src/jalview/appletgui/AlignFrame.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)\r
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  * \r
   5  * This file is part of Jalview.\r
   6  * \r
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or\r
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License \r
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.\r
  10  * \r
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but \r
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty \r
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR \r
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.\r
  15  * \r
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.\r
  17  */\r
  18 package jalview.appletgui;\r
  19 \r
  20 import jalview.analysis.AAFrequency;\r
  21 import jalview.analysis.AlignmentSorter;\r
  22 import jalview.analysis.Conservation;\r
  23 import jalview.api.SequenceStructureBinding;\r
  24 import jalview.bin.JalviewLite;\r
  25 import jalview.commands.CommandI;\r
  26 import jalview.commands.EditCommand;\r
  27 import jalview.commands.OrderCommand;\r
  28 import jalview.commands.RemoveGapColCommand;\r
  29 import jalview.commands.RemoveGapsCommand;\r
  30 import jalview.commands.SlideSequencesCommand;\r
  31 import jalview.commands.TrimRegionCommand;\r
  32 import jalview.datamodel.Alignment;\r
  33 import jalview.datamodel.AlignmentI;\r
  34 import jalview.datamodel.AlignmentOrder;\r
  35 import jalview.datamodel.ColumnSelection;\r
  36 import jalview.datamodel.PDBEntry;\r
  37 import jalview.datamodel.Sequence;\r
  38 import jalview.datamodel.SequenceGroup;\r
  39 import jalview.datamodel.SequenceI;\r
  40 import jalview.io.AnnotationFile;\r
  41 import jalview.io.AppletFormatAdapter;\r
  42 import jalview.io.FeaturesFile;\r
  43 import jalview.io.TCoffeeScoreFile;\r
  44 import jalview.schemes.Blosum62ColourScheme;\r
  45 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;\r
  46 import jalview.schemes.ClustalxColourScheme;\r
  47 import jalview.schemes.ColourSchemeI;\r
  48 import jalview.schemes.HelixColourScheme;\r
  49 import jalview.schemes.HydrophobicColourScheme;\r
  50 import jalview.schemes.NucleotideColourScheme;\r
  51 import jalview.schemes.PIDColourScheme;\r
  52 import jalview.schemes.PurinePyrimidineColourScheme;\r
  53 import jalview.schemes.RNAHelicesColourChooser;\r
  54 import jalview.schemes.ResidueProperties;\r
  55 import jalview.schemes.StrandColourScheme;\r
  56 import jalview.schemes.TCoffeeColourScheme;\r
  57 import jalview.schemes.TaylorColourScheme;\r
  58 import jalview.schemes.TurnColourScheme;\r
  59 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;\r
  60 import jalview.structure.StructureSelectionManager;\r
  61 \r
  62 import java.awt.BorderLayout;\r
  63 import java.awt.Canvas;\r
  64 import java.awt.CheckboxMenuItem;\r
  65 import java.awt.Color;\r
  66 import java.awt.Font;\r
  67 import java.awt.FontMetrics;\r
  68 import java.awt.Frame;\r
  69 import java.awt.Graphics;\r
  70 import java.awt.Label;\r
  71 import java.awt.Menu;\r
  72 import java.awt.MenuBar;\r
  73 import java.awt.MenuItem;\r
  74 import java.awt.event.ActionEvent;\r
  75 import java.awt.event.ActionListener;\r
  76 import java.awt.event.FocusEvent;\r
  77 import java.awt.event.FocusListener;\r
  78 import java.awt.event.ItemEvent;\r
  79 import java.awt.event.ItemListener;\r
  80 import java.awt.event.KeyEvent;\r
  81 import java.awt.event.KeyListener;\r
  82 import java.awt.event.WindowAdapter;\r
  83 import java.awt.event.WindowEvent;\r
  84 import java.io.IOException;\r
  85 import java.io.InputStreamReader;\r
  86 import java.net.URL;\r
  87 import java.net.URLEncoder;\r
  88 import java.util.Enumeration;\r
  89 import java.util.Hashtable;\r
  90 import java.util.StringTokenizer;\r
  91 import java.util.Vector;\r
  92 \r
  93 public class AlignFrame extends EmbmenuFrame implements ActionListener,  ItemListener, KeyListener\r
  94 {\r
  95   public AlignmentPanel alignPanel;\r
  96 \r
  97   public AlignViewport viewport;\r
  98 \r
  99   int DEFAULT_WIDTH = 700;\r
 100 \r
 101   int DEFAULT_HEIGHT = 500;\r
 102 \r
 103   String jalviewServletURL;\r
 104   \r
 105 \r
 106   public AlignFrame(AlignmentI al, jalview.bin.JalviewLite applet, String title, boolean embedded)\r
 107   {\r
 108     if (applet != null)\r
 109     {\r
 110       jalviewServletURL = applet.getParameter("APPLICATION_URL");\r
 111     }\r
 112 \r
 113     try\r
 114     {\r
 115       jbInit();\r
 116     } catch (Exception ex)\r
 117     {\r
 118       ex.printStackTrace();\r
 119     }\r
 120 \r
 121     viewport = new AlignViewport(al, applet);\r
 122     alignPanel = new AlignmentPanel(this, viewport);\r
 123 \r
 124     viewport.updateConservation(alignPanel);\r
 125     viewport.updateConsensus(alignPanel);\r
 126 \r
 127     annotationPanelMenuItem.setState(viewport.showAnnotation);\r
 128     displayNonconservedMenuItem.setState(viewport.getShowUnconserved());\r
 129     followMouseOverFlag.setState(viewport.getFollowHighlight());\r
 130     showGroupConsensus.setState(viewport.isShowGroupConsensus());\r
 131     showGroupConservation.setState(viewport.isShowGroupConservation());\r
 132     showConsensusHistogram.setState(viewport.isShowConsensusHistogram());\r
 133     showSequenceLogo.setState(viewport.isShowSequenceLogo());\r
 134 \r
 135     seqLimits.setState(viewport.showJVSuffix);\r
 136 \r
 137     if (applet != null)\r
 138     {\r
 139       String param = applet.getParameter("sortBy");\r
 140       if (param != null)\r
 141       {\r
 142         if (param.equalsIgnoreCase("Id"))\r
 143         {\r
 144           sortIDMenuItem_actionPerformed();\r
 145         }\r
 146         else if (param.equalsIgnoreCase("Pairwise Identity"))\r
 147         {\r
 148           sortPairwiseMenuItem_actionPerformed();\r
 149         }\r
 150         else if (param.equalsIgnoreCase("Length"))\r
 151         {\r
 152           sortLengthMenuItem_actionPerformed();\r
 153         }\r
 154       }\r
 155 \r
 156       param = applet.getParameter("wrap");\r
 157       if (param != null)\r
 158       {\r
 159         if (param.equalsIgnoreCase("true"))\r
 160         {\r
 161           wrapMenuItem.setState(true);\r
 162           wrapMenuItem_actionPerformed();\r
 163         }\r
 164       }\r
 165       param = applet.getParameter("centrecolumnlabels");\r
 166       if (param != null)\r
 167       {\r
 168         centreColumnLabelFlag.setState(true);\r
 169         centreColumnLabelFlag_stateChanged();\r
 170       }\r
 171       try\r
 172       {\r
 173         param = applet.getParameter("windowWidth");\r
 174         if (param != null)\r
 175         {\r
 176           int width = Integer.parseInt(param);\r
 177           DEFAULT_WIDTH = width;\r
 178         }\r
 179         param = applet.getParameter("windowHeight");\r
 180         if (param != null)\r
 181         {\r
 182           int height = Integer.parseInt(param);\r
 183           DEFAULT_HEIGHT = height;\r
 184         }\r
 185       } catch (Exception ex)\r
 186       {\r
 187       }\r
 188 \r
 189     }\r
 190     if (viewport.getAlignment().isNucleotide())\r
 191     {\r
 192       viewport.updateStrucConsensus(alignPanel);\r
 193       if (viewport.getAlignment().hasRNAStructure())\r
 194       {\r
 195         RNAHelixColour.setEnabled(true);\r
 196       }\r
 197       else {\r
 198         RNAHelixColour.setEnabled(false);\r
 199       }\r
 200     } else {\r
 201       RNAHelixColour.setEnabled(false);\r
 202       purinePyrimidineColour.setEnabled(false);\r
 203     }\r
 204     // Some JVMS send keyevents to Top frame or lowest panel,\r
 205     // Havent worked out why yet. So add to both this frame and seqCanvas for\r
 206     // now\r
 207     this.addKeyListener(this);\r
 208     alignPanel.seqPanel.seqCanvas.addKeyListener(this);\r
 209     alignPanel.idPanel.idCanvas.addKeyListener(this);\r
 210     alignPanel.scalePanel.addKeyListener(this);\r
 211     alignPanel.annotationPanel.addKeyListener(this);\r
 212     alignPanel.annotationPanelHolder.addKeyListener(this);\r
 213     alignPanel.annotationSpaceFillerHolder.addKeyListener(this);\r
 214     alignPanel.alabels.addKeyListener(this);\r
 215     createAlignFrameWindow(embedded, title);\r
 216 \r
 217     validate();\r
 218     alignPanel.adjustAnnotationHeight();\r
 219     alignPanel.paintAlignment(true);\r
 220   }\r
 221 \r
 222   public AlignViewport getAlignViewport()\r
 223   {\r
 224     return viewport;\r
 225   }\r
 226 \r
 227   public SeqCanvas getSeqcanvas()\r
 228   {\r
 229     return alignPanel.seqPanel.seqCanvas;\r
 230   }\r
 231 \r
 232   /**\r
 233    * Load a features file onto the alignment\r
 234    * \r
 235    * @param file file URL, content, or other resolvable path\r
 236    * @param type is protocol for accessing data referred to by file\r
 237    */\r
 238 \r
 239   public boolean parseFeaturesFile(String file, String type)\r
 240   {\r
 241     return parseFeaturesFile(file, type, true);\r
 242   }\r
 243   \r
 244   /**\r
 245    * Load a features file onto the alignment\r
 246    * \r
 247    * @param file file URL, content, or other resolvable path\r
 248    * @param type is protocol for accessing data referred to by file\r
 249    * @param autoenabledisplay when true, display features flag will be automatically enabled if features are loaded\r
 250    * @return true if data parsed as a features file\r
 251    */\r
 252   public boolean parseFeaturesFile(String file, String type, boolean autoenabledisplay)\r
 253   {    \r
 254     // TODO: test if importing a features file onto an alignment which already has features with links overwrites the original links.\r
 255     \r
 256     Hashtable featureLinks = new Hashtable();\r
 257     boolean featuresFile = false;\r
 258     try\r
 259     {\r
 260       featuresFile = new jalview.io.FeaturesFile(file, type)\r
 261               .parse(viewport.getAlignment(),\r
 262                       alignPanel.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().featureColours,\r
 263                       featureLinks, true, viewport.applet.getDefaultParameter("relaxedidmatch", false));\r
 264     } catch (Exception ex)\r
 265     {\r
 266       ex.printStackTrace();\r
 267     }\r
 268 \r
 269     if (featuresFile)\r
 270     {\r
 271       if (featureLinks.size() > 0)\r
 272       {\r
 273         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().featureLinks = featureLinks;\r
 274       }\r
 275       if (autoenabledisplay)\r
 276       {\r
 277         viewport.showSequenceFeatures = true;\r
 278         sequenceFeatures.setState(true);\r
 279       }\r
 280       if (viewport.featureSettings != null)\r
 281       {\r
 282         viewport.featureSettings.refreshTable();\r
 283       }\r
 284       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 285       statusBar.setText("Successfully added features to alignment.");\r
 286     }\r
 287     return featuresFile;\r
 288   }\r
 289 \r
 290   public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
 291   {\r
 292     if (viewport.cursorMode\r
 293             && ((evt.getKeyCode() >= KeyEvent.VK_0 && evt.getKeyCode() <= KeyEvent.VK_9) || (evt\r
 294                     .getKeyCode() >= KeyEvent.VK_NUMPAD0 && evt\r
 295                     .getKeyCode() <= KeyEvent.VK_NUMPAD9))\r
 296             && Character.isDigit(evt.getKeyChar()))\r
 297       alignPanel.seqPanel.numberPressed(evt.getKeyChar());\r
 298 \r
 299     switch (evt.getKeyCode())\r
 300     {\r
 301     case 27: // escape key\r
 302       deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 303       \r
 304       alignPanel.alabels.cancelDrag(); \r
 305       break;\r
 306     case KeyEvent.VK_X:\r
 307       if (evt.isControlDown() || evt.isMetaDown())\r
 308       {\r
 309         cut_actionPerformed();\r
 310       }\r
 311       break;\r
 312     case KeyEvent.VK_C:\r
 313       if (viewport.cursorMode && !evt.isControlDown())\r
 314       {\r
 315         alignPanel.seqPanel.setCursorColumn();\r
 316       }\r
 317       if (evt.isControlDown() || evt.isMetaDown())\r
 318       {\r
 319         copy_actionPerformed();\r
 320       }\r
 321       break;\r
 322     case KeyEvent.VK_V:\r
 323       if (evt.isControlDown())\r
 324       {\r
 325         paste(evt.isShiftDown());\r
 326       }\r
 327       break;\r
 328     case KeyEvent.VK_A:\r
 329       if (evt.isControlDown() || evt.isMetaDown())\r
 330       {\r
 331         selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 332       }\r
 333       break;\r
 334     case KeyEvent.VK_DOWN:\r
 335       if (viewport.cursorMode)\r
 336       {\r
 337         alignPanel.seqPanel.moveCursor(0, 1);\r
 338       }\r
 339       else\r
 340       {\r
 341         moveSelectedSequences(false);\r
 342       }\r
 343       break;\r
 344 \r
 345     case KeyEvent.VK_UP:\r
 346       if (viewport.cursorMode)\r
 347       {\r
 348         alignPanel.seqPanel.moveCursor(0, -1);\r
 349       }\r
 350       else\r
 351       {\r
 352         moveSelectedSequences(true);\r
 353       }\r
 354       break;\r
 355 \r
 356     case KeyEvent.VK_LEFT:\r
 357       if (evt.isAltDown() || !viewport.cursorMode)\r
 358         slideSequences(false, alignPanel.seqPanel.getKeyboardNo1());\r
 359       else\r
 360         alignPanel.seqPanel.moveCursor(-1, 0);\r
 361       break;\r
 362 \r
 363     case KeyEvent.VK_RIGHT:\r
 364       if (evt.isAltDown() || !viewport.cursorMode)\r
 365         slideSequences(true, alignPanel.seqPanel.getKeyboardNo1());\r
 366       else\r
 367         alignPanel.seqPanel.moveCursor(1, 0);\r
 368       break;\r
 369 \r
 370     case KeyEvent.VK_SPACE:\r
 371       if (viewport.cursorMode)\r
 372       {\r
 373         alignPanel.seqPanel.insertGapAtCursor(evt.isControlDown()\r
 374                 || evt.isShiftDown() || evt.isAltDown());\r
 375       }\r
 376       break;\r
 377 \r
 378     case KeyEvent.VK_DELETE:\r
 379     case KeyEvent.VK_BACK_SPACE:\r
 380       if (viewport.cursorMode)\r
 381       {\r
 382         alignPanel.seqPanel.deleteGapAtCursor(evt.isControlDown()\r
 383                 || evt.isShiftDown() || evt.isAltDown());\r
 384       }\r
 385       else\r
 386       {\r
 387         cut_actionPerformed();\r
 388         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 389       }\r
 390       break;\r
 391 \r
 392     case KeyEvent.VK_S:\r
 393       if (viewport.cursorMode)\r
 394       {\r
 395         alignPanel.seqPanel.setCursorRow();\r
 396       }\r
 397       break;\r
 398     case KeyEvent.VK_P:\r
 399       if (viewport.cursorMode)\r
 400       {\r
 401         alignPanel.seqPanel.setCursorPosition();\r
 402       }\r
 403       break;\r
 404 \r
 405     case KeyEvent.VK_ENTER:\r
 406     case KeyEvent.VK_COMMA:\r
 407       if (viewport.cursorMode)\r
 408       {\r
 409         alignPanel.seqPanel.setCursorRowAndColumn();\r
 410       }\r
 411       break;\r
 412 \r
 413     case KeyEvent.VK_Q:\r
 414       if (viewport.cursorMode)\r
 415       {\r
 416         alignPanel.seqPanel.setSelectionAreaAtCursor(true);\r
 417       }\r
 418       break;\r
 419     case KeyEvent.VK_M:\r
 420       if (viewport.cursorMode)\r
 421       {\r
 422         alignPanel.seqPanel.setSelectionAreaAtCursor(false);\r
 423       }\r
 424       break;\r
 425 \r
 426     case KeyEvent.VK_F2:\r
 427       viewport.cursorMode = !viewport.cursorMode;\r
 428       statusBar.setText("Keyboard editing mode is "\r
 429               + (viewport.cursorMode ? "on" : "off"));\r
 430       if (viewport.cursorMode)\r
 431       {\r
 432         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.cursorX = viewport.startRes;\r
 433         alignPanel.seqPanel.seqCanvas.cursorY = viewport.startSeq;\r
 434       }\r
 435       break;\r
 436 \r
 437     case KeyEvent.VK_F:\r
 438       if (evt.isControlDown())\r
 439       {\r
 440         findMenuItem_actionPerformed();\r
 441       }\r
 442       break;\r
 443 \r
 444     case KeyEvent.VK_H:\r
 445     {\r
 446       boolean toggleSeqs = !evt.isControlDown();\r
 447       boolean toggleCols = !evt.isShiftDown();\r
 448       toggleHiddenRegions(toggleSeqs, toggleCols);\r
 449       break;\r
 450     }\r
 451 \r
 452     case KeyEvent.VK_PAGE_UP:\r
 453       if (viewport.wrapAlignment)\r
 454       {\r
 455         alignPanel.scrollUp(true);\r
 456       }\r
 457       else\r
 458       {\r
 459         alignPanel.setScrollValues(viewport.startRes, viewport.startSeq\r
