if installed),<br/>or download and install UCSF Chimera.
274 label.chimera_failed = Error opening Chimera - is it installed?\nCheck path in Preferences, Structure
275 label.min_colour = Minimum Colour
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277 label.use_original_colours = Use Original Colours
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280 label.selection = Selection
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290 label.labels = Labels
291 label.output_values = Output Values...
292 label.output_points = Output points...
293 label.output_transformed_points = Output transformed points
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312 label.paste_features_annotations_Tcoffee_here = Paste your features / annotations / T-coffee score file here.
313 label.removed_columns = Removed {0} columns.
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316 label.order_by_params = Order by {0}
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318 label.paste_pdb_file= Paste your PDB file here.
319 label.paste_pdb_file_for_sequence = Paste PDB file for sequence {0}
320 label.could_not_parse_newick_file  = Could not parse Newick file\!\n {0}
321 label.successfully_pasted_tcoffee_scores_to_alignment= Successfully pasted T-Coffee scores to alignment.
322 label.failed_add_tcoffee_scores = Failed to add T-Coffee scores: 
323 label.successfully_pasted_annotation_to_alignment= Successfully pasted annotation to alignment.
324 label.couldnt_parse_pasted_text_as_valid_annotation_feature_GFF_tcoffee_file = Couldn't parse pasted text as a valid annotation, feature, GFF, or T-Coffee score file
325 label.successfully_pasted_alignment_file = Successfully pasted alignment file
326 label.paste_your_alignment_file = Paste your alignment file here
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329 label.search_results= Search results {0} : {1}
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331 label.font = Font:
332 label.size = Size:
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334 label.calculating = Calculating....
335 label.modify_conservation_visibility = Modify conservation visibility
336 label.colour_residues_above_occurrence = Colour residues above % occurrence
337 label.set_this_label_text = set this label text
338 label.sequences_from = Sequences from {0}
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340 label.successfully_loaded_matrix  = Successfully loaded score matrix {0}
341 label.successfully_saved_to_file_in_format = Successfully saved to file: {0} in {1} format.
342 label.copied_sequences_to_clipboard = Copied {0} sequences to clipboard.
343 label.check_file_matches_sequence_ids_alignment = Check that the file matches sequence IDs in the alignment.
344 label.problem_reading_tcoffee_score_file = Problem reading T-COFFEE score file
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356 label.session_update = Session Update
357 label.new_vamsas_session = New Vamsas Session
358 action.load_vamsas_session = Load Vamsas Session...
359 action.save_vamsas_session = Save Vamsas Session
360 label.select_vamsas_session_opened_as_new_vamsas_session= Select a vamsas session to be opened as a new vamsas session.
361 label.open_saved_vamsas_session = Open a saved VAMSAS session
362 label.groovy_console = Groovy Console...
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364 label.dont_ask_me_again = Don't ask me again
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366 label.invert_selection = Invert Selection
367 label.optimise_order = Optimise Order
368 label.seq_sort_by_score = Sequence sort by Score
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372 label.selected_database_to_fetch_from = Selected {0} database {1} to fetch from {2} 
373 label.database_param = Database: {0}
374 label.example = Example
375 label.example_param = Example: {0}
376 label.select_file_format_before_saving = You must select a file format before saving!
377 label.file_format_not_specified = File format not specified
378 label.couldnt_save_file = Couldn't save file: {0}
379 label.error_saving_file = Error Saving File
380 label.remove_from_default_list = Remove from default list?
381 label.remove_user_defined_colour = Remove user defined colour
382 label.you_must_select_least_two_sequences = You must select at least 2 sequences.
383 label.invalid_selection = Invalid Selection
384 label.sequence_selection_insufficient = Sequence selection insufficient
385 label.you_need_at_least_n_sequences = You need to select at least {0} sequences
386 label.not_enough_sequences = Not enough sequences
387 label.selected_region_to_tree_may_only_contain_residues_or_gaps =  The selected region to create a tree may\nonly contain residues or gaps.\nTry using the Pad function in the edit menu,\nor one of the multiple sequence alignment web services.
388 label.sequences_selection_not_aligned = Sequences in selection are not aligned
389 label.problem_reading_tree_file =  Problem reading tree file
390 label.possible_problem_with_tree_file = Possible problem with tree file
391 label.select_at_least_three_bases_in_at_least_one_sequence_to_cDNA_translation = Please select at least three bases in at least one sequence in order to perform a cDNA translation.
392 label.translation_failed = Translation Failed
393 label.error_when_translating_sequences_submit_bug_report = Unfortunately, something went wrong when translating your sequences.\nPlease take a look in the Jalview java console\nand submit a bug report including the stacktrace.
394 label.implementation_error  = Implementation error:
395 label.automatically_associate_structure_files_with_sequences_same_name = Do you want to automatically associate the {0} structure file(s) with sequences in the alignment that have the same name?
396 label.automatically_associate_structure_files_by_name = Automatically Associate Structure files by name
397 label.ignore_unmatched_dropped_files_info = <html>Do you want to <em>ignore</em> the {0} files whose names did not match any sequence IDs ?</html>
398 label.ignore_unmatched_dropped_files = Ignore unmatched dropped files?
399 label.view_name_original = Original
400 label.enter_view_name = Enter View Name
401 label.enter_label = Enter label
402 label.enter_label_for_the_structure = Enter a label for the structure
403 label.pdb_entry_is_already_displayed = {0} is already displayed.\nDo you want to re-use this viewer ?
404 label.map_sequences_to_visible_window = Map Sequences to Visible Window: {0}
405 label.add_pdbentry_to_view = Do you want to add {0} to the view called\n{1}\n
406 label.align_to_existing_structure_view = Align to existing structure view
407 label.pdb_entries_couldnt_be_retrieved = The following pdb entries could not be retrieved from the PDB\:\n{0}\nPlease retry, or try downloading them manually.
408 label.couldnt_load_file = Couldn't load file
409 label.couldnt_find_pdb_id_in_file = Couldn't find a PDB id in the file supplied. Please enter an Id to identify this structure.
410 label.no_pdb_id_in_file = No PDB Id in File
411 label.couldnt_read_pasted_text = Couldn't read the pasted text {0}
412 label.error_parsing_text = Error parsing text
413 label.enter_local_das_source = Enter Nickname & URL of Local DAS Source
414 label.you_can_only_edit_or_remove_local_das_sources = You can only edit or remove local DAS Sources!
415 label.public_das_source = Public DAS source - not editable
416 label.input_alignment_from_url = Input Alignment From URL
417 label.input_alignment = Input Alignment
418 label.couldnt_import_as_vamsas_session = Couldn't import {0} as a new vamsas session.
419 label.vamsas_document_import_failed = Vamsas Document Import Failed
420 label.couldnt_locate = Couldn't locate {0}
421 label.url_not_found = URL not found
422 label.new_sequence_url_link = New sequence URL link
423 label.cannot_edit_annotations_in_wrapped_view = Cannot edit annotations in wrapped view
424 label.wrapped_view_no_edit = Wrapped view - no edit
425 label.error_retrieving_data = Error Retrieving Data
426 label.user_colour_scheme_must_have_name = User colour scheme must have a name
427 label.no_name_colour_scheme = No name for colour scheme
428 label.invalid_url = Invalid URL !
429 label.error_loading_file = Error loading file
430 label.problems_opening_file = Encountered problems opening {0}!!
431 label.file_open_error = File open error
432 label.no_das_sources_selected_warn = No das sources were selected.\nPlease select some sources and\ntry again.
433 label.no_das_sources_selected_title = No DAS Sources Selected
434 label.colour_scheme_exists_overwrite = Colour scheme {0} exists.\nContinue saving colour scheme as {1}?"
435 label.duplicate_scheme_name = Duplicate scheme name
436 label.jalview_new_questionnaire = There is a new Questionnaire available. Would you like to complete it now ?\n
437 label.jalview_user_survey = Jalview User Survey
438 label.alignment_properties = Alignment Properties: {0}
439 label.alignment_props = Alignment Properties
440 label.input_cut_paste = Cut & Paste Input
441 label.input_cut_paste_params = Cut & Paste Input - {0}
442 label.alignment_output_command = Alignment output - {0}
443 label.annotations = Annotations
444 label.structure_options = Structure Options
445 label.features = Features
446 label.overview_params = Overview {0}
447 label.paste_newick_file = Paste Newick file
448 label.load_tree_from_file = From File - 
449 label.colour_by_annotation = Colour by Annotation
450 label.selection_output_command = Selection output - {0}
451 label.annotation_for_displayid = <p><h2>Annotation for {0} </h2></p><p>
452 label.pdb_sequence_mapping = PDB - Sequence Mapping
453 label.pca_details = PCA details
454 label.redundancy_threshold_selection = Redundancy threshold selection
455 label.user_defined_colours = User defined colours
456 label.jalviewLite_release = JalviewLite - Release {0}
457 label.jaview_build_date = Build date: {0}
458 label.jalview_authors_1 = Authors: Jim Procter, Andrew Waterhouse, Mungo Carstairs, Tochukwu Ofoegbu, Lauren Lui, Jan Engelhardt,
459 label.jalview_authors_2 = Natasha Sherstnev, Daniel Barton, Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle, David Martin & Geoff Barton.
