src/MCview/myAtom.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 \r
  20 package MCview;\r
  21 \r
  22 import java.util.*;\r
  23 import java.awt.*;\r
  24 \r
  25 public class myAtom {\r
  26   float x;\r
  27   float y;\r
  28   float z;\r
  29 \r
  30   public int     number;\r
  31   public String  name;\r
  32   public String  resName;\r
  33   public int     resNumber;\r
  34   public int     type;\r
  35   public Color   color;\r
  36   public String  chain;\r
  37   public boolean isSelected = false;\r
  38 \r
  39   public myAtom(StringTokenizer str) {\r
  40 \r
  41     this.number  = (new Integer(str.nextToken())).intValue();\r
  42     this.name    = str.nextToken();\r
  43     this.resName = str.nextToken();\r
  44 \r
  45     String tmpstr = new String();\r
  46 \r
  47     try {\r
  48       tmpstr         = str.nextToken();\r
  49       this.resNumber = (new Integer(tmpstr).intValue());\r
  50       this.chain     = "A";\r
  51       this.color     = Color.lightGray;\r
  52 \r
  53     } catch(NumberFormatException e) {\r
  54       this.chain = tmpstr;\r
  55 \r
  56       if (tmpstr.equals("A")) {\r
  57         this.color = Color.lightGray;\r
  58 \r
  59       } else {\r
  60         this.color = Color.red;\r
  61       }\r
  62 \r
  63       this.resNumber = (new Integer(str.nextToken()).intValue());\r
  64     }\r
  65 \r
  66     this.x = (float)(new Float(str.nextToken()).floatValue());\r
  67     this.y = (float)(new Float(str.nextToken()).floatValue());\r
  68     this.z = (float)(new Float(str.nextToken()).floatValue());\r
  69   }\r
  70 \r
  71   public void setColor(Color col) {\r
  72     this.color = col;\r
  73   }\r
  74 }\r