 460                 - viewport.endSeq + viewport.startSeq);\r
 461       }\r
 462       break;\r
 463 \r
 464     case KeyEvent.VK_PAGE_DOWN:\r
 465       if (viewport.wrapAlignment)\r
 466       {\r
 467         alignPanel.scrollUp(false);\r
 468       }\r
 469       else\r
 470       {\r
 471         alignPanel.setScrollValues(viewport.startRes, viewport.startSeq\r
 472                 + viewport.endSeq - viewport.startSeq);\r
 473       }\r
 474       break;\r
 475 \r
 476     case KeyEvent.VK_Z:\r
 477       if (evt.isControlDown())\r
 478       {\r
 479         undoMenuItem_actionPerformed();\r
 480       }\r
 481       break;\r
 482 \r
 483     case KeyEvent.VK_Y:\r
 484       if (evt.isControlDown())\r
 485       {\r
 486         redoMenuItem_actionPerformed();\r
 487       }\r
 488       break;\r
 489 \r
 490     case KeyEvent.VK_L:\r
 491       if (evt.isControlDown())\r
 492       {\r
 493         trimAlignment(true);\r
 494       }\r
 495       break;\r
 496 \r
 497     case KeyEvent.VK_R:\r
 498       if (evt.isControlDown())\r
 499       {\r
 500         trimAlignment(false);\r
 501       }\r
 502       break;\r
 503 \r
 504     case KeyEvent.VK_E:\r
 505       if (evt.isControlDown())\r
 506       {\r
 507         if (evt.isShiftDown())\r
 508         {\r
 509           this.removeAllGapsMenuItem_actionPerformed();\r
 510         }\r
 511         else\r
 512         {\r
 513           removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed();\r
 514         }\r
 515       }\r
 516       break;\r
 517     case KeyEvent.VK_I:\r
 518       if (evt.isControlDown())\r
 519       {\r
 520         if (evt.isAltDown())\r
 521         {\r
 522           invertColSel_actionPerformed();\r
 523         }\r
 524         else\r
 525         {\r
 526           invertSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 527         }\r
 528       }\r
 529       break;\r
 530 \r
 531     case KeyEvent.VK_U:\r
 532       if (evt.isControlDown())\r
 533       {\r
 534         this.deleteGroups_actionPerformed();\r
 535       }\r
 536       break;\r
 537 \r
 538     case KeyEvent.VK_T:\r
 539       if (evt.isControlDown())\r
 540       {\r
 541         newView(null);\r
 542       }\r
 543       break;\r
 544 \r
 545     }\r
 546     alignPanel.paintAlignment(true);\r
 547   }\r
 548 \r
 549   /**\r
 550    * called by key handler and the hide all/show all menu items\r
 551    * \r
 552    * @param toggleSeqs\r
 553    * @param toggleCols\r
 554    */\r
 555   private void toggleHiddenRegions(boolean toggleSeqs, boolean toggleCols)\r
 556   {\r
 557     boolean hide = false;\r
 558     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 559     if (!toggleSeqs && !toggleCols)\r
 560     {\r
 561       // Hide everything by the current selection - this is a hack - we do the\r
 562       // invert and then hide\r
 563       // first check that there will be visible columns after the invert.\r
 564       if ((viewport.getColumnSelection() != null && viewport.getColumnSelection().getSelected() != null && viewport.getColumnSelection()\r
 565               .getSelected().size() > 0)\r
 566               || (sg != null && sg.getSize() > 0 && sg.getStartRes() <= sg\r
 567                       .getEndRes()))\r
 568       {\r
 569         // now invert the sequence set, if required - empty selection implies\r
 570         // that no hiding is required.\r
 571         if (sg != null)\r
 572         {\r
 573           invertSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 574           sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 575           toggleSeqs = true;\r
 576 \r
 577         }\r
 578         viewport.expandColSelection(sg, true);\r
 579         // finally invert the column selection and get the new sequence\r
 580         // selection and indicate it should be hidden.\r
 581         invertColSel_actionPerformed();\r
 582         toggleCols = true;\r
 583       }\r
 584     }\r
 585 \r
 586     if (toggleSeqs)\r
 587     {\r
 588       if (sg != null && sg.getSize() != viewport.getAlignment().getHeight())\r
 589       {\r
 590         hide = true;\r
 591         viewport.hideAllSelectedSeqs();\r
 592       }\r
 593       else if (!(toggleCols && viewport.getColumnSelection().getSelected().size() > 0))\r
 594       {\r
 595         viewport.showAllHiddenSeqs();\r
 596       }\r
 597     }\r
 598 \r
 599     if (toggleCols)\r
 600     {\r
 601       if (viewport.getColumnSelection().getSelected().size() > 0)\r
 602       {\r
 603         viewport.hideSelectedColumns();\r
 604         if (!toggleSeqs)\r
 605         {\r
 606           viewport.setSelectionGroup(sg);\r
 607         }\r
 608       }\r
 609       else if (!hide)\r
 610       {\r
 611         viewport.showAllHiddenColumns();\r
 612       }\r
 613     }\r
 614   }\r
 615 \r
 616   public void keyReleased(KeyEvent evt)\r
 617   {\r
 618   }\r
 619 \r
 620   public void keyTyped(KeyEvent evt)\r
 621   {\r
 622   }\r
 623 \r
 624   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)\r
 625   {\r
 626     if (evt.getSource() == displayNonconservedMenuItem)\r
 627     {\r
 628       displayNonconservedMenuItem_actionPerformed();\r
 629     }\r
 630     else if (evt.getSource() == colourTextMenuItem)\r
 631     {\r
 632       colourTextMenuItem_actionPerformed();\r
 633     }\r
 634     else if (evt.getSource() == wrapMenuItem)\r
 635     {\r
 636       wrapMenuItem_actionPerformed();\r
 637     }\r
 638     else if (evt.getSource() == scaleAbove)\r
 639     {\r
 640       viewport.setScaleAboveWrapped(scaleAbove.getState());\r
 641     }\r
 642     else if (evt.getSource() == scaleLeft)\r
 643     {\r
 644       viewport.setScaleLeftWrapped(scaleLeft.getState());\r
 645     }\r
 646     else if (evt.getSource() == scaleRight)\r
 647     {\r
 648       viewport.setScaleRightWrapped(scaleRight.getState());\r
 649     }\r
 650     else if (evt.getSource() == seqLimits)\r
 651     {\r
 652       seqLimits_itemStateChanged();\r
 653     }\r
 654     else if (evt.getSource() == viewBoxesMenuItem)\r
 655     {\r
 656       viewport.setShowBoxes(viewBoxesMenuItem.getState());\r
 657     }\r
 658     else if (evt.getSource() == viewTextMenuItem)\r
 659     {\r
 660       viewport.setShowText(viewTextMenuItem.getState());\r
 661     }\r
 662     else if (evt.getSource() == renderGapsMenuItem)\r
 663     {\r
 664       viewport.setRenderGaps(renderGapsMenuItem.getState());\r
 665     }\r
 666     else if (evt.getSource() == annotationPanelMenuItem)\r
 667     {\r
 668       viewport.setShowAnnotation(annotationPanelMenuItem.getState());\r
 669       alignPanel.setAnnotationVisible(annotationPanelMenuItem.getState());\r
 670     }\r
 671     else if (evt.getSource() == sequenceFeatures)\r
 672     {\r
 673       viewport.showSequenceFeatures(sequenceFeatures.getState());\r
 674       alignPanel.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
 675     }\r
 676     else if (evt.getSource() == conservationMenuItem)\r
 677     {\r
 678       conservationMenuItem_actionPerformed();\r
 679     }\r
 680     else if (evt.getSource() == abovePIDThreshold)\r
 681     {\r
 682       abovePIDThreshold_actionPerformed();\r
 683     }\r
 684     else if (evt.getSource() == applyToAllGroups)\r
 685     {\r
 686       viewport.setColourAppliesToAllGroups(applyToAllGroups.getState());\r
 687     }\r
 688     else if (evt.getSource() == autoCalculate)\r
 689     {\r
 690       viewport.autoCalculateConsensus = autoCalculate.getState();\r
 691     }\r
 692     else if (evt.getSource() == sortByTree)\r
 693     {\r
 694       viewport.sortByTree = sortByTree.getState();\r
 695     }\r
 696     else if (evt.getSource() == this.centreColumnLabelFlag)\r
 697     {\r
 698       centreColumnLabelFlag_stateChanged();\r
 699     }\r
 700     else if (evt.getSource() == this.followMouseOverFlag)\r
 701     {\r
 702       mouseOverFlag_stateChanged();\r
 703     }\r
 704     else if (evt.getSource() == showGroupConsensus)\r
 705     {\r
 706       showGroupConsensus_actionPerformed();\r
 707     }\r
 708     else if (evt.getSource() == showGroupConservation)\r
 709     {\r
 710       showGroupConservation_actionPerformed();\r
 711     }\r
 712     else if (evt.getSource() == showSequenceLogo)\r
 713     {\r
 714       showSequenceLogo_actionPerformed();\r
 715     }\r
 716     else if (evt.getSource() == showConsensusHistogram)\r
 717     {\r
 718       showConsensusHistogram_actionPerformed();\r
 719     }\r
 720     else if (evt.getSource() == applyAutoAnnotationSettings)\r
 721     {\r
 722       applyAutoAnnotationSettings_actionPerformed();\r
 723     }\r
 724     alignPanel.paintAlignment(true);\r
 725   }\r
 726 \r
 727   private void mouseOverFlag_stateChanged()\r
 728   {\r
 729     viewport.followHighlight = followMouseOverFlag.getState();\r
 730     // TODO: could kick the scrollTo mechanism to reset view for current\r
 731     // searchresults.\r
 732   }\r
 733 \r
 734   private void centreColumnLabelFlag_stateChanged()\r
 735   {\r
 736     viewport.centreColumnLabels = centreColumnLabelFlag.getState();\r
 737     this.alignPanel.annotationPanel.repaint();\r
 738   }\r
 739 \r
 740   public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
 741   {\r
 742     Object source = evt.getSource();\r
 743 \r
 744     if (source == inputText)\r
 745     {\r
 746       inputText_actionPerformed();\r
 747     }\r
 748     else if (source == loadTree)\r
 749     {\r
 750       loadTree_actionPerformed();\r
 751     }\r
 752     else if (source == loadApplication)\r
 753     {\r
 754       launchFullApplication();\r
 755     }\r
 756     else if (source == loadAnnotations)\r
 757     {\r
 758       loadAnnotations();\r
 759     }\r
 760     else if (source == outputAnnotations)\r
 761     {\r
 762       outputAnnotations(true);\r
 763     }\r
 764     else if (source == outputFeatures)\r
 765     {\r
 766       outputFeatures(true, "Jalview");\r
 767     }\r
 768     else if (source == closeMenuItem)\r
 769     {\r
 770       closeMenuItem_actionPerformed();\r
 771     }\r
 772     else if (source == copy)\r
 773     {\r
 774       copy_actionPerformed();\r
 775     }\r
 776     else if (source == undoMenuItem)\r
 777     {\r
 778       undoMenuItem_actionPerformed();\r
 779     }\r
 780     else if (source == redoMenuItem)\r
 781     {\r
 782       redoMenuItem_actionPerformed();\r
 783     }\r
 784     else if (source == inputText)\r
 785     {\r
 786       inputText_actionPerformed();\r
 787     }\r
 788     else if (source == closeMenuItem)\r
 789     {\r
 790       closeMenuItem_actionPerformed();\r
 791     }\r
 792     else if (source == undoMenuItem)\r
 793     {\r
 794       undoMenuItem_actionPerformed();\r
 795     }\r
 796     else if (source == redoMenuItem)\r
 797     {\r
 798       redoMenuItem_actionPerformed();\r
 799     }\r
 800     else if (source == copy)\r
 801     {\r
 802       copy_actionPerformed();\r
 803     }\r
 804     else if (source == pasteNew)\r
 805     {\r
 806       pasteNew_actionPerformed();\r
 807     }\r
 808     else if (source == pasteThis)\r
 809     {\r
 810       pasteThis_actionPerformed();\r
 811     }\r
 812     else if (source == cut)\r
 813     {\r
 814       cut_actionPerformed();\r
 815     }\r
 816     else if (source == delete)\r
 817     {\r
 818       delete_actionPerformed();\r
 819     }\r
 820     else if (source == grpsFromSelection)\r
 821     {\r
 822       makeGrpsFromSelection_actionPerformed();\r
 823     }\r
 824     else if (source == deleteGroups)\r
 825     {\r
 826       deleteGroups_actionPerformed();\r
 827     }\r
 828     else if (source == selectAllSequenceMenuItem)\r
 829     {\r
 830       selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 831     }\r
 832     else if (source == deselectAllSequenceMenuItem)\r
 833     {\r
 834       deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 835     }\r
 836     else if (source == invertSequenceMenuItem)\r
 837     {\r
 838       invertSequenceMenuItem_actionPerformed();\r
 839     }\r
 840     else if (source == invertColSel)\r
 841     {\r
 842       viewport.invertColumnSelection();\r
 843       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 844     }\r
 845     else if (source == remove2LeftMenuItem)\r
 846     {\r
 847       trimAlignment(true);\r
 848     }\r
 849     else if (source == remove2RightMenuItem)\r
 850     {\r
 851       trimAlignment(false);\r
 852     }\r
 853     else if (source == removeGappedColumnMenuItem)\r
 854     {\r
 855       removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed();\r
 856     }\r
 857     else if (source == removeAllGapsMenuItem)\r
 858     {\r
 859       removeAllGapsMenuItem_actionPerformed();\r
 860     }\r
 861     else if (source == findMenuItem)\r
 862     {\r
 863       findMenuItem_actionPerformed();\r
 864     }\r
 865     else if (source == font)\r
 866     {\r
 867       new FontChooser(alignPanel);\r
 868     }\r
 869     else if (source == newView)\r
 870     {\r
 871       newView(null);\r
 872     }\r
 873     else if (source == showColumns)\r
 874     {\r
 875       viewport.showAllHiddenColumns();\r
 876       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 877     }\r
 878     else if (source == showSeqs)\r
 879     {\r
 880       viewport.showAllHiddenSeqs();\r
 881       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 882     }\r
 883     else if (source == hideColumns)\r
 884     {\r
 885       viewport.hideSelectedColumns();\r
 886       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 887     }\r
 888     else if (source == hideSequences\r
 889             && viewport.getSelectionGroup() != null)\r
 890     {\r
 891       viewport.hideAllSelectedSeqs();\r
 892       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 893     }\r
 894     else if (source == hideAllButSelection)\r
 895     {\r
 896       toggleHiddenRegions(false, false);\r
 897       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 898     }\r
 899     else if (source == hideAllSelection)\r
 900     {\r
 901       SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
 902       viewport.expandColSelection(sg, false);\r
 903       viewport.hideAllSelectedSeqs();\r
 904       viewport.hideSelectedColumns();\r
 905       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 906     }\r
 907     else if (source == showAllHidden)\r
 908     {\r
 909       viewport.showAllHiddenColumns();\r
 910       viewport.showAllHiddenSeqs();\r
 911       alignPanel.paintAlignment(true);\r
 912     }\r
 913     else if (source == showGroupConsensus)\r
 914     {\r
 915       showGroupConsensus_actionPerformed();\r
 916     }\r
 917     else if (source == showGroupConservation)\r
 918     {\r
 919       showGroupConservation_actionPerformed();\r
 920     }\r
 921     else if (source == showSequenceLogo)\r
 922     {\r
 923       showSequenceLogo_actionPerformed();\r
 924     }\r
 925     else if (source == showConsensusHistogram)\r
 926     {\r
 927       showConsensusHistogram_actionPerformed();\r
 928     }\r
 929     else if (source == applyAutoAnnotationSettings)\r
 930     {\r
 931       applyAutoAnnotationSettings_actionPerformed();\r
 932     }\r
 933     else if (source == featureSettings)\r
 934     {\r
 935       new FeatureSettings(alignPanel);\r
 936     }\r
 937     else if (source == alProperties)\r
 938     {\r
 939       StringBuffer contents = new jalview.io.AlignmentProperties(\r
 940               viewport.getAlignment()).formatAsString();\r
 941       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, this);\r
 942       cap.setText(contents.toString());\r
 943       Frame frame = new Frame();\r
 944       frame.add(cap);\r
 945       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Alignment Properties: "\r
 946               + getTitle(), 400, 250);\r
 947     }\r
 948     else if (source == overviewMenuItem)\r
 949     {\r
 950       overviewMenuItem_actionPerformed();\r
 951     }\r
 952     else if (source == noColourmenuItem)\r
 953     {\r
 954       changeColour(null);\r
 955     }\r
 956     else if (source == clustalColour)\r
 957     {\r
 958       abovePIDThreshold.setState(false);\r
 959       changeColour(new ClustalxColourScheme(\r
 960               viewport.getAlignment().getSequences(),\r
 961               viewport.getAlignment().getWidth()));\r
 962     }\r
 963     else if (source == zappoColour)\r
 964     {\r
 965       changeColour(new ZappoColourScheme());\r
 966     }\r