460 label.jalview_dev_managers = Development managed by The Barton Group, University of Dundee, Scotland, UK.
461 label.jalview_distribution_lists = For help, see the FAQ at www.jalview.org and/or join the jalview-discuss@jalview.org mailing list
462 label.jalview_please_cite = If  you use Jalview, please cite:
463 label.jalview_cite_1_authors = Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)
464 label.jalview_cite_1_title = Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench
465 label.jalview_cite_1_ref = Bioinformatics doi: 10.1093/bioinformatics/btp033
466 label.right_click = Right click
467 label.to_add_annotation = to add annotation
468 label.alignment_has_no_annotations = Alignment has no annotations
469 label.retrieving_pdb_data = Retrieving PDB data...
470 label.label = Label
471 label.no_features_added_to_this_alignment = No Features added to this alignment!!
472 label.features_can_be_added_from_searches_1 = (Features can be added from searches or
473 label.features_can_be_added_from_searches_2 = from Jalview / GFF features files)
474 label.calculating_pca= Calculating PCA
475 label.jalview_cannot_open_file = Jalview can't open file
476 label.jalview_applet = Jalview applet
477 label.loading_data = Loading data
478 label.memory_stats = Total Free Memory: {0} MB; Max Memory: {1} MB; {2} %
479 label.calculating_tree = Calculating tree
480 label.state_queueing = queuing
481 label.state_running = running
482 label.state_completed = finished
483 label.state_job_cancelled = job cancelled!!
484 label.state_job_error = job error!
485 label.server_error_try_later = Server Error! (try later)
486 label.error_loading_pdb_data = Error loading PDB data!!
487 label.fetching_pdb_data = Fetching PDB data...
488 label.structure_type = Structure type
489 label.settings_for_type = Settings for {0}
490 label.view_full_application = View in Full Application
491 label.load_associated_tree = Load Associated Tree...
492 label.load_features_annotations = Load Features/Annotations...
493 label.export_features = Export Features...
494 label.export_annotations = Export Annotations...
495 label.to_upper_case = To Upper Case
496 label.to_lower_case = To Lower Case
497 label.toggle_case = Toggle Case
498 label.edit_name_description = Edit Name/Description...
499 label.create_sequence_feature = Create Sequence Feature...
500 label.edit_sequence = Edit Sequence
501 label.edit_sequences = Edit Sequences
502 label.sequence_details = Sequence Details
503 label.jmol_help = Jmol Help
504 label.chimera_help = Chimera Help
505 label.close_viewer = Close Viewer
506 label.confirm_close_chimera = This will close Jalview''s connection to {0}.<br>Do you want to close the Chimera window as well?
507 label.all = All
508 label.sort_by = Sort alignment by
509 label.sort_by_score = Sort by Score
510 label.sort_by_density = Sort by Density
511 label.sequence_sort_by_density = Sequence sort by Density
512 label.sort_ann_by = Sort annotations by
513 label.sort_annotations_by_sequence = Sort by sequence
514 label.sort_annotations_by_label = Sort by label
515 label.reveal = Reveal
516 label.hide_columns = Hide Columns
517 label.load_jalview_annotations = Load Jalview Annotations or Features File
518 label.load_tree_file = Load a tree file
519 label.retrieve_parse_sequence_database_records_alignment_or_selected_sequences = Retrieve and parse sequence database records for the alignment or the currently selected sequences
520 label.standard_databases = Standard Databases
521 label.fetch_embl_uniprot = Fetch from EMBL/EMBLCDS or Uniprot/PDB and any selected DAS sources
522 label.reset_min_max_colours_to_defaults = Reset min and max colours to defaults from user preferences.
523 label.align_structures_using_linked_alignment_views = Superpose structures using {0} selected alignment view(s)
524 label.connect_to_session = Connect to session {0}
525 label.threshold_feature_display_by_score = Threshold the feature display by score.
526 label.threshold_feature_no_threshold = No Threshold
527 label.threshold_feature_above_threshold = Above Threshold
528 label.threshold_feature_below_threshold = Below Threshold
529 label.adjust_threshold = Adjust threshold
530 label.toggle_absolute_relative_display_threshold = Toggle between absolute and relative display threshold.
531 label.display_features_same_type_different_label_using_different_colour = Display features of the same type with a different label using a different colour. (e.g. domain features)
532 label.select_colour_minimum_value = Select Colour for Minimum Value
533 label.select_colour_maximum_value = Select Colour for Maximum Value
534 label.open_url_param = Open URL {0}
535 label.open_url_seqs_param = Open URL ({0}..) ({1} seqs)
536 label.load_pdb_file_associate_with_sequence = Load a PDB file and associate it with sequence {0}
537 label.reveal_hidden_columns = Reveal Hidden Columns with Right Mouse Button
538 label.dark_colour = Dark Colour
539 label.light_colour = Light Colour
540 label.highlightnode = Left click to select leaves.<br>Double-click to invert leaves.<br>Right click to change colour.
541 label.load_colour_scheme = Load colour scheme
542 label.copy_format_from = Copy format from
543 label.toggle_enabled_views = When enabled, allows many views to be selected.
544 label.select_all_views = Select all views
545 label.select_many_views = Select many views
546 label.edit_notes_parameter_set = Click to edit the notes for this parameter set.
547 label.open_local_file = Open local file
548 label.enable_automatically_sort_alignment_when_open_new_tree = Enable this to automatically sort<br>the alignment when you open<br> a new tree.
549 label.listen_for_selections = Listen for selections
550 label.selections_mirror_selections_made_same_sequences_other_views = When selected, selections in this view will mirror<br>selections made on the same sequences in other views.
551 label.toggle_sequence_visibility = Shift+H toggles sequence visiblity
552 label.toggle_columns_visibility = Ctrl+H toggles column visiblity.
553 label.toggles_visibility_hidden_selected_regions = H toggles visibility of hidden or selected regions
554 label.rename_tab_eXpand_reGroup=  Right-click to rename tab <br> Press X to eXpand tabs, G to reGroup.
555 label.right_align_sequence_id = Right Align Sequence Id
556 label.sequence_id_tooltip = Sequence ID Tooltip
557 label.no_services = <No Services>
558 label.select_copy_raw_html = Select this if you want to copy raw html
559 label.share_data_vamsas_applications = Share data with other vamsas applications
560 label.connect_to = Connect to
561 label.join_existing_vamsas_session = Join an existing vamsas session
562 label.from_url = from URL
563 label.any_trees_calculated_or_loaded_alignment_automatically_sort = When selected, any trees calculated or loaded onto the alignment will automatically sort the alignment
564 label.sort_with_new_tree = Sort With New Tree
565 label.from_textbox = from Textbox
566 label.window = Window
567 label.preferences = Preferences
568 label.tools = Tools
569 label.fetch_sequences = Fetch Sequences
570 action.fetch_sequences = Fetch Sequences...
571 label.stop_vamsas_session = Stop Vamsas Session
572 label.collect_garbage = Collect Garbage
573 label.show_memory_usage = Show Memory Usage
574 label.show_java_console = Show Java Console
575 label.show_jalview_news = Show Jalview News
576 label.take_snapshot = Take snapshot
577 label.monospaced_fonts_faster_to_render = Monospaced fonts are faster to render
578 label.anti_alias_fonts = Anti-alias Fonts (Slower to render)
579 label.monospaced_font= Monospaced
580 label.quality = Quality
581 label.maximize_window = Maximize Window
582 label.conservation = Conservation
583 label.consensus = Consensus
584 label.histogram = Histogram
585 label.logo = Logo
586 label.non_positional_features = List Non-positional Features
587 label.database_references = List Database References
588 #label.share_selection_across_views = Share selection across views
589 #label.scroll_highlighted_regions = Scroll to highlighted regions
590 label.gap_symbol = Gap Symbol
591 label.prot_alignment_colour = Protein Alignment Colour
592 label.nuc_alignment_colour = Nucleotide Alignment Colour
593 label.address = Address
594 label.port = Port
595 label.default_browser_unix = Default Browser (Unix)
596 label.send_usage_statistics = Send usage statistics
597 label.check_for_questionnaires = Check for questionnaires
598 label.check_for_latest_version = Check for latest version
599 label.url_linkfrom_sequence_id = URL link from Sequence ID
600 label.use_proxy_server = Use a proxy server
601 label.eps_rendering_style = EPS rendering style
602 label.append_start_end = Append /start-end (/15-380)
603 label.full_sequence_id = Full Sequence Id
604 label.smooth_font = Smooth Font
605 label.autocalculate_consensus = AutoCalculate Consensus
606 label.pad_gaps = Pad Gaps
607 label.pad_gaps_when_editing = Pad Gaps When Editing
608 label.automatically_set_id_width = Automatically set ID width
609 label.figure_id_column_width = Figure ID column width
610 label.use_modeller_output = Use Modeller Output
611 label.wrap_alignment = Wrap Alignment
612 label.right_align_ids = Right Align Ids
613 label.sequence_name_italics = Italic Sequence Ids
614 label.open_overview = Open Overview
615 label.default_colour_scheme_for_alignment = Default Colour Scheme for alignment
616 label.annotation_shading_default = Annotation Shading Default
617 label.default_minimum_colour_annotation_shading = Default Minimum Colour for annotation shading
618 label.default_maximum_colour_annotation_shading = Default Maximum Colour for annotation shading
619 label.visual = Visual
620 label.connections = Connections
621 label.output = Output
622 label.editing = Editing
623 label.das_settings = DAS Settings
624 label.web_services = Web Services
625 label.right_click_to_edit_currently_selected_parameter = Right click to edit currently selected parameter.
