src/MCview/rotCanvas.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 \r
  20 package MCview;\r
  21 // JBPNote TODO: This class is quite noisy - needs proper log.info/log.debug\r
  22 import java.awt.*;\r
  23 import java.awt.event.*;\r
  24 import java.util.*;\r
  25 import java.io.*;\r
  26 import javax.swing.*;\r
  27 import jalview.analysis.AlignSeq;\r
  28 import jalview.datamodel.*;\r
  29 \r
  30 public class rotCanvas extends JPanel implements KeyListener,\r
  31                                                  MouseListener,\r
  32                                                  MouseMotionListener {\r
  33   MCMatrix  idmat  = new MCMatrix(3,3);\r
  34   MCMatrix  objmat = new MCMatrix(3,3);\r
  35 \r
  36   boolean redrawneeded =true;\r
  37 \r
  38   int omx = 0;\r
  39   int mx = 0;\r
  40   int omy = 0;\r
  41   int my = 0;\r
  42 \r
  43   public PDBfile pdb;\r
  44 \r
  45   int bsize;\r
  46 \r
  47   Image img;\r
  48   Graphics ig;\r
  49 \r
  50   Dimension prefsize;\r
  51 \r
  52   float centre[] = new float[3];\r
  53   float width[]  = new float[3];\r
  54 \r
  55   float maxwidth;\r
  56   float scale;\r
  57 \r
  58   String inStr;\r
  59   String inType;\r
  60 \r
  61   boolean depthcue   = true;\r
  62   boolean wire       = false;\r
  63   boolean bymolecule = false;\r
  64   boolean zbuffer    = true;\r
  65 \r
  66   boolean dragging;\r
  67 \r
  68   int xstart;\r
  69   int xend;\r
  70   int ystart;\r
  71   int yend;\r
  72   int xmid;\r
  73   int ymid;\r
  74 \r
  75   Font font = new Font("Helvetica",Font.PLAIN,10);\r
  76 \r
  77   public rotCanvas(PDBfile pdb, Sequence sequence, jalview.gui.AlignViewport av) throws IOException {\r
  78 \r
  79     int max = -10;\r
  80     int maxchain = -1;\r
  81     int pdbstart=0, pdbend=0,  seqstart =0,  seqend=0;\r
  82 \r
  83 \r
  84     for (int i=0; i < pdb.chains.size(); i++) {\r
  85       // Now lets compare the sequences to get\r
  86       // the start and end points.\r
  87 \r
  88     java.util.StringTokenizer str = new java.util.StringTokenizer(sequence.getSequence(), ".");\r
  89     String newString = "";\r
  90 \r
  91     while (str.hasMoreTokens()) {\r
  92         newString += str.nextToken();\r
  93     }\r
  94       // Align the sequence to the pdb\r
  95       AlignSeq as = new AlignSeq(sequence,((PDBChain)pdb.chains.elementAt(i)).sequence,"pep");\r
  96       as.calcScoreMatrix();\r
  97       as.traceAlignment();\r
  98       as.printAlignment();\r
  99 \r
 100       if (as.maxscore > max) {\r
 101         max = as.maxscore;\r
 102         maxchain = i;\r
 103 \r
 104         pdbstart = as.seq2start;\r
 105         pdbend = as.seq2end;\r
 106         seqstart = as.seq1start  - 1 ;\r
 107         seqend = as.seq1end  -1;\r
 108       }\r
 109 \r
 110       System.out.println("PDB start/end " + pdbstart + " " + pdbend);\r
 111       System.out.println("SEQ start/end " + seqstart + " " + seqend);\r
 112     }\r
 113 \r
 114 \r
 115     ( (PDBChain)pdb.chains.elementAt(maxchain)).pdbstart = pdbstart;\r
 116     ( (PDBChain)pdb.chains.elementAt(maxchain)).pdbend = pdbend;\r
 117     ( (PDBChain)pdb.chains.elementAt(maxchain)).seqstart = seqstart;\r
 118      ( (PDBChain)pdb.chains.elementAt(maxchain)).seqend = seqend;\r
 119      ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain)).isVisible = true;\r