 967     else if (source == taylorColour)\r
 968     {\r
 969       changeColour(new TaylorColourScheme());\r
 970     }\r
 971     else if (source == hydrophobicityColour)\r
 972     {\r
 973       changeColour(new HydrophobicColourScheme());\r
 974     }\r
 975     else if (source == helixColour)\r
 976     {\r
 977       changeColour(new HelixColourScheme());\r
 978     }\r
 979     else if (source == strandColour)\r
 980     {\r
 981       changeColour(new StrandColourScheme());\r
 982     }\r
 983     else if (source == turnColour)\r
 984     {\r
 985       changeColour(new TurnColourScheme());\r
 986     }\r
 987     else if (source == buriedColour)\r
 988     {\r
 989       changeColour(new BuriedColourScheme());\r
 990     }\r
 991     else if (source == nucleotideColour)\r
 992     {\r
 993       changeColour(new NucleotideColourScheme());\r
 994     }\r
 995     else if (source == purinePyrimidineColour)\r
 996     {\r
 997       changeColour(new PurinePyrimidineColourScheme());\r
 998     }\r
 999     else if (source == RNAHelixColour)\r
1000     {\r
1001       new RNAHelicesColourChooser(viewport, alignPanel);\r
1002     }\r
1003     else if (source == modifyPID)\r
1004     {\r
1005       modifyPID_actionPerformed();\r
1006     }\r
1007     else if (source == modifyConservation)\r
1008     {\r
1009       modifyConservation_actionPerformed();\r
1010     }\r
1011     else if (source == userDefinedColour)\r
1012     {\r
1013       new UserDefinedColours(alignPanel, null);\r
1014     }\r
1015     else if (source == PIDColour)\r
1016     {\r
1017       changeColour(new PIDColourScheme());\r
1018     }\r
1019     else if (source == BLOSUM62Colour)\r
1020     {\r
1021       changeColour(new Blosum62ColourScheme());\r
1022     }\r
1023     else if (source == tcoffeeColour) {\r
1024         changeColour(new TCoffeeColourScheme(alignPanel.getAlignment()));\r
1025     }\r
1026     else if (source == annotationColour)\r
1027     {\r
1028       new AnnotationColourChooser(viewport, alignPanel);\r
1029     }\r
1030     else if (source == sortPairwiseMenuItem)\r
1031     {\r
1032       sortPairwiseMenuItem_actionPerformed();\r
1033     }\r
1034     else if (source == sortIDMenuItem)\r
1035     {\r
1036       sortIDMenuItem_actionPerformed();\r
1037     }\r
1038     else if (source == sortLengthMenuItem)\r
1039     {\r
1040       sortLengthMenuItem_actionPerformed();\r
1041     }\r
1042     else if (source == sortGroupMenuItem)\r
1043     {\r
1044       sortGroupMenuItem_actionPerformed();\r
1045     }\r
1046     else if (source == removeRedundancyMenuItem)\r
1047     {\r
1048       removeRedundancyMenuItem_actionPerformed();\r
1049     }\r
1050     else if (source == pairwiseAlignmentMenuItem)\r
1051     {\r
1052       pairwiseAlignmentMenuItem_actionPerformed();\r
1053     }\r
1054     else if (source == PCAMenuItem)\r
1055     {\r
1056       PCAMenuItem_actionPerformed();\r
1057     }\r
1058     else if (source == averageDistanceTreeMenuItem)\r
1059     {\r
1060       averageDistanceTreeMenuItem_actionPerformed();\r
1061     }\r
1062     else if (source == neighbourTreeMenuItem)\r
1063     {\r
1064       neighbourTreeMenuItem_actionPerformed();\r
1065     }\r
1066     else if (source == njTreeBlosumMenuItem)\r
1067     {\r
1068       njTreeBlosumMenuItem_actionPerformed();\r
1069     }\r
1070     else if (source == avDistanceTreeBlosumMenuItem)\r
1071     {\r
1072       avTreeBlosumMenuItem_actionPerformed();\r
1073     }\r
1074     else if (source == documentation)\r
1075     {\r
1076       documentation_actionPerformed();\r
1077     }\r
1078     else if (source == about)\r
1079     {\r
1080       about_actionPerformed();\r
1081     }\r
1082 \r
1083   }\r
1084 \r
1085   public void inputText_actionPerformed()\r
1086   {\r
1087     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
1088     Frame frame = new Frame();\r
1089     frame.add(cap);\r
1090     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Cut & Paste Input", 500, 500);\r
1091   }\r
1092 \r
1093   protected void outputText_actionPerformed(ActionEvent e)\r
1094   {\r
1095     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
1096     Frame frame = new Frame();\r
1097     frame.add(cap);\r
1098     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,\r
1099             "Alignment output - " + e.getActionCommand(), 600, 500);\r
1100     cap.setText(new AppletFormatAdapter().formatSequences(\r
1101             e.getActionCommand(), viewport.getAlignment(),\r
1102             viewport.showJVSuffix));\r
1103   }\r
1104 \r
1105   public void loadAnnotations()\r
1106   {\r
1107     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
1108     cap.setText("Paste your features / annotations / T-coffee score file here.");\r
1109     cap.setAnnotationImport();\r
1110     Frame frame = new Frame();\r
1111     frame.add(cap);\r
1112     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste Annotations ", 400, 300);\r
1113 \r
1114   }\r
1115   \r
1116   public String outputAnnotations(boolean displayTextbox)\r
1117   {\r
1118     String annotation = new AnnotationFile().printAnnotations(\r
1119             viewport.showAnnotation ? viewport.getAlignment()\r
1120                     .getAlignmentAnnotation() : null, viewport.getAlignment()\r
1121                     .getGroups(),\r
1122             ((Alignment) viewport.getAlignment()).alignmentProperties);\r
1123 \r
1124     if (displayTextbox)\r
1125     {\r
1126       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, this);\r
1127       Frame frame = new Frame();\r
1128       frame.add(cap);\r
1129       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Annotations", 600, 500);\r
1130       cap.setText(annotation);\r
1131     }\r
1132 \r
1133     return annotation;\r
1134   }\r
1135 \r
1136   private Hashtable getDisplayedFeatureCols()\r
1137   {\r
1138     if (alignPanel.getFeatureRenderer() != null && viewport.featuresDisplayed!=null)\r
1139     {\r
1140       FeatureRenderer fr = alignPanel.getFeatureRenderer();\r
1141       Hashtable fcols = new Hashtable();\r
1142       Enumeration en = viewport.featuresDisplayed.keys();\r
1143       while (en.hasMoreElements())\r
1144       {\r
1145         Object col = en.nextElement();\r
1146         fcols.put(col, fr.featureColours.get(col));\r
1147       }\r
1148       return fcols;\r
1149     }\r
1150     return null;\r
1151   }\r
1152 \r
1153   public String outputFeatures(boolean displayTextbox, String format)\r
1154   {\r
1155     String features;\r
1156     if (format.equalsIgnoreCase("Jalview"))\r
1157     {\r
1158       features = new FeaturesFile().printJalviewFormat(\r
1159               viewport.getAlignment().getSequencesArray(),\r
1160               getDisplayedFeatureCols());\r
1161     }\r
1162     else\r
1163     {\r
1164       features = new FeaturesFile().printGFFFormat(\r
1165               viewport.getAlignment().getSequencesArray(),\r
1166               getDisplayedFeatureCols());\r
1167     }\r
1168 \r
1169     if (displayTextbox)\r
1170     {\r
1171       boolean frimport=false;\r
1172       if (features==null || features.equals("No Features Visible"))\r
1173       {\r
1174         features = "# No features visible - paste some and import them here.";\r
1175         frimport=true;\r
1176       }\r
1177       \r
1178       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(frimport, this);\r
1179       if (frimport)\r
1180       {\r
1181         cap.setAnnotationImport();\r
1182       }\r
1183       Frame frame = new Frame();\r
1184       frame.add(cap);\r
1185       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Features", 600, 500);\r
1186       cap.setText(features);\r
1187     } else {\r
1188       if (features==null)\r
1189         features = "";\r
1190     }\r
1191 \r
1192     return features;\r
1193   }\r
1194 \r
1195   void launchFullApplication()\r
1196   {\r
1197     StringBuffer url = new StringBuffer(jalviewServletURL);\r
1198 \r
1199     url.append("?open="\r
1200             + appendProtocol(viewport.applet.getParameter("file")));\r
1201 \r
1202     if (viewport.applet.getParameter("features") != null)\r
1203     {\r
1204       url.append("&features=");\r
1205       url.append(appendProtocol(viewport.applet.getParameter("features")));\r
1206     }\r
1207 \r
1208     if (viewport.applet.getParameter("annotations") != null)\r
1209     {\r
1210       url.append("&annotations=");\r
1211       url.append(appendProtocol(viewport.applet.getParameter("annotations")));\r
1212     }\r
1213 \r
1214     if (viewport.applet.getParameter("jnetfile") != null)\r
1215     {\r
1216       url.append("&annotations=");\r
1217       url.append(appendProtocol(viewport.applet.getParameter("jnetfile")));\r
1218     }\r
1219 \r
1220     if (viewport.applet.getParameter("defaultColour") != null)\r
1221     {\r
1222       url.append("&colour="\r
1223               + removeWhiteSpace(viewport.applet\r
1224                       .getParameter("defaultColour")));\r
1225     }\r
1226 \r
1227     if (viewport.applet.getParameter("userDefinedColour") != null)\r
1228     {\r
1229       url.append("&colour="\r
1230               + removeWhiteSpace(viewport.applet\r
1231                       .getParameter("userDefinedColour")));\r
1232     }\r
1233     if (viewport.applet.getParameter("tree") != null)\r
1234     {\r
1235       url.append("&tree="\r
1236               + appendProtocol(viewport.applet.getParameter("tree")));\r
1237     }\r
1238     if (viewport.applet.getParameter("treeFile") != null)\r
1239     {\r
1240       url.append("&tree="\r
1241               + appendProtocol(viewport.applet.getParameter("treeFile")));\r
1242     }\r
1243 \r
1244     showURL(url.toString(), "FULL_APP");\r
1245   }\r
1246 \r
1247   String removeWhiteSpace(String colour)\r
1248   {\r
1249     StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
1250     for (int i = 0; i < colour.length(); i++)\r
1251     {\r
1252       if (Character.isWhitespace(colour.charAt(i)))\r
1253       {\r
1254         sb.append("%20");\r
1255       }\r
1256       else\r
1257       {\r
1258         sb.append(colour.charAt(i));\r
1259       }\r
1260     }\r
1261 \r
1262     return sb.toString();\r
1263   }\r
1264 \r
1265   String appendProtocol(String url)\r
1266   {\r
1267     try\r
1268     {\r
1269       new URL(url);\r
1270       url = URLEncoder.encode(url);\r
1271     }\r
1272     /*\r
1273      * When we finally deprecate 1.1 compatibility, we can start to use\r
1274      * URLEncoder.encode(url,"UTF-8") and then we'll need this catch: catch\r
1275      * (UnsupportedEncodingException ex) { System.err.println("WARNING -\r
1276      * IMPLEMENTATION ERROR - UNSUPPORTED ENCODING EXCEPTION FOR "+url);\r
1277      * ex.printStackTrace(); }\r
1278      */\r
1279     catch (java.net.MalformedURLException ex)\r
1280     {\r
1281       url = viewport.applet.getCodeBase() + url;\r
1282     }\r
1283     return url;\r
1284   }\r
1285 \r
1286   public void closeMenuItem_actionPerformed()\r
1287   {\r
1288     PaintRefresher.RemoveComponent(alignPanel);\r
1289     if (alignPanel.seqPanel!=null && alignPanel.seqPanel.seqCanvas!=null)\r
1290     {\r
1291       PaintRefresher.RemoveComponent(alignPanel.seqPanel.seqCanvas);\r
1292     }\r
1293     if (alignPanel.idPanel!=null && alignPanel.idPanel.idCanvas!=null) {\r
1294       PaintRefresher.RemoveComponent(alignPanel.idPanel.idCanvas);\r
1295     }\r
1296 \r
1297     if (PaintRefresher.components.size() == 0 && viewport.applet == null)\r
1298     {\r
1299       System.exit(0);\r
1300     } else {\r
1301     }\r
1302     viewport = null;\r
1303     alignPanel = null;\r
1304     this.dispose();\r
1305   }\r
1306 \r
1307   /**\r
1308    * TODO: JAL-1104\r
1309    */\r
1310   void updateEditMenuBar()\r
1311   {\r
1312 \r
1313     if (viewport.historyList.size() > 0)\r
1314     {\r
1315       undoMenuItem.setEnabled(true);\r
1316       CommandI command = (CommandI) viewport.historyList.peek();\r
1317       undoMenuItem.setLabel("Undo " + command.getDescription());\r
1318     }\r
1319     else\r
1320     {\r
1321       undoMenuItem.setEnabled(false);\r
1322       undoMenuItem.setLabel("Undo");\r
1323     }\r
1324 \r
1325     if (viewport.redoList.size() > 0)\r
1326     {\r
1327       redoMenuItem.setEnabled(true);\r
1328 \r
1329       CommandI command = (CommandI) viewport.redoList.peek();\r
1330       redoMenuItem.setLabel("Redo " + command.getDescription());\r
1331     }\r
1332     else\r
1333     {\r
1334       redoMenuItem.setEnabled(false);\r
1335       redoMenuItem.setLabel("Redo");\r
1336     }\r
1337   }\r
1338 \r
1339   /**\r
1340    * TODO: JAL-1104\r
1341    */\r
1342   public void addHistoryItem(CommandI command)\r
1343   {\r
1344     if (command.getSize() > 0)\r
1345     {\r
1346       viewport.historyList.push(command);\r
1347       viewport.redoList.removeAllElements();\r
1348       updateEditMenuBar();\r
1349       viewport.updateHiddenColumns();\r
1350     }\r
1351   }\r
1352 \r
1353   /**\r
1354    * TODO: JAL-1104\r
1355    * DOCUMENT ME!\r
1356    * \r
1357    * @param e\r
1358    *          DOCUMENT ME!\r
1359    */\r
1360   protected void undoMenuItem_actionPerformed()\r
1361   {\r
1362     if (viewport.historyList.size() < 1)\r
1363     {\r
1364       return;\r
1365     }\r
1366 \r
1367     CommandI command = (CommandI) viewport.historyList.pop();\r
1368     viewport.redoList.push(command);\r
1369     command.undoCommand(null);\r
1370 \r
1371     AlignViewport originalSource = getOriginatingSource(command);\r
1372     // JBPNote Test\r
1373     if (originalSource!=viewport) {\r
1374       System.err.println("Warning: Viewport object mismatch whilst undoing");\r
1375     }\r
1376     originalSource.updateHiddenColumns(); //    originalSource.hasHiddenColumns = viewport.getColumnSelection().getHiddenColumns() != null;\r
1377     updateEditMenuBar();\r
1378     originalSource.firePropertyChange("alignment", null,\r
1379             originalSource.getAlignment().getSequences());\r
1380   }\r
1381 \r
1382   /**\r
1383    * TODO: JAL-1104\r
1384    * DOCUMENT ME!\r
1385    * \r
1386    * @param e\r
1387    *          DOCUMENT ME!\r
1388    */\r
1389   protected void redoMenuItem_actionPerformed()\r
1390   {\r
1391     if (viewport.redoList.size() < 1)\r
1392     {\r
1393       return;\r
1394     }\r
1395 \r
1396     CommandI command = (CommandI) viewport.redoList.pop();\r
1397     viewport.historyList.push(command);\r
1398     command.doCommand(null);\r
1399 \r
1400     AlignViewport originalSource = getOriginatingSource(command);\r
1401     // JBPNote Test\r
1402     if (originalSource!=viewport) {\r
1403       System.err.println("Warning: Viewport object mismatch whilst re-doing");\r
1404     }\r
1405     originalSource.updateHiddenColumns(); //sethasHiddenColumns(); = viewport.getColumnSelection().getHiddenColumns() != null;\r
1406 \r
1407     updateEditMenuBar();\r
1408     originalSource.firePropertyChange("alignment", null,\r
1409             originalSource.getAlignment().getSequences());\r
1410   }\r
1411 \r
1412   AlignViewport getOriginatingSource(CommandI command)\r
1413   {\r
1414     AlignViewport originalSource = null;\r
1415     // For sequence removal and addition, we need to fire\r
1416     // the property change event FROM the viewport where the\r
1417     // original alignment was altered\r
1418     AlignmentI al = null;\r
1419     if (command instanceof EditCommand)\r
1420     {\r
1421       EditCommand editCommand = (EditCommand) command;\r
1422       al = editCommand.getAlignment();\r
1423       Vector comps = (Vector) PaintRefresher.components.get(viewport\r
1424               .getSequenceSetId());\r
1425       for (int i = 0; i < comps.size(); i++)\r
1426       {\r
1427         if (comps.elementAt(i) instanceof AlignmentPanel)\r
1428         {\r
1429           if (al == ((AlignmentPanel) comps.elementAt(i)).av.getAlignment())\r
1430           {\r
1431             originalSource = ((AlignmentPanel) comps.elementAt(i)).av;\r
1432             break;\r
1433           }\r
1434         }\r
1435       }\r
1436     }\r
1437 \r
1438     if (originalSource == null)\r
1439     {\r
1440       // The original view is closed, we must validate\r
1441       // the current view against the closed view first\r
1442       if (al != null)\r
1443       {\r
1444         PaintRefresher.validateSequences(al, viewport.getAlignment());\r
1445       }\r
1446 \r
1447       originalSource = viewport;\r
1448     }\r
1449 \r
1450     return originalSource;\r
