src/MCview/PDBfile.java

   1 package MCview;\r
   2 \r
   3 import jalview.datamodel.*;\r
   4 import java.io.*;\r
   5 import java.net.*;\r
   6 import java.util.*;\r
   7 \r
   8 \r
   9 public class PDBfile extends jalview.io.FileParse {\r
  10 \r
  11   public Vector chains = new Vector();\r
  12 \r
  13   Vector lineArray = new Vector();\r
  14 \r
  15   public PDBfile(String [] lines)\r
  16   {\r
  17     for(int i=0; i<lines.length; i++)\r
  18       lineArray.addElement(lines[i]);\r
  19 \r
  20     noLines = lineArray.size();\r
  21     parse();\r
  22   }\r
  23 \r
  24   public PDBfile(String inFile, String inType) throws IOException {\r
  25 \r
  26     super(inFile,inType);\r
  27 \r
  28     String line;\r
  29     this.lineArray = new Vector();\r
  30     BufferedReader dataIn;\r
  31 \r
  32     if (inType.equals("File"))\r
  33       dataIn =  new BufferedReader(new FileReader( inFile ));\r
  34 \r
  35     else\r
  36     {\r
  37       URL url = new URL(inFile);\r
  38       this.fileSize = 0;\r
  39       dataIn = new BufferedReader(new InputStreamReader(url.openStream()));\r
  40     }\r
  41 \r
  42     while ((line = dataIn.readLine()) != null) {\r
  43       lineArray.addElement(line);\r
  44     }\r
  45     noLines = lineArray.size();\r
  46 \r
  47     parse();\r
  48 \r
  49 }\r
  50 \r
  51 \r
  52   public void parse() {\r
  53 \r
  54     for (int i = 0; i < lineArray.size(); i++) {\r
  55       StringTokenizer str = new StringTokenizer(lineArray.elementAt(i).toString());\r
  56       if (str.hasMoreTokens()) {\r
  57         String inStr = str.nextToken();\r
  58 \r
  59         if (inStr.indexOf("ATOM") != -1) {\r
  60           try {\r
  61             myAtom tmpatom = new myAtom(str);\r
  62             if (findChain(tmpatom.chain) != null) {\r
  63            //   System.out.println("Adding to chain " + tmpatom.chain);\r
  64               findChain(tmpatom.chain).atoms.addElement(tmpatom);\r
  65             } else {\r
  66             //  System.out.println("Making chain " + tmpatom.chain);\r
  67               PDBChain tmpchain = new PDBChain(tmpatom.chain);\r
  68               chains.addElement(tmpchain);\r
  69               tmpchain.atoms.addElement(tmpatom);\r
  70             }\r
  71           } catch(NumberFormatException e) {\r
  72             System.err.println("Caught" +  e);\r
  73             System.err.println("Record not added to PDB model:"+lineArray.elementAt(i).toString());\r
  74           }\r
  75         }\r
  76       }\r
  77     }\r
  78     makeResidueList();\r
  79     makeCaBondList();\r
  80     //    for (int i=0; i < chains.size() ; i++) {\r
  81     //  String pog = ((PDBChain)chains.elementAt(i)).print();\r
  82     //  System.out.println(pog);\r
  83     // }\r
  84   }\r
  85 \r
  86   public void makeResidueList() {\r
  87     for (int i=0; i < chains.size() ; i++) {\r
  88       ((PDBChain)chains.elementAt(i)).makeResidueList();\r
  89     }\r
  90   }\r
  91   public void makeCaBondList() {\r
  92     for (int i=0; i < chains.size() ; i++) {\r
  93       ((PDBChain)chains.elementAt(i)).makeCaBondList();\r
  94     }\r
  95   }\r
  96 \r
  97   public PDBChain findChain(String id) {\r
  98     for (int i=0; i < chains.size(); i++) {\r
  99       // System.out.println("ID = " + id + " " +((PDBChain)chains.elementAt(i)).id);\r
 100       if (((PDBChain)chains.elementAt(i)).id.equals(id)) {\r
 101         return (PDBChain)chains.elementAt(i);\r
 102       }\r
 103     }\r
 104     return null;\r
 105   }\r
 106 \r
 107 \r
 108   public void setChargeColours() {\r
 109     for (int i=0; i < chains.size(); i++) {\r
 110       ((PDBChain)chains.elementAt(i)).setChargeColours();\r
 111     }\r
 112   }\r
 113 \r
 114   public void setHydrophobicityColours() {\r
 115     for (int i=0; i < chains.size(); i++) {\r
 116       ((PDBChain)chains.elementAt(i)).setHydrophobicityColours();\r
 117     }\r
 118   }\r
 119 \r
 120   public void colourBySequence(Sequence seq) {\r
 121 //SMJS TODO\r
 122 //    int max = seq.maxchain;\r
 123 //    if (seq.maxchain != -1) {\r
 124 //      ((PDBChain)chains.elementAt(max)).colourBySequence(seq);\r
 125 //    }\r
 126   }\r
 127 \r
 128   public void setChainColours() {\r
 129     for (int i=0; i < chains.size(); i++) {\r
 130       ((PDBChain)chains.elementAt(i)).setChainColours();\r
 131     }\r
 132   }\r
 133   public static void main(String[] args) {\r
 134     try {\r
 135       PDBfile pdb = new PDBfile("enkp1.pdb","File");\r
 136     } catch(IOException e) {\r
 137       System.out.println(e);\r
 138       e.printStackTrace();\r
 139       System.exit(0);\r
 140     }\r
 141   }\r
 142 }\r
 143 \r
 144 \r
 145 \r