src/MCview/PDBCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package MCview;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignSeq;
  24 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;
  26 import jalview.gui.AlignmentPanel;
  27 import jalview.gui.FeatureRenderer;
  28 import jalview.gui.SequenceRenderer;
  29 import jalview.io.DataSourceType;
  30 import jalview.io.StructureFile;
  31 import jalview.structure.AtomSpec;
  32 import jalview.structure.StructureListener;
  33 import jalview.structure.StructureMapping;
  34 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  35
  36 import java.awt.Color;
  37 import java.awt.Dimension;
  38 import java.awt.Event;
  39 import java.awt.Font;
  40 import java.awt.Graphics;
  41 import java.awt.Graphics2D;
  42 // JBPNote TODO: This class is quite noisy - needs proper log.info/log.debug
  43 import java.awt.Image;
  44 import java.awt.RenderingHints;
  45 import java.awt.event.KeyAdapter;
  46 import java.awt.event.KeyEvent;
  47 import java.awt.event.MouseEvent;
  48 import java.awt.event.MouseListener;
  49 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  50 import java.io.PrintStream;
  51 import java.util.List;
  52 import java.util.Vector;
  53
  54 import javax.swing.JPanel;
  55 import javax.swing.ToolTipManager;
  56
  57 public class PDBCanvas extends JPanel implements MouseListener,
  58         MouseMotionListener, StructureListener
  59 {
  60   boolean redrawneeded = true;
  61
  62   int omx = 0;
  63
  64   int mx = 0;
  65
  66   int omy = 0;
  67
  68   int my = 0;
  69
  70   public StructureFile pdb;
  71
  72   PDBEntry pdbentry;
  73
  74   int bsize;
  75
  76   Image img;
  77
  78   Graphics ig;
  79
  80   Dimension prefsize;
  81
  82   float[] centre = new float[3];
  83
  84   float[] width = new float[3];
  85
  86   float maxwidth;
  87
  88   float scale;
  89
  90   String inStr;
  91
  92   String inType;
  93
  94   boolean bysequence = true;
  95
  96   boolean depthcue = true;
  97
  98   boolean wire = false;
  99
 100   boolean bymolecule = false;
 101
 102   boolean zbuffer = true;
 103
 104   boolean dragging;
 105
 106   int xstart;
 107
 108   int xend;
 109
 110   int ystart;
 111
 112   int yend;
 113
 114   int xmid;
 115
 116   int ymid;
 117
 118   Font font = new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 10);
 119
 120   jalview.gui.SeqCanvas seqcanvas;
 121
 122   public SequenceI[] sequence;
 123
 124   final StringBuffer mappingDetails = new StringBuffer();
 125
 126   PDBChain mainchain;
 127
 128   Vector<String> highlightRes;
 129
 130   boolean pdbAction = false;
 131
 132   boolean seqColoursReady = false;
 133
 134   jalview.renderer.seqfeatures.FeatureRenderer fr;
 135
 136   Color backgroundColour = Color.black;
 137
 138   AlignmentPanel ap;
 139
 140   StructureSelectionManager ssm;
 141
 142   String errorMessage;
 143
 144   void init(PDBEntry pdbentry, SequenceI[] seq, String[] chains,
 145           AlignmentPanel ap, DataSourceType protocol)
 146   {
 147     this.ap = ap;
 148     this.pdbentry = pdbentry;
 149     this.sequence = seq;
 150
 151     ssm = ap.av.getStructureSelectionManager();
 152
 153     try
 154     {
 155       pdb = ssm.setMapping(seq, chains, pdbentry.getFile(), protocol,
 156               ap.alignFrame);
 157
 158       if (protocol.equals(jalview.io.DataSourceType.PASTE))
 159       {
 160         pdbentry.setFile("INLINE" + pdb.getId());
 161       }
 162
 163     } catch (Exception ex)
 164     {
 165       ex.printStackTrace();
 166       return;
 167     }
 168
 169     if (pdb == null)
 170     {
 171       errorMessage = "Error loading file: " + pdbentry.getId();
 172       return;
 173     }
 174     pdbentry.setId(pdb.getId());
 175
 176     ssm.addStructureViewerListener(this);
 177
 178     colourBySequence();
 179
 180     int max = -10;
 181     int maxchain = -1;
 182     int pdbstart = 0;
 183     int pdbend = 0;
 184     int seqstart = 0;
 185     int seqend = 0;
 186
 187     // JUST DEAL WITH ONE SEQUENCE FOR NOW
 188     SequenceI sequence = seq[0];
 189
 190     for (int i = 0; i < pdb.getChains().size(); i++)
 191     {
 192
 193       mappingDetails
 194               .append("\n\nPDB Sequence is :\nSequence = "
 195                       + pdb.getChains().elementAt(i).sequence
 196                               .getSequenceAsString());
 197       mappingDetails.append("\nNo of residues = "
 198               + pdb.getChains().elementAt(i).residues.size() + "\n\n");
 199
 200       // Now lets compare the sequences to get
 201       // the start and end points.