 120      ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(maxchain)).sequence = sequence;\r
 121      ( (PDBChain)pdb.chains.elementAt(maxchain)).colourBySequence(av, sequence);\r
 122 \r
 123 \r
 124 \r
 125     this.pdb      = pdb;\r
 126     this.prefsize = new Dimension( getWidth(), getHeight());\r
 127 \r
 128     //Initialize the matrices to identity\r
 129 \r
 130     for (int i = 0; i < 3; i++) {\r
 131       for (int j = 0; j < 3 ; j++) {\r
 132         if (i != j) {\r
 133           idmat.addElement(i,j,0);\r
 134           objmat.addElement(i,j,0);\r
 135         } else {\r
 136           idmat.addElement(i,j,1);\r
 137           objmat.addElement(i,j,1);\r
 138         }\r
 139       }\r
 140     }\r
 141 \r
 142     addMouseMotionListener(this);\r
 143     addMouseListener(this);\r
 144     addKeyListener(this);\r
 145 \r
 146     addPDBfile();\r
 147     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
 148 \r
 149   }\r
 150 \r
 151   public void addPDBfile() {\r
 152     findCentre();\r
 153     findWidth();\r
 154 \r
 155     scale = findScale();\r
 156 \r
 157     System.out.println("Scale factor = " + scale);\r
 158   }\r
 159 \r
 160   public void deleteBonds() {\r
 161     scale     = 0;\r
 162     maxwidth  = 0;\r
 163 \r
 164     width[0] = 0;\r
 165     width[1] = 0;\r
 166     width[2] = 0;\r
 167 \r
 168     centre[0] = 0;\r
 169     centre[1] = 0;\r
 170     centre[2] = 0;\r
 171 \r
 172     for (int i=0; i < pdb.chains.size(); i++) {\r
 173       ((PDBChain)pdb.chains.elementAt(i)).bonds = null;\r
 174     }\r
 175   }\r
 176 \r
 177   public void findWidth() {\r
 178     float max[] = new float[3];\r
 179     float min[] = new float[3];\r
 180 \r
 181     max[0] = (float)-1e30;\r
 182     max[1] = (float)-1e30;\r
 183     max[2] = (float)-1e30;\r
 184 \r
 185     min[0] = (float)1e30;\r
 186     min[1] = (float)1e30;\r
 187     min[2] = (float)1e30;\r
 188 \r
 189     for (int ii=0; ii < pdb.chains.size(); ii++) {\r
 190       if (((PDBChain)pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible) {\r
 191 \r
 192         Vector bonds = ((PDBChain)pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 193 \r
 194         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 195           Bond tmp = (Bond)bonds.elementAt(i);\r
 196 \r
 197           if (tmp.start[0] >= max[0])\r
 198             max[0] = tmp.start[0];\r
 199           if (tmp.start[1] >= max[1])\r
 200             max[1] = tmp.start[1];\r
 201           if (tmp.start[2] >= max[2])\r
 202             max[2] = tmp.start[2];\r
 203           if (tmp.start[0] <= min[0])\r
 204             min[0] = tmp.start[0];\r
 205           if (tmp.start[1] <= min[1])\r
 206             min[1] = tmp.start[1];\r
 207           if (tmp.start[2] <= min[2])\r
 208             min[2] = tmp.start[2];\r
 209 \r
 210           if (tmp.end[0] >= max[0])\r
 211             max[0] = tmp.end[0];\r
 212           if (tmp.end[1] >= max[1])\r
 213             max[1] = tmp.end[1];\r
 214           if (tmp.end[2] >= max[2])\r
 215             max[2] = tmp.end[2];\r
 216           if (tmp.end[0] <= min[0])\r
 217             min[0] = tmp.end[0];\r
 218           if (tmp.end[1] <= min[1])\r
 219             min[1] = tmp.end[1];\r
 220           if (tmp.end[2] <= min[2])\r