1451   }\r
1452 \r
1453   public void moveSelectedSequences(boolean up)\r
1454   {\r
1455     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1456     if (sg == null)\r
1457     {\r
1458       return;\r
1459     }\r
1460 \r
1461     if (up)\r
1462     {\r
1463       for (int i = 1; i < viewport.getAlignment().getHeight(); i++)\r
1464       {\r
1465         SequenceI seq = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
1466         if (!sg.getSequences(null).contains(seq))\r
1467         {\r
1468           continue;\r
1469         }\r
1470 \r
1471         SequenceI temp = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i - 1);\r
1472         if (sg.getSequences(null).contains(temp))\r
1473         {\r
1474           continue;\r
1475         }\r
1476 \r
1477         viewport.getAlignment().getSequences().setElementAt(temp, i);\r
1478         viewport.getAlignment().getSequences().setElementAt(seq, i - 1);\r
1479       }\r
1480     }\r
1481     else\r
1482     {\r
1483       for (int i = viewport.getAlignment().getHeight() - 2; i > -1; i--)\r
1484       {\r
1485         SequenceI seq = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
1486         if (!sg.getSequences(viewport.getHiddenRepSequences()).contains(seq))\r
1487         {\r
1488           continue;\r
1489         }\r
1490 \r
1491         SequenceI temp = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i + 1);\r
1492         if (sg.getSequences(viewport.getHiddenRepSequences()).contains(temp))\r
1493         {\r
1494           continue;\r
1495         }\r
1496 \r
1497         viewport.getAlignment().getSequences().setElementAt(temp, i);\r
1498         viewport.getAlignment().getSequences().setElementAt(seq, i + 1);\r
1499       }\r
1500     }\r
1501 \r
1502     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1503   }\r
1504 \r
1505   synchronized void slideSequences(boolean right, int size)\r
1506   {\r
1507     Vector sg = new Vector();\r
1508     if (viewport.cursorMode)\r
1509     {\r
1510       sg.addElement(viewport.getAlignment()\r
1511               .getSequenceAt(alignPanel.seqPanel.seqCanvas.cursorY));\r
1512     }\r
1513     else if (viewport.getSelectionGroup() != null\r
1514             && viewport.getSelectionGroup().getSize() != viewport.getAlignment()\r
1515                     .getHeight())\r
1516     {\r
1517       sg = viewport.getSelectionGroup().getSequences(\r
1518               viewport.getHiddenRepSequences());\r
1519     }\r
1520 \r
1521     if (sg.size() < 1)\r
1522     {\r
1523       return;\r
1524     }\r
1525 \r
1526     Vector invertGroup = new Vector();\r
1527 \r
1528     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getHeight(); i++)\r
1529     {\r
1530       if (!sg.contains(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
1531         invertGroup.addElement(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i));\r
1532     }\r
1533 \r
1534     SequenceI[] seqs1 = new SequenceI[sg.size()];\r
1535     for (int i = 0; i < sg.size(); i++)\r
1536       seqs1[i] = (SequenceI) sg.elementAt(i);\r
1537 \r
1538     SequenceI[] seqs2 = new SequenceI[invertGroup.size()];\r
1539     for (int i = 0; i < invertGroup.size(); i++)\r
1540       seqs2[i] = (SequenceI) invertGroup.elementAt(i);\r
1541 \r
1542     SlideSequencesCommand ssc;\r
1543     if (right)\r
1544       ssc = new SlideSequencesCommand("Slide Sequences", seqs2, seqs1,\r
1545               size, viewport.getGapCharacter());\r
1546     else\r
1547       ssc = new SlideSequencesCommand("Slide Sequences", seqs1, seqs2,\r
1548               size, viewport.getGapCharacter());\r
1549 \r
1550     int groupAdjustment = 0;\r
1551     if (ssc.getGapsInsertedBegin() && right)\r
1552     {\r
1553       if (viewport.cursorMode)\r
1554         alignPanel.seqPanel.moveCursor(size, 0);\r
1555       else\r
1556         groupAdjustment = size;\r
1557     }\r
1558     else if (!ssc.getGapsInsertedBegin() && !right)\r
1559     {\r
1560       if (viewport.cursorMode)\r
1561         alignPanel.seqPanel.moveCursor(-size, 0);\r
1562       else\r
1563         groupAdjustment = -size;\r
1564     }\r
1565 \r
1566     if (groupAdjustment != 0)\r
1567     {\r
1568       viewport.getSelectionGroup().setStartRes(\r
1569               viewport.getSelectionGroup().getStartRes() + groupAdjustment);\r
1570       viewport.getSelectionGroup().setEndRes(\r
1571               viewport.getSelectionGroup().getEndRes() + groupAdjustment);\r
1572     }\r
1573 \r
1574     boolean appendHistoryItem = false;\r
1575     if (viewport.historyList != null && viewport.historyList.size() > 0\r
1576             && viewport.historyList.peek() instanceof SlideSequencesCommand)\r
1577     {\r
1578       appendHistoryItem = ssc\r
1579               .appendSlideCommand((SlideSequencesCommand) viewport.historyList\r
1580                       .peek());\r
1581     }\r
1582 \r
1583     if (!appendHistoryItem)\r
1584       addHistoryItem(ssc);\r
1585 \r
1586     repaint();\r
1587   }\r
1588 \r
1589   static StringBuffer copiedSequences;\r
1590 \r
1591   static Vector copiedHiddenColumns;\r
1592 \r
1593   protected void copy_actionPerformed()\r
1594   {\r
1595     if (viewport.getSelectionGroup() == null)\r
1596     {\r
1597       return;\r
1598     }\r
1599 \r
1600     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1601     copiedSequences = new StringBuffer();\r
1602     Hashtable orderedSeqs = new Hashtable();\r
1603     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
1604     {\r
1605       SequenceI seq = sg.getSequenceAt(i);\r
1606       int index = viewport.getAlignment().findIndex(seq);\r
1607       orderedSeqs.put(index + "", seq);\r
1608     }\r
1609 \r
1610     int index = 0, startRes, endRes;\r
1611     char ch;\r
1612 \r
1613     if (viewport.hasHiddenColumns() && viewport.getSelectionGroup() != null)\r
1614     {\r
1615       copiedHiddenColumns = new Vector();\r
1616       int hiddenOffset = viewport.getSelectionGroup().getStartRes();\r
1617       for (int i = 0; i < viewport.getColumnSelection().getHiddenColumns()\r
1618               .size(); i++)\r
1619       {\r
1620         int[] region = (int[]) viewport.getColumnSelection()\r
1621                 .getHiddenColumns().elementAt(i);\r
1622 \r
1623         copiedHiddenColumns.addElement(new int[]\r
1624         { region[0] - hiddenOffset, region[1] - hiddenOffset });\r
1625       }\r
1626     }\r
1627     else\r
1628     {\r
1629       copiedHiddenColumns = null;\r
1630     }\r
1631 \r
1632     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
1633     {\r
1634       SequenceI seq = null;\r
1635 \r
1636       while (seq == null)\r
1637       {\r
1638         if (orderedSeqs.containsKey(index + ""))\r
1639         {\r
1640           seq = (SequenceI) orderedSeqs.get(index + "");\r
1641           index++;\r
1642 \r
1643           break;\r
1644         }\r
1645         else\r
1646         {\r
1647           index++;\r
1648         }\r
1649       }\r
1650 \r
1651       // FIND START RES\r
1652       // Returns residue following index if gap\r
1653       startRes = seq.findPosition(sg.getStartRes());\r
1654 \r
1655       // FIND END RES\r
1656       // Need to find the residue preceeding index if gap\r
1657       endRes = 0;\r
1658 \r
1659       for (int j = 0; j < sg.getEndRes() + 1 && j < seq.getLength(); j++)\r
1660       {\r
1661         ch = seq.getCharAt(j);\r
1662         if (!jalview.util.Comparison.isGap((ch)))\r
1663         {\r
1664           endRes++;\r
1665         }\r
1666       }\r
1667 \r
1668       if (endRes > 0)\r
1669       {\r
1670         endRes += seq.getStart() - 1;\r
1671       }\r
1672 \r
1673       copiedSequences.append(seq.getName()\r
1674               + "\t"\r
1675               + startRes\r
1676               + "\t"\r
1677               + endRes\r
1678               + "\t"\r
1679               + seq.getSequenceAsString(sg.getStartRes(),\r
1680                       sg.getEndRes() + 1) + "\n");\r
1681     }\r
1682 \r
1683   }\r
1684 \r
1685   protected void pasteNew_actionPerformed()\r
1686   {\r
1687     paste(true);\r
1688   }\r
1689 \r
1690   protected void pasteThis_actionPerformed()\r
1691   {\r
1692     paste(false);\r
1693   }\r
1694 \r
1695   void paste(boolean newAlignment)\r
1696   {\r
1697     try\r
1698     {\r
1699 \r
1700       if (copiedSequences == null)\r
1701       {\r
1702         return;\r
1703       }\r
1704 \r
1705       StringTokenizer st = new StringTokenizer(copiedSequences.toString());\r
1706       Vector seqs = new Vector();\r
1707       while (st.hasMoreElements())\r
1708       {\r
1709         String name = st.nextToken();\r
1710         int start = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
1711         int end = Integer.parseInt(st.nextToken());\r
1712         seqs.addElement(new Sequence(name, st.nextToken(), start, end));\r
1713       }\r
1714       SequenceI[] newSeqs = new SequenceI[seqs.size()];\r
1715       for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
1716       {\r
1717         newSeqs[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
1718       }\r
1719 \r
1720       if (newAlignment)\r
1721       {\r
1722         String newtitle = new String("Copied sequences");\r
1723         if (getTitle().startsWith("Copied sequences"))\r
1724         {\r
1725           newtitle = getTitle();\r
1726         }\r
1727         else\r
1728         {\r
1729           newtitle = newtitle.concat("- from " + getTitle());\r
1730         }\r
1731         AlignFrame af = new AlignFrame(new Alignment(newSeqs),\r
1732                 viewport.applet, newtitle, false);\r
1733         if (copiedHiddenColumns != null)\r
1734         {\r
1735           for (int i = 0; i < copiedHiddenColumns.size(); i++)\r
1736           {\r
1737             int[] region = (int[]) copiedHiddenColumns.elementAt(i);\r
1738             af.viewport.hideColumns(region[0], region[1]);\r
1739           }\r
1740         }\r
1741 \r
1742         jalview.bin.JalviewLite.addFrame(af, newtitle, DEFAULT_WIDTH,\r
1743                 DEFAULT_HEIGHT);\r
1744       }\r
1745       else\r
1746       {\r
1747         addSequences(newSeqs);\r
1748       }\r
1749 \r
1750     } catch (Exception ex)\r
1751     {\r
1752     } // could be anything being pasted in here\r
1753 \r
1754   }\r
1755 \r
1756   void addSequences(SequenceI[] seqs)\r
1757   {\r
1758     for (int i = 0; i < seqs.length; i++)\r
1759     {\r
1760       viewport.getAlignment().addSequence(seqs[i]);\r
1761     }\r
1762 \r
1763     // !newAlignment\r
1764     addHistoryItem(new EditCommand("Add sequences", EditCommand.PASTE,\r
1765             seqs, 0, viewport.getAlignment().getWidth(), viewport.getAlignment()));\r
1766 \r
1767     viewport.setEndSeq(viewport.getAlignment().getHeight());\r
1768     viewport.getAlignment().getWidth();\r
1769     viewport.firePropertyChange("alignment", null,\r
1770             viewport.getAlignment().getSequences());\r
1771 \r
1772   }\r
1773 \r
1774   protected void cut_actionPerformed()\r
1775   {\r
1776     copy_actionPerformed();\r
1777     delete_actionPerformed();\r
1778   }\r
1779 \r
1780   protected void delete_actionPerformed()\r
1781   {\r
1782 \r
1783     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1784     if (sg == null)\r
1785     {\r
1786       return;\r
1787     }\r
1788 \r
1789     Vector seqs = new Vector();\r
1790     SequenceI seq;\r
1791     for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
1792     {\r
1793       seq = sg.getSequenceAt(i);\r
1794       seqs.addElement(seq);\r
1795     }\r
1796 \r
1797     // If the cut affects all sequences, remove highlighted columns\r
1798     if (sg.getSize() == viewport.getAlignment().getHeight())\r
1799     {\r
1800       viewport.getColumnSelection().removeElements(sg.getStartRes(),\r
1801               sg.getEndRes() + 1);\r
1802     }\r
1803 \r
1804     SequenceI[] cut = new SequenceI[seqs.size()];\r
1805     for (int i = 0; i < seqs.size(); i++)\r
1806     {\r
1807       cut[i] = (SequenceI) seqs.elementAt(i);\r
1808     }\r
1809 \r
1810     /*\r
1811      * //ADD HISTORY ITEM\r
1812      */\r
1813     addHistoryItem(new EditCommand("Cut Sequences", EditCommand.CUT, cut,\r
1814             sg.getStartRes(), sg.getEndRes() - sg.getStartRes() + 1,\r
1815             viewport.getAlignment()));\r
1816 \r
1817     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1818     viewport.getAlignment().deleteGroup(sg);\r
1819 \r
1820     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment()\r
1821             .getSequences());\r
1822 \r
1823     if (viewport.getAlignment().getHeight() < 1)\r
1824     {\r
1825       this.setVisible(false);\r
1826     }\r
1827     viewport.sendSelection();\r
1828   }\r
1829 \r
1830   /**\r
1831    * group consensus toggled\r
1832    * \r
1833    */\r
1834   protected void showGroupConsensus_actionPerformed()\r
1835   {\r
1836     viewport.setShowGroupConsensus(showGroupConsensus.getState());\r
1837     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1838 \r
1839   }\r
1840 \r
1841   /**\r
1842    * group conservation toggled.\r
1843    */\r
1844   protected void showGroupConservation_actionPerformed()\r
1845   {\r
1846     viewport.setShowGroupConservation(showGroupConservation.getState());\r
1847     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1848   }\r
1849 \r
1850   /*\r
1851    * (non-Javadoc)\r
1852    * \r
1853    * @see\r
1854    * jalview.jbgui.GAlignFrame#showConsensusHistogram_actionPerformed(java.awt\r
1855    * .event.ActionEvent)\r
1856    */\r
1857   protected void showConsensusHistogram_actionPerformed()\r
1858   {\r
1859     viewport.setShowConsensusHistogram(showConsensusHistogram.getState());\r
1860     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1861   }\r
1862   /*\r
1863    * (non-Javadoc)\r
1864    * \r
1865    * @see\r
1866    * jalview.jbgui.GAlignFrame#showConsensusProfile_actionPerformed(java.awt\r
1867    * .event.ActionEvent)\r
1868    */\r
1869   protected void showSequenceLogo_actionPerformed()\r
1870   {\r
1871     viewport.setShowSequenceLogo(showSequenceLogo.getState());\r
1872     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1873   }\r
1874 \r
1875   protected void applyAutoAnnotationSettings_actionPerformed()\r
1876   {\r
1877     alignPanel.updateAnnotation(applyAutoAnnotationSettings.getState());\r
1878   }\r
1879 \r
1880   protected void makeGrpsFromSelection_actionPerformed()\r
1881   {\r
1882     if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
1883     {\r
1884       SequenceGroup[] gps = jalview.analysis.Grouping.makeGroupsFrom(\r
1885               viewport.getSequenceSelection(),\r
1886               viewport.getAlignmentView(true).getSequenceStrings(\r
1887                       viewport.getGapCharacter()),\r
1888               viewport.getAlignment().getGroups());\r
1889       viewport.getAlignment().deleteAllGroups();\r
1890       viewport.sequenceColours = null;\r
1891       viewport.setSelectionGroup(null);\r
1892       // set view properties for each group\r
1893       for (int g = 0; g < gps.length; g++)\r
1894       {\r
1895         // gps[g].setShowunconserved(viewport.getShowUnconserved());\r
1896         gps[g].setshowSequenceLogo(viewport.isShowSequenceLogo());\r
1897         viewport.getAlignment().addGroup(gps[g]);\r
1898         Color col = new Color((int) (Math.random() * 255),\r
1899                 (int) (Math.random() * 255), (int) (Math.random() * 255));\r
1900         col = col.brighter();\r
1901         for (Enumeration sq = gps[g].getSequences(null).elements(); sq\r
1902                 .hasMoreElements(); viewport.setSequenceColour(\r
1903                 (SequenceI) sq.nextElement(), col))\r
1904           ;\r
1905       }\r
1906       PaintRefresher.Refresh(this, viewport.getSequenceSetId());\r
1907       alignPanel.updateAnnotation();\r
1908       alignPanel.paintAlignment(true);\r
1909     }\r
1910   }\r
1911 \r
1912   protected void deleteGroups_actionPerformed()\r
1913   {\r
1914     viewport.getAlignment().deleteAllGroups();\r
1915     viewport.sequenceColours = null;\r
1916     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1917 \r
1918     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1919   }\r
1920 \r
1921   public void selectAllSequenceMenuItem_actionPerformed()\r
1922   {\r
1923     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
1924     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
1925     {\r
1926       sg.addSequence(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i), false);\r