626 label.let_jmol_manage_structure_colours = Let Jmol manage structure colours
627 label.let_chimera_manage_structure_colours = Let Chimera manage structure colours
628 label.fetch_chimera_attributes = Fetch Chimera attributes
629 label.fetch_chimera_attributes_tip = Copy Chimera attribute to Jalview feature
630 label.marks_leaves_tree_not_associated_with_sequence = Marks leaves of tree not associated with a sequence
631 label.index_web_services_menu_by_host_site = Index web services in menu by the host site
632 label.option_want_informed_web_service_URL_cannot_be_accessed_jalview_when_starts_up = Check this option if you want to be informed<br>when a web service URL cannot be accessed by Jalview<br>when it starts up
633 label.new_service_url = New Service URL
634 label.edit_service_url = Edit Service URL
635 label.delete_service_url = Delete Service URL
636 label.details = Details
637 label.options = Options
638 label.parameters = Parameters
639 label.available_das_sources = Available DAS Sources
640 label.full_details = Full Details
641 label.authority = Authority
642 label.type = Type
643 label.proxy_server = Proxy Server
644 label.file_output = File Output
645 label.select_input_type = Select input type
646 label.set_options_for_type = Set options for type
647 label.data_input_parameters = Data input parameters
648 label.data_returned_by_service = Data returned by service
649 label.rsbs_encoded_service = RSBS Encoded Service
650 label.parsing_errors = Parsing errors
651 label.simple_bioinformatics_rest_services = Simple Bioinformatics Rest Services
652 label.web_service_discovery_urls = Web Service Discovery URLS
653 label.input_parameter_name = Input Parameter name
654 label.short_descriptive_name_for_service = Short descriptive name for service
655 label.function_service_performs = What kind of function the service performs (e.g. alignment, analysis, search, etc).
656 label.brief_description_service = Brief description of service
657 label.url_post_data_service = URL to post data to service. Include any special parameters needed here
658 label.optional_suffix = Optional suffix added to URL when retrieving results from service
659 label.preferred_gap_character = Which gap character does this service prefer?
660 label.gap_character = Gap character
661 label.move_return_type_up_order= Move return type up order
662 label.move_return_type_down_order= Move return type down order
663 label.update_user_parameter_set = Update this existing user parameter set
664 label.delete_user_parameter_set = Delete the currently selected user parameter set
665 label.create_user_parameter_set = Create a new parameter set with the current settings.
666 label.revert_changes_user_parameter_set = Undo all changes to the current parameter set
667 label.start_job_current_settings = Start Job with current settings
668 label.cancel_job_close_dialog = Close this dialog and cancel job
669 label.input_output = Input/Output
670 label.cut_paste = Cut'n'Paste
671 label.adjusting_parameters_for_calculation = Adjusting parameters for existing Calculation
672 label.2d_rna_structure_line = 2D RNA {0} (alignment)
673 label.2d_rna_sequence_name = 2D RNA - {0}
674 label.edit_name_and_description_current_group = Edit name and description of current group
675 label.from_file = From File
676 label.enter_pdb_id = Enter PDB Id (or pdbid:chaincode)
677 label.text_colour = Text Colour...
678 label.structure = Structure
679 label.show_pdbstruct_dialog = 3D Structure Data...
680 label.view_rna_structure = VARNA 2D Structure
681 label.create_sequence_details_report_annotation_for = Annotation for {0}
682 label.sequence_details_for = Sequence Details for {0}
683 label.sequence_name = Sequence Name
684 label.sequence_description = Sequence Description
685 label.edit_sequence_name_description = Edit Sequence Name/Description
686 label.spaces_converted_to_backslashes = Spaces have been converted to _
687 label.no_spaces_allowed_sequence_name = No spaces allowed in Sequence Name
688 label.select_outline_colour = Select Outline Colour
689 label.web_browser_not_found_unix = Unixers\: Couldn't find default web browser.\nAdd the full path to your browser in Preferences."
690 label.web_browser_not_found = Web browser not found
691 label.select_pdb_file_for = Select a PDB file for {0}
692 label.html = HTML
693 label.wrap = Wrap
694 label.show_database_refs = Show Database Refs
695 label.show_non_positional_features = Show Non-Positional Features
696 label.save_png_image = Save As PNG Image
697 label.load_tree_for_sequence_set = Load a tree for this sequence set
698 label.export_image = Export Image
699 label.vamsas_store = VAMSAS store
700 label.translate_cDNA = Translate as cDNA
701 label.reverse = Reverse
702 label.reverse_complement = Reverse Complement
703 label.linked_view_title = Linked CDS and protein view
704 label.extract_scores = Extract Scores
705 label.get_cross_refs = Get Cross-References
706 label.sort_alignment_new_tree = Sort Alignment With New Tree
707 label.add_sequences = Add Sequences
708 label.new_window = New Window
709 label.split_window = Split Window
710 label.refresh_available_sources = Refresh Available Sources
711 label.use_registry = Use Registry
712 label.add_local_source = Add Local Source
713 label.set_as_default = Set as Default
714 label.show_labels = Show labels
715 action.background_colour = Background Colour...
716 label.associate_nodes_with = Associate Nodes With
717 label.link_name = Link Name
718 label.pdb_file = PDB file
719 label.colour_with_jmol = Colour with Jmol
720 label.colour_with_chimera = Colour with Chimera
721 label.superpose_structures = Superpose Structures
722 error.superposition_failed = Superposition failed: {0}
723 label.insufficient_residues = Not enough aligned residues ({0}) to perform superposition
724 label.jmol = Jmol
725 label.chimera = Chimera
726 label.create_chimera_attributes = Write Jalview features
727 label.create_chimera_attributes_tip = Set Chimera residue attributes for visible features
728 label.attributes_set = {0} attribute values set on Chimera
729 label.sort_alignment_by_tree = Sort Alignment By Tree
730 label.mark_unlinked_leaves = Mark Unlinked Leaves
731 label.associate_leaves_with = Associate Leaves With
732 label.save_colour_scheme_with_unique_name_added_to_colour_menu = Save your colour scheme with a unique name and it will be added to the Colour menu
733 label.case_sensitive = Case Sensitive
734 label.lower_case_colour = Colour All Lower Case
735 label.lower_case_tip = Chosen colour applies to all lower case symbols
736 label.index_by_host = Index by Host
737 label.index_by_type = Index by Type
738 label.enable_jabaws_services = Enable JABAWS Services
739 label.display_warnings = Display Warnings
740 label.move_url_up = Move URL Up
741 label.move_url_down = Move URL Down
742 label.add_sbrs_definition = Add a SBRS Definition
743 label.edit_sbrs_definition = Edit SBRS Definition
744 label.delete_sbrs_definition = Delete SBRS Definition
745 label.your_sequences_have_been_verified = Your sequences have been verified against known sequence databases.\n(Use Calculate | Show flanking regions to show enclosing sequence.)\nTo preserve data changes, save your alignment.\n\n
746 label.sequences_updated = Sequences updated
747 label.dbref_search_completed = DBRef search completed
748 label.fetch_all_param = Fetch all {0}
749 label.paste_new_window = Paste To New Window
750 label.settings_for_param = Settings for {0}
751 label.view_params = View {0}
752 label.aacon_calculations = AACon Calculations
753 label.aacon_settings = Change AACon Settings...
754 tooltip.aacon_calculations = When checked, AACon calculations are updated automatically.
755 tooltip.aacon_settings = Modify settings for AACon calculations.