 221             min[2] = tmp.end[2];\r
 222         }\r
 223       }\r
 224     }\r
 225 \r
 226     System.out.println("xmax " + max[0] + " min " + min[0]);\r
 227     System.out.println("ymax " + max[1] + " min " + min[1]);\r
 228     System.out.println("zmax " + max[2] + " min " + min[2]);\r
 229 \r
 230     width[0] = (float)Math.abs(max[0] - min[0]);\r
 231     width[1] = (float)Math.abs(max[1] - min[1]);\r
 232     width[2] = (float)Math.abs(max[2] - min[2]);\r
 233 \r
 234     maxwidth = width[0];\r
 235 \r
 236     if (width[1] > width[0])\r
 237       maxwidth = width[1];\r
 238     if (width[2] > width[1])\r
 239       maxwidth = width[2];\r
 240 \r
 241     System.out.println("Maxwidth = " + maxwidth);\r
 242   }\r
 243 \r
 244   public float findScale() {\r
 245     int dim, width, height;\r
 246 \r
 247     if ( getWidth() != 0) {\r
 248       width  = getWidth();\r
 249       height = getHeight();\r
 250 \r
 251     } else {\r
 252       width  = prefsize.width;\r
 253       height = prefsize.height;\r
 254     }\r
 255 \r
 256     if (width < height) {\r
 257       dim = width;\r
 258     } else {\r
 259       dim = height;\r
 260     }\r
 261 \r
 262     return (float)(dim/(1.5d*maxwidth));\r
 263   }\r
 264 \r
 265 \r
 266 \r
 267   public void findCentre() {\r
 268     float xtot = 0;\r
 269     float ytot = 0;\r
 270     float ztot = 0;\r
 271 \r
 272     int bsize  = 0;\r
 273     //Find centre coordinate\r
 274 \r
 275     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size() ; ii++) {\r
 276       if (((PDBChain)pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible) {\r
 277 \r
 278         Vector bonds = ((PDBChain)pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 279 \r
 280         bsize += bonds.size();\r
 281 \r
 282         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 283 \r
 284           xtot = xtot + ((Bond)bonds.elementAt(i)).start[0] +\r
 285                  ((Bond)bonds.elementAt(i)).end[0];\r
 286 \r
 287           ytot = ytot + ((Bond)bonds.elementAt(i)).start[1] +\r
 288                  ((Bond)bonds.elementAt(i)).end[1];\r
 289 \r
 290           ztot = ztot + ((Bond)bonds.elementAt(i)).start[2] +\r
 291                  ((Bond)bonds.elementAt(i)).end[2];\r
 292         }\r
 293       }\r
 294     }\r
 295 \r
 296     centre[0] = xtot / (2 * (float)bsize);\r
 297     centre[1] = ytot / (2 * (float)bsize);\r
 298     centre[2] = ztot / (2 * (float)bsize);\r
 299   }\r
 300 \r
 301   public void paint(Graphics g) {\r
 302     //Only create the image at the beginning -\r
 303     //this saves much memory usage\r
 304     if ((img == null) || (prefsize.width != getWidth()) || (prefsize.height != getHeight())) {\r
 305       prefsize.width  = getWidth();\r
 306       prefsize.height = getHeight();\r
 307 \r
 308       scale = findScale();\r
 309       img   = createImage(prefsize.width,prefsize.height);\r
 310       ig    = img.getGraphics();\r
 311 \r
 312       redrawneeded = true;\r
 313     }\r
 314 \r
 315     if (redrawneeded == true) {\r
 316       drawBackground(ig,Color.black);\r
 317       drawScene(ig);\r
 318       redrawneeded = false;\r
 319     } else {\r
 320       ig = img.getGraphics();\r
 321     }\r
 322 \r
 323     g.drawImage(img,0,0,this);\r
 324   }\r
 325 \r
 326   public void drawBackground(Graphics g, Color col) {\r