1927     }\r
1928     sg.setEndRes(viewport.getAlignment().getWidth() - 1);\r
1929     viewport.setSelectionGroup(sg);\r
1930     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1931     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1932     viewport.sendSelection();\r
1933   }\r
1934 \r
1935   public void deselectAllSequenceMenuItem_actionPerformed()\r
1936   {\r
1937     if (viewport.cursorMode)\r
1938     {\r
1939       alignPanel.seqPanel.keyboardNo1 = null;\r
1940       alignPanel.seqPanel.keyboardNo2 = null;\r
1941     }\r
1942     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1943     viewport.getColumnSelection().clear();\r
1944     viewport.setSelectionGroup(null);\r
1945     alignPanel.idPanel.idCanvas.searchResults = null;\r
1946     alignPanel.seqPanel.seqCanvas.highlightSearchResults(null);\r
1947     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1948     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1949     viewport.sendSelection();\r
1950   }\r
1951 \r
1952   public void invertSequenceMenuItem_actionPerformed()\r
1953   {\r
1954     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();\r
1955     for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
1956     {\r
1957       sg.addOrRemove(viewport.getAlignment().getSequenceAt(i), false);\r
1958     }\r
1959 \r
1960     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1961     viewport.sendSelection();\r
1962   }\r
1963 \r
1964   public void invertColSel_actionPerformed()\r
1965   {\r
1966     viewport.invertColumnSelection();\r
1967     alignPanel.paintAlignment(true);\r
1968     PaintRefresher.Refresh(alignPanel, viewport.getSequenceSetId());\r
1969     viewport.sendSelection();\r
1970   }\r
1971 \r
1972   void trimAlignment(boolean trimLeft)\r
1973   {\r
1974     ColumnSelection colSel = viewport.getColumnSelection();\r
1975     int column;\r
1976 \r
1977     if (colSel.size() > 0)\r
1978     {\r
1979       if (trimLeft)\r
1980       {\r
1981         column = colSel.getMin();\r
1982       }\r
1983       else\r
1984       {\r
1985         column = colSel.getMax();\r
1986       }\r
1987 \r
1988       SequenceI[] seqs;\r
1989       if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
1990       {\r
1991         seqs = viewport.getSelectionGroup().getSequencesAsArray(\r
1992                 viewport.getHiddenRepSequences());\r
1993       }\r
1994       else\r
1995       {\r
1996         seqs = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
1997       }\r
1998 \r
1999       TrimRegionCommand trimRegion;\r
2000       if (trimLeft)\r
2001       {\r
2002         trimRegion = new TrimRegionCommand("Remove Left",\r
2003                 TrimRegionCommand.TRIM_LEFT, seqs, column,\r
2004                 viewport.getAlignment(), viewport.getColumnSelection(),\r
2005                 viewport.getSelectionGroup());\r
2006         viewport.setStartRes(0);\r
2007       }\r
2008       else\r
2009       {\r
2010         trimRegion = new TrimRegionCommand("Remove Right",\r
2011                 TrimRegionCommand.TRIM_RIGHT, seqs, column,\r
2012                 viewport.getAlignment(), viewport.getColumnSelection(),\r
2013                 viewport.getSelectionGroup());\r
2014       }\r
2015 \r
2016       statusBar.setText("Removed " + trimRegion.getSize() + " columns.");\r
2017 \r
2018       addHistoryItem(trimRegion);\r
2019 \r
2020       Vector groups = viewport.getAlignment().getGroups();\r
2021 \r
2022       for (int i = 0; i < groups.size(); i++)\r
2023       {\r
2024         SequenceGroup sg = (SequenceGroup) groups.elementAt(i);\r
2025 \r
2026         if ((trimLeft && !sg.adjustForRemoveLeft(column))\r
2027                 || (!trimLeft && !sg.adjustForRemoveRight(column)))\r
2028         {\r
2029           viewport.getAlignment().deleteGroup(sg);\r
2030         }\r
2031       }\r
2032 \r
2033       viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport\r
2034               .getAlignment().getSequences());\r
2035     }\r
2036   }\r
2037 \r
2038   public void removeGappedColumnMenuItem_actionPerformed()\r
2039   {\r
2040     int start = 0, end = viewport.getAlignment().getWidth() - 1;\r
2041 \r
2042     SequenceI[] seqs;\r
2043     if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
2044     {\r
2045       seqs = viewport.getSelectionGroup().getSequencesAsArray(\r
2046               viewport.getHiddenRepSequences());\r
2047       start = viewport.getSelectionGroup().getStartRes();\r
2048       end = viewport.getSelectionGroup().getEndRes();\r
2049     }\r
2050     else\r
2051     {\r
2052       seqs = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2053     }\r
2054 \r
2055     RemoveGapColCommand removeGapCols = new RemoveGapColCommand(\r
2056             "Remove Gapped Columns", seqs, start, end, viewport.getAlignment());\r
2057 \r
2058     addHistoryItem(removeGapCols);\r
2059 \r
2060     statusBar.setText("Removed " + removeGapCols.getSize()\r
2061             + " empty columns.");\r
2062 \r
2063     // This is to maintain viewport position on first residue\r
2064     // of first sequence\r
2065     SequenceI seq = viewport.getAlignment().getSequenceAt(0);\r
2066     int startRes = seq.findPosition(viewport.startRes);\r
2067     // ShiftList shifts;\r
2068     // viewport.getAlignment().removeGaps(shifts=new ShiftList());\r
2069     // edit.alColumnChanges=shifts.getInverse();\r
2070     // if (viewport.hasHiddenColumns)\r
2071     // viewport.getColumnSelection().compensateForEdits(shifts);\r
2072     viewport.setStartRes(seq.findIndex(startRes) - 1);\r
2073     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment()\r
2074             .getSequences());\r
2075 \r
2076   }\r
2077 \r
2078   public void removeAllGapsMenuItem_actionPerformed()\r
2079   {\r
2080     int start = 0, end = viewport.getAlignment().getWidth() - 1;\r
2081 \r
2082     SequenceI[] seqs;\r
2083     if (viewport.getSelectionGroup() != null)\r
2084     {\r
2085       seqs = viewport.getSelectionGroup().getSequencesAsArray(\r
2086               viewport.getHiddenRepSequences());\r
2087       start = viewport.getSelectionGroup().getStartRes();\r
2088       end = viewport.getSelectionGroup().getEndRes();\r
2089     }\r
2090     else\r
2091     {\r
2092       seqs = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2093     }\r
2094 \r
2095     // This is to maintain viewport position on first residue\r
2096     // of first sequence\r
2097     SequenceI seq = viewport.getAlignment().getSequenceAt(0);\r
2098     int startRes = seq.findPosition(viewport.startRes);\r
2099 \r
2100     addHistoryItem(new RemoveGapsCommand("Remove Gaps", seqs, start, end,\r
2101             viewport.getAlignment()));\r
2102 \r
2103     viewport.setStartRes(seq.findIndex(startRes) - 1);\r
2104 \r
2105     viewport.firePropertyChange("alignment", null, viewport.getAlignment()\r
2106             .getSequences());\r
2107 \r
2108   }\r
2109 \r
2110   public void findMenuItem_actionPerformed()\r
2111   {\r
2112     new Finder(alignPanel);\r
2113   }\r
2114 \r
2115   /**\r
2116    * create a new view derived from the current view\r
2117    * \r
2118    * @param viewtitle\r
2119    * @return frame for the new view\r
2120    */\r
2121   public AlignFrame newView(String viewtitle)\r
2122   {\r
2123     AlignmentI newal;\r
2124     if (viewport.hasHiddenRows())\r
2125     {\r
2126       newal = new Alignment(viewport.getAlignment().getHiddenSequences()\r
2127               .getFullAlignment().getSequencesArray());\r
2128     }\r
2129     else\r
2130     {\r
2131       newal = new Alignment(viewport.getAlignment().getSequencesArray());\r
2132     }\r
2133 \r
2134     if (viewport.getAlignment().getAlignmentAnnotation() != null)\r
2135     {\r
2136       for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getAlignmentAnnotation().length; i++)\r
2137       {\r
2138         if (!viewport.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[i].autoCalculated)\r
2139         {\r
2140           newal.addAnnotation(viewport.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[i]);\r
2141         }\r
2142       }\r
2143     }\r
2144 \r
2145     AlignFrame newaf = new AlignFrame(newal, viewport.applet, "", false);\r
2146 \r
2147     newaf.viewport.setSequenceSetId(alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2148     PaintRefresher.Register(alignPanel, alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2149     PaintRefresher.Register(newaf.alignPanel,\r
2150             newaf.alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2151 \r
2152     PaintRefresher.Register(newaf.alignPanel.idPanel.idCanvas,\r
2153             newaf.alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2154     PaintRefresher.Register(newaf.alignPanel.seqPanel.seqCanvas,\r
2155             newaf.alignPanel.av.getSequenceSetId());\r
2156 \r
2157     Vector comps = (Vector) PaintRefresher.components.get(viewport\r
2158             .getSequenceSetId());\r
2159     int viewSize = -1;\r
2160     for (int i = 0; i < comps.size(); i++)\r
2161     {\r
2162       if (comps.elementAt(i) instanceof AlignmentPanel)\r
2163       {\r
2164         viewSize++;\r
2165       }\r
2166     }\r
2167 \r
2168     String title = new String(this.getTitle());\r
2169     if (viewtitle != null)\r
2170     {\r
2171       title = viewtitle + " ( " + title + ")";\r
2172     }\r
2173     else\r
2174     {\r
2175       if (title.indexOf("(View") > -1)\r
2176       {\r
2177         title = title.substring(0, title.indexOf("(View"));\r
2178       }\r
2179       title += "(View " + viewSize + ")";\r
2180     }\r
2181 \r
2182     newaf.setTitle(title.toString());\r
2183 \r
2184     newaf.viewport.historyList = viewport.historyList;\r
2185     newaf.viewport.redoList = viewport.redoList;\r
2186     return newaf;\r
2187   }\r
2188 \r
2189   /**\r
2190    * \r
2191    * @return list of feature groups on the view\r
2192    */\r
2193   public String[] getFeatureGroups()\r
2194   {\r
2195     FeatureRenderer fr = null;\r
2196     if (alignPanel != null\r
2197             && (fr = alignPanel.getFeatureRenderer()) != null)\r
2198     {\r
2199       return fr.getGroups();\r
2200     }\r
2201     return null;\r
2202   }\r
2203 \r
2204   /**\r
2205    * get sequence feature groups that are hidden or shown\r
2206    * \r
2207    * @param visible\r
2208    *          true is visible\r
2209    * @return list\r
2210    */\r
2211   public String[] getFeatureGroupsOfState(boolean visible)\r
2212   {\r
2213     FeatureRenderer fr = null;\r
2214     if (alignPanel != null\r
2215             && (fr = alignPanel.getFeatureRenderer()) != null)\r
2216     {\r
2217       return fr.getGroups(visible);\r
2218     }\r
2219     return null;\r
2220   }\r
2221 \r
2222   /**\r
2223    * Change the display state for the given feature groups\r
2224    * \r
2225    * @param groups\r
2226    *          list of group strings\r
2227    * @param state\r
2228    *          visible or invisible\r
2229    */\r
2230   public void setFeatureGroupState(String[] groups, boolean state)\r
2231   {\r
2232     FeatureRenderer fr = null;\r
2233     this.sequenceFeatures.setState(true);\r
2234     viewport.showSequenceFeatures(true);\r
2235     if (alignPanel != null\r
2236             && (fr = alignPanel.getFeatureRenderer()) != null)\r
2237     {\r
2238       fr.setGroupState(groups, state);\r
2239       alignPanel.seqPanel.seqCanvas.repaint();\r
2240       if (alignPanel.overviewPanel != null)\r
2241       {\r
2242         alignPanel.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
2243       }\r
2244     }\r
2245   }\r
2246 \r
2247   public void seqLimits_itemStateChanged()\r
2248   {\r
2249     viewport.setShowJVSuffix(seqLimits.getState());\r
2250     alignPanel.fontChanged();\r
2251     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2252   }\r
2253 \r
2254   protected void colourTextMenuItem_actionPerformed()\r
2255   {\r
2256     viewport.setColourText(colourTextMenuItem.getState());\r
2257     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2258   }\r
2259 \r
2260   protected void displayNonconservedMenuItem_actionPerformed()\r
2261   {\r
2262     viewport.setShowunconserved(displayNonconservedMenuItem.getState());\r
2263     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2264   }\r
2265 \r
2266   protected void wrapMenuItem_actionPerformed()\r
2267   {\r
2268     viewport.setWrapAlignment(wrapMenuItem.getState());\r
2269     alignPanel.setWrapAlignment(wrapMenuItem.getState());\r
2270     scaleAbove.setEnabled(wrapMenuItem.getState());\r
2271     scaleLeft.setEnabled(wrapMenuItem.getState());\r
2272     scaleRight.setEnabled(wrapMenuItem.getState());\r
2273     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2274   }\r
2275 \r
2276   public void overviewMenuItem_actionPerformed()\r
2277   {\r
2278     if (alignPanel.overviewPanel != null)\r
2279     {\r
2280       return;\r
2281     }\r
2282 \r
2283     Frame frame = new Frame();\r
2284     OverviewPanel overview = new OverviewPanel(alignPanel);\r
2285     frame.add(overview);\r
2286     // +50 must allow for applet frame window\r
2287     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Overview " + this.getTitle(),\r
2288             overview.getPreferredSize().width,\r
2289             overview.getPreferredSize().height + 50);\r
2290 \r
2291     frame.pack();\r
2292     final AlignmentPanel ap=alignPanel;\r
2293     frame.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
2294     {\r
2295       public void windowClosing(WindowEvent e)\r
2296       {\r
2297         if (ap!=null) {\r
2298           ap.setOverviewPanel(null);\r
2299         }\r
2300       };\r
2301     });\r
2302 \r
2303     alignPanel.setOverviewPanel(overview);\r
2304 \r
2305   }\r
2306 \r
2307   void changeColour(ColourSchemeI cs)\r
2308   {\r
2309     int threshold = 0;\r
2310 \r
2311     if (cs != null)\r
2312     {\r
2313       if (viewport.getAbovePIDThreshold())\r
2314       {\r
2315         threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(alignPanel, cs,\r
2316                 "Background");\r
2317 \r
2318         cs.setThreshold(threshold, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
2319 \r
2320         viewport.setGlobalColourScheme(cs);\r
2321       }\r
2322       else\r
2323       {\r
2324         cs.setThreshold(0, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
2325       }\r
2326 \r
2327       if (viewport.getConservationSelected())\r
2328       {\r
2329 \r
2330         Alignment al = (Alignment) viewport.getAlignment();\r
2331         Conservation c = new Conservation("All",\r
2332                 ResidueProperties.propHash, 3, al.getSequences(), 0,\r
2333                 al.getWidth() - 1);\r
2334 \r
2335         c.calculate();\r
2336         c.verdict(false, viewport.getConsPercGaps());\r
2337 \r
2338         cs.setConservation(c);\r
2339 \r
2340         cs.setConservationInc(SliderPanel.setConservationSlider(alignPanel,\r
2341                 cs, "Background"));\r
2342 \r
2343       }\r
2344       else\r
2345       {\r
2346         cs.setConservation(null);\r
2347       }\r
2348 \r
2349       cs.setConsensus(viewport.getSequenceConsensusHash());\r
2350 \r
2351     }             \r
2352     viewport.setGlobalColourScheme(cs);\r
2353 \r
2354     if (viewport.getColourAppliesToAllGroups())\r
2355     {\r
2356       Vector groups = viewport.getAlignment().getGroups();\r
2357       for (int i = 0; i < groups.size(); i++)\r
2358       {\r
2359         SequenceGroup sg = (SequenceGroup) groups.elementAt(i);\r
2360 \r
2361         if (cs == null)\r
2362         {\r
2363           sg.cs = null;\r
2364           continue;\r
2365         }\r
2366         if (cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
2367         {\r
2368           sg.cs = new ClustalxColourScheme(\r
2369                   sg.getSequences(viewport.getHiddenRepSequences()),\r
2370                   sg.getWidth());\r
2371         }\r
2372         else\r
2373         {\r
2374           try\r
2375           {\r
2376             sg.cs = cs.getClass().newInstance();\r
2377           } catch (Exception ex)\r
2378           {\r
2379             ex.printStackTrace();\r
2380             sg.cs = cs;\r
2381           }\r
2382         }\r
2383 \r
2384         if (viewport.getAbovePIDThreshold()\r
2385                 || cs instanceof PIDColourScheme\r
2386                 || cs instanceof Blosum62ColourScheme)\r
2387         {\r
2388           sg.cs.setThreshold(threshold, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
