src/jalview/analysis/AlignmentSorter.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.analysis;
  22
  23 import jalview.analysis.scoremodels.PIDModel;
  24 import jalview.analysis.scoremodels.SimilarityParams;
  25 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.datamodel.AlignmentOrder;
  28 import jalview.datamodel.BinaryNode;
  29 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  30 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  31 import jalview.datamodel.SequenceI;
  32 import jalview.datamodel.SequenceNode;
  33 import jalview.util.QuickSort;
  34
  35 import java.util.ArrayList;
  36 import java.util.Collections;
  37 import java.util.Iterator;
  38 import java.util.List;
  39
  40 /**
  41  * Routines for manipulating the order of a multiple sequence alignment TODO:
  42  * this class retains some global states concerning sort-order which should be
  43  * made attributes for the caller's alignment visualization. TODO: refactor to
  44  * allow a subset of selected sequences to be sorted within the context of a
  45  * whole alignment. Sort method template is: SequenceI[] tobesorted, [ input
  46  * data mapping to each tobesorted element to use ], Alignment context of
  47  * tobesorted that are to be re-ordered, boolean sortinplace, [special data - ie
  48  * seuqence to be sorted w.r.t.]) sortinplace implies that the sorted vector
  49  * resulting from applying the operation to tobesorted should be mapped back to
  50  * the original positions in alignment. Otherwise, normal behaviour is to re
  51  * order alignment so that tobesorted is sorted and grouped together starting
  52  * from the first tobesorted position in the alignment. e.g. (a,tb2,b,tb1,c,tb3
  53  * becomes a,tb1,tb2,tb3,b,c)
  54  */
  55 public class AlignmentSorter
  56 {
  57   /*
  58    * todo: refactor searches to follow a basic pattern: (search property, last
  59    * search state, current sort direction)
  60    */
  61   static boolean sortIdAscending = true;
  62
  63   static int lastGroupHash = 0;
  64
  65   static boolean sortGroupAscending = true;
  66
  67   static AlignmentOrder lastOrder = null;
  68
  69   static boolean sortOrderAscending = true;
  70
  71   static TreeModel lastTree = null;
  72
  73   static boolean sortTreeAscending = true;
  74
  75   /*
  76    * last Annotation Label used for sort by Annotation score
  77    */
  78   private static String lastSortByAnnotation;
  79
  80   /*
  81    * string hash of last arguments to sortByFeature
  82    * (sort order toggles if this is unchanged between sorts)
  83    */
  84   private static String sortByFeatureCriteria;
  85
  86   private static boolean sortByFeatureAscending = true;
  87
  88   private static boolean sortLengthAscending;
  89
  90   /**
  91    * Sorts sequences in the alignment by Percentage Identity with the given
  92    * reference sequence, sorting the highest identity to the top
  93    *
  94    * @param align
  95    *          AlignmentI
  96    * @param s
  97    *          SequenceI
  98    * @param end
  99    */
 100   public static void sortByPID(AlignmentI align, SequenceI s)
 101   {
 102     int nSeq = align.getHeight();
 103
 104     float[] scores = new float[nSeq];
 105     SequenceI[] seqs = new SequenceI[nSeq];
 106     String refSeq = s.getSequenceAsString();
 107
 108     SimilarityParams pidParams = new SimilarityParams(true, true, true,
 109             true);
 110     for (int i = 0; i < nSeq; i++)
 111     {
 112       scores[i] = (float) PIDModel.computePID(
 113               align.getSequenceAt(i).getSequenceAsString(), refSeq,
 114               pidParams);
 115       seqs[i] = align.getSequenceAt(i);
 116     }
 117
 118     QuickSort.sort(scores, seqs);
 119
 120     setReverseOrder(align, seqs);
 121   }
 122
 123   /**
 124    * Reverse the order of the sort
 125    *
 126    * @param align
 127    *          DOCUMENT ME!
 128    * @param seqs
 129    *          DOCUMENT ME!