 327     g.setColor(col);\r
 328     g.fillRect(0,0,prefsize.width,prefsize.height);\r
 329   }\r
 330 \r
 331 \r
 332   public void drawScene(Graphics g) {\r
 333     // Sort the bonds by z coord\r
 334 \r
 335     Vector bonds = new Vector();\r
 336 \r
 337 \r
 338     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size() ; ii++) {\r
 339       if (((PDBChain)pdb.chains.elementAt(ii)).isVisible) {\r
 340 \r
 341         Vector tmp = ((PDBChain)pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 342 \r
 343         for (int i=0; i < tmp.size(); i++) {\r
 344           bonds.addElement(tmp.elementAt(i));\r
 345         }\r
 346       }\r
 347     }\r
 348 \r
 349     if (zbuffer) {\r
 350       Zsort.Zsort(bonds);\r
 351     }\r
 352 \r
 353     for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 354       Bond tmpBond = (Bond)bonds.elementAt(i);\r
 355 \r
 356       xstart = (int)((tmpBond.start[0] - centre[0])*scale + getWidth()/2);\r
 357       ystart = (int)((tmpBond.start[1] - centre[1])*scale + getHeight()/2);\r
 358 \r
 359       xend = (int)((tmpBond.end[0] - centre[0])*scale + getWidth()/2);\r
 360       yend = (int)((tmpBond.end[1] - centre[1])*scale + getHeight()/2);\r
 361 \r
 362       xmid = (xend+xstart)/2;\r
 363       ymid = (yend+ystart)/2;\r
 364 \r
 365 \r
 366       if (depthcue && !bymolecule) {\r
 367 \r
 368         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - maxwidth/6))  {\r
 369           g.setColor(tmpBond.startCol.darker().darker());\r
 370           drawLine(g,xstart,ystart,xmid,ymid);\r
 371 \r
 372           g.setColor(tmpBond.endCol.darker().darker());\r
 373           drawLine(g,xmid,ymid,xend,yend);\r
 374         } else if (tmpBond.start[2] < (centre[2]+maxwidth/6)) {\r
 375           g.setColor(tmpBond.startCol.darker());\r
 376           drawLine(g,xstart,ystart,xmid,ymid);\r
 377 \r
 378           g.setColor(tmpBond.endCol.darker());\r
 379           drawLine(g,xmid,ymid,xend,yend);\r
 380         } else {\r
 381           g.setColor(tmpBond.startCol);\r
 382           drawLine(g,xstart,ystart,xmid,ymid);\r
 383 \r
 384           g.setColor(tmpBond.endCol);\r
 385           drawLine(g,xmid,ymid,xend,yend);\r
 386         }\r
 387       } else if (depthcue && bymolecule) {\r
 388         if (tmpBond.start[2] < (centre[2] - maxwidth/6))  {\r
 389           g.setColor(Color.green.darker().darker());\r
 390           drawLine(g,xstart,ystart,xend,yend);\r
 391 \r
 392         } else if (tmpBond.start[2] < (centre[2]+maxwidth/6)) {\r
 393           g.setColor(Color.green.darker());\r
 394           drawLine(g,xstart,ystart,xend,yend);\r
 395 \r
 396         } else {\r
 397           g.setColor(Color.green);\r
 398           drawLine(g,xstart,ystart,xend,yend);\r
 399 \r
 400         }\r
 401       } else if (!depthcue && !bymolecule) {\r
 402         g.setColor(tmpBond.startCol);\r
 403         drawLine(g,xstart,ystart,xmid,ymid);\r
 404         g.setColor(tmpBond.endCol);\r
 405         drawLine(g,xmid,ymid,xend,yend);\r
 406 \r
 407       } else {\r
 408         drawLine(g,xstart,ystart,xend,yend);\r
 409       }\r
 410     }\r
 411   }\r
 412 \r
 413   public void drawLine(Graphics g, int x1, int y1, int x2, int y2) {\r
 414     if (!wire) {\r
 415 \r
 416       if (((float)Math.abs(y2-y1)/(float)Math.abs(x2-x1)) < 0.5) {\r