2389           sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(\r
2390                   sg.getSequences(viewport.getHiddenRepSequences()), 0,\r
2391                   sg.getWidth()));\r
2392         }\r
2393         else\r
2394         {\r
2395           sg.cs.setThreshold(0, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
2396         }\r
2397 \r
2398         if (viewport.getConservationSelected())\r
2399         {\r
2400           Conservation c = new Conservation("Group",\r
2401                   ResidueProperties.propHash, 3,\r
2402                   sg.getSequences(viewport.getHiddenRepSequences()), 0,\r
2403                   viewport.getAlignment().getWidth() - 1);\r
2404           c.calculate();\r
2405           c.verdict(false, viewport.getConsPercGaps());\r
2406           sg.cs.setConservation(c);\r
2407         }\r
2408         else\r
2409         {\r
2410           sg.cs.setConservation(null);\r
2411           sg.cs.setThreshold(0, viewport.getIgnoreGapsConsensus());\r
2412         }\r
2413 \r
2414       }\r
2415     }\r
2416 \r
2417     if (alignPanel.getOverviewPanel() != null)\r
2418     {\r
2419       alignPanel.getOverviewPanel().updateOverviewImage();\r
2420     }\r
2421 \r
2422     jalview.structure.StructureSelectionManager\r
2423             .getStructureSelectionManager(viewport.applet).sequenceColoursChanged(\r
2424                     alignPanel);\r
2425 \r
2426     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2427   }\r
2428 \r
2429   protected void modifyPID_actionPerformed()\r
2430   {\r
2431     if (viewport.getAbovePIDThreshold()\r
2432             && viewport.getGlobalColourScheme() != null)\r
2433     {\r
2434       SliderPanel.setPIDSliderSource(alignPanel,\r
2435               viewport.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
2436       SliderPanel.showPIDSlider();\r
2437     }\r
2438   }\r
2439 \r
2440   protected void modifyConservation_actionPerformed()\r
2441   {\r
2442     if (viewport.getConservationSelected()\r
2443             && viewport.getGlobalColourScheme() != null)\r
2444     {\r
2445       SliderPanel.setConservationSlider(alignPanel,\r
2446               viewport.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
2447       SliderPanel.showConservationSlider();\r
2448     }\r
2449   }\r
2450 \r
2451   protected void conservationMenuItem_actionPerformed()\r
2452   {\r
2453     viewport.setConservationSelected(conservationMenuItem.getState());\r
2454 \r
2455     viewport.setAbovePIDThreshold(false);\r
2456     abovePIDThreshold.setState(false);\r
2457 \r
2458     changeColour(viewport.getGlobalColourScheme());\r
2459 \r
2460     modifyConservation_actionPerformed();\r
2461   }\r
2462 \r
2463   public void abovePIDThreshold_actionPerformed()\r
2464   {\r
2465     viewport.setAbovePIDThreshold(abovePIDThreshold.getState());\r
2466 \r
2467     conservationMenuItem.setState(false);\r
2468     viewport.setConservationSelected(false);\r
2469 \r
2470     changeColour(viewport.getGlobalColourScheme());\r
2471 \r
2472     modifyPID_actionPerformed();\r
2473   }\r
2474 \r
2475   public void sortPairwiseMenuItem_actionPerformed()\r
2476   {\r
2477     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2478     AlignmentSorter.sortByPID(viewport.getAlignment(), viewport\r
2479             .getAlignment().getSequenceAt(0), null);\r
2480 \r
2481     addHistoryItem(new OrderCommand("Pairwise Sort", oldOrder,\r
2482             viewport.getAlignment()));\r
2483     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2484   }\r
2485 \r
2486   public void sortIDMenuItem_actionPerformed()\r
2487   {\r
2488     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2489     AlignmentSorter.sortByID(viewport.getAlignment());\r
2490     addHistoryItem(new OrderCommand("ID Sort", oldOrder, viewport.getAlignment()));\r
2491     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2492   }\r
2493 \r
2494   public void sortLengthMenuItem_actionPerformed()\r
2495   {\r
2496     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2497     AlignmentSorter.sortByLength(viewport.getAlignment());\r
2498     addHistoryItem(new OrderCommand("Length Sort", oldOrder,\r
2499             viewport.getAlignment()));\r
2500     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2501   }\r
2502 \r
2503   public void sortGroupMenuItem_actionPerformed()\r
2504   {\r
2505     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2506     AlignmentSorter.sortByGroup(viewport.getAlignment());\r
2507     addHistoryItem(new OrderCommand("Group Sort", oldOrder,\r
2508             viewport.getAlignment()));\r
2509     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2510 \r
2511   }\r
2512 \r
2513   public void removeRedundancyMenuItem_actionPerformed()\r
2514   {\r
2515     new RedundancyPanel(alignPanel);\r
2516   }\r
2517 \r
2518   public void pairwiseAlignmentMenuItem_actionPerformed()\r
2519   {\r
2520     if (viewport.getSelectionGroup() != null\r
2521             && viewport.getSelectionGroup().getSize() > 1)\r
2522     {\r
2523       Frame frame = new Frame();\r
2524       frame.add(new PairwiseAlignPanel(alignPanel));\r
2525       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Pairwise Alignment", 600,\r
2526               500);\r
2527     }\r
2528   }\r
2529 \r
2530   public void PCAMenuItem_actionPerformed()\r
2531   {\r
2532     // are the sequences aligned?\r
2533     if (!viewport.getAlignment().isAligned(false))\r
2534     {\r
2535       SequenceI current;\r
2536       int Width = viewport.getAlignment().getWidth();\r
2537 \r
2538       for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
2539       {\r
2540         current = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
2541 \r
2542         if (current.getLength() < Width)\r
2543         {\r
2544           current.insertCharAt(Width - 1, viewport.getGapCharacter());\r
2545         }\r
2546       }\r
2547       alignPanel.paintAlignment(true);\r
2548     }\r
2549 \r
2550     if ((viewport.getSelectionGroup() != null\r
2551             && viewport.getSelectionGroup().getSize() < 4 && viewport\r
2552             .getSelectionGroup().getSize() > 0)\r
2553             || viewport.getAlignment().getHeight() < 4)\r
2554     {\r
2555       return;\r
2556     }\r
2557 \r
2558     try\r
2559     {\r
2560       new PCAPanel(viewport);\r
2561     } catch (java.lang.OutOfMemoryError ex)\r
2562     {\r
2563     }\r
2564 \r
2565   }\r
2566 \r
2567   public void averageDistanceTreeMenuItem_actionPerformed()\r
2568   {\r
2569     NewTreePanel("AV", "PID", "Average distance tree using PID");\r
2570   }\r
2571 \r
2572   public void neighbourTreeMenuItem_actionPerformed()\r
2573   {\r
2574     NewTreePanel("NJ", "PID", "Neighbour joining tree using PID");\r
2575   }\r
2576 \r
2577   protected void njTreeBlosumMenuItem_actionPerformed()\r
2578   {\r
2579     NewTreePanel("NJ", "BL", "Neighbour joining tree using BLOSUM62");\r
2580   }\r
2581 \r
2582   protected void avTreeBlosumMenuItem_actionPerformed()\r
2583   {\r
2584     NewTreePanel("AV", "BL", "Average distance tree using BLOSUM62");\r
2585   }\r
2586 \r
2587   void NewTreePanel(String type, String pwType, String title)\r
2588   {\r
2589     // are the sequences aligned?\r
2590     if (!viewport.getAlignment().isAligned(false))\r
2591     {\r
2592       SequenceI current;\r
2593       int Width = viewport.getAlignment().getWidth();\r
2594 \r
2595       for (int i = 0; i < viewport.getAlignment().getSequences().size(); i++)\r
2596       {\r
2597         current = viewport.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
2598 \r
2599         if (current.getLength() < Width)\r
2600         {\r
2601           current.insertCharAt(Width - 1, viewport.getGapCharacter());\r
2602         }\r
2603       }\r
2604       alignPanel.paintAlignment(true);\r
2605 \r
2606     }\r
2607 \r
2608     if ((viewport.getSelectionGroup() != null && viewport\r
2609             .getSelectionGroup().getSize() > 1)\r
2610             || (viewport.getSelectionGroup() == null && viewport.getAlignment()\r
2611                     .getHeight() > 1))\r
2612     {\r
2613       final TreePanel tp = new TreePanel(alignPanel, type, pwType);\r
2614 \r
2615       addTreeMenuItem(tp, title);\r
2616 \r
2617       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(tp, title, 600, 500);\r
2618     }\r
2619   }\r
2620 \r
2621   void loadTree_actionPerformed()\r
2622   {\r
2623     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, this);\r
2624     cap.setText("Paste your Newick tree file here.");\r
2625     cap.setTreeImport();\r
2626     Frame frame = new Frame();\r
2627     frame.add(cap);\r
2628     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Paste Newick file ", 400, 300);\r
2629   }\r
2630 \r
2631   public void loadTree(jalview.io.NewickFile tree, String treeFile)\r
2632   {\r
2633     TreePanel tp = new TreePanel(alignPanel, treeFile, "From File - ", tree);\r
2634     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(tp, treeFile, 600, 500);\r
2635     addTreeMenuItem(tp, treeFile);\r
2636   }\r
2637 \r
2638   /**\r
2639    * sort the alignment using the given treePanel\r
2640    * \r
2641    * @param treePanel\r
2642    *          tree used to sort view\r
2643    * @param title\r
2644    *          string used for undo event name\r
2645    */\r
2646   public void sortByTree(TreePanel treePanel, String title)\r
2647   {\r
2648     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
2649     AlignmentSorter\r
2650             .sortByTree(viewport.getAlignment(), treePanel.getTree());\r
2651     // addHistoryItem(new HistoryItem("Sort", viewport.alignment,\r
2652     // HistoryItem.SORT));\r
2653     addHistoryItem(new OrderCommand("Order by " + title, oldOrder,\r
2654             viewport.getAlignment()));\r
2655     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2656   }\r
2657 \r
2658   /**\r
2659    * Do any automatic reordering of the alignment and add the necessary bits to\r
2660    * the menu structure for the new tree\r
2661    * \r
2662    * @param treePanel\r
2663    * @param title\r
2664    */\r
2665   protected void addTreeMenuItem(final TreePanel treePanel,\r
2666           final String title)\r
2667   {\r
2668     final MenuItem item = new MenuItem(title);\r
2669     sortByTreeMenu.add(item);\r
2670     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
2671     {\r
2672       public void actionPerformed(ActionEvent evt)\r
2673       {\r
2674         sortByTree(treePanel, title); // treePanel.getTitle());\r
2675       }\r
2676     });\r
2677     \r
2678     treePanel.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
2679     {\r
2680       public void windowOpened(WindowEvent e)\r
2681       {\r
2682         if (viewport.sortByTree)\r
2683         {\r
2684           sortByTree(treePanel, title);\r
2685         }\r
2686         super.windowOpened(e);\r
2687       }\r
2688 \r
2689       public void windowClosing(WindowEvent e)\r
2690       {\r
2691         sortByTreeMenu.remove(item);\r
2692       };\r
2693     });\r
2694   }\r
2695   public boolean sortBy(AlignmentOrder alorder, String undoname)\r
2696   {\r
2697     SequenceI[] oldOrder = viewport.getAlignment()\r
2698     .getSequencesArray();\r
2699     if (viewport.applet.debug)\r
2700     {\r
2701       System.err.println("Sorting "+alorder.getOrder().size()+" in alignment '"+getTitle()+"'");\r
2702     }\r
2703     AlignmentSorter.sortBy(viewport.getAlignment(), alorder);\r
2704     if (undoname!=null)\r
2705     {\r
2706       addHistoryItem(new OrderCommand(undoname, oldOrder, viewport.getAlignment()));\r
2707     }\r
2708     alignPanel.paintAlignment(true);\r
2709     return true;\r
2710   }\r
2711 \r
2712   protected void documentation_actionPerformed()\r
2713   {\r
2714     alignPanel.av.applet.openJalviewHelpUrl();\r
2715   }\r
2716 \r
2717   protected void about_actionPerformed()\r
2718   {\r
2719 \r
2720     class AboutPanel extends Canvas\r
2721     {\r
2722       String version;\r
2723 \r
2724       String builddate;\r
2725 \r
2726       public AboutPanel(String version, String builddate)\r
2727       {\r
2728         this.version = version;\r
2729         this.builddate = builddate;\r
2730       }\r
2731 \r
2732       public void paint(Graphics g)\r
2733       {\r
2734         g.setColor(Color.white);\r
2735         g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
2736         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 12));\r
2737         FontMetrics fm = g.getFontMetrics();\r
2738         int fh = fm.getHeight();\r
2739         int y = 5, x = 7;\r
2740         g.setColor(Color.black);\r
2741         // TODO: update this text for each release or centrally store it for\r
2742         // lite and application\r
2743         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.BOLD, 14));\r
2744         g.drawString("JalviewLite - Release " + version, x, y += fh);\r
2745         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.BOLD, 12));\r
2746         g.drawString("Build date: " + builddate, x, y += fh);\r
2747         g.setFont(new Font("Helvetica", Font.PLAIN, 12));\r
2748         g.drawString(\r
2749                 "Authors:  Jim Procter, Andrew Waterhouse, Michele Clamp, James Cuff, Steve Searle,",\r
2750                 x, y += fh * 1.5);\r
2751         g.drawString("David Martin & Geoff Barton.", x + 50, y += fh);\r
2752         g.drawString(\r
2753                 "Development managed by The Barton Group, University of Dundee, Scotland, UK.",\r
2754                 x, y += fh);\r
2755         g.drawString(\r
2756                 "For help, see the FAQ at www.jalview.org and/or join the jalview-discuss@jalview.org mailing list",\r
2757                 x, y += fh);\r
2758         g.drawString("If  you use Jalview, please cite:", x, y += fh + 8);\r
2759         g.drawString(\r
2760                 "Waterhouse, A.M., Procter, J.B., Martin, D.M.A, Clamp, M. and Barton, G. J. (2009)",\r
2761                 x, y += fh);\r
2762         g.drawString(\r
2763                 "Jalview Version 2 - a multiple sequence alignment editor and analysis workbench",\r
2764                 x, y += fh);\r
2765         g.drawString("Bioinformatics doi: 10.1093/bioinformatics/btp033",\r
2766                 x, y += fh);\r
2767       }\r
2768     }\r
2769 \r
2770     Frame frame = new Frame();\r
2771     frame.add(new AboutPanel(JalviewLite.getVersion(), JalviewLite\r
2772             .getBuildDate()));\r
2773     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Jalview", 580, 220);\r
2774 \r
2775   }\r
2776 \r
2777   public void showURL(String url, String target)\r
2778   {\r
2779     if (viewport.applet == null)\r
2780     {\r
2781       System.out.println("Not running as applet - no browser available.");\r
2782     }\r
2783     else\r
2784     {\r
2785       viewport.applet.showURL(url, target);\r
2786     }\r
2787   }\r
2788 \r
2789   // ////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////\r
2790   // JBuilder Graphics here\r
2791 \r
2792   MenuBar alignFrameMenuBar = new MenuBar();\r
2793 \r
2794   Menu fileMenu = new Menu("File");\r
2795 \r
2796   MenuItem loadApplication = new MenuItem("View in Full Application");\r
2797 \r
2798   MenuItem loadTree = new MenuItem("Load Associated Tree ...");\r
2799 \r
2800   MenuItem loadAnnotations = new MenuItem("Load Features/Annotations ...");\r
2801   \r
2802   MenuItem outputFeatures = new MenuItem("Export Features ...");\r
2803 \r
2804   MenuItem outputAnnotations = new MenuItem("Export Annotations ...");\r
2805 \r
2806   MenuItem closeMenuItem = new MenuItem("Close");\r
2807 \r
2808   Menu editMenu = new Menu("Edit");\r
2809 \r
2810   Menu viewMenu = new Menu("View");\r
2811 \r
2812   Menu colourMenu = new Menu("Colour");\r
2813 \r
2814   Menu calculateMenu = new Menu("Calculate");\r
2815 \r
2816   MenuItem selectAllSequenceMenuItem = new MenuItem("Select all");\r
2817 \r
2818   MenuItem deselectAllSequenceMenuItem = new MenuItem("Deselect All");\r
2819 \r
2820   MenuItem invertSequenceMenuItem = new MenuItem("Invert Selection");\r
2821 \r
2822   MenuItem remove2LeftMenuItem = new MenuItem();\r
2823 \r
2824   MenuItem remove2RightMenuItem = new MenuItem();\r
2825 \r
2826   MenuItem removeGappedColumnMenuItem = new MenuItem();\r
2827 \r
2828   MenuItem removeAllGapsMenuItem = new MenuItem();\r
2829 \r
2830   CheckboxMenuItem viewBoxesMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2831 \r
2832   CheckboxMenuItem viewTextMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2833 \r