 130    */
 131   private static void setReverseOrder(AlignmentI align, SequenceI[] seqs)
 132   {
 133     int nSeq = seqs.length;
 134
 135     int len = 0;
 136
 137     if ((nSeq % 2) == 0)
 138     {
 139       len = nSeq / 2;
 140     }
 141     else
 142     {
 143       len = (nSeq + 1) / 2;
 144     }
 145
 146     // NOTE: DO NOT USE align.setSequenceAt() here - it will NOT work
 147     List<SequenceI> asq = align.getSequences();
 148     synchronized (asq)
 149     {
 150       for (int i = 0; i < len; i++)
 151       {
 152         // SequenceI tmp = seqs[i];
 153         asq.set(i, seqs[nSeq - i - 1]);
 154         asq.set(nSeq - i - 1, seqs[i]);
 155       }
 156     }
 157   }
 158
 159   /**
 160    * Sets the Alignment object with the given sequences
 161    *
 162    * @param align
 163    *          Alignment object to be updated
 164    * @param tmp
 165    *          sequences as a vector
 166    */
 167   private static void setOrder(AlignmentI align, List<SequenceI> tmp)
 168   {
 169     setOrder(align, vectorSubsetToArray(tmp, align.getSequences()));
 170   }
 171
 172   /**
 173    * Sets the Alignment object with the given sequences
 174    *
 175    * @param align
 176    *          DOCUMENT ME!
 177    * @param seqs
 178    *          sequences as an array
 179    */
 180   public static void setOrder(AlignmentI align, SequenceI[] seqs)
 181   {
 182     // NOTE: DO NOT USE align.setSequenceAt() here - it will NOT work
 183     List<SequenceI> algn = align.getSequences();
 184     synchronized (algn)
 185     {
 186       List<SequenceI> tmp = new ArrayList<>();
 187
 188       for (int i = 0; i < seqs.length; i++)
 189       {
 190         if (algn.contains(seqs[i]))
 191         {
 192           tmp.add(seqs[i]);
 193         }
 194       }
 195
 196       algn.clear();
 197       // User may have hidden seqs, then clicked undo or redo
 198       for (int i = 0; i < tmp.size(); i++)
 199       {
 200         algn.add(tmp.get(i));
 201       }
 202     }
 203   }
 204
 205   /**
 206    * Sorts by ID. Numbers are sorted before letters.
 207    *
 208    * @param align
 209    *          The alignment object to sort
 210    */
 211   public static void sortByID(AlignmentI align)
 212   {
 213     int nSeq = align.getHeight();
 214
 215     String[] ids = new String[nSeq];
 216     SequenceI[] seqs = new SequenceI[nSeq];
 217
 218     for (int i = 0; i < nSeq; i++)
 219     {
 220       ids[i] = align.getSequenceAt(i).getName();
 221       seqs[i] = align.getSequenceAt(i);
 222     }
 223
 224     QuickSort.sort(ids, seqs);
 225
 226     if (sortIdAscending)
 227     {
 228       setReverseOrder(align, seqs);
 229     }
 230     else
 231     {
 232       setOrder(align, seqs);
 233     }
 234
 235     sortIdAscending = !sortIdAscending;
 236   }
 237
 238   /**
 239    * Sorts by sequence length
 240    *
 241    * @param align
 242    *          The alignment object to sort
 243    */
 244   public static void sortByLength(AlignmentI align)
 245   {
 246     int nSeq = align.getHeight();
 247
 248     float[] length = new float[nSeq];
 249     SequenceI[] seqs = new SequenceI[nSeq];
 250
 251     for (int i = 0; i < nSeq; i++)
 252     {
 253       seqs[i] = align.getSequenceAt(i);
 254       length[i] = (seqs[i].getEnd() - seqs[i].getStart());
 255     }
 256
 257     QuickSort.sort(length, seqs);
 258
 259     if (sortLengthAscending)
 260     {
 261       setReverseOrder(align, seqs);
 262     }
 263     else
 264     {
 265       setOrder(align, seqs);
 266     }
 267
 268     sortLengthAscending = !sortLengthAscending;
 269   }
 270
 271   /**
 272    * Sorts the alignment by size of group. <br>
 273    * Maintains the order of sequences in each group by order in given alignment
 274    * object.