 417 \r
 418         g.drawLine(x1,y1,x2,y2);\r
 419         g.drawLine(x1+1,y1+1,x2+1,y2+1);\r
 420         g.drawLine(x1,y1-1,x2,y2-1);\r
 421       } else {\r
 422         g.setColor(g.getColor().brighter());\r
 423         g.drawLine(x1,y1,x2,y2);\r
 424         g.drawLine(x1+1,y1,x2+1,y2);\r
 425         g.drawLine(x1-1,y1,x2-1,y2);\r
 426 \r
 427       }\r
 428     } else {\r
 429       g.drawLine(x1,y1,x2,y2);\r
 430     }\r
 431   }\r
 432 \r
 433   public Dimension minimumsize() {\r
 434     return prefsize;\r
 435   }\r
 436   public Dimension preferredsize() {\r
 437     return prefsize;\r
 438   }\r
 439 \r
 440   public void keyTyped(KeyEvent evt) { }\r
 441   public void keyReleased(KeyEvent evt) { }\r
 442   public void keyPressed(KeyEvent evt) {\r
 443     int key = evt.getKeyChar();\r
 444 \r
 445     if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP) {\r
 446       scale        = (float)(scale * 1.1);\r
 447       redrawneeded = true;\r
 448       repaint();\r
 449 \r
 450     } else if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN) {\r
 451       scale        = (float)(scale * 0.9);\r
 452       redrawneeded = true;\r
 453       repaint();\r
 454 \r
 455     } else if (key == 'w') {\r
 456 \r
 457       wire = !wire;\r
 458       System.out.println("wireframe " + wire);\r
 459       redrawneeded = true;\r
 460       repaint();\r
 461 \r
 462     } else if (key == 'd') {\r
 463       depthcue = !depthcue;\r
 464       System.out.println("Depth cueing is " + depthcue);\r
 465       redrawneeded = true;\r
 466       repaint();\r
 467 \r
 468     } else if (key == 'm') {\r
 469       bymolecule = !bymolecule;\r
 470       System.out.println("Bymolecule is " + bymolecule);\r
 471       redrawneeded = true;\r
 472       repaint();\r
 473 \r
 474     } else if (key == 'z') {\r
 475       zbuffer = !zbuffer;\r
 476       System.out.println("Z buffering is " + zbuffer);\r
 477       redrawneeded = true;\r
 478       repaint();\r
 479 \r
 480     } else if (key == 'c') {\r
 481       bymolecule = false;\r
 482       pdb.setChainColours();\r
 483       System.out.println("Colouring by chain");\r
 484       redrawneeded = true;\r
 485       repaint();\r
 486 \r
 487     } else if (key == 'h') {\r
 488       bymolecule = false;\r
 489       pdb.setHydrophobicityColours();\r
 490       System.out.println("Colouring by hydrophobicity");\r
 491       redrawneeded = true;\r
 492       repaint();\r
 493 \r
 494     } else if (key == 'q') {\r
 495       bymolecule = false;\r
 496       pdb.setChargeColours();\r
 497       System.out.println("Colouring charges and cysteines");\r
 498       redrawneeded = true;\r
 499       repaint();\r
 500 \r
 501     }\r
 502     return;\r
 503   }\r
 504 \r
 505   public void mousePressed(MouseEvent e)\r
 506   {\r
 507 \r
 508       mx = e.getX();\r
 509       my = e.getY();\r
 510       omx = mx;\r
 511       omy = my;\r
 512       dragging = false;\r
 513 }\r
 514 \r
 515   public void mouseMoved(MouseEvent e)\r
 516   {\r
 517     myAtom fatom = null;\r
 518     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size(); ii++)\r
 519     {\r
 520 \r
 521       PDBChain chain = (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii);\r
 522       if (chain.isVisible)\r
 523       {\r