 202       // Align the sequence to the pdb
 203       AlignSeq as = new AlignSeq(sequence,
 204               pdb.getChains().elementAt(i).sequence, "pep");
 205       as.calcScoreMatrix();
 206       as.traceAlignment();
 207       PrintStream ps = new PrintStream(System.out)
 208       {
 209         @Override
 210         public void print(String x)
 211         {
 212           mappingDetails.append(x);
 213         }
 214
 215         @Override
 216         public void println()
 217         {
 218           mappingDetails.append("\n");
 219         }
 220       };
 221
 222       as.printAlignment(ps);
 223
 224       if (as.maxscore > max)
 225       {
 226         max = as.maxscore;
 227         maxchain = i;
 228
 229         pdbstart = as.seq2start;
 230         pdbend = as.seq2end;
 231         seqstart = as.seq1start + sequence.getStart() - 1;
 232         seqend = as.seq1end + sequence.getEnd() - 1;
 233       }
 234
 235       mappingDetails.append("\nPDB start/end " + pdbstart + " " + pdbend);
 236       mappingDetails.append("\nSEQ start/end " + seqstart + " " + seqend);
 237     }
 238
 239     mainchain = pdb.getChains().elementAt(maxchain);
 240
 241     mainchain.pdbstart = pdbstart;
 242     mainchain.pdbend = pdbend;
 243     mainchain.seqstart = seqstart;
 244     mainchain.seqend = seqend;
 245     mainchain.isVisible = true;
 246
 247     this.pdb = pdb;
 248     this.prefsize = new Dimension(getSize().width, getSize().height);
 249
 250     addMouseMotionListener(this);
 251     addMouseListener(this);
 252
 253     addKeyListener(new KeyAdapter()
 254     {
 255       @Override
 256       public void keyPressed(KeyEvent evt)
 257       {
 258         keyPressed(evt);
 259       }
 260     });
 261
 262     findCentre();
 263     findWidth();
 264
 265     setupBonds();
 266
 267     scale = findScale();
 268
 269     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);
 270     ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);
 271     ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);
 272   }
 273
 274   Vector<Bond> visiblebonds;
 275
 276   void setupBonds()
 277   {
 278     seqColoursReady = false;
 279     // Sort the bonds by z coord
 280     visiblebonds = new Vector<Bond>();
 281
 282     for (PDBChain chain : pdb.getChains())
 283     {
 284       if (chain.isVisible)
 285       {
 286         for (Bond bond : chain.bonds)
 287         {
 288           visiblebonds.addElement(bond);
 289         }
 290       }
 291     }
 292
 293     updateSeqColours();
 294     seqColoursReady = true;
 295     redrawneeded = true;
 296     repaint();
 297   }
 298
 299   public void findWidth()
 300   {
 301     float[] max = new float[3];
 302     float[] min = new float[3];
 303
 304     max[0] = (float) -1e30;
 305     max[1] = (float) -1e30;
 306     max[2] = (float) -1e30;
 307
 308     min[0] = (float) 1e30;
 309     min[1] = (float) 1e30;
 310     min[2] = (float) 1e30;
 311
 312     for (PDBChain chain : pdb.getChains())
 313     {
 314       if (chain.isVisible)
 315       {
 316         for (Bond tmp : chain.bonds)
 317         {
 318           if (tmp.start[0] >= max[0])
 319           {
 320             max[0] = tmp.start[0];
 321           }
 322
 323           if (tmp.start[1] >= max[1])
 324           {
 325             max[1] = tmp.start[1];
 326           }
 327
 328           if (tmp.start[2] >= max[2])
 329           {
 330             max[2] = tmp.start[2];
 331           }
 332
 333           if (tmp.start[0] <= min[0])
 334           {
 335             min[0] = tmp.start[0];
 336           }
 337
 338           if (tmp.start[1] <= min[1])
 339           {
 340             min[1] = tmp.start[1];
 341           }
 342
 343           if (tmp.start[2] <= min[2])
 344           {
 345             min[2] = tmp.start[2];
 346           }
 347
 348           if (tmp.end[0] >= max[0])
 349           {
 350             max[0] = tmp.end[0];
 351           }
 352
 353           if (tmp.end[1] >= max[1])
 354           {
 355             max[1] = tmp.end[1];
 356           }
 357
 358           if (tmp.end[2] >= max[2])
 359           {
 360             max[2] = tmp.end[2];
 361           }
 362
 363           if (tmp.end[0] <= min[0])
 364           {
 365             min[0] = tmp.end[0];
 366           }
 367
 368           if (tmp.end[1] <= min[1])
 369           {
 370             min[1] = tmp.end[1];
 371           }
 372
 373           if (tmp.end[2] <= min[2])
 374           {
 375             min[2] = tmp.end[2];
 376           }
 377         }
 378       }
 379     }
 380     /*
 381      * System.out.println("xmax " + max[0] + " min " + min[0]);
 382      * System.out.println("ymax " + max[1] + " min " + min[1]);
 383      * System.out.println("zmax " + max[2] + " min " + min[2]);
 384      */
 385
 386     width[0] = Math.abs(max[0] - min[0]);
 387     width[1] = Math.abs(max[1] - min[1]);
 388     width[2] = Math.abs(max[2] - min[2]);
 389
 390     maxwidth = width[0];
 391
 392     if (width[1] > width[0])
 393     {
 394       maxwidth = width[1];
 395     }
 396
 397     if (width[2] > width[1])
 398     {
 399       maxwidth = width[2];
 400     }
 401
 402     // System.out.println("Maxwidth = " + maxwidth);
 403   }
 404
 405   public float findScale()
 406   {
 407     int dim;
 408     int width;
 409     int height;
 410
 411     if (getWidth() != 0)
 412     {
 413       width = getWidth();
 414       height = getHeight();
 415     }
 416     else
 417     {
 418       width = prefsize.width;
 419       height = prefsize.height;
 420     }
 421
 422     if (width < height)
 423     {
 424       dim = width;
 425     }
 426     else
 427     {
 428       dim = height;
 429     }
 430
 431     return (float) (dim / (1.5d * maxwidth));
 432   }
 433
 434   public void findCentre()
 435   {
 436     float xtot = 0;
 437     float ytot = 0;
 438     float ztot = 0;
 439
 440     int bsize = 0;
 441
 442     // Find centre coordinate
 443     for (PDBChain chain : pdb.getChains())
 444     {
 445       if (chain.isVisible)
 446       {
 447         bsize += chain.bonds.size();
 448
 449         for (Bond bond : chain.bonds)
 450         {
 451           xtot = xtot + bond.start[0] + bond.end[0];
 452           ytot = ytot + bond.start[1] + bond.end[1];
 453           ztot = ztot + bond.start[2] + bond.end[2];
 454         }
 455       }
 456     }
 457
 458     centre[0] = xtot / (2 * (float) bsize);
 459     centre[1] = ytot / (2 * (float) bsize);
 460     centre[2] = ztot / (2 * (float) bsize);
 461   }
 462
 463   @Override
 464   public void paintComponent(Graphics g)
 465   {
 466     super.paintComponent(g);
 467
 468     if (!seqColoursReady || errorMessage != null)
 469     {
 470       g.setColor(Color.black);
 471       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 14));
 472       g.drawString(errorMessage == null ? "Retrieving PDB data...."
 473               : errorMessage, 20, getHeight() / 2);
 474       return;
 475     }
 476
 477     // Only create the image at the beginning -
 478     // this saves much memory usage
 479     if ((img == null) || (prefsize.width != getWidth())
 480             || (prefsize.height != getHeight()))
 481
 482     {
 483       prefsize.width = getWidth();
 484       prefsize.height = getHeight();
 485
 486       scale = findScale();
 487       img = createImage(prefsize.width, prefsize.height);
 488       ig = img.getGraphics();
 489       Graphics2D ig2 = (Graphics2D) ig;
 490
 491       ig2.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
 492               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
 493
 494       redrawneeded = true;
 495     }
 496
 497     if (redrawneeded)
 498     {
 499       drawAll(ig, prefsize.width, prefsize.height);
 500       redrawneeded = false;
 501     }
 502
 503     g.drawImage(img, 0, 0, this);
 504
 505     pdbAction = false;
 506   }
 507
 508   public void drawAll(Graphics g, int width, int height)
 509   {
 510     g.setColor(backgroundColour);
 511     g.fillRect(0, 0, width, height);
 512     drawScene(g);
 513     drawLabels(g);
 514   }
 515
 516   public void updateSeqColours()
 517   {
 518     if (pdbAction)
 519     {
 520       return;
 521     }
 522
 523     colourBySequence();
 524
 525     redrawneeded = true;
 526     repaint();
 527   }
 528
 529   // This method has been taken out of PDBChain to allow
 530   // Applet and Application specific sequence renderers to be used
 531   void colourBySequence()
 532   {
 533     SequenceRenderer sr = new SequenceRenderer(ap.av);
 534
 535     StructureMapping[] mapping = ssm.getMapping(pdbentry.getFile());
 536
 537     boolean showFeatures = false;
 538     if (ap.av.isShowSequenceFeatures())
 539     {
 540       if (fr == null)
 541       {
 542         fr = new FeatureRenderer(ap);
 543       }
 544
 545       fr.transferSettings(ap.alignFrame.getFeatureRenderer());
 546
 547       showFeatures = true;
 548     }
 549
 550     PDBChain chain;
 551     if (bysequence && pdb != null)
 552     {
 553       for (int ii = 0; ii < pdb.getChains().size(); ii++)
 554       {
 555         chain = pdb.getChains().elementAt(ii);
 556
 557         for (int i = 0; i < chain.bonds.size(); i++)
 558         {
 559           Bond tmp = chain.bonds.elementAt(i);
 560           tmp.startCol = Color.lightGray;
 561           tmp.endCol = Color.lightGray;
 562           if (chain != mainchain)
 563           {
 564             continue;
 565           }
 566
 567           for (int s = 0; s < sequence.length; s++)
 568           {
 569             for (int m = 0; m < mapping.length; m++)
 570             {
 571               if (mapping[m].getSequence() == sequence[s])
 572               {
 573                 int pos = mapping[m].getSeqPos(tmp.at1.resNumber) - 1;
 574                 if (pos > 0)
 575                 {
 576                   pos = sequence[s].findIndex(pos);
 577                   tmp.startCol = sr.getResidueBoxColour(sequence[s], pos);
 578                   if (showFeatures)
 579                   {
 580                     tmp.startCol = fr.findFeatureColour(tmp.startCol,
 581                             sequence[s], pos);
 582                   }
 583                 }
 584                 pos = mapping[m].getSeqPos(tmp.at2.resNumber) - 1;
 585                 if (pos > 0)
 586                 {
 587                   pos = sequence[s].findIndex(pos);
 588                   tmp.endCol = sr.getResidueBoxColour(sequence[s], pos);
 589                   if (showFeatures)
 590                   {
 591                     tmp.endCol = fr.findFeatureColour(tmp.endCol,
 592                             sequence[s], pos);
 593                   }
 594                 }
 595
 596               }
 597             }
 598           }
 599         }
 600       }
 601     }
 602   }
 603
 604   Zsort zsort;
 605
 606   public void drawScene(Graphics g)
 607   {
 608     if (zbuffer)
 609     {
 610       if (zsort == null)
 611       {
 612         zsort = new Zsort();
 613       }
 614
 615       zsort.sort(visiblebonds);
 616     }
 617
 618     Bond tmpBond = null;
 619     for (int i = 0; i < visiblebonds.size(); i++)
 620     {
 621       tmpBond = visiblebonds.elementAt(i);
 622
 623       xstart = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
 624       ystart = (int) (((centre[1] - tmpBond.start[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
 625
 626       xend = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
 627       yend = (int) (((centre[1] - tmpBond.end[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
 628
 629       xmid = (xend + xstart) / 2;
 630       ymid = (yend + ystart) / 2;
 631       if (depthcue && !bymolecule)
 632       {
 633         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 634         {
 635
 636           g.setColor(tmpBond.startCol.darker().darker());
 637           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 638           g.setColor(tmpBond.endCol.darker().darker());
 639           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 640
 641         }
 642         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 643         {
 644           g.setColor(tmpBond.startCol.darker());
 645           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 646
 647           g.setColor(tmpBond.endCol.darker());
 648           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 649         }
 650         else
 651         {
 652           g.setColor(tmpBond.startCol);
 653           drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 654
 655           g.setColor(tmpBond.endCol);
 656           drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 657         }
 658       }
 659       else if (depthcue && bymolecule)
 660       {
 661         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - (maxwidth / 6)))
 662         {
 663           g.setColor(Color.green.darker().darker());
 664           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 665         }
 666         else if (tmpBond.start[2] < (centre[2] + (maxwidth / 6)))
 667         {
 668           g.setColor(Color.green.darker());
 669           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 670         }
 671         else
 672         {
 673           g.setColor(Color.green);
 674           drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 675         }
 676       }
 677       else if (!depthcue && !bymolecule)
 678       {
 679         g.setColor(tmpBond.startCol);
 680         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 681         g.setColor(tmpBond.endCol);
 682         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 683       }
 684       else
 685       {
 686         drawLine(g, xstart, ystart, xend, yend);
 687       }
 688
 689       if (highlightBond1 != null && highlightBond1 == tmpBond)
 690       {
 691         g.setColor(tmpBond.endCol.brighter().brighter().brighter()
 692                 .brighter());
 693         drawLine(g, xmid, ymid, xend, yend);
 694       }
 695
 696       if (highlightBond2 != null && highlightBond2 == tmpBond)
 697       {
 698         g.setColor(tmpBond.startCol.brighter().brighter().brighter()
 699                 .brighter());
 700         drawLine(g, xstart, ystart, xmid, ymid);
 701       }
 702
 703     }
 704
 705   }
 706
 707   public void drawLine(Graphics g, int x1, int y1, int x2, int y2)
 708   {
 709     if (!wire)
 710     {
 711       if (((float) Math.abs(y2 - y1) / (float) Math.abs(x2 - x1)) < 0.5)
 712       {
 713         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 714         g.drawLine(x1 + 1, y1 + 1, x2 + 1, y2 + 1);
 715         g.drawLine(x1, y1 - 1, x2, y2 - 1);
 716       }
 717       else
 718       {
 719         g.setColor(g.getColor().brighter());
 720         g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 721         g.drawLine(x1 + 1, y1, x2 + 1, y2);
 722         g.drawLine(x1 - 1, y1, x2 - 1, y2);
 723       }
 724     }
 725     else
 726     {
 727       g.drawLine(x1, y1, x2, y2);
 728     }
 729   }
 730
 731   public Dimension minimumsize()
 732   {
 733     return prefsize;
 734   }
 735
 736   public Dimension preferredsize()
 737   {
 738     return prefsize;
 739   }
 740
 741   public void keyPressed(KeyEvent evt)
 742   {
 743     if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP)
 744     {
 745       scale = (float) (scale * 1.1);
 746       redrawneeded = true;
 747       repaint();
 748     }
 749     else if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN)
 750     {
 751       scale = (float) (scale * 0.9);
 752       redrawneeded = true;
 753       repaint();
 754     }
 755   }
 756
 757   @Override
 758   public void mousePressed(MouseEvent e)
 759   {
 760     pdbAction = true;
 761     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 762     if (fatom != null)
 763     {
 764       fatom.isSelected = !fatom.isSelected;
 765
 766       redrawneeded = true;
 767       repaint();
 768       if (foundchain != -1)
 769       {
 770         PDBChain chain = pdb.getChains().elementAt(foundchain);
 771         if (chain == mainchain)
 772         {
 773           if (fatom.alignmentMapping != -1)
 774           {
 775             if (highlightRes == null)
 776             {
 777               highlightRes = new Vector<String>();
 778             }
 779
 780             final String atomString = Integer
 781                     .toString(fatom.alignmentMapping);
 782             if (highlightRes.contains(atomString))
 783             {
 784               highlightRes.remove(atomString);
 785             }
 786             else
 787             {
 788               highlightRes.add(atomString);
 789             }
 790           }
 791         }
 792       }
 793
 794     }
 795     mx = e.getX();
 796     my = e.getY();
 797     omx = mx;
 798     omy = my;
 799     dragging = false;
 800   }
 801
 802   @Override
 803   public void mouseMoved(MouseEvent e)
 804   {
 805     pdbAction = true;
 806     if (highlightBond1 != null)
 807     {
 808       highlightBond1.at2.isSelected = false;
 809       highlightBond2.at1.isSelected = false;
 810       highlightBond1 = null;
 811       highlightBond2 = null;
 812     }
 813
 814     Atom fatom = findAtom(e.getX(), e.getY());
 815
 816     PDBChain chain = null;
 817     if (foundchain != -1)
 818     {
 819       chain = pdb.getChains().elementAt(foundchain);
 820       if (chain == mainchain)
 821       {
 822         mouseOverStructure(fatom.resNumber, chain.id);
 823       }
 824     }
 825
 826     if (fatom != null)
 827     {
 828       this.setToolTipText(chain.id + ":" + fatom.resNumber + " "
 829               + fatom.resName);
 830     }
 831     else
 832     {
 833       mouseOverStructure(-1, chain != null ? chain.id : null);
 834       this.setToolTipText(null);
 835     }
 836   }
 837
 838   @Override
 839   public void mouseClicked(MouseEvent e)
 840   {
 841   }
 842
 843   @Override
 844   public void mouseEntered(MouseEvent e)
 845   {
 846   }
 847
 848   @Override
 849   public void mouseExited(MouseEvent e)
 850   {
 851   }
 852
 853   @Override
 854   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 855   {
 856     int x = evt.getX();
 857     int y = evt.getY();
 858     mx = x;
 859     my = y;
 860
 861     MCMatrix objmat = new MCMatrix(3, 3);
 862     objmat.setIdentity();
 863
 864     if ((evt.getModifiers() & Event.META_MASK) != 0)
 865     {
 866       objmat.rotatez(((mx - omx)));
 867     }
 868     else
 869     {
 870       objmat.rotatex(((my - omy)));
 871       objmat.rotatey(((omx - mx)));
 872     }
 873
 874     // Alter the bonds
 875     for (PDBChain chain : pdb.getChains())
 876     {
 877       for (Bond tmpBond : chain.bonds)
 878       {
 879         // Translate the bond so the centre is 0,0,0
 880         tmpBond.translate(-centre[0], -centre[1], -centre[2]);
 881
 882         // Now apply the rotation matrix
 883         tmpBond.start = objmat.vectorMultiply(tmpBond.start);
 884         tmpBond.end = objmat.vectorMultiply(tmpBond.end);
 885
 886         // Now translate back again
 887         tmpBond.translate(centre[0], centre[1], centre[2]);
 888       }
 889     }
 890
 891     objmat = null;
 892
 893     omx = mx;
 894     omy = my;
 895
 896     dragging = true;
 897
 898     redrawneeded = true;
 899
 900     repaint();