 275    *
 276    * @param align
 277    *          sorts the given alignment object by group
 278    */
 279   public static void sortByGroup(AlignmentI align)
 280   {
 281     // MAINTAINS ORIGNAL SEQUENCE ORDER,
 282     // ORDERS BY GROUP SIZE
 283     List<SequenceGroup> groups = new ArrayList<>();
 284
 285     if (groups.hashCode() != lastGroupHash)
 286     {
 287       sortGroupAscending = true;
 288       lastGroupHash = groups.hashCode();
 289     }
 290     else
 291     {
 292       sortGroupAscending = !sortGroupAscending;
 293     }
 294
 295     // SORTS GROUPS BY SIZE
 296     // ////////////////////
 297     for (SequenceGroup sg : align.getGroups())
 298     {
 299       for (int j = 0; j < groups.size(); j++)
 300       {
 301         SequenceGroup sg2 = groups.get(j);
 302
 303         if (sg.getSize() > sg2.getSize())
 304         {
 305           groups.add(j, sg);
 306
 307           break;
 308         }
 309       }
 310
 311       if (!groups.contains(sg))
 312       {
 313         groups.add(sg);
 314       }
 315     }
 316
 317     // NOW ADD SEQUENCES MAINTAINING ALIGNMENT ORDER
 318     // /////////////////////////////////////////////
 319     List<SequenceI> seqs = new ArrayList<>();
 320
 321     for (int i = 0; i < groups.size(); i++)
 322     {
 323       SequenceGroup sg = groups.get(i);
 324       SequenceI[] orderedseqs = sg.getSequencesInOrder(align);
 325
 326       for (int j = 0; j < orderedseqs.length; j++)
 327       {
 328         seqs.add(orderedseqs[j]);
 329       }
 330     }
 331
 332     if (sortGroupAscending)
 333     {
 334       setOrder(align, seqs);
 335     }
 336     else
 337     {
 338       setReverseOrder(align,
 339               vectorSubsetToArray(seqs, align.getSequences()));
 340     }
 341   }
 342
 343   /**
 344    * Select sequences in order from tmp that is present in mask, and any
 345    * remaining sequences in mask not in tmp
 346    *
 347    * @param tmp
 348    *          thread safe collection of sequences
 349    * @param mask
 350    *          thread safe collection of sequences
 351    *
 352    * @return intersect(tmp,mask)+intersect(complement(tmp),mask)
 353    */
 354   private static SequenceI[] vectorSubsetToArray(List<SequenceI> tmp,
 355           List<SequenceI> mask)
 356   {
 357     // or?
 358     // tmp2 = tmp.retainAll(mask);
 359     // return tmp2.addAll(mask.removeAll(tmp2))
 360
 361     ArrayList<SequenceI> seqs = new ArrayList<>();
 362     int i, idx;
 363     boolean[] tmask = new boolean[mask.size()];
 364
 365     for (i = 0; i < mask.size(); i++)
 366     {
 367       tmask[i] = true;
 368     }
 369
 370     for (i = 0; i < tmp.size(); i++)
 371     {
 372       SequenceI sq = tmp.get(i);
 373       idx = mask.indexOf(sq);
 374       if (idx > -1 && tmask[idx])
 375       {
 376         tmask[idx] = false;
 377         seqs.add(sq);
 378       }
 379     }
 380
 381     for (i = 0; i < tmask.length; i++)
 382     {
 383       if (tmask[i])
 384       {
 385         seqs.add(mask.get(i));
 386       }
 387     }
 388
 389     return seqs.toArray(new SequenceI[seqs.size()]);
 390   }
 391
 392   /**
 393    * Sorts by a given AlignmentOrder object
 394    *
 395    * @param align
 396    *          Alignment to order
 397    * @param order
 398    *          specified order for alignment
 399    */
 400   public static void sortBy(AlignmentI align, AlignmentOrder order)
 401   {
 402     // Get an ordered vector of sequences which may also be present in align
 403     List<SequenceI> tmp = order.getOrder();
 404
 405     if (lastOrder == order)
 406     {
 407       sortOrderAscending = !sortOrderAscending;
 408     }
 409     else
 410     {
 411       sortOrderAscending = true;
 412     }
 413
 414     if (sortOrderAscending)
 415     {
 416       setOrder(align, tmp);
 417     }
 418     else
 419     {
 420       setReverseOrder(align,
 421               vectorSubsetToArray(tmp, align.getSequences()));
 422     }
 423   }
 424
 425   /**
 426    * DOCUMENT ME!