 524         Vector bonds = ( (PDBChain) pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 525         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++)\r
 526         {\r
 527           Bond tmpBond = (Bond) bonds.elementAt(i);\r
 528           int truex = (int) ( (tmpBond.start[0] - centre[0]) * scale +\r
 529                              getWidth() / 2);\r
 530           if (Math.abs(truex - e.getX()) <= 2)\r
 531           {\r
 532             int truey = (int) ( (tmpBond.start[1] - centre[1]) * scale +\r
 533                                getHeight() / 2);\r
 534             if (Math.abs(truey - e.getY()) <= 2)\r
 535               fatom = tmpBond.at1;\r
 536           }\r
 537         }\r
 538       }\r
 539     }\r
 540     if(fatom!=null)\r
 541      {\r
 542        this.setToolTipText(fatom.resName);\r
 543      }\r
 544      else\r
 545         this.setToolTipText(null);\r
 546   }\r
 547 \r
 548   public void mouseClicked(MouseEvent e) { }\r
 549   public void mouseEntered(MouseEvent e) { }\r
 550   public void mouseExited(MouseEvent e) { }\r
 551 \r
 552   public void mouseDragged(MouseEvent evt) {\r
 553     int x = evt.getX();\r
 554     int y = evt.getY();\r
 555     mx = x;\r
 556     my = y;\r
 557 \r
 558     MCMatrix objmat = new MCMatrix(3,3);\r
 559     objmat.setIdentity();\r
 560 \r
 561     if ((evt.getModifiers()  & Event.META_MASK) != 0) {\r
 562       objmat.rotatez((float)((mx-omx)));\r
 563     } else {\r
 564       objmat.rotatex((float)((my-omy)));\r
 565       objmat.rotatey((float)((omx-mx)));\r
 566     }\r
 567 \r
 568     //Alter the bonds\r
 569     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size() ; ii++) {\r
 570       Vector bonds = ((PDBChain)pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 571 \r
 572       for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 573 \r
 574         Bond tmpBond = (Bond)bonds.elementAt(i);\r
 575 \r
 576         //Translate the bond so the centre is 0,0,0\r
 577         tmpBond.translate(-centre[0],-centre[1],-centre[2]);\r
 578 \r
 579         //Now apply the rotation matrix\r
 580         tmpBond.start = objmat.vectorMultiply(tmpBond.start);\r
 581         tmpBond.end   = objmat.vectorMultiply(tmpBond.end);\r
 582 \r
 583         //Now translate back again\r
 584         tmpBond.translate(centre[0],centre[1],centre[2]);\r
 585       }\r
 586     }\r
 587 \r
 588     objmat = null;\r
 589 \r
 590     omx    = mx;\r
 591     omy    = my;\r
 592 \r
 593     redrawneeded = true;\r
 594 \r
 595     paint(this.getGraphics());\r
 596 \r
 597     dragging = true;\r
 598     return;\r
 599   }\r
 600 \r
 601   public void mouseReleased(MouseEvent evt) {\r
 602     int x = evt.getX();\r
 603     int y = evt.getY();\r
 604 \r
 605     if (!dragging) {\r
 606       myAtom tmp = findAtom(x,y);\r
 607     }\r
 608     drawLabels();\r
 609     return;\r
 610   }\r
 611 \r
 612   public void drawLabels() {\r
 613     redrawneeded = true;\r
 614     paint(this.getGraphics());\r
 615 \r
 616     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size() ; ii++) {\r
 617 \r
 618       PDBChain chain = (PDBChain)pdb.chains.elementAt(ii);\r
 619 \r
 620       if (chain.isVisible) {\r
 621 \r
 622         Vector bonds = ((PDBChain)pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 623 \r