2834   MenuItem sortPairwiseMenuItem = new MenuItem();\r
2835 \r
2836   MenuItem sortIDMenuItem = new MenuItem();\r
2837 \r
2838   MenuItem sortLengthMenuItem = new MenuItem();\r
2839 \r
2840   MenuItem sortGroupMenuItem = new MenuItem();\r
2841 \r
2842   MenuItem removeRedundancyMenuItem = new MenuItem();\r
2843 \r
2844   MenuItem pairwiseAlignmentMenuItem = new MenuItem();\r
2845 \r
2846   MenuItem PCAMenuItem = new MenuItem();\r
2847 \r
2848   MenuItem averageDistanceTreeMenuItem = new MenuItem();\r
2849 \r
2850   MenuItem neighbourTreeMenuItem = new MenuItem();\r
2851 \r
2852   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();\r
2853 \r
2854   public Label statusBar = new Label();\r
2855 \r
2856   Menu outputTextboxMenu = new Menu();\r
2857 \r
2858   MenuItem clustalColour = new MenuItem();\r
2859 \r
2860   MenuItem zappoColour = new MenuItem();\r
2861 \r
2862   MenuItem taylorColour = new MenuItem();\r
2863 \r
2864   MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();\r
2865 \r
2866   MenuItem helixColour = new MenuItem();\r
2867 \r
2868   MenuItem strandColour = new MenuItem();\r
2869 \r
2870   MenuItem turnColour = new MenuItem();\r
2871 \r
2872   MenuItem buriedColour = new MenuItem();\r
2873 \r
2874   MenuItem purinePyrimidineColour = new MenuItem();\r
2875   MenuItem RNAHelixColour = new MenuItem();\r
2876   \r
2877   MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();\r
2878 \r
2879   MenuItem PIDColour = new MenuItem();\r
2880 \r
2881   MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();\r
2882   \r
2883   MenuItem tcoffeeColour = new MenuItem();\r
2884 \r
2885   MenuItem njTreeBlosumMenuItem = new MenuItem();\r
2886 \r
2887   MenuItem avDistanceTreeBlosumMenuItem = new MenuItem();\r
2888 \r
2889   CheckboxMenuItem annotationPanelMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2890 \r
2891   CheckboxMenuItem colourTextMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2892 \r
2893   CheckboxMenuItem displayNonconservedMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2894 \r
2895   MenuItem alProperties = new MenuItem("Alignment Properties...");\r
2896 \r
2897   MenuItem overviewMenuItem = new MenuItem();\r
2898 \r
2899   MenuItem undoMenuItem = new MenuItem();\r
2900 \r
2901   MenuItem redoMenuItem = new MenuItem();\r
2902 \r
2903   CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2904 \r
2905   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();\r
2906 \r
2907   CheckboxMenuItem wrapMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2908 \r
2909   CheckboxMenuItem renderGapsMenuItem = new CheckboxMenuItem();\r
2910 \r
2911   MenuItem findMenuItem = new MenuItem();\r
2912 \r
2913   CheckboxMenuItem abovePIDThreshold = new CheckboxMenuItem();\r
2914 \r
2915   MenuItem nucleotideColour = new MenuItem();\r
2916 \r
2917   MenuItem deleteGroups = new MenuItem();\r
2918 \r
2919   MenuItem grpsFromSelection = new MenuItem();\r
2920 \r
2921   MenuItem delete = new MenuItem();\r
2922 \r
2923   MenuItem copy = new MenuItem();\r
2924 \r
2925   MenuItem cut = new MenuItem();\r
2926 \r
2927   Menu pasteMenu = new Menu();\r
2928 \r
2929   MenuItem pasteNew = new MenuItem();\r
2930 \r
2931   MenuItem pasteThis = new MenuItem();\r
2932 \r
2933   CheckboxMenuItem applyToAllGroups = new CheckboxMenuItem();\r
2934 \r
2935   MenuItem font = new MenuItem();\r
2936 \r
2937   CheckboxMenuItem scaleAbove = new CheckboxMenuItem();\r
2938 \r
2939   CheckboxMenuItem scaleLeft = new CheckboxMenuItem();\r
2940 \r
2941   CheckboxMenuItem scaleRight = new CheckboxMenuItem();\r
2942 \r
2943   MenuItem modifyPID = new MenuItem();\r
2944 \r
2945   MenuItem modifyConservation = new MenuItem();\r
2946 \r
2947   CheckboxMenuItem autoCalculate = new CheckboxMenuItem(\r
2948           "Autocalculate Consensus", true);\r
2949 \r
2950   CheckboxMenuItem sortByTree = new CheckboxMenuItem(\r
2951           "Sort Alignment With New Tree", true);\r
2952 \r
2953   Menu sortByTreeMenu = new Menu();\r
2954 \r
2955   Menu sort = new Menu();\r
2956 \r
2957   Menu calculate = new Menu();\r
2958 \r
2959   MenuItem inputText = new MenuItem();\r
2960 \r
2961   Menu helpMenu = new Menu();\r
2962 \r
2963   MenuItem documentation = new MenuItem();\r
2964 \r
2965   MenuItem about = new MenuItem();\r
2966 \r
2967   CheckboxMenuItem seqLimits = new CheckboxMenuItem();\r
2968 \r
2969   CheckboxMenuItem centreColumnLabelFlag = new CheckboxMenuItem();\r
2970   \r
2971   CheckboxMenuItem followMouseOverFlag = new CheckboxMenuItem();\r
2972   Menu autoAnnMenu=new Menu();\r
2973   CheckboxMenuItem showSequenceLogo= new CheckboxMenuItem();\r
2974   CheckboxMenuItem applyAutoAnnotationSettings = new CheckboxMenuItem();\r
2975   CheckboxMenuItem showConsensusHistogram = new CheckboxMenuItem();\r
2976   CheckboxMenuItem showGroupConsensus = new CheckboxMenuItem();\r
2977   CheckboxMenuItem showGroupConservation = new CheckboxMenuItem();\r
2978 \r
2979   private void jbInit() throws Exception\r
2980   {\r
2981 \r
2982     setMenuBar(alignFrameMenuBar);\r
2983 \r
2984     MenuItem item;\r
2985 \r
2986     // dynamically fill save as menu with available formats\r
2987     for (int i = 0; i < jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length; i++)\r
2988     {\r
2989 \r
2990       item = new MenuItem(\r
2991               jalview.io.AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS[i]);\r
2992 \r
2993       item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()\r
2994       {\r
2995         public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
2996         {\r
2997           outputText_actionPerformed(e);\r
2998         }\r
2999       });\r
3000 \r
3001       outputTextboxMenu.add(item);\r
3002     }\r
3003     closeMenuItem.addActionListener(this);\r
3004     loadApplication.addActionListener(this);\r
3005 \r
3006     loadTree.addActionListener(this);\r
3007     loadAnnotations.addActionListener(this);\r
3008     outputFeatures.addActionListener(this);\r
3009     outputAnnotations.addActionListener(this);\r
3010     selectAllSequenceMenuItem.addActionListener(this);\r
3011     deselectAllSequenceMenuItem.addActionListener(this);\r
3012     invertSequenceMenuItem.addActionListener(this);\r
3013     remove2LeftMenuItem.setLabel("Remove Left");\r
3014     remove2LeftMenuItem.addActionListener(this);\r
3015     remove2RightMenuItem.setLabel("Remove Right");\r
3016     remove2RightMenuItem.addActionListener(this);\r
3017     removeGappedColumnMenuItem.setLabel("Remove Empty Columns");\r
3018     removeGappedColumnMenuItem.addActionListener(this);\r
3019     removeAllGapsMenuItem.setLabel("Remove All Gaps");\r
3020     removeAllGapsMenuItem.addActionListener(this);\r
3021     viewBoxesMenuItem.setLabel("Boxes");\r
3022     viewBoxesMenuItem.setState(true);\r
3023     viewBoxesMenuItem.addItemListener(this);\r
3024     viewTextMenuItem.setLabel("Text");\r
3025     viewTextMenuItem.setState(true);\r
3026     viewTextMenuItem.addItemListener(this);\r
3027     sortPairwiseMenuItem.setLabel("by Pairwise Identity");\r
3028     sortPairwiseMenuItem.addActionListener(this);\r
3029     sortIDMenuItem.setLabel("by ID");\r
3030     sortIDMenuItem.addActionListener(this);\r
3031     sortLengthMenuItem.setLabel("by Length");\r
3032     sortLengthMenuItem.addActionListener(this);\r
3033     sortGroupMenuItem.setLabel("by Group");\r
3034     sortGroupMenuItem.addActionListener(this);\r
3035     removeRedundancyMenuItem.setLabel("Remove Redundancy...");\r
3036     removeRedundancyMenuItem.addActionListener(this);\r
3037     pairwiseAlignmentMenuItem.setLabel("Pairwise Alignments...");\r
3038     pairwiseAlignmentMenuItem.addActionListener(this);\r
3039     PCAMenuItem.setLabel("Principal Component Analysis");\r
3040     PCAMenuItem.addActionListener(this);\r
3041     averageDistanceTreeMenuItem\r
3042             .setLabel("Average Distance Using % Identity");\r
3043     averageDistanceTreeMenuItem.addActionListener(this);\r
3044     neighbourTreeMenuItem.setLabel("Neighbour Joining Using % Identity");\r
3045     neighbourTreeMenuItem.addActionListener(this);\r
3046     statusBar.setBackground(Color.white);\r
3047     statusBar.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));\r
3048     statusBar.setText("Status bar");\r
3049     outputTextboxMenu.setLabel("Output to Textbox");\r
3050     clustalColour.setLabel("Clustalx");\r
3051 \r
3052     clustalColour.addActionListener(this);\r
3053     zappoColour.setLabel("Zappo");\r
3054     zappoColour.addActionListener(this);\r
3055     taylorColour.setLabel("Taylor");\r
3056     taylorColour.addActionListener(this);\r
3057     hydrophobicityColour.setLabel("Hydrophobicity");\r
3058     hydrophobicityColour.addActionListener(this);\r
3059     helixColour.setLabel("Helix Propensity");\r
3060     helixColour.addActionListener(this);\r
3061     strandColour.setLabel("Strand Propensity");\r
3062     strandColour.addActionListener(this);\r
3063     turnColour.setLabel("Turn Propensity");\r
3064     turnColour.addActionListener(this);\r
3065     buriedColour.setLabel("Buried Index");\r
3066     buriedColour.addActionListener(this);\r
3067     purinePyrimidineColour.setLabel("Purine/Pyrimidine");\r
3068     purinePyrimidineColour.addActionListener(this);\r
3069     RNAHelixColour.setLabel("by RNA Helices");\r
3070     RNAHelixColour.addActionListener(this);\r
3071     userDefinedColour.setLabel("User Defined...");\r
3072     userDefinedColour.addActionListener(this);\r
3073     PIDColour.setLabel("Percentage Identity");\r
3074     PIDColour.addActionListener(this);\r
3075     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62 Score");\r
3076     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);\r
3077     tcoffeeColour.setLabel("T-Coffee Scores");\r
3078     tcoffeeColour.setEnabled(false);    // it will enabled only if a score file is provided\r
3079     tcoffeeColour.addActionListener(this);\r
3080     avDistanceTreeBlosumMenuItem .setLabel("Average Distance Using BLOSUM62");\r
3081     avDistanceTreeBlosumMenuItem.addActionListener(this);\r
3082     njTreeBlosumMenuItem.setLabel("Neighbour Joining Using BLOSUM62");\r
3083     njTreeBlosumMenuItem.addActionListener(this);\r
3084     annotationPanelMenuItem.setLabel("Show Annotations");\r
3085     annotationPanelMenuItem.addItemListener(this);\r
3086     colourTextMenuItem.setLabel("Colour Text");\r
3087     colourTextMenuItem.addItemListener(this);\r
3088     displayNonconservedMenuItem.setLabel("Show nonconserved");\r
3089     displayNonconservedMenuItem.addItemListener(this);\r
3090     alProperties.addActionListener(this);\r
3091     overviewMenuItem.setLabel("Overview Window");\r
3092     overviewMenuItem.addActionListener(this);\r
3093     undoMenuItem.setEnabled(false);\r
3094     undoMenuItem.setLabel("Undo");\r
3095     undoMenuItem.addActionListener(this);\r
3096     redoMenuItem.setEnabled(false);\r
3097     redoMenuItem.setLabel("Redo");\r
3098     redoMenuItem.addActionListener(this);\r
3099     conservationMenuItem.setLabel("by Conservation");\r
3100     conservationMenuItem.addItemListener(this);\r
3101     noColourmenuItem.setLabel("None");\r
3102     noColourmenuItem.addActionListener(this);\r
3103     wrapMenuItem.setLabel("Wrap");\r
3104     wrapMenuItem.addItemListener(this);\r
3105     renderGapsMenuItem.setLabel("Show Gaps");\r
3106     renderGapsMenuItem.setState(true);\r
3107     renderGapsMenuItem.addItemListener(this);\r
3108     findMenuItem.setLabel("Find...");\r
3109     findMenuItem.addActionListener(this);\r
3110     abovePIDThreshold.setLabel("Above Identity Threshold");\r
3111     abovePIDThreshold.addItemListener(this);\r
3112     nucleotideColour.setLabel("Nucleotide");\r
3113     nucleotideColour.addActionListener(this);\r
3114     deleteGroups.setLabel("Undefine Groups");\r
3115     deleteGroups.addActionListener(this);\r
3116     grpsFromSelection.setLabel("Make Groups for selection");\r
3117     grpsFromSelection.addActionListener(this);\r
3118     copy.setLabel("Copy");\r
3119     copy.addActionListener(this);\r
3120     cut.setLabel("Cut");\r
3121     cut.addActionListener(this);\r
3122     delete.setLabel("Delete");\r
3123     delete.addActionListener(this);\r
3124     pasteMenu.setLabel("Paste");\r
3125     pasteNew.setLabel("To New Alignment");\r
3126     pasteNew.addActionListener(this);\r
3127     pasteThis.setLabel("Add To This Alignment");\r
3128     pasteThis.addActionListener(this);\r
3129     applyToAllGroups.setLabel("Apply Colour To All Groups");\r
3130     applyToAllGroups.setState(true);\r
3131     applyToAllGroups.addItemListener(this);\r
3132     font.setLabel("Font...");\r
3133     font.addActionListener(this);\r
3134     scaleAbove.setLabel("Scale Above");\r
3135     scaleAbove.setState(true);\r
3136     scaleAbove.setEnabled(false);\r
3137     scaleAbove.addItemListener(this);\r
3138     scaleLeft.setEnabled(false);\r
3139     scaleLeft.setState(true);\r
3140     scaleLeft.setLabel("Scale Left");\r
3141     scaleLeft.addItemListener(this);\r
3142     scaleRight.setEnabled(false);\r
3143     scaleRight.setState(true);\r
3144     scaleRight.setLabel("Scale Right");\r
3145     scaleRight.addItemListener(this);\r
3146     modifyPID.setLabel("Modify Identity Threshold...");\r
3147     modifyPID.addActionListener(this);\r
3148     modifyConservation.setLabel("Modify Conservation Threshold...");\r
3149     modifyConservation.addActionListener(this);\r
3150     sortByTreeMenu.setLabel("By Tree Order");\r
3151     sort.setLabel("Sort");\r
3152     calculate.setLabel("Calculate Tree");\r
3153     autoCalculate.addItemListener(this);\r
3154     sortByTree.addItemListener(this);\r
3155     inputText.setLabel("Input from textbox");\r
3156     inputText.addActionListener(this);\r
3157     centreColumnLabelFlag.setLabel("Centre column labels");\r
3158     centreColumnLabelFlag.addItemListener(this);\r
3159     followMouseOverFlag.setLabel("Automatic Scrolling");\r
3160     followMouseOverFlag.addItemListener(this);\r
3161     helpMenu.setLabel("Help");\r
3162     documentation.setLabel("Documentation");\r
3163     documentation.addActionListener(this);\r
3164 \r
3165     about.setLabel("About...");\r
3166     about.addActionListener(this);\r
3167     seqLimits.setState(true);\r
3168     seqLimits.setLabel("Show Sequence Limits");\r
3169     seqLimits.addItemListener(this);\r
3170     featureSettings.setLabel("Feature Settings...");\r
3171     featureSettings.addActionListener(this);\r
3172     sequenceFeatures.setLabel("Sequence Features");\r
3173     sequenceFeatures.addItemListener(this);\r
3174     sequenceFeatures.setState(false);\r
3175     annotationColour.setLabel("by Annotation...");\r
3176     annotationColour.addActionListener(this);\r
3177     invertSequenceMenuItem.setLabel("Invert Sequence Selection");\r
3178     invertColSel.setLabel("Invert Column Selection");\r
3179     menu1.setLabel("Show");\r
3180     showColumns.setLabel("All Columns ");\r
3181     showSeqs.setLabel("All Sequences");\r
3182     menu2.setLabel("Hide");\r
3183     hideColumns.setLabel("Selected Columns");\r
3184     hideSequences.setLabel("Selected Sequences");\r
3185     hideAllButSelection.setLabel("All but Selected Region (Shift+Ctrl+H)");\r
3186     hideAllSelection.setLabel("Selected Region");\r
3187     showAllHidden.setLabel("All Sequences and Columns");\r
3188     showGroupConsensus.setLabel("Group Consensus");\r
3189     showGroupConservation.setLabel("Group Conservation");\r
3190     showConsensusHistogram.setLabel("Show Consensus Histogram");\r
3191     showSequenceLogo.setLabel("Show Consensus Logo");\r
3192     applyAutoAnnotationSettings.setLabel("Apply to all groups");\r
3193     applyAutoAnnotationSettings.setState(true);\r
3194     autoAnnMenu.setLabel("Autocalculated Annotation");\r
3195     \r
3196     invertColSel.addActionListener(this);\r
3197     showColumns.addActionListener(this);\r
3198     showSeqs.addActionListener(this);\r
3199     hideColumns.addActionListener(this);\r
3200     hideSequences.addActionListener(this);\r
3201     hideAllButSelection.addActionListener(this);\r
3202     hideAllSelection.addActionListener(this);\r
3203     showAllHidden.addActionListener(this);\r
3204     showGroupConsensus.addItemListener(this);\r
3205     showGroupConservation.addItemListener(this);\r
3206     showConsensusHistogram.addItemListener(this);\r
3207     showSequenceLogo.addItemListener(this);\r
3208     applyAutoAnnotationSettings.addItemListener(this);\r