756 label.rnalifold_calculations = RNAAliFold Prediction
757 label.rnalifold_settings = Change RNAAliFold settings...
758 tooltip.rnalifold_calculations = When checked, RNA secondary structure predictions will be calculated for the alignment, and updated when edits are made.
759 tooltip.rnalifold_settings = Modify settings for the RNAAliFold prediction. Use this to hide or show different results of the RNA calculation, and change RNA folding parameters.
760 label.all_views = All Views
761 label.align_sequences_to_existing_alignment = Align sequences to an existing alignment
762 label.realign_with_params = Realign with {0}
763 label.calcname_with_default_settings = {0} with Defaults
764 label.action_with_default_settings = {0} with default settings
765 label.edit_settings_and_run = Edit settings and run...
766 label.view_and_change_parameters_before_alignment = View and change the parameters before alignment
767 label.run_with_preset_params = Run {0} with preset
768 label.view_and_change_parameters_before_running_calculation = View and change parameters before running calculation
769 label.view_documentation = View documentation
770 label.select_return_type = Select return type
771 label.translation_of_params = Translation of {0}
772 label.features_for_params = Features for - {0}
773 label.annotations_for_params = Annotations for - {0}
774 label.generating_features_for_params = Generating features for - {0}
775 label.generating_annotations_for_params = Generating annotations for - {0}
776 label.varna_params = VARNA - {0}
777 label.sequence_feature_settings = Sequence Feature Settings
778 label.pairwise_aligned_sequences = Pairwise Aligned Sequences
779 label.original_data_for_params = Original Data for {0}
780 label.points_for_params = Points for {0}
781 label.transformed_points_for_params = Transformed points for {0}
782 label.graduated_color_for_params = Graduated Feature Colour for {0}
783 label.select_background_colour = Select Background Colour
784 label.invalid_font = Invalid Font
785 label.separate_multiple_accession_ids = Enter one or more accession IDs separated by a semi-colon ";"
786 label.separate_multiple_query_values = Enter one or more {0}s separated by a semi-colon ";"
787 label.search_all = Enter one or more search values separated by a semi-colon ";" (Note: This searches the entire database)
788 label.replace_commas_semicolons = Replace commas with semi-colons
789 label.parsing_failed_syntax_errors_shown_below_param = Parsing failed. Syntax errors shown below {0}
790 label.parsing_failed_unrecoverable_exception_thrown_param = \nParsing failed. An unrecoverable exception was thrown\:\n {0}
791 label.example_query_param = Example query: {0}
792 label.enter_value_increase_conservation_visibility = Enter value to increase conservation visibility
793 label.enter_percentage_identity_above_which_colour_residues = Enter % identity above which to colour residues
794 label.wswublast_client_credits = To display sequence features an exact Uniprot id with 100% sequence identity match must be entered.\nIn order to display these features, try changing the names of your sequences to the ids suggested below.\n\nRunning WSWUBlast at EBI.\nPlease quote Pillai S., Silventoinen V., Kallio K., Senger M., Sobhany S., Tate J., Velankar S., Golovin A., Henrick K., Rice P., Stoehr P., Lopez R.\nSOAP-based services provided by the European Bioinformatics Institute.\nNucleic Acids Res. 33(1)\:W25-W28 (2005));
795 label.blasting_for_unidentified_sequence = BLASTing for unidentified sequences
796 label.select_columns_containing = Select columns containing
797 label.select_columns_not_containing = Select columns that do not contain
798 label.hide_columns_containing = Hide columns containing
799 label.hide_columns_not_containing = Hide columns that do not contain
800 option.trim_retrieved_seqs = Trim retrieved sequences
801 label.trim_retrieved_sequences = When the reference sequence is longer than the sequence that you are working with, only keep the relevant subsequences.
802 label.use_sequence_id_1 = Use $DB_ACCESSION$ or $DB_ACCESSION=/<regex>/=$
803 label.use_sequence_id_2 = to embed accession id in URL
804 label.use_sequence_id_3 = Use $SEQUENCE_ID$ similarly to embed sequence id
805 label.use_sequence_id_4 = 
806 label.ws_parameters_for = Parameters for {0}
807 label.switch_server = Switch server
808 label.choose_jabaws_server = Choose a server for running this service
809 label.services_at = Services at {0}
810 label.rest_client_submit = {0} using {1}
811 label.fetch_retrieve_from =Retrieve from {0}</html>
812 label.fetch_retrieve_from_all_sources = Retrieve from all {0} sources in {1}<br>First is :{2}<html> 
813 label.feature_settings_click_drag = Drag up or down to change render order.<br/>Double click to select columns containing feature.
814 label.transparency_tip = Adjust transparency to 'see through' feature colours.
815 label.opt_and_params_further_details = see further details by right-clicking
816 label.opt_and_params_show_brief_desc_image_link = <html>Click to show brief description<br><img src="{0}"/> Right click for further information.</html> 
817 label.opt_and_params_show_brief_desc = <html>Click to show brief description<br></html>
818 label.adjusts_width_generated_eps_png = <html>Adjusts the width of the generated EPS or PNG file to ensure even the longest sequence ID or annotation label is displayed</html>
819 label.manually_specify_width_left_column = <html>Manually specify the width of the left hand column where sequence IDs and annotation labels will be rendered in exported alignment figures. This setting will be ignored if 'Automatically set ID width' is set</html>
820 label.job_created_when_checked = <html>When checked, a job is created for every sequence in the current selection.</html>
821 label.when_checked_job_visible_region_and_results = <html>When checked, a single job is created for the visible region and results mapped back onto their location in the alignment. Otherwise, a job would be created for every contiguous region visible in the alignment or current selection (e.g. a multiple alignment).</html>
822 label.flat_file_representation = <html>Flat file representation of this rest service using the Really Simple Bioinformatics Service formalism</html>
823 label.result_of_parsing_rsbs = <html>Results of parsing the RSBS representation</html>
824 label.user_preset = User Preset
825 label.service_preset = Service Preset
826 label.run_with_preset = Run {0} with preset
827 label.view_service_doc_url = <html>View <a href="{0}">{1}</a></html>
828 action.by_title_param = By {0}
829 label.source_from_db_source = Sources from {0}
830 label.from_msname = from {0}
831 label.superpose_with = Superpose with
832 label.scale_label_to_column = Scale Label to Column
833 label.add_new_row = Add New Row
834 label.edit_label_description = Edit Label/Description
835 label.hide_row = Hide This Row
836 label.delete_row = Delete This Row
837 label.show_all_hidden_rows = Show All Hidden Rows
838 label.export_annotation = Export Annotation
839 label.copy_consensus_sequence = Copy Consensus Sequence
840 label.helix = Helix
841 label.sheet = Sheet
842 label.rna_helix = RNA Helix
843 label.remove_annotation = Remove Annotation
844 label.colour_by = Colour by...
845 label.muscle_multiple_protein_sequence_alignment = Muscle Multiple Protein Sequence Alignment
846 label.mafft_multiple_sequence_alignment = MAFFT Multiple Sequence Alignment
847 label.clustalw_multiple_sequence_alignment = ClustalW Multiple Sequence Alignment
848 label.jnet_secondary_structure_prediction = JPred Secondary Structure Prediction
849 label.multiharmony = Multi-Harmony
850 label.unable_start_web_service_analysis = Unable to start web service analysis
851 label.job_couldnt_be_started_check_input = The Job couldn't be started. Please check your input, and the Jalview console for any warning messages.
852 label.prompt_each_time = Prompt each time
853 label.use_source = Use Source
854 label.couldnt_save_project = Couldn't save project
855 label.error_whilst_saving_current_state_to = Error whilst saving current state to {0}
856 label.error_whilst_loading_project_from = Error whilst loading project from {0}
857 label.couldnt_load_project = Couldn't load project
858 label.invalid_name_preset_exists = Invalid name - preset already exists.
859 label.invalid_name = Invalid name
860 label.set_proxy_settings = Please set up your proxy settings in the 'Connections' tab of the Preferences window
861 label.proxy_authorization_failed = Proxy Authorization Failed
862 label.internal_jalview_error = Internal Jalview Error
863 label.secondary_structure_prediction_service_couldnt_be_located = The Secondary Structure Prediction Service named {0} at {1} couldn't be located.
864 label.service_called_is_not_msa_service = The Service called \n{0}\nis not a \nMultiple Sequence Alignment Service\!
865 label.msa_service_is_unknown = The Multiple Sequence Alignment Service named {0} is unknown
866 label.service_called_is_not_seq_search_service = The Service called \n{0}\nis not a \nSequence Search Service\!