 624         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 625           Bond tmpBond = (Bond)bonds.elementAt(i);\r
 626 \r
 627           if (tmpBond.at1.isSelected) {\r
 628             labelAtom(img.getGraphics(),tmpBond,1);\r
 629           }\r
 630 \r
 631           if (tmpBond.at2.isSelected) {\r
 632             labelAtom(img.getGraphics(),tmpBond,2);\r
 633           }\r
 634 \r
 635         }\r
 636       }\r
 637     }\r
 638 \r
 639     this.getGraphics().drawImage(img,0,0,this);\r
 640 \r
 641     dragging = false;\r
 642 \r
 643   }\r
 644 \r
 645   public void labelAtom(Graphics g,Bond b, int n) {\r
 646 \r
 647     g.setFont(font);\r
 648 \r
 649     if (n ==1) {\r
 650 \r
 651       int xstart = (int)((b.start[0] - centre[0])*scale + getWidth()/2);\r
 652       int ystart = (int)((b.start[1] - centre[1])*scale + getHeight()/2);\r
 653 \r
 654       g.setColor(Color.red);\r
 655       g.drawString(b.at1.resName + "-" + b.at1.resNumber,xstart,ystart);\r
 656     }\r
 657 \r
 658     if (n ==2) {\r
 659 \r
 660       int xstart = (int)((b.end[0] - centre[0])*scale + getWidth()/2);\r
 661       int ystart = (int)((b.end[1] - centre[1])*scale + getHeight()/2);\r
 662 \r
 663       g.setColor(Color.red);\r
 664       g.drawString(b.at2.resName + "-" + b.at2.resNumber,xstart,ystart);\r
 665     }\r
 666   }\r
 667 \r
 668 \r
 669   public myAtom findAtom(int x, int y) {\r
 670     myAtom fatom = null;\r
 671 \r
 672     int foundchain = -1;\r
 673 \r
 674     for (int ii = 0; ii < pdb.chains.size() ; ii++) {\r
 675 \r
 676       PDBChain chain = (PDBChain)pdb.chains.elementAt(ii);\r
 677 \r
 678       if (chain.isVisible) {\r
 679 \r
 680         Vector bonds = ((PDBChain)pdb.chains.elementAt(ii)).bonds;\r
 681 \r
 682         for (int i = 0; i < bonds.size(); i++) {\r
 683           Bond tmpBond = (Bond)bonds.elementAt(i);\r
 684 \r
 685           int truex = (int)((tmpBond.start[0] - centre[0])*scale + getWidth()/2);\r
 686 \r
 687           if (Math.abs(truex - x) <= 2) {\r
 688 \r
 689             int truey = (int)((tmpBond.start[1] - centre[1])*scale + getHeight()/2);\r
 690 \r
 691             if (Math.abs(truey - y) <= 2) {\r
 692 \r
 693               System.out.println("Found match");\r
 694               System.out.println(x + " " + y);\r
 695               System.out.println(truex + " " + truey);\r
 696               System.out.println(tmpBond.start[0] + " " + tmpBond.start[1]);\r
 697               System.out.println("Atom 1 = " + tmpBond.at1.resName + " " +\r
 698                                  tmpBond.at1.resNumber + " " + tmpBond.at1.chain);\r
 699               fatom = tmpBond.at1;\r
 700               fatom.isSelected = !fatom.isSelected;\r
 701               foundchain = ii;\r
 702             }\r
 703           }\r
 704         }\r
 705       }\r
 706 \r
 707       if (fatom != null) //)&& chain.ds != null)\r
 708       {\r
 709         chain = (PDBChain)pdb.chains.elementAt(foundchain);\r
 710         // SMJS TODO\r
 711         // int tmp = chain.ds.seqstart + fatom.resNumber - chain.offset;\r
 712         // int pos = chain.ds.findIndex(tmp);\r
 713         // System.out.println("Found seq " + chain.ds.name + " "  + tmp + " " + pos);\r
 714       }\r
 715 \r
 716     }\r
 717     return fatom;\r
 718   }\r
 719 \r
 720   public void update(Graphics g) {\r
 721     paint(g);\r
 722   }\r
 723 \r
 724 }\r