3209     formatMenu.setLabel("Format");\r
3210     selectMenu.setLabel("Select");\r
3211     newView.setLabel("New View");\r
3212     newView.addActionListener(this);\r
3213     alignFrameMenuBar.add(fileMenu);\r
3214     alignFrameMenuBar.add(editMenu);\r
3215     alignFrameMenuBar.add(selectMenu);\r
3216     alignFrameMenuBar.add(viewMenu);\r
3217     alignFrameMenuBar.add(formatMenu);\r
3218     alignFrameMenuBar.add(colourMenu);\r
3219     alignFrameMenuBar.add(calculateMenu);\r
3220     alignFrameMenuBar.add(helpMenu);\r
3221 \r
3222     fileMenu.add(inputText);\r
3223     fileMenu.add(loadTree);\r
3224     fileMenu.add(loadAnnotations);\r
3225     \r
3226     fileMenu.addSeparator();\r
3227     fileMenu.add(outputTextboxMenu);\r
3228     fileMenu.add(outputFeatures);\r
3229     fileMenu.add(outputAnnotations);\r
3230 \r
3231     if (jalviewServletURL != null)\r
3232     {\r
3233       fileMenu.add(loadApplication);\r
3234     }\r
3235 \r
3236     fileMenu.addSeparator();\r
3237     fileMenu.add(closeMenuItem);\r
3238 \r
3239     editMenu.add(undoMenuItem);\r
3240     editMenu.add(redoMenuItem);\r
3241     editMenu.add(cut);\r
3242     editMenu.add(copy);\r
3243     editMenu.add(pasteMenu);\r
3244     editMenu.add(delete);\r
3245     editMenu.addSeparator();\r
3246     editMenu.add(remove2LeftMenuItem);\r
3247     editMenu.add(remove2RightMenuItem);\r
3248     editMenu.add(removeGappedColumnMenuItem);\r
3249     editMenu.add(removeAllGapsMenuItem);\r
3250     editMenu.add(removeRedundancyMenuItem);\r
3251     viewMenu.add(newView);\r
3252     viewMenu.addSeparator();\r
3253     viewMenu.add(menu1);\r
3254     viewMenu.add(menu2);\r
3255     viewMenu.addSeparator();\r
3256     viewMenu.add(followMouseOverFlag);\r
3257     viewMenu.add(annotationPanelMenuItem);\r
3258     autoAnnMenu.add(applyAutoAnnotationSettings);\r
3259     autoAnnMenu.add(showConsensusHistogram);\r
3260     autoAnnMenu.add(showSequenceLogo);\r
3261     autoAnnMenu.addSeparator();\r
3262     autoAnnMenu.add(showGroupConservation);\r
3263     autoAnnMenu.add(showGroupConsensus);\r
3264     viewMenu.add(autoAnnMenu);\r
3265     viewMenu.addSeparator();\r
3266     viewMenu.add(sequenceFeatures);\r
3267     viewMenu.add(featureSettings);\r
3268     viewMenu.addSeparator();\r
3269     viewMenu.add(alProperties);\r
3270     viewMenu.addSeparator();\r
3271     viewMenu.add(overviewMenuItem);\r
3272     colourMenu.add(applyToAllGroups);\r
3273     colourMenu.addSeparator();\r
3274     colourMenu.add(noColourmenuItem);\r
3275     colourMenu.add(clustalColour);\r
3276     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);\r
3277     colourMenu.add(PIDColour);\r
3278     colourMenu.add(zappoColour);\r
3279     colourMenu.add(taylorColour);\r
3280     colourMenu.add(hydrophobicityColour);\r
3281     colourMenu.add(helixColour);\r
3282     colourMenu.add(strandColour);\r
3283     colourMenu.add(turnColour);\r
3284     colourMenu.add(buriedColour);\r
3285     colourMenu.add(nucleotideColour);\r
3286     colourMenu.add(purinePyrimidineColour);\r
3287     colourMenu.add(tcoffeeColour);\r
3288     colourMenu.add(userDefinedColour);\r
3289     colourMenu.addSeparator();\r
3290     colourMenu.add(conservationMenuItem);\r
3291     colourMenu.add(modifyConservation);\r
3292     colourMenu.add(abovePIDThreshold);\r
3293     colourMenu.add(modifyPID);\r
3294     colourMenu.add(annotationColour);\r
3295     colourMenu.add(RNAHelixColour);\r
3296     calculateMenu.add(sort);\r
3297     calculateMenu.add(calculate);\r
3298     calculateMenu.addSeparator();\r
3299     calculateMenu.add(pairwiseAlignmentMenuItem);\r
3300     calculateMenu.add(PCAMenuItem);\r
3301     calculateMenu.add(autoCalculate);\r
3302     calculateMenu.add(sortByTree);\r
3303     this.add(statusBar, BorderLayout.SOUTH);\r
3304     pasteMenu.add(pasteNew);\r
3305     pasteMenu.add(pasteThis);\r
3306     sort.add(sortIDMenuItem);\r
3307     sort.add(sortLengthMenuItem);\r
3308     sort.add(sortByTreeMenu);\r
3309     sort.add(sortGroupMenuItem);\r
3310     sort.add(sortPairwiseMenuItem);\r
3311     calculate.add(averageDistanceTreeMenuItem);\r
3312     calculate.add(neighbourTreeMenuItem);\r
3313     calculate.add(avDistanceTreeBlosumMenuItem);\r
3314     calculate.add(njTreeBlosumMenuItem);\r
3315     helpMenu.add(documentation);\r
3316     helpMenu.add(about);\r
3317     menu1.add(showColumns);\r
3318     menu1.add(showSeqs);\r
3319     menu1.add(showAllHidden);\r
3320     menu2.add(hideColumns);\r
3321     menu2.add(hideSequences);\r
3322     menu2.add(hideAllSelection);\r
3323     menu2.add(hideAllButSelection);\r
3324     formatMenu.add(font);\r
3325     formatMenu.add(seqLimits);\r
3326     formatMenu.add(wrapMenuItem);\r
3327     formatMenu.add(scaleAbove);\r
3328     formatMenu.add(scaleLeft);\r
3329     formatMenu.add(scaleRight);\r
3330     formatMenu.add(viewBoxesMenuItem);\r
3331     formatMenu.add(viewTextMenuItem);\r
3332     formatMenu.add(colourTextMenuItem);\r
3333     formatMenu.add(displayNonconservedMenuItem);\r
3334     formatMenu.add(renderGapsMenuItem);\r
3335     formatMenu.add(centreColumnLabelFlag);\r
3336     selectMenu.add(findMenuItem);\r
3337     selectMenu.addSeparator();\r
3338     selectMenu.add(selectAllSequenceMenuItem);\r
3339     selectMenu.add(deselectAllSequenceMenuItem);\r
3340     selectMenu.add(invertSequenceMenuItem);\r
3341     selectMenu.add(invertColSel);\r
3342     selectMenu.add(grpsFromSelection);\r
3343     selectMenu.add(deleteGroups);\r
3344 \r
3345   }\r
3346 \r
3347   MenuItem featureSettings = new MenuItem();\r
3348 \r
3349   CheckboxMenuItem sequenceFeatures = new CheckboxMenuItem();\r
3350 \r
3351   MenuItem annotationColour = new MenuItem();\r
3352 \r
3353   MenuItem invertColSel = new MenuItem();\r
3354 \r
3355   Menu menu1 = new Menu();\r
3356 \r
3357   MenuItem showColumns = new MenuItem();\r
3358 \r
3359   MenuItem showSeqs = new MenuItem();\r
3360 \r
3361   Menu menu2 = new Menu();\r
3362 \r
3363   MenuItem hideColumns = new MenuItem();\r
3364 \r
3365   MenuItem hideSequences = new MenuItem();\r
3366 \r
3367   MenuItem hideAllButSelection = new MenuItem();\r
3368 \r
3369   MenuItem hideAllSelection = new MenuItem();\r
3370 \r
3371   MenuItem showAllHidden = new MenuItem();\r
3372 \r
3373   Menu formatMenu = new Menu();\r
3374 \r
3375   Menu selectMenu = new Menu();\r
3376 \r
3377   MenuItem newView = new MenuItem();\r
3378 \r
3379   /**\r
3380    * Attach the alignFrame panels after embedding menus, if necessary. This used\r
3381    * to be called setEmbedded, but is now creates the dropdown menus in a\r
3382    * platform independent manner to avoid OSX/Mac menu appendage daftness.\r
3383    * \r
3384    * @param reallyEmbedded\r
3385    *          true to attach the view to the applet area on the page rather than\r
3386    *          in a new window\r
3387    */\r
3388   public void createAlignFrameWindow(boolean reallyEmbedded, String title)\r
3389   {\r
3390     if (reallyEmbedded)\r
3391     {\r
3392       // ////\r
3393       // Explicly build the embedded menu panel for the on-page applet\r
3394       //\r
3395       // view cannot be closed if its actually on the page\r
3396       fileMenu.remove(closeMenuItem);\r
3397       fileMenu.remove(3); // Remove Seperator\r
3398       embeddedMenu = makeEmbeddedPopupMenu(alignFrameMenuBar, "Arial",\r
3399               Font.PLAIN, 10, false); // use our own fonts.\r
3400       // and actually add the components to the applet area\r
3401       viewport.applet.setLayout(new BorderLayout());\r
3402       viewport.applet.add(embeddedMenu, BorderLayout.NORTH);\r
3403       viewport.applet.add(statusBar, BorderLayout.SOUTH);\r
3404       alignPanel.setSize(viewport.applet.getSize().width,\r
3405               viewport.applet.getSize().height - embeddedMenu.HEIGHT\r
3406                       - statusBar.HEIGHT);\r
3407       viewport.applet.add(alignPanel, BorderLayout.CENTER);\r
3408       final AlignFrame me = this;\r
3409       viewport.applet.addFocusListener(new FocusListener()\r
3410       {\r
3411         \r
3412         @Override\r
3413         public void focusLost(FocusEvent e)\r
3414         {\r
3415           if (me.viewport.applet.currentAlignFrame==me) {\r
3416                   me.viewport.applet.currentAlignFrame = null;\r
3417         }}\r
3418         \r
3419         @Override\r
3420         public void focusGained(FocusEvent e)\r
3421         {\r
3422           me.viewport.applet.currentAlignFrame = me;\r
3423         }\r
3424       });\r
3425       viewport.applet.validate();\r
3426     }\r
3427     else\r
3428     {\r
3429       // //////\r
3430       // test and embed menu bar if necessary.\r
3431       //\r
3432       if (embedMenuIfNeeded(alignPanel))\r
3433       {\r
3434         // adjust for status bar height too\r
3435         alignPanel.setSize(getSize().width, getSize().height\r
3436                 - statusBar.HEIGHT);\r
3437       }\r
3438       add(statusBar, BorderLayout.SOUTH);\r
3439       add(alignPanel, BorderLayout.CENTER);\r
3440       // and register with the applet so it can pass external API calls to us\r
3441       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(this, title, DEFAULT_WIDTH,\r
3442               DEFAULT_HEIGHT);\r
3443     }\r
3444   }\r
3445 \r
3446   /**\r
3447    * create a new binding between structures in an existing jmol viewer instance\r
3448    * and an alignpanel with sequences that have existing PDBFile entries. Note,\r
3449    * this does not open a new Jmol window, or modify the display of the\r
3450    * structures in the original jmol window. Note This method doesn't work\r
3451    * without an additional javascript library to exchange messages between the\r
3452    * distinct applets. See http://issues.jalview.org/browse/JAL-621\r
3453    * \r
3454    * @param viewer\r
3455    *          JmolViewer instance\r
3456    * @param sequenceIds\r
3457    *          - sequence Ids to search for associations\r
3458    */\r
3459   public SequenceStructureBinding addStructureViewInstance(\r
3460           Object jmolviewer, String[] sequenceIds)\r
3461   {\r
3462     org.jmol.api.JmolViewer viewer = null;\r
3463     try\r
3464     {\r
3465       viewer = (org.jmol.api.JmolViewer) jmolviewer;\r
3466     } catch (ClassCastException ex)\r
3467     {\r
3468       System.err.println("Unsupported viewer object :"\r
3469               + jmolviewer.getClass());\r
3470     }\r
3471     if (viewer == null)\r
3472     {\r
3473       System.err.println("Can't use this object as a structure viewer:"\r
3474               + jmolviewer.getClass());\r
3475       return null;\r
3476     }\r
3477     SequenceI[] seqs = null;\r
3478     if (sequenceIds == null || sequenceIds.length == 0)\r
3479     {\r
3480       seqs = viewport.getAlignment().getSequencesArray();\r
3481     }\r
3482     else\r
3483     {\r
3484       Vector sqi = new Vector();\r
3485       AlignmentI al = viewport.getAlignment();\r
3486       for (int sid = 0; sid < sequenceIds.length; sid++)\r
3487       {\r
3488         SequenceI sq = al.findName(sequenceIds[sid]);\r
3489         if (sq != null)\r
3490         {\r
3491           sqi.addElement(sq);\r
3492         }\r
3493       }\r
3494       if (sqi.size() > 0)\r
3495       {\r
3496         seqs = new SequenceI[sqi.size()];\r
3497         for (int sid = 0, sSize = sqi.size(); sid < sSize; sid++)\r
3498         {\r
3499           seqs[sid] = (SequenceI) sqi.elementAt(sid);\r
3500         }\r
3501       }\r
3502       else\r
3503       {\r
3504         return null;\r
3505       }\r
3506     }\r
3507     ExtJmol jmv = null;\r
3508     // TODO: search for a jmv that involves viewer\r
3509     if (jmv == null)\r
3510     { // create a new viewer/jalview binding.\r
3511       jmv = new ExtJmol(viewer, alignPanel, new SequenceI[][] {seqs});\r
3512     }\r
3513     return jmv;\r
3514 \r
3515   }\r
3516   /**\r
3517    * bind a pdb file to a sequence in the current view\r
3518    * \r
3519    * @param sequenceId\r
3520    *          - sequenceId within the dataset.\r
3521    * @param pdbEntryString\r
3522    *          - the short name for the PDB file\r
3523    * @param pdbFile\r
3524    *          - pdb file - either a URL or a valid PDB file.\r
3525    * @return true if binding was as success TODO: consider making an exception\r
3526    *         structure for indicating when PDB parsing or sequenceId location\r
3527    *         fails.\r
3528    */\r
3529   public boolean addPdbFile(String sequenceId, String pdbEntryString,\r
3530           String pdbFile)\r
3531   {\r
3532     SequenceI toaddpdb = viewport.getAlignment().findName(sequenceId);\r
3533     boolean needtoadd = false;\r
3534     if (toaddpdb != null)\r
3535     {\r
3536       Vector pdbe = toaddpdb.getPDBId();\r
3537       PDBEntry pdbentry = null;\r
3538       if (pdbe != null && pdbe.size() > 0)\r
3539       {\r
3540         for (int pe = 0, peSize = pdbe.size(); pe < peSize; pe++)\r
3541         {\r
3542           pdbentry = (PDBEntry) pdbe.elementAt(pe);\r
3543           if (!pdbentry.getId().equals(pdbEntryString)\r
3544                   && !pdbentry.getFile().equals(pdbFile))\r
3545           {\r
3546             pdbentry = null;\r
3547           }\r
3548           else\r
3549           {\r
3550             continue;\r
3551           }\r
3552         }\r
3553       }\r
3554       if (pdbentry == null)\r
3555       {\r
3556         pdbentry = new PDBEntry();\r
3557         pdbentry.setId(pdbEntryString);\r
3558         pdbentry.setFile(pdbFile);\r
3559         needtoadd = true; // add this new entry to sequence.\r
3560       }\r
3561       // resolve data source\r
3562       // TODO: this code should be a refactored to an io package\r
3563       String protocol = AppletFormatAdapter.resolveProtocol(pdbFile, "PDB");\r
3564       if (protocol == null)\r
3565       {\r
3566         return false;\r
3567       }\r
3568       if (needtoadd)\r
3569       {\r
3570         // make a note of the access mode and add\r
3571         if (pdbentry.getProperty() == null)\r
3572         {\r
3573           pdbentry.setProperty(new Hashtable());\r
3574         }\r
3575         pdbentry.getProperty().put("protocol", protocol);\r
3576         toaddpdb.addPDBId(pdbentry);\r
3577       }\r
3578     }\r
3579     return true;\r
3580   }\r
3581 \r
3582   private Object[] cleanSeqChainArrays(SequenceI[] seqs, String[] chains)\r
3583   {\r
3584     if (seqs != null)\r
3585     {\r
3586       Vector sequences = new Vector();\r
3587       for (int i = 0; i < seqs.length; i++)\r
3588       {\r
3589         if (seqs[i] != null)\r
3590         {\r
3591           sequences.addElement(new Object[]\r
3592           { seqs[i], (chains != null) ? chains[i] : null });\r
3593         }\r
3594       }\r
3595       seqs = new SequenceI[sequences.size()];\r
3596       chains = new String[sequences.size()];\r
3597       for (int i = 0, isize = sequences.size(); i < isize; i++)\r
3598       {\r
3599         Object[] oj = (Object[]) sequences.elementAt(i);\r
3600 \r
3601         seqs[i] = (SequenceI) oj[0];\r
3602         chains[i] = (String) oj[1];\r
3603       }\r
3604     }\r
3605     return new Object[]\r
3606     { seqs, chains };\r
3607 \r
3608   }\r
3609 \r
3610   public void newStructureView(JalviewLite applet, PDBEntry pdb,\r
3611           SequenceI[] seqs, String[] chains, String protocol)\r
3612   {\r
3613     // Scrub any null sequences from the array\r
3614     Object[] sqch = cleanSeqChainArrays(seqs, chains);\r
3615     seqs = (SequenceI[]) sqch[0];\r
3616     chains = (String[]) sqch[1];\r
3617     if (seqs == null || seqs.length == 0)\r
3618     {\r
3619       System.err\r
3620               .println("JalviewLite.AlignFrame:newStructureView: No sequence to bind structure to.");\r
3621     }\r
3622     if (protocol == null || protocol.trim().length() == 0\r
3623             || protocol.equals("null"))\r
3624     {\r
3625       protocol = (String) pdb.getProperty().get("protocol");\r
3626       if (protocol == null)\r
3627       {\r
3628         System.err.println("Couldn't work out protocol to open structure: "\r
3629                 + pdb.getId());\r
3630         return;\r
3631       }\r
3632     }\r
3633     if (applet.useXtrnalSviewer)\r
3634     {\r
3635       // register the association(s) and quit, don't create any windows.\r
3636       if (StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager(applet).setMapping(seqs, chains, pdb.getFile(), protocol)==null) {\r
3637         System.err.println("Failed to map "+pