src/MCview/AppletPDBViewer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package MCview;
  22
  23 import jalview.appletgui.AlignmentPanel;
  24 import jalview.appletgui.EmbmenuFrame;
  25 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27 import jalview.io.DataSourceType;
  28 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;
  29 import jalview.schemes.HelixColourScheme;
  30 import jalview.schemes.HydrophobicColourScheme;
  31 import jalview.schemes.StrandColourScheme;
  32 import jalview.schemes.TaylorColourScheme;
  33 import jalview.schemes.TurnColourScheme;
  34 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;
  35 import jalview.util.MessageManager;
  36
  37 import java.awt.BorderLayout;
  38 import java.awt.CheckboxGroup;
  39 import java.awt.CheckboxMenuItem;
  40 import java.awt.Frame;
  41 import java.awt.Menu;
  42 import java.awt.MenuBar;
  43 import java.awt.MenuItem;
  44 import java.awt.event.ActionEvent;
  45 import java.awt.event.ActionListener;
  46 import java.awt.event.ItemEvent;
  47 import java.awt.event.ItemListener;
  48
  49 public class AppletPDBViewer extends EmbmenuFrame implements
  50         ActionListener, ItemListener
  51 {
  52   AppletPDBCanvas pdbcanvas;
  53
  54   public AppletPDBViewer(PDBEntry pdbentry, SequenceI[] seq,
  55           String[] chains, AlignmentPanel ap, DataSourceType protocol)
  56   {
  57     try
  58     {
  59       jbInit();
  60     } catch (Exception ex)
  61     {
  62       ex.printStackTrace();
  63     }
  64
  65     pdbcanvas = new AppletPDBCanvas(pdbentry, seq, chains, ap, protocol);
  66
  67     embedMenuIfNeeded(pdbcanvas);
  68     add(pdbcanvas, BorderLayout.CENTER);
  69
  70     StringBuffer title = new StringBuffer(seq[0].getName() + ":"
  71             + pdbcanvas.pdbentry.getFile());
  72
  73     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(this, title.toString(), 400, 400);
  74
  75   }
  76
  77   @Override
  78   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
  79   {
  80     if (evt.getSource() == mapping)
  81     {
  82       jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer cap = new jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer(
  83               false, null);
  84       Frame frame = new Frame();
  85       frame.add(cap);
  86       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,
  87               MessageManager.getString("label.pdb_sequence_mapping"), 500,
  88               600);
  89       cap.setText(pdbcanvas.mappingDetails.toString());
  90
  91     }
  92     else if (evt.getSource() == charge)
  93     {
  94       pdbcanvas.bysequence = false;
  95       pdbcanvas.pdb.setChargeColours();
  96     }
  97
  98     else if (evt.getSource() == chain)
  99     {
 100       pdbcanvas.bysequence = false;
 101       pdbcanvas.pdb.setChainColours();
 102     }
 103     else if (evt.getSource() == seqButton)
 104     {
 105       pdbcanvas.bysequence = true;
 106       pdbcanvas.colourBySequence();
 107
 108     }
 109     else if (evt.getSource() == zappo)
 110     {
 111       pdbcanvas.setColours(new ZappoColourScheme());
 112     }
 113     else if (evt.getSource() == taylor)
 114     {
 115       pdbcanvas.setColours(new TaylorColourScheme());
 116     }
 117     else if (evt.getSource() == hydro)
 118     {
 119       pdbcanvas.setColours(new HydrophobicColourScheme());
 120     }
 121     else if (evt.getSource() == helix)
 122     {
 123       pdbcanvas.setColours(new HelixColourScheme());
 124     }
 125     else if (evt.getSource() == strand)
 126     {
 127       pdbcanvas.setColours(new StrandColourScheme());
 128     }
 129     else if (evt.getSource() == turn)
 130     {
 131       pdbcanvas.setColours(new TurnColourScheme());
 132     }
 133     else if (evt.getSource() == buried)
 134     {
 135       pdbcanvas.setColours(new BuriedColourScheme());
 136     }
 137     else if (evt.getSource() == user)
 138     {
 139       pdbcanvas.bysequence = false;
 140       new jalview.appletgui.UserDefinedColours(pdbcanvas);
 141     }
 142
 143     pdbcanvas.redrawneeded = true;
 144     pdbcanvas.repaint();
 145
 146   }
 147
 148   @Override
 149   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 150   {
 151     if (evt.getSource() == allchains)
 152     {
 153       pdbcanvas.setAllchainsVisible(allchains.getState());
 154     }
 155     else if (evt.getSource() == wire)
 156     {
 157       pdbcanvas.wire = !pdbcanvas.wire;
 158     }
 159     else if (evt.getSource() == depth)
 160     {
 161       pdbcanvas.depthcue = !pdbcanvas.depthcue;
 162     }
 163     else if (evt.getSource() == zbuffer)
 164     {
 165       pdbcanvas.zbuffer = !pdbcanvas.zbuffer;
 166     }
 167     pdbcanvas.redrawneeded = true;
 168     pdbcanvas.repaint();
 169   }
 170
 171   private void jbInit() throws Exception
 172   {
 173     setMenuBar(jMenuBar1);
 174     fileMenu.setLabel(MessageManager.getString("action.file"));
 175     coloursMenu.setLabel(MessageManager.getString("label.colours"));
 176     mapping.setLabel(MessageManager.getString("label.view_mapping"));
 177     mapping.addActionListener(this);
 178     wire.setLabel(MessageManager.getString("label.wireframe"));
 179     wire.addItemListener(this);
 180     depth.setState(true);
 181     depth.setLabel(MessageManager.getString("label.depthcue"));
 182     depth.addItemListener(this);
 183     zbuffer.setState(true);
 184     zbuffer.setLabel(MessageManager.getString("label.z_buffering"));
 185     zbuffer.addItemListener(this);
 186     charge.setLabel(MessageManager.getString("label.charge_cysteine"));
 187     charge.addActionListener(this);
 188     hydro.setLabel(MessageManager.getString("label.hydrophobicity"));
 189     hydro.addActionListener(this);
 190     chain.setLabel(MessageManager.getString("action.by_chain"));
 191     chain.addActionListener(this);
 192     seqButton.setLabel(MessageManager.getString("action.by_sequence"));
 193     seqButton.addActionListener(this);
 194     allchains
 195             .setLabel(MessageManager.getString("label.all_chains_visible"));
 196     allchains.addItemListener(this);
 197     viewMenu.setLabel(MessageManager.getString("action.view"));
 198     zappo.setLabel(MessageManager.getString("label.zappo"));
 199     zappo.addActionListener(this);
 200     taylor.setLabel(MessageManager.getString("label.taylor"));
 201     taylor.addActionListener(this);
 202     helix.setLabel(MessageManager.getString("label.helix_propensity"));
 203     helix.addActionListener(this);
 204     strand.setLabel(MessageManager.getString("label.strand_propensity"));
 205     strand.addActionListener(this);
 206     turn.setLabel(MessageManager.getString("label.turn_propensity"));
 207     turn.addActionListener(this);
 208     buried.setLabel(MessageManager.getString("label.buried_index"));
 209     buried.addActionListener(this);
 210     user.setLabel(MessageManager.getString("action.user_defined"));
 211     user.addActionListener(this);
 212     jMenuBar1.add(fileMenu);
 213     jMenuBar1.add(coloursMenu);
 214     jMenuBar1.add(viewMenu);
 215     fileMenu.add(mapping);
 216     ;
 217
 218     coloursMenu.add(seqButton);
 219     coloursMenu.add(chain);
 220     coloursMenu.add(charge);
 221     coloursMenu.add(zappo);
 222     coloursMenu.add(taylor);
 223     coloursMenu.add(hydro);
 224     coloursMenu.add(helix);
 225     coloursMenu.add(strand);
 226     coloursMenu.add(turn);
 227     coloursMenu.add(buried);
 228     coloursMenu.add(user);
 229     viewMenu.add(wire);
 230     viewMenu.add(depth);
 231     viewMenu.add(zbuffer);
 232     viewMenu.add(allchains);
 233     allchains.setState(true);
 234   }
 235
 236   MenuBar jMenuBar1 = new MenuBar();
 237
 238   Menu fileMenu = new Menu();
 239
 240   Menu coloursMenu = new Menu();
 241
 242   MenuItem mapping = new MenuItem();
 243
 244   CheckboxGroup bg = new CheckboxGroup();
 245
 246   CheckboxMenuItem wire = new CheckboxMenuItem();
 247
 248   CheckboxMenuItem depth = new CheckboxMenuItem();
 249
 250   CheckboxMenuItem zbuffer = new CheckboxMenuItem();
 251
 252   MenuItem charge = new MenuItem();
 253
 254   MenuItem hydro = new MenuItem();
 255
 256   MenuItem chain = new MenuItem();
 257
 258   MenuItem seqButton = new MenuItem();
 259
 260   CheckboxMenuItem allchains = new CheckboxMenuItem();
 261
 262   Menu viewMenu = new Menu();
 263
 264   MenuItem turn = new MenuItem();
 265
 266   MenuItem strand = new MenuItem();
 267
 268   MenuItem helix = new MenuItem();
 269
 270   MenuItem taylor = new MenuItem();
 271
 272   MenuItem zappo = new MenuItem();
 273
 274   MenuItem buried = new MenuItem();
 275
 276   MenuItem user = new MenuItem();
 277
 278   // End StructureListener
 279   // //////////////////////////
 280
 281 }