src/jalview/analysis/Profile.java

   1 package jalview.analysis;
   2
   3 import jalview.ext.android.SparseIntArray;
   4
   5 public class Profile
   6 {
   7   /*
   8    * array of keys (chars) and values (counts)
   9    */
  10   public final SparseIntArray profile;
  11
  12   /*
  13    * the number of sequences in the profile
  14    */
  15   public final int height;
  16
  17   /*
  18    * the number of non-gapped sequences in the profile
  19    */
  20   public final int nonGapped;
  21
  22   public Profile(SparseIntArray counts, int ht, int nongappedCount)
  23   {
  24     this.profile = counts;
  25     this.height = ht;
  26     this.nonGapped = nongappedCount;
  27   }
  28
  29   public SparseIntArray getProfile()
  30   {
  31     return profile;
  32   }
  33 }