867 label.seq_search_service_is_unknown = The Sequence Search Service named {0} is unknown
868 label.feature_type = Feature Type
869 label.display = Display
870 label.service_url = Service URL
871 label.copied_sequences = Copied sequences
872 label.cut_sequences = Cut Sequences
873 label.conservation_colour_increment = Conservation Colour Increment ({0})
874 label.percentage_identity_threshold = Percentage Identity Threshold ({0})
875 label.error_unsupported_owwner_user_colour_scheme = Unsupported owner for User Colour scheme dialog
876 label.save_alignment_to_file = Save Alignment to file
877 label.save_features_to_file = Save Features to File
878 label.save_annotation_to_file = Save Annotation to File
879 label.no_features_on_alignment = No features found on alignment
880 label.save_pdb_file = Save PDB File
881 label.save_text_to_file = Save Text to File
882 label.save_state = Save State
883 label.restore_state = Restore State
884 label.saving_jalview_project = Saving jalview project {0}
885 label.loading_jalview_project = Loading jalview project {0}
886 label.save_vamsas_document_archive = Save Vamsas Document Archive
887 label.saving_vamsas_doc = Saving VAMSAS Document to {0}
888 label.load_feature_colours = Load Feature Colours
889 label.save_feature_colours = Save Feature Colour Scheme
890 label.select_startup_file = Select startup file
891 label.select_default_browser = Select default web browser
892 label.save_tree_as_newick = Save tree as newick file
893 label.create_eps_from_tree = Create EPS file from tree
894 label.create_png_from_tree = Create PNG image from tree
895 label.save_colour_scheme = Save colour scheme
896 label.edit_params_for = Edit parameters for {0}
897 label.choose_filename_for_param_file = Choose a filename for this parameter file
898 label.save_as_html = Save as HTML
899 label.recently_opened = Recently Opened
900 label.blasting_for_unidentified_sequence_jobs_running = BLASTing for unidentified sequences - {0}  jobs running.
901 label.tree = Tree
902 label.tree_from = Tree from {0}
903 label.webservice_job_title = {0} using {1}
904 label.select_visible_region_of = selected {0} region of {1}
905 label.visible = Visible
906 label.select_unselect_visible_regions_from = select and unselected {0} regions from {1}
907 label.visible_region_of = visible region of
908 label.webservice_job_title_on = {0} using {1} on {2}
909 label.updating_vamsas_session = Updating vamsas session
910 label.loading_file = Loading File: {0}
911 label.edit_params = Edit {0}
912 label.as_percentage = As Percentage
913 error.not_implemented = Not implemented
914 error.no_such_method_as_clone1_for = No such method as clone1 for {0}
915 error.null_from_clone1 = Null from clone1!
916 error.not_yet_implemented = Not yet implemented
917 error.unknown_type_dna_or_pep = Unknown Type {0} - dna or pep are the only allowed values.
918 error.implementation_error_dont_know_threshold_annotationcolourgradient = Implementation error: don't know about threshold setting for current AnnotationColourGradient.
919 error.invalid_separator_parameter = Invalid separator parameter - must be non-zero length
920 error.alignment_cigararray_not_implemented = Alignment(CigarArray) not yet implemented
921 error.empty_view_cannot_be_updated = empty view cannot be updated.
922 error.mismatch_between_number_of_sequences_in_block = Mismatch between number of sequences in block {0} ({1}) and the original view ({2})
923 error.padding_not_yet_implemented = Padding not yet implemented
924 error.mismatch_between_visible_blocks_to_update_and_number_of_contigs_in_view = Mismatch between visible blocks to update and number of contigs in view (contigs=0,blocks={0})
925 error.unknown_seq_cigar_operation = Unknown SeqCigar operation {0}
926 error.implementation_bug_parse_cigar_string = Implementation bug in parseCigarString
927 error.implementation_error_invalid_operation_string = Implementation error. Invalid operation string.
928 error.invalid_range_string = Invalid range string (must be zero or positive number)
929 error.implementation_error_delete_range_out_of_bounds = Implementation Error: deleteRange out of bounds: start must be non-negative and less than end.
930 error.implementation_error = Implementation error
931 error.implementation_error_unknown_operation = Implementation Error! Unknown operation {0}
932 error.implementation_error_unexpected_null_from_get_sequence_and_deletions = Implementation Error - unexpected null from getSequenceAndDeletions
933 error.implementation_error_set_seq_null = Implementation Error - _setSeq(null,...)
934 error.implementation_error_s = Implementation Error: _s= {0}
935 error.implementation_error_seqcigar_possible = SeqCigar: Possible implementation error: sequence is longer than dataset sequence
936 error.implmentation_bug_seq_null = Implementation Bug. Null seq
937 error.implementation_bug_cigar_operation_list_range_list = Implementation Bug. Cigar Operation list!= range list
938 error.not_yet_implemented_cigar_object_from_cigar_string = NOT YET Implemented: Constructing a Cigar object from a cigar string and a gapped sequence.
939 error.implementation_bug_cigar_operation = Implementation Bug. Cigar Operation {0} {1} not one of {2}, {3}, or {4}.
940 error.implementation_error_for_new_cigar = Implementation error for new Cigar(SequenceI)
941 error.implementation_error_cigar_seq_no_operations = Implementation error: {0}th sequence Cigar has no operations.
942 error.implementation_error_no_pdbentry_from_index = Implementation error - no corresponding pdbentry (for index {0}) to add sequences mappings to
943 error.jmol_version_not_compatible_with_jalview_version = Jmol version {0} is not compatible with this version of Jalview. Report this problem at issues.jalview.org
944 error.not_implemented_remove = Remove: Not implemented
945 error.not_implemented_clone = Clone: Not implemented
946 error.call_setprogressbar_before_registering_handler = call setProgressBar before registering the progress bar's handler.
947 label.cancelled_params = Cancelled {0}
948 error.implementation_error_cannot_show_view_alignment_frame = Implementation error: cannot show a view from another alignment in an AlignFrame.
949 error.implementation_error_dont_know_about_threshold_setting = Implementation error: don't know about threshold setting for current AnnotationColourGradient.
950 error.eps_generation_not_implemented = EPS Generation not yet implemented
951 error.png_generation_not_implemented = PNG Generation not yet implemented
952 error.try_join_vamsas_session_another = Trying to join a vamsas session when another is already connected
953 error.invalid_vamsas_session_id = Invalid vamsas session id
954 label.groovy_support_failed = Jalview Groovy Support Failed
955 label.couldnt_create_groovy_shell = Couldn't create the groovy Shell. Check the error log for the details of what went wrong.
956 error.unsupported_version_calcIdparam = Unsupported Version for calcIdparam {0}
957 error.implementation_error_cant_reorder_tree = Implementation Error: Can't reorder this tree. Not DefaultMutableTreeNode.
958 error.invalid_value_for_option = Invalid value {0} for option {1}
959 error.implementation_error_cannot_import_vamsas_doc = Implementation Error - cannot import existing vamsas document into an existing session, Yet!
960 label.vamsas_doc_couldnt_be_opened_as_new_session = VAMSAS Document could not be opened as a new session - please choose another
961 error.implementation_error_vamsas_operation_not_init = Impementation error! Vamsas Operations when client not initialised and connected
962 error.jalview_no_connected_vamsas_session = Jalview not connected to Vamsas session
963 error.implementation_error_cannot_recover_vamsas_object_mappings = IMPLEMENTATION ERROR: Cannot recover vamsas object mappings - no backup was made
964 error.setstatus_called_non_existent_job_pane = setStatus called for non-existent job pane {0}
965 error.implementation_error_cannot_find_marshaller_for_param_set =Implementation error: Can't find a marshaller for the parameter set
966 error.implementation_error_old_jalview_object_not_bound =IMPLEMENTATION ERROR: old jalview object is not bound ! ({0})
967 error.implementation_error_vamsas_doc_class_should_bind_to_type = Implementation Error: Vamsas Document Class {0} should bind to a {1} (found a {2})
968 error.invalid_vamsas_rangetype_cannot_resolve_lists = Invalid vamsas RangeType - cannot resolve both lists of Pos and Seg from choice!
969 error.implementation_error_maplist_is_null = Implementation error. MapList is null for initMapType.
970 error.implementation_error_cannot_have_null_alignment = Implementation error: Cannot have null alignment property key
971 error.implementation_error_null_fileparse = Implementation error. Null FileParse in copy constructor
972 error.implementation_error_cannot_map_alignment_sequences = IMPLEMENTATION ERROR: Cannot map an alignment of sequences from different datasets into a single alignment in the vamsas document.
973 error.implementation_error_structure_selection_manager_null = Implementation error. Structure selection manager's context is 'null'
974 exception.ssm_context_is_null = SSM context is null
975 error.idstring_seqstrings_only_one_per_sequence = idstrings and seqstrings contain one string each per sequence
976 error.cannot_have_mixed_length_replacement_vectors = Cannot have mixed length replacement vectors. Replacement vector for {0} is {1} strings long, and have already seen a {2} length vector.