 427    *
 428    * @param align
 429    *          alignment to order
 430    * @param tree
 431    *          tree which has
 432    *
 433    * @return DOCUMENT ME!
 434    */
 435   private static List<SequenceI> getOrderByTree(AlignmentI align,
 436           TreeModel tree)
 437   {
 438     int nSeq = align.getHeight();
 439
 440     List<SequenceI> tmp = new ArrayList<>();
 441
 442     tmp = _sortByTree(tree.getTopNode(), tmp, align.getSequences());
 443
 444     if (tmp.size() != nSeq)
 445     {
 446       // TODO: JBPNote - decide if this is always an error
 447       // (eg. not when a tree is associated to another alignment which has more
 448       // sequences)
 449       if (tmp.size() != nSeq)
 450       {
 451         addStrays(align, tmp);
 452       }
 453
 454       if (tmp.size() != nSeq)
 455       {
 456         System.err.println("WARNING: tmp.size()=" + tmp.size() + " != nseq="
 457                 + nSeq
 458                 + " in getOrderByTree - tree contains sequences not in alignment");
 459       }
 460     }
 461
 462     return tmp;
 463   }
 464
 465   /**
 466    * Sorts the alignment by a given tree
 467    *
 468    * @param align
 469    *          alignment to order
 470    * @param tree
 471    *          tree which has
 472    */
 473   public static void sortByTree(AlignmentI align, TreeModel tree)
 474   {
 475     List<SequenceI> tmp = getOrderByTree(align, tree);
 476
 477     // tmp should properly permute align with tree.
 478     if (lastTree != tree)
 479     {
 480       sortTreeAscending = true;
 481       lastTree = tree;
 482     }
 483     else
 484     {
 485       sortTreeAscending = !sortTreeAscending;
 486     }
 487
 488     if (sortTreeAscending)
 489     {
 490       setOrder(align, tmp);
 491     }
 492     else
 493     {
 494       setReverseOrder(align,
 495               vectorSubsetToArray(tmp, align.getSequences()));
 496     }
 497   }
 498
 499   /**
 500    * DOCUMENT ME!
 501    *
 502    * @param align
 503    *          DOCUMENT ME!
 504    * @param tmp
 505    *          DOCUMENT ME!
 506    */
 507   private static void addStrays(AlignmentI align, List<SequenceI> tmp)
 508   {
 509     int nSeq = align.getHeight();
 510
 511     for (int i = 0; i < nSeq; i++)
 512     {
 513       if (!tmp.contains(align.getSequenceAt(i)))
 514       {
 515         tmp.add(align.getSequenceAt(i));
 516       }
 517     }
 518
 519     if (nSeq != tmp.size())
 520     {
 521       System.err
 522               .println("ERROR: Size still not right even after addStrays");
 523     }
 524   }
 525
 526   /**
 527    * DOCUMENT ME!
 528    *
 529    * @param node
 530    *          DOCUMENT ME!
 531    * @param tmp
 532    *          DOCUMENT ME!
 533    * @param seqset
 534    *          DOCUMENT ME!
 535    *
 536    * @return DOCUMENT ME!
