src/MCview/PDBfile.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package MCview;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  24 import jalview.datamodel.DBRefSource;
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;
  26 import jalview.io.FileParse;
  27 import jalview.io.StructureFile;
  28 import jalview.util.MessageManager;
  29
  30 import java.io.IOException;
  31 import java.util.ArrayList;
  32 import java.util.Hashtable;
  33 import java.util.List;
  34 import java.util.Vector;
  35
  36 public class PDBfile extends StructureFile
  37 {
  38   private static String CALC_ID_PREFIX = "JalviewPDB";
  39
  40   public PDBfile(boolean addAlignmentAnnotations,
  41           boolean predictSecondaryStructure, boolean externalSecStr)
  42   {
  43     super();
  44     addSettings(addAlignmentAnnotations, predictSecondaryStructure,
  45             externalSecStr);
  46   }
  47
  48   public PDBfile(boolean addAlignmentAnnotations, boolean predictSecStr,
  49           boolean externalSecStr, String dataObject, String protocol)
  50           throws IOException
  51   {
  52     super(false, dataObject, protocol);
  53     addSettings(addAlignmentAnnotations, predictSecStr, externalSecStr);
  54     doParse();
  55   }
  56
  57   public PDBfile(boolean addAlignmentAnnotations, boolean predictSecStr,
  58           boolean externalSecStr,
  59           FileParse source) throws IOException
  60   {
  61     super(false, source);
  62     addSettings(addAlignmentAnnotations, predictSecStr, externalSecStr);
  63     doParse();
  64   }
  65
  66   @Override
  67   public String print()
  68   {
  69     return null;
  70   }
  71
  72   @Override
  73   public void parse() throws IOException
  74   {
  75     setDbRefType(DBRefSource.PDB);
  76     // TODO set the filename sensibly - try using data source name.
  77     setId(safeName(getDataName()));
  78
  79     setChains(new Vector<PDBChain>());
  80     List<SequenceI> rna = new ArrayList<SequenceI>();
  81     List<SequenceI> prot = new ArrayList<SequenceI>();
  82     PDBChain tmpchain;
  83     String line = null;
  84     boolean modelFlag = false;
  85     boolean terFlag = false;
  86     String lastID = "";
  87
  88     int indexx = 0;
  89     String atomnam = null;
  90     try
  91     {
  92       while ((line = nextLine()) != null)
  93       {
  94         if (line.indexOf("HEADER") == 0)
  95         {
  96           if (line.length() > 62)
  97           {
  98             String tid;
  99             if (line.length() > 67)
 100             {
 101               tid = line.substring(62, 67).trim();
 102             }
 103             else
 104             {
 105               tid = line.substring(62).trim();
 106             }
 107             if (tid.length() > 0)
 108             {
 109               setId(tid);
 110             }
 111             continue;
 112           }
 113         }
 114         // Were we to do anything with SEQRES - we start it here
 115         if (line.indexOf("SEQRES") == 0)
 116         {
 117         }
 118
 119         if (line.indexOf("MODEL") == 0)
 120         {
 121           modelFlag = true;
 122         }
 123
 124         if (line.indexOf("TER") == 0)
 125         {
 126           terFlag = true;
 127         }
 128
 129         if (modelFlag && line.indexOf("ENDMDL") == 0)
 130         {
 131           break;
 132         }
 133         if (line.indexOf("ATOM") == 0
 134                 || (line.indexOf("HETATM") == 0 && !terFlag))
 135         {
 136           terFlag = false;
 137
 138           // Jalview is only interested in CA bonds????
 139           atomnam = line.substring(12, 15).trim();
 140           if (!atomnam.equals("CA") && !atomnam.equals("P"))
 141           {
 142             continue;
 143           }
 144
 145           Atom tmpatom = new Atom(line);
 146           try
 147           {
 148           tmpchain = findChain(tmpatom.chain);
 149             if (tmpatom.resNumIns.trim().equals(lastID))
 150             {
 151               // phosphorylated protein - seen both CA and P..
 152               continue;
 153             }
 154             tmpchain.atoms.addElement(tmpatom);
 155           } catch (Exception e)
 156           {
 157             tmpchain = new PDBChain(getId(), tmpatom.chain);
 158             getChains().add(tmpchain);
 159             tmpchain.atoms.addElement(tmpatom);
 160           }
 161           lastID = tmpatom.resNumIns.trim();
 162         }
 163         index++;
 164       }
 165
 166       makeResidueList();
 167       makeCaBondList();
 168
 169       if (getId() == null)
 170       {
 171         setId(inFile.getName());
 172       }
 173       for (PDBChain chain : getChains())
 174       {
 175         SequenceI chainseq = postProcessChain(chain);
 176         if (isRNA(chainseq))
 177         {
 178           rna.add(chainseq);
 179         }
 180         else
 181         {
 182           prot.add(chainseq);
 183         }
 184       }
 185       if (predictSecondaryStructure)
 186       {
 187         addSecondaryStructure(rna, prot);
 188       }
 189     } catch (OutOfMemoryError er)
 190     {
 191       System.out.println("OUT OF MEMORY LOADING PDB FILE");
 192       throw new IOException(
 193               MessageManager
 194                       .getString("exception.outofmemory_loading_pdb_file"));
 195     } catch (NumberFormatException ex)
 196     {
 197       if (line != null)
 198       {
 199         System.err.println("Couldn't read number from line:");
 200         System.err.println(line);
 201       }
 202     }
 203     markCalcIds();
 204   }
 205
 206
 207
 208   /**
 209    * Process a parsed chain to construct and return a Sequence, and add it to
 210    * the list of sequences parsed.
 211    *
 212    * @param chain
 213    * @return
 214    */
 215
 216   public static boolean isCalcIdHandled(String calcId)
 217   {
 218     return calcId != null && (CALC_ID_PREFIX.equals(calcId));
 219   }
 220
 221   public static boolean isCalcIdForFile(AlignmentAnnotation alan,
 222           String pdbFile)
 223   {
 224     return alan.getCalcId() != null
 225             && CALC_ID_PREFIX.equals(alan.getCalcId())
 226             && pdbFile.equals(alan.getProperty("PDBID"));
 227   }
 228
 229   public static String relocateCalcId(String calcId,
 230           Hashtable<String, String> alreadyLoadedPDB) throws Exception
 231   {
 232     int s = CALC_ID_PREFIX.length(), end = calcId
 233             .indexOf(CALC_ID_PREFIX, s);
 234     String between = calcId.substring(s, end - 1);
 235     return CALC_ID_PREFIX + alreadyLoadedPDB.get(between) + ":"
 236             + calcId.substring(end);
 237   }
 238
 239   private void markCalcIds()
 240   {
 241     for (SequenceI sq : seqs)
 242     {
 243       if (sq.getAnnotation() != null)
 244       {
 245         for (AlignmentAnnotation aa : sq.getAnnotation())
 246         {
 247           String oldId = aa.getCalcId();
 248           if (oldId == null)
 249           {
 250             oldId = "";
 251           }
 252           aa.setCalcId(CALC_ID_PREFIX);
 253           aa.setProperty("PDBID", getId());
 254           aa.setProperty("oldCalcId", oldId);
 255         }
 256       }
 257     }
 258   }
 259
 260 }