977 error.cannot_have_zero_length_vector_replacement_strings = Cannot have zero length vector of replacement strings - either 1 value or n values.
978 error.implementation_error_multiple_single_sequence_prediction_jobs_not_supported = Implementation Error! Multiple single sequence prediction jobs are not yet supported
979 error.implementation_error_invalid_msa_index_for_job =Implementation Error! Invalid msaIndex for JPredJob on parent MSA input object!
980 error.implementation_error_startjob_called = Implementation error - StartJob(JpredJob) called on {0}
981 error.multiple_jnet_subjob_merge_not_implemented = Multiple JPred subjob merging not yet implemented
982 label.job_never_ran = Job never ran - input returned to user.
983 error.implementation_error_minlen_must_be_greater_zero = Implementation error: minlen must be zero or more
984 error.implementation_error_msawbjob_called = Implementation error - StartJob(MsaWSJob) called on a WSJobInstance {0}
985 error.implementation_error_cannot_attach_ws_menu_entry = IMPLEMENTATION ERROR: cannot attach WS Menu Entry without service handle reference!
986 error.parameter_migration_not_implemented_yet = Parameter migration not implemented yet
987 error.implementation_error_cannot_set_jaba_option = Implementation error: cannot set Jaba Option to a value outside its allowed value range!
988 error.implementation_error_valuetype_doesnt_support_jabaws_type = IMPLEMENTATION ERROR: jalview.ws.params.ValueConstrainI.ValueType does not support the JABAWS type : {0}
989 error.cannot_create_jabaws_param_set = Cannot create a JabaWSParamSet from non-JabaWS parameters
990 error.cannot_set_arguments_to_jabaws_param_set = Cannot set arguments to a JabaWSParamSet that are not JabaWS arguments
991 error.implementation_error_runner_config_not_available = Implementation Error: Runner Config not available for a JABAWS service of type {0} ({1})
992 error.implementation_error_cannot_handle_jaba_param = Implementation Error: Cannot handle Jaba parameter object {0}
993 error.implementation_error_attempt_to_delete_service_preset = Implementation error: Attempt to delete a service preset!
994 error.implementation_error_cannot_locate_oldname_presetname = Implementation error: Can't locate either oldname ({0}) or presetName ({1}in the datastore!"
995 error.implementation_error_jabaws_param_set_only_handled_by = Implementation error: JabaWsParamSets can only be handled by JabaParamStore
996 error.cannot_set_source_file_for = Cannot set source file for {0}
997 error.mismatch_service_instance_preset = Probable mismatch between service instance and preset!
998 error.cannot_set_params_for_ws_preset = Cannot set Parameters for a Jaba Web service's preset
999 error.implementation_error_can_only_instantiate_jaba_param_sets = Implementation error: Can only instantiate Jaba parameter sets
1000 error.no_aacon_service_found = No AACon service found
1001 error.implementation_error_couldnt_copy_value_constraint = Implementation error: could not copy ValueConstrain!
1002 error.couldnt_encode_as_utf8 = Couldn't encode {0} as UTF-8.
1003 error.tree_inputtype_not_yet_implemented = Tree InputType not yet implemented
1004 error.implementation_error_need_to_have_httpresponse = Implementation Error: need to have an HttpResponse to process
1005 error.dbrefsource_implementation_exception =DBRefSource Implementation Exception
1006 error.implementation_error_dbinstance_must_implement_interface = Implmentation Error - getDbInstances must be given a class that implements jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy (was given{0})
1007 error.implementation_error_must_init_dbsources =Implementation error. Must initialise dbSources
1008 label.view_controller_toggled_marked = {0} {1} columns {2} features of type {3}  across {4} sequence(s)
1009 label.toggled = Toggled
1010 label.marked = Marked
1011 label.containing = containing
1012 label.not_containing = not containing
1013 label.no_feature_of_type_found = No features of type {0} found.
1014 label.submission_params = Submission {0}
1015 label.empty_alignment_job = Empty Alignment Job
1016 label.add_new_sbrs_service = Add a new Simple Bioinformatics Rest Service
1017 label.edit_sbrs_entry = Edit Simple Bioinformatics Rest Service entry
1018 label.pca_recalculating = Recalculating PCA
1019 label.pca_calculating = Calculating PCA
1020 label.select_foreground_colour = Choose foreground colour
1021 label.select_colour_for_text = Select Colour for Text
1022 label.adjunst_foreground_text_colour_threshold = Adjust Foreground Text Colour Threshold
1023 label.select_subtree_colour = Select Sub-Tree Colour
1024 label.create_new_sequence_features = Create New Sequence Feature(s)
1025 label.amend_delete_features = Amend/Delete Features for {0}
1026 exception.out_of_bounds_for_file = Out of bounds for file: i={0}, Final Buffer: i0={1} iend={2}
1027 exception.null_string_given_to_regex_search = Null String Given to Regex.search
1028 exception.null_string_like_given_to_regex_search = Null StringLike Given to Regex.search
1029 exception.null_string_given_to_regex_reverse_search = Null String Given to Regex.reverseSearch
1030 exception.null_string_like_given_to_regex_reverse_search = Null StringLike Given to Regex.reverseSearch
1031 exception.null_string_like_given_to_regex_search_from = Null String Given to Regex.searchFrom
1032 exception.null_string_like_given_to_regex_search_region = Null String Given to Regex.searchRegion
1033 exception.replace_null_regex_pointer = Replacer has null Regex pointer
1034 exception.bad_pattern_to_regex_perl_code = bad pattern to Regex.perlCode: {0}
1035 exception.no_stub_implementation_for_interface = There is no stub implementation for the interface: {0}
1036 exception.cannot_set_endpoint_address_unknown_port = Cannot set Endpoint Address for Unknown Port {0}
1037 exception.mismatched_unseen_closing_char = Mismatched (unseen) closing character {0}
1038 exception.mismatched_closing_char = Mismatched closing character {0}
1039 exception.mismatched_opening_char = Mismatched opening character {0} at {1}
1040 exception.invalid_datasource_couldnt_obtain_reader = Invalid datasource. Could not obtain Reader
1041 exception.unterminated_cigar_string = Unterminated cigar string
1042 exception.unexpected_operation_cigar_string_pos = Unexpected operation {0} in cigar string (position {1} in {2}
1043 exception.couldnt_parse_responde_from_annotated3d_server = Couldn't parse response from Annotate3d server
1044 exception.application_test_npe = Application test: throwing an NullPointerException It should arrive at the console
1045 exception.overwriting_vamsas_id_binding = Overwriting vamsas id binding
1046 exception.overwriting_jalview_id_binding = Overwriting jalview id binding
1047 exception.failed_to_resolve_gzip_stream = Failed to resolve GZIP stream
1048 exception.problem_opening_file_also_tried = Problem opening {0} (also tried {1}) : {2}
1049 exception.problem_opening_file = Problem opening {0} : {1}
1050 exception.failed_to_read_data_from_source = Failed to read data from source: {0}
1051 exception.no_init_source_stream = Unitialised Source Stream
1052 exception.invalid_source_stream = Invalid Source Stream: {0}
1053 error.implementation_error_reset_called_for_invalid_source = Implementation Error: Reset called for invalid source.
1054 exception.number_of_residues_in_query_sequence_differ_from_prediction = Number of residues in {0} supposed query sequence ({1}\n{2})\ndiffer from number of prediction sites in prediction ({3})
1055 label.mapped = mapped
1056 exception.jpredconcide_entry_has_unexpected_number_of_columns = JPredConcise: Entry ({0}) has an unexpected number of columns
1057 exception.couldnt_parse_concise_annotation_for_prediction = Couldn't parse concise annotation for prediction profile.\n{0}
1058 exception.newfile = NewickFile\: {0}\n
1059 label.no_tree_read_in = No Tree read in
1060 exception.rnaml_couldnt_access_datasource = Couldn't access datasource ({0})
1061 exception.ranml_couldnt_process_data = Couldn't process data as RNAML file ({0})
1062 exception.ranml_invalid_file = Invalid RNAML file ({0})
1063 exception.ranml_problem_parsing_data = Problem parsing data as RNAML ({0})
1064 exception.pfam_no_sequences_found = No sequences found (PFAM input)
1065 exception.stockholm_invalid_format = This file is not in valid STOCKHOLM format: First line does not contain '# STOCKHOLM'
1066 exception.couldnt_parse_sequence_line = Could not parse sequence line: {0}
1067 exception.unknown_annotation_detected = Unknown annotation detected: {0} {1}
1068 exception.couldnt_store_sequence_mappings = Couldn't store sequence mappings for {0}
1069 exception.matrix_too_many_iteration = Too many iterations in {0} (max is {1})
1070 exception.browser_not_found = Exception in finding browser: {0}
1071 exception.browser_unable_to_locate = Unable to locate browser: {0}
1072 exception.invocation_target_exception_creating_aedesc = InvocationTargetException while creating AEDesc: {0}
1073 exception.illegal_access_building_apple_evt= IllegalAccessException while building AppleEvent: {0}
1074 exception.unable_to_launch_url = Unable to launch URL: {0}
1075 exception.unable_to_create_internet_config = Unable to create an Internet Config instance: {0}
1076 exception.invocation_target_calling_url = InvocationTargetException while calling openURL: {0}
1077 exception.illegal_access_calling_url = IllegalAccessException while calling openURL: {0}
1078 exception.interrupted_launching_browser = InterruptedException while launching browser: {0}
1079 exception.das_source_doesnt_support_sequence_command = Source {0} does not support the sequence command.