 537    */
 538   private static List<SequenceI> _sortByTree(BinaryNode node,
 539           List<SequenceI> tmp, List<SequenceI> seqset)
 540   {
 541     if (node == null)
 542     {
 543       return tmp;
 544     }
 545
 546     BinaryNode left = (BinaryNode) node.left();
 547     BinaryNode right = (BinaryNode) node.right();
 548
 549     if ((left == null) && (right == null))
 550     {
 551       if (!(node instanceof SequenceNode && ((SequenceNode)node).isPlaceholder()) && (node.element() != null))
 552       {
 553         if (node.element() instanceof SequenceI)
 554         {
 555           if (!tmp.contains(node.element())) // && (seqset==null ||
 556                                              // seqset.size()==0 ||
 557                                              // seqset.contains(tmp)))
 558           {
 559             tmp.add((SequenceI) node.element());
 560           }
 561         }
 562       }
 563
 564       return tmp;
 565     }
 566     else
 567     {
 568       _sortByTree(left, tmp, seqset);
 569       _sortByTree(right, tmp, seqset);
 570     }
 571
 572     return tmp;
 573   }
 574
 575   // Ordering Objects
 576   // Alignment.sortBy(OrderObj) - sequence of sequence pointer refs in
 577   // appropriate order
 578   //
 579
 580   /**
 581    * recover the order of sequences given by the safe numbering scheme introducd
 582    * SeqsetUtils.uniquify.
 583    */
 584   public static void recoverOrder(SequenceI[] alignment)
 585   {
 586     float[] ids = new float[alignment.length];
 587
 588     for (int i = 0; i < alignment.length; i++)
 589     {
 590       ids[i] = (Float.valueOf(alignment[i].getName().substring(8)))
 591               .floatValue();
 592     }
 593
 594     jalview.util.QuickSort.sort(ids, alignment);
 595   }
 596
 597   /**
 598    * Sort sequence in order of increasing score attribute for annotation with a
 599    * particular scoreLabel. Or reverse if same label was used previously
 600    *
 601    * @param scoreLabel
 602    *          exact label for sequence associated AlignmentAnnotation scores to
 603    *          use for sorting.
 604    * @param alignment
 605    *          sequences to be sorted
 606    */
 607   public static void sortByAnnotationScore(String scoreLabel,
 608           AlignmentI alignment)
 609   {
 610     SequenceI[] seqs = alignment.getSequencesArray();
 611     boolean[] hasScore = new boolean[seqs.length]; // per sequence score
 612     // presence
 613     int hasScores = 0; // number of scores present on set
 614     double[] scores = new double[seqs.length];
 615     double min = 0, max = 0;
 616     for (int i = 0; i < seqs.length; i++)
 617     {
 618       AlignmentAnnotation[] scoreAnn = seqs[i].getAnnotation(scoreLabel);
 619       if (scoreAnn != null)
 620       {
 621         hasScores++;
 622         hasScore[i] = true;
 623         scores[i] = scoreAnn[0].getScore(); // take the first instance of this
 624         // score.
 625         if (hasScores == 1)
 626         {
 627           max = min = scores[i];
 628         }
 629         else
 630         {
 631           if (max < scores[i])
 632           {
 633             max = scores[i];
 634           }
 635           if (min > scores[i])
 636           {
 637             min = scores[i];
 638           }
 639         }
 640       }
 641       else
 642       {
 643         hasScore[i] = false;
 644       }
 645     }
 646     if (hasScores == 0)
 647     {
 648       return; // do nothing - no scores present to sort by.