 901   }
 902
 903   @Override
 904   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 905   {
 906     dragging = false;
 907     return;
 908   }
 909
 910   void drawLabels(Graphics g)
 911   {
 912
 913     for (PDBChain chain : pdb.getChains())
 914     {
 915       if (chain.isVisible)
 916       {
 917         for (Bond tmpBond : chain.bonds)
 918         {
 919           if (tmpBond.at1.isSelected)
 920           {
 921             labelAtom(g, tmpBond, 1);
 922           }
 923
 924           if (tmpBond.at2.isSelected)
 925           {
 926             labelAtom(g, tmpBond, 2);
 927           }
 928         }
 929       }
 930     }
 931   }
 932
 933   public void labelAtom(Graphics g, Bond b, int n)
 934   {
 935     g.setFont(font);
 936     g.setColor(Color.red);
 937     if (n == 1)
 938     {
 939       int xstart = (int) (((b.start[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
 940       int ystart = (int) (((centre[1] - b.start[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
 941
 942       g.drawString(b.at1.resName + "-" + b.at1.resNumber, xstart, ystart);
 943     }
 944
 945     if (n == 2)
 946     {
 947       int xstart = (int) (((b.end[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
 948       int ystart = (int) (((centre[1] - b.end[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
 949
 950       g.drawString(b.at2.resName + "-" + b.at2.resNumber, xstart, ystart);
 951     }
 952   }
 953
 954   int foundchain = -1;
 955
 956   public Atom findAtom(int x, int y)
 957   {
 958     Atom fatom = null;
 959
 960     foundchain = -1;
 961
 962     for (int ii = 0; ii < pdb.getChains().size(); ii++)
 963     {
 964       PDBChain chain = pdb.getChains().elementAt(ii);
 965       int truex;
 966       Bond tmpBond = null;
 967
 968       if (chain.isVisible)
 969       {
 970         for (Bond bond : chain.bonds)
 971         {
 972           tmpBond = bond;
 973
 974           truex = (int) (((tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
 975
 976           if (Math.abs(truex - x) <= 2)
 977           {
 978             int truey = (int) (((centre[1] - tmpBond.start[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
 979
 980             if (Math.abs(truey - y) <= 2)
 981             {
 982               fatom = tmpBond.at1;
 983               foundchain = ii;
 984               break;
 985             }
 986           }
 987         }
 988
 989         // Still here? Maybe its the last bond
 990
 991         truex = (int) (((tmpBond.end[0] - centre[0]) * scale) + (getWidth() / 2));
 992
 993         if (Math.abs(truex - x) <= 2)
 994         {
 995           int truey = (int) (((tmpBond.end[1] - centre[1]) * scale) + (getHeight() / 2));
 996
 997           if (Math.abs(truey - y) <= 2)
 998           {
 999             fatom = tmpBond.at2;
1000             foundchain = ii;
1001             break;
1002           }
1003         }
1004
1005       }
1006
1007       if (fatom != null) // )&& chain.ds != null)
1008       { // dead code? value of chain is either overwritten or discarded
1009         chain = pdb.getChains().elementAt(foundchain);
1010       }
1011     }
1012
1013     return fatom;
1014   }
1015
1016   Bond highlightBond1, highlightBond2;
1017
1018   public void highlightRes(int ii)
1019   {
1020     if (!seqColoursReady)
1021     {
1022       return;
1023     }
1024
1025     if (highlightRes != null && highlightRes.contains((ii - 1) + ""))
1026     {
1027       return;
1028     }
1029
1030     int index = -1;
1031     Bond tmpBond;
1032     for (index = 0; index < mainchain.bonds.size(); index++)
1033     {
1034       tmpBond = mainchain.bonds.elementAt(index);
1035       if (tmpBond.at1.alignmentMapping == ii - 1)
1036       {
1037         if (highlightBond1 != null)
1038         {
1039           highlightBond1.at2.isSelected = false;
1040         }
1041
1042         if (highlightBond2 != null)
1043         {
1044           highlightBond2.at1.isSelected = false;
1045         }
1046
1047         highlightBond1 = null;
1048         highlightBond2 = null;
1049
1050         if (index > 0)
1051         {
1052           highlightBond1 = mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
1053           highlightBond1.at2.isSelected = true;
1054         }
1055
1056         if (index != mainchain.bonds.size())
1057         {
1058           highlightBond2 = mainchain.bonds.elementAt(index);
1059           highlightBond2.at1.isSelected = true;
1060         }
1061
1062         break;
1063       }
1064     }
1065
1066     redrawneeded = true;
1067     repaint();
1068   }
1069
1070   public void setAllchainsVisible(boolean b)
1071   {
1072     for (int ii = 0; ii < pdb.getChains().size(); ii++)
1073     {
1074       PDBChain chain = pdb.getChains().elementAt(ii);
1075       chain.isVisible = b;
1076     }
1077     mainchain.isVisible = true;
1078     findCentre();
1079     setupBonds();
1080   }
1081
1082   // ////////////////////////////////
1083   // /StructureListener
1084   @Override
1085   public String[] getPdbFile()
1086   {
1087     return new String[] { pdbentry.getFile() };
1088   }
1089
1090   String lastMessage;
1091
1092   public void mouseOverStructure(int pdbResNum, String chain)
1093   {
1094     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(pdbResNum + chain))
1095     {
1096       ssm.mouseOverStructure(pdbResNum, chain, pdbentry.getFile());
1097     }
1098
1099     lastMessage = pdbResNum + chain;
1100   }
1101
1102   StringBuffer resetLastRes = new StringBuffer();
1103
1104   StringBuffer eval = new StringBuffer();
1105
1106   /**
1107    * Highlight the specified atoms in the structure.
1108    *
1109    * @param atoms
1110    */
1111   @Override
1112   public void highlightAtoms(List<AtomSpec> atoms)
1113   {
1114     if (!seqColoursReady)
1115     {
1116       return;
1117     }
1118
1119     for (AtomSpec atom : atoms)
1120     {
1121       int atomIndex = atom.getAtomIndex();
1122       if (highlightRes != null
1123               && highlightRes.contains((atomIndex - 1) + ""))
1124       {
1125         continue;
1126       }
1127
1128       highlightAtom(atomIndex);
1129     }
1130
1131     redrawneeded = true;
1132     repaint();
1133   }
1134
1135   /**
1136    * Highlight the atom at the specified index.
1137    *
1138    * @param atomIndex
1139    */
1140   protected void highlightAtom(int atomIndex)
1141   {
1142     int index = -1;
1143     Bond tmpBond;
1144     for (index = 0; index < mainchain.bonds.size(); index++)
1145     {
1146       tmpBond = mainchain.bonds.elementAt(index);
1147       if (tmpBond.at1.atomIndex == atomIndex)
1148       {
1149         if (highlightBond1 != null)
1150         {
1151           highlightBond1.at2.isSelected = false;
1152         }
1153
1154         if (highlightBond2 != null)
1155         {
1156           highlightBond2.at1.isSelected = false;
1157         }
1158
1159         highlightBond1 = null;
1160         highlightBond2 = null;
1161
1162         if (index > 0)
1163         {
1164           highlightBond1 = mainchain.bonds.elementAt(index - 1);
1165           highlightBond1.at2.isSelected = true;
1166         }
1167
1168         if (index != mainchain.bonds.size())
1169         {
1170           highlightBond2 = mainchain.bonds.elementAt(index);
1171           highlightBond2.at1.isSelected = true;
1172         }
1173
1174         break;
1175       }
1176     }
1177   }
1178
1179   public Color getColour(int atomIndex, int pdbResNum, String chain,
1180           String pdbfile)
1181   {
1182     return Color.white;
1183     // if (!pdbfile.equals(pdbentry.getFile()))
1184     // return null;
1185
1186     // return new Color(viewer.getAtomArgb(atomIndex));
1187   }
1188
1189   @Override
1190   public void updateColours(Object source)
1191   {
1192     colourBySequence();
1193     redrawneeded = true;
1194     repaint();
1195   }
1196
1197   @Override
1198   public void releaseReferences(Object svl)
1199   {
1200     // TODO Auto-generated method stub
1201
1202   }
1203
1204   @Override
1205   public boolean isListeningFor(SequenceI seq)
1206   {
1207     if (sequence != null)
1208     {
1209       for (SequenceI s : sequence)
1210       {
1211         if (s == seq)
1212         {
1213           return true;
1214         }
1215       }
1216     }
1217     return false;
1218   }
1219 }