1080 exception.invalid_das_source = Invalid das source: {0}
1081 exception.ebiembl_retrieval_failed_on = EBI EMBL XML retrieval failed on {0}:{1}
1082 exception.no_pdb_records_for_chain = No PDB Records for {0} chain {1}
1083 exception.unexpected_handling_rnaml_translation_for_pdb = Unexpected exception when handling RNAML translation of PDB data
1084 exception.couldnt_recover_sequence_properties_for_alignment = Couldn't recover sequence properties for alignment
1085 exception.unknown_format_for_file = Unknown format {0} for file \: \n{1}
1086 label.remove_gaps = Remove Gaps
1087 exception.couldnt_recover_sequence_props_for_jnet_query = Couldn't recover sequence properties for JPred Query sequence!
1088 exception.server_timeout_try_later = Server timed out - try again later\n
1089 exception.web_service_returned_null_try_later= Server at {0} returned null object, it probably cannot be contacted. Try again later.
1090 exception.cannot_contact_service_endpoint_at = Cannot contact service endpoint at {0}
1091 error.implementation_error_cannot_find_service_url_in_given_set = Implementation error: Cannot find service url in the given url set!
1092 error.implementation_error_cannot_find_service_url_in_given_set_param_store = Implementation error: Cannot find service url in the given url set for this service parameter store ({0}}
1093 exception.jobsubmission_invalid_params_set = Invalid parameter set. Check Jalview implementation
1094 exception.notvaliddata_group_contains_less_than_min_seqs = Group contains less than {0} sequences.
1095 exception.outofmemory_loading_pdb_file = Out of memory loading PDB File
1096 exception.eps_coudnt_write_output_file = Could not write to the output file: {0}
1097 exception.eps_method_not_supported = Method not currently supported by EpsGraphics2D version {0}
1098 exception.eps_unable_to_get_inverse_matrix = Unable to get inverse of matrix: {0}
1099 warn.job_cannot_be_cancelled_close_window = This job cannot be cancelled.\nJust close the window.
1100 warn.service_not_supported = Service not supported!
1101 warn.input_is_too_big = Input is too big!
1102 warn.invalid_job_param_set = Invalid job parameter set!
1103 warn.oneseq_msainput_selection = The current selection only contains a single sequence. Do you want to submit all sequences for alignment instead ?   
1104 info.job_couldnt_be_run_server_doesnt_support_program = Job could not be run because the server doesn't support this program.\n{0}
1105 info.job_couldnt_be_run_exceeded_hard_limit = Job could not be run because it exceeded a hard limit on the server.\n{0}
1106 info.job_couldnt_be_run_incorrect_param_setting = Job could not be run because some of the parameter settings are not supported by the server.\n{0}\nPlease check to make sure you have used the correct parameter set for this service\!\n
1107 info.no_jobs_ran = No jobs ran
1108 info.failed_to_submit_prediction = Failed to submit the prediction\:\n{0} {1}
1109 info.invalid_jnet_job_result_data ={0}\n{1}\nInvalid JPred job result data\!\n{2}
1110 info.failed_to_submit_sequences_for_alignment = Failed to submit sequences for alignment.\nIt is most likely that there is a problem with the server.\nJust close the window\n
1111 info.alignment_object_method_notes = \nAlignment Object Method Notes\n
1112 info.server_exception = \n{0} Server exception\!\n{1}
1113 info.invalid_msa_input_mininfo = Need at least two sequences with at least 3 residues each, with no hidden regions between them.  
1114 info.invalid_msa_notenough = Not enough sequence data to align
1115 status.processing_commandline_args = Processing commandline arguments...
1116 status.das_features_being_retrived = DAS features being retrieved...
1117 status.searching_for_sequences_from = Searching for sequences from {0}
1118 status.finished_searching_for_sequences_from = Finished searching for sequences from {0}
1119 label.eps_file = EPS file
1120 label.png_image = PNG image
1121 status.saving_file = Saving {0}
1122 status.export_complete = {0} Export completed.
1123 status.fetching_pdb = Fetching PDB {0}
1124 status.refreshing_news = Refreshing news
1125 status.importing_vamsas_session_from = Importing VAMSAS session from {0}
1126 status.opening_params = Opening {0}
1127 status.waiting_sequence_database_fetchers_init = Waiting for Sequence Database Fetchers to initialise
1128 status.init_sequence_database_fetchers = Initialising Sequence Database Fetchers
1129 status.fetching_sequence_queries_from = Fetching {0} sequence queries from {1}
1130 status.finshed_querying = Finished querying
1131 status.parsing_results = Parsing results.
1132 status.processing = Processing...
1133 status.refreshing_web_service_menus = Refreshing Web Service Menus
1134 status.collecting_job_results = Collecting job results.
1135 status.fetching_das_sequence_features = Fetching DAS Sequence Features
1136 status.no_das_sources_active = No DAS Sources Active
1137 status.das_feature_fetching_cancelled = DAS Feature Fetching Cancelled
1138 status.das_feature_fetching_complete = DAS Feature Fetching Complete
1139 status.fetching_db_refs = Fetching db refs
1140 status.loading_cached_pdb_entries = Loading Cached PDB Entries
1141 status.searching_for_pdb_structures = Searching for PDB Structures
1142 status.opening_file_for = opening file for
1143 status.colouring_chimera = Colouring Chimera
1144 label.font_doesnt_have_letters_defined = Font doesn't have letters defined\nso cannot be used\nwith alignment data
1145 label.font_too_small = Font size is too small
1146 label.error_loading_file_params = Error loading file {0}
1147 label.error_loading_jalview_file = Error loading Jalview file
1148 warn.out_of_memory_when_action = Out of memory when {0}\!\!\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory.
1149 warn.out_of_memory_loading_file = Out of memory loading file {0}\!\!\nSee help files for increasing Java Virtual Machine memory.
1150 label.out_of_memory = Out of memory
1151 label.invalid_id_column_width = Invalid ID Column width
1152 warn.user_defined_width_requirements = The user defined width for the\nannotation and sequence ID columns\nin exported figures must be\nat least 12 pixels wide.
1153 label.couldnt_create_sequence_fetcher = Couldn't create SequenceFetcher
1154 warn.couldnt_create_sequence_fetcher_client = Could not create the sequence fetcher client. Check error logs for details.
1155 warn.server_didnt_pass_validation = Service did not pass validation.\nCheck the Jalview Console for more details.
1156 warn.url_must_contain = Sequence URL must contain $SEQUENCE_ID$, $DB_ACCESSION$, or a regex
1157 warn.urls_not_contacted = URLs that could not be contacted
1158 warn.urls_no_jaba = URLs without any JABA Services
1159 info.validate_jabaws_server = Validate JabaWS Server ?\n(Look in console output for results)
1160 label.test_server = Test Server?
1161 info.you_want_jalview_to_find_uniprot_accessions = Do you want Jalview to find\nUniprot Accession ids for given sequence names?
1162 label.find_uniprot_accession_ids = Find Uniprot Accession Ids
1163 label.new_sequence_fetcher = New Sequence Fetcher
1164 label.additional_sequence_fetcher = Additional Sequence Fetcher
1165 label.select_database_retrieval_source = Select Database Retrieval Source
1166 label.overwrite_existing_file = Overwrite existing file?
1167 label.file_already_exists = File exists
1168 label.edit_jabaws_url = Edit JABAWS URL
1169 label.add_jabaws_url = Add new JABAWS URL
1170 label.news_from_jalview = News from http://www.jalview.org
1171 label.cut_paste_alignmen_file = Cut & Paste Alignment File
1172 label.enter_redundancy_threshold = Enter the redundancy threshold
1173 label.select_dark_light_set_threshold = <html><i>Select a dark and light text colour, then set the threshold to<br>switch between colours, based on background colour</i></html>
1174 label.select_feature_colour = Select Feature Colour
1175 label.delete_all = Delete all sequences
1176 warn.delete_all = <html>Deleting all sequences will close the alignment window.<br>Confirm deletion or Cancel.
1177 label.add_annotations_for = Add annotations for
1178 action.choose_annotations = Choose Annotations...
1179 label.choose_annotations = Choose Annotations
1180 label.find = Find
1181 label.invalid_search = Search string invalid
1182 error.invalid_regex = Invalid regular expression
1183 label.ignore_gaps_consensus = Ignore Gaps In Consensus
1184 label.show_group_histogram = Show Group Histogram
1185 label.show_group_logo = Show Group Logo
1186 label.normalise_group_logo = Normalise Group Logo
1187 label.show_histogram = Show Histogram
1188 label.show_logo = Show Logo
1189 label.normalise_logo = Normalise Logo
1190 label.no_colour_selection_in_scheme = Please make a colour selection before applying colour scheme
1191 label.no_colour_selection_warn = Error saving colour scheme
1192 label.open_split_window? = Would you like to open as a split window, with cDNA and protein linked?
1193 label.open_split_window = Open split window
1194 action.no = No
1195 action.yes = Yes
1196 label.for = for
1197 label.select_by_annotation = Select/Hide Columns by Annotation
1198 action.select_by_annotation = Select/Hide Columns by Annotation...
1199 label.threshold_filter =  Threshold Filter
1200 label.alpha_helix = Alpha Helix
1201 label.beta_strand = Beta Strand
1202 label.turn = Turn
1203 label.select_all = Select All
1204 label.structures_filter = Structures Filter
1205 label.search_filter = Search Filter
1206 label.include_description= Include Description
1207 action.back = Back
1208 label.hide_insertions = Hide Insertions
1209 label.mark_as_representative = Mark as representative
1210 label.open_jabaws_web_page = Open JABAWS web page
1211 label.pdb_sequence_fetcher = PDB Sequence Fetcher
1212 label.result = result
1213 label.results = results
1214 label.structure_chooser = Structure Chooser
1215 label.select = Select : 
1216 label.invert = Invert 
1217 label.select_pdb_file = Select PDB File
1218 info.select_filter_option = Select Filter Option/Manual Entry
1219 info.associate_wit_sequence = Associate with Sequence
1220 label.search_result = Search Result
1221 label.found_structures_summary = Found Structures Summary
1222 label.configure_displayed_columns = Customise Displayed Options
1223 label.start_jalview = Start Jalview
1224 label.biojs_html_export = BioJS
1225 label.scale_as_cdna = Scale protein residues to codons
1226 label.font_as_cdna = Use same font for cDNA and peptide
1227 label.scale_protein_to_cdna = Scale Protein to cDNA
1228 label.scale_protein_to_cdna_tip = Make protein residues same width as codons in split frame views
1229 info.select_annotation_row = Select Annotation Row
1230 info.enter_search_text_here = Enter Search Text Here
1231 info.enter_search_text_to_enable = Enter Search Text to Enable
1232 info.search_in_annotation_label = Search in {0} Label
1233 info.search_in_annotation_description = Search in {0} Description
1234 info.change_threshold_mode_to_enable = Change Threshold Mode to Enable
1235 label.couldnt_read_data = Couldn't read data
1236 label.embbed_biojson = Embed BioJSON to HTML export
1237 action.export_groups = Export Groups
1238 action.export_annotations = Export Annotations
1239 action.export_hidden_columns = Export Hidden Columns
1240 action.export_hidden_sequences = Export Hidden Sequences
1241 action.export_features = Export Features
1242 label.export_settings = Export Settings
1243 label.pdb_web-service_error = PDB Web-service Error
1244 label.structure_chooser_manual_association = Structure Chooser - Manual association
1245 label.structure_chooser_filter_time = Structure Chooser - Filter time ({0})
1246 label.structure_chooser_no_of_structures = Structure Chooser - {0} Found ({1})
1247 info.no_pdb_entry_found_for = No PDB entry found for {0}
1248 exception.unable_to_detect_internet_connection = Jalview is unable to detect an internet connection
1249 exception.fts_rest_service_no_longer_available = {0} rest services no longer available!
1250 exception.resource_not_be_found = The requested resource could not be found
1251 exception.fts_server_error = There seems to be an error from the {0} server
1252 exception.fts_server_unreachable = Jalview is unable to reach the {0} server. \nPlease ensure that you are connected to the internet and try again.
1253 label.nw_mapping = Needleman & Wunsch Alignment
1254 label.sifts_mapping = SIFTs Mapping
1255 label.mapping_method = Sequence \u27f7 Structure mapping method
1256 status.waiting_for_user_to_select_output_file = Waiting for user to select {0} file
1257 status.cancelled_image_export_operation = Cancelled {0} export operation
1258 info.error_creating_file = Error creating {0} file
1259 exception.outofmemory_loading_mmcif_file = Out of memory loading mmCIF File
1260 label.run_groovy = Run Groovy console script
1261 label.run_groovy_tip = Run the script in the Groovy console over this alignment
1262 label.couldnt_run_groovy_script = Failed to run Groovy script
1263 label.uniprot_sequence_fetcher = UniProt Sequence Fetcher
1264 action.next_page= >> 
1265 action.prev_page= << 
1266 label.next_page_tooltip=Next Page
1267 label.prev_page_tooltip=Previous Page
1268 exception.bad_request=Bad request. There is a problem with your input.
1269 exception.service_not_available=Service not available. The server is being updated, try again later.
1270 status.launching_3d_structure_viewer = Launching 3D Structure viewer...
1271 status.fetching_3d_structures_for_selected_entries = Fetching 3D Structures for selected entries...
1272 status.fetching_dbrefs_for_sequences_without_valid_refs = Fetching db refs for {0} sequence(s) without valid db ref required for SIFTS mapping
1273 status.fetching_3d_structures_for = Fetching 3D Structure for {0}
1274 status.obtaining_mapping_with_sifts = Obtaining mapping with SIFTS
1275 status.obtaining_mapping_with_nw_alignment = Obtaining mapping with NW alignment
1276 status.exporting_alignment_as_x_file = Exporting alignment as {0} file
1277 label.column = Column
1278 label.cant_map_cds = Unable to map CDS to protein\nCDS missing or incomplete
1279 label.operation_failed = Operation failed
1280 label.SEQUENCE_ID_no_longer_used = $SEQUENCE_ID$ is no longer used for DB accessions
1281 label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION1 = Please review your URL links in the 'Connections' tab of the Preferences window:
1282 label.SEQUENCE_ID_for_DB_ACCESSION2 = URL links using '$SEQUENCE_ID$' for DB accessions now use '$DB_ACCESSION$'.
1283 label.do_not_display_again = Do not display this message again
1284 exception.url_cannot_have_duplicate_id = {0} cannot be used as a label for more than one line
1285 label.filter = Filter text:
1286 action.customfilter = Custom only
1287 action.showall = Show All
1288 label.insert = Insert:
1289 action.seq_id = $SEQUENCE_ID$
1290 action.db_acc = $DB_ACCESSION$
1291 label.primary = Double Click
1292 label.inmenu = In Menu
1293 label.id = ID
1294 label.database = Database
1295 label.urltooltip = Only one url, which must use a sequence id, can be selected for the 'On Click' option
1296 label.edit_sequence_url_link = Edit sequence URL link
1297 warn.name_cannot_be_duplicate = User-defined URL names must be unique and cannot be MIRIAM ids
1298 label.output_seq_details = Output Sequence Details to list all database references
1299 label.urllinks = Links
1300 label.default_cache_size = Default Cache Size
1301 action.clear_cached_items = Clear Cached Items
1302 label.togglehidden = Show hidden regions
1303 label.quality_descr = Alignment Quality based on Blosum62 scores
1304 label.conservation_descr = Conservation of total alignment less than {0}% gaps
1305 label.consensus_descr = PID
1306 label.complement_consensus_descr = PID for cDNA
1307 label.strucconsensus_descr = PID for base pairs
1308 label.occupancy_descr = Number of aligned positions 
1309 label.show_experimental = Enable experimental features
1310 label.show_experimental_tip = Enable any new and currently 'experimental' features (see Latest Release Notes for details)
1311 label.warning_hidden = Warning: {0} {1} is currently hidden
1312 label.overview_settings = Overview settings
1313 label.ov_legacy_gap = Use legacy gap colouring (gaps are white)
1314 label.gap_colour = Gap colour:
1315 label.ov_show_hide_default = Show hidden regions when opening overview
1316 label.hidden_colour = Hidden colour:
1317 label.select_gap_colour = Select gap colour
1318 label.select_hidden_colour = Select hidden colour
1319 label.overview = Overview
1320 label.reset_to_defaults = Reset to defaults
1321 label.oview_calc = Recalculating overview...
1322 option.enable_disable_autosearch = When ticked, search is performed automatically.
1323 option.autosearch = Autosearch
1324 label.retrieve_ids = Retrieve IDs