 649     }
 650     if (hasScores < seqs.length)
 651     {
 652       for (int i = 0; i < seqs.length; i++)
 653       {
 654         if (!hasScore[i])
 655         {
 656           scores[i] = (max + i + 1.0);
 657         }
 658       }
 659     }
 660
 661     jalview.util.QuickSort.sort(scores, seqs);
 662     if (lastSortByAnnotation != scoreLabel)
 663     {
 664       lastSortByAnnotation = scoreLabel;
 665       setOrder(alignment, seqs);
 666     }
 667     else
 668     {
 669       setReverseOrder(alignment, seqs);
 670     }
 671   }
 672
 673   /**
 674    * types of feature ordering: Sort by score : average score - or total score -
 675    * over all features in region Sort by feature label text: (or if null -
 676    * feature type text) - numerical or alphabetical Sort by feature density:
 677    * based on counts - ignoring individual text or scores for each feature
 678    */
 679   public static String FEATURE_SCORE = "average_score";
 680
 681   public static String FEATURE_LABEL = "text";
 682
 683   public static String FEATURE_DENSITY = "density";
 684
 685   /**
 686    * Sort sequences by feature score or density, optionally restricted by
 687    * feature types, feature groups, or alignment start/end positions.
 688    * <p>
 689    * If the sort is repeated for the same combination of types and groups, sort
 690    * order is reversed.
 691    *
 692    * @param featureTypes
 693    *          a list of feature types to include (or null for all)
 694    * @param groups
 695    *          a list of feature groups to include (or null for all)
 696    * @param startCol
 697    *          start column position to include (base zero)
 698    * @param endCol
 699    *          end column position to include (base zero)
 700    * @param alignment
 701    *          the alignment to be sorted
 702    * @param method
 703    *          either "average_score" or "density" ("text" not yet implemented)
 704    */
 705   public static void sortByFeature(List<String> featureTypes,
 706           List<String> groups, final int startCol, final int endCol,
 707           AlignmentI alignment, String method)
 708   {
 709     if (method != FEATURE_SCORE && method != FEATURE_LABEL
 710             && method != FEATURE_DENSITY)
 711     {
 712       String msg = String.format(
 713               "Implementation Error - sortByFeature method must be either '%s' or '%s'",
 714               FEATURE_SCORE, FEATURE_DENSITY);
 715       System.err.println(msg);
 716       return;
 717     }
 718
 719     flipFeatureSortIfUnchanged(method, featureTypes, groups, startCol,
 720             endCol);
 721
 722     SequenceI[] seqs = alignment.getSequencesArray();
 723
 724     boolean[] hasScore = new boolean[seqs.length]; // per sequence score
 725     // presence
 726     int hasScores = 0; // number of scores present on set
 727     double[] scores = new double[seqs.length];
 728     int[] seqScores = new int[seqs.length];
 729     Object[][] feats = new Object[seqs.length][];
 730     double min = 0d;
 731     double max = 0d;
 732
 733     for (int i = 0; i < seqs.length; i++)
 734     {
 735       /*
 736        * get sequence residues overlapping column region
 737        * and features for residue positions and specified types
 738        */
 739       String[] types = featureTypes == null ? null
 740               : featureTypes.toArray(new String[featureTypes.size()]);
 741       List<SequenceFeature> sfs = seqs[i].findFeatures(startCol + 1,
 742               endCol + 1, types);
 743
 744       seqScores[i] = 0;
 745       scores[i] = 0.0;
 746
 747       Iterator<SequenceFeature> it = sfs.listIterator();
 748       while (it.hasNext())
 749       {
 750         SequenceFeature sf = it.next();
 751
 752         /*
 753          * accept all features with null or empty group, otherwise
 754          * check group is one of the currently visible groups
 755          */
 756         String featureGroup = sf.getFeatureGroup();
 757         if (groups != null && featureGroup != null
 758                 && !"".equals(featureGroup)
 759                 && !groups.contains(featureGroup))
 760         {
 761           it.remove();
 762         }
 763         else
 764         {
 765           float score = sf.getScore();
 766           if (FEATURE_SCORE.equals(method) && !Float.isNaN(score))
 767           {
 768             if (seqScores[i] == 0)
 769             {
 770               hasScores++;
 771             }
 772             seqScores[i]++;
 773             hasScore[i] = true;
 774             scores[i] += score;
 775             // take the first instance of this score // ??
 776           }
 777         }
 778       }
 779
 780       feats[i] = sfs.toArray(new SequenceFeature[sfs.size()]);
 781       if (!sfs.isEmpty())
 782       {
 783         if (method == FEATURE_LABEL)
 784         {
 785           // order the labels by alphabet (not yet implemented)
 786           String[] labs = new String[sfs.size()];
 787           for (int l = 0; l < sfs.size(); l++)
 788           {
 789             SequenceFeature sf = sfs.get(l);
 790             String description = sf.getDescription();
 791             labs[l] = (description != null ? description : sf.getType());
 792           }
 793           QuickSort.sort(labs, feats[i]);
 794         }
 795       }
 796       if (hasScore[i])
 797       {
 798         // compute average score
 799         scores[i] /= seqScores[i];
 800         // update the score bounds.
 801         if (hasScores == 1)
 802         {
 803           min = scores[i];
 804           max = min;
 805         }
 806         else
 807         {
 808           max = Math.max(max, scores[i]);
 809           min = Math.min(min, scores[i]);
 810         }
 811       }
 812     }
 813
 814     if (FEATURE_SCORE.equals(method))
 815     {
 816       if (hasScores == 0)
 817       {
 818         return; // do nothing - no scores present to sort by.
 819       }
 820       // pad score matrix
 821       if (hasScores < seqs.length)
 822       {
 823         for (int i = 0; i < seqs.length; i++)
 824         {
 825           if (!hasScore[i])
 826           {
 827             scores[i] = (max + 1 + i);
 828           }
 829           else
 830           {
 831             // int nf = (feats[i] == null) ? 0
 832             // : ((SequenceFeature[]) feats[i]).length;
 833             // // System.err.println("Sorting on Score: seq " +
 834             // seqs[i].getName()
 835             // + " Feats: " + nf + " Score : " + scores[i]);
 836           }
 837         }
 838       }
 839       QuickSort.sortByDouble(scores, seqs, sortByFeatureAscending);
 840     }
 841     else if (FEATURE_DENSITY.equals(method))
 842     {
 843       for (int i = 0; i < seqs.length; i++)
 844       {
 845         int featureCount = feats[i] == null ? 0
 846                 : ((SequenceFeature[]) feats[i]).length;
 847         scores[i] = featureCount;
 848         // System.err.println("Sorting on Density: seq "+seqs[i].getName()+
 849         // " Feats: "+featureCount+" Score : "+scores[i]);
 850       }
 851       QuickSort.sortByDouble(scores, seqs, sortByFeatureAscending);
 852     }
 853
 854     setOrder(alignment, seqs);
 855   }
 856
 857   /**
 858    * Builds a string hash of criteria for sorting, and if unchanged from last
 859    * time, reverse the sort order
 860    *
 861    * @param method
 862    * @param featureTypes
 863    * @param groups
 864    * @param startCol
 865    * @param endCol
 866    */
 867   protected static void flipFeatureSortIfUnchanged(String method,
 868           List<String> featureTypes, List<String> groups,
 869           final int startCol, final int endCol)
 870   {
 871     StringBuilder sb = new StringBuilder(64);
 872     sb.append(startCol).append(method).append(endCol);
 873     if (featureTypes != null)
 874     {
 875       Collections.sort(featureTypes);
 876       sb.append(featureTypes.toString());
 877     }
 878     if (groups != null)
 879     {
 880       Collections.sort(groups);
 881       sb.append(groups.toString());
 882     }
 883     String scoreCriteria = sb.toString();
 884
 885     /*
 886      * if resorting on the same criteria, toggle sort order
 887      */
 888     if (sortByFeatureCriteria == null
 889             || !scoreCriteria.equals(sortByFeatureCriteria))
 890     {
 891       sortByFeatureAscending = true;
 892     }
 893     else
 894     {
 895       sortByFeatureAscending = !sortByFeatureAscending;
 896     }
 897     sortByFeatureCriteria = scoreCriteria;
 898   }
 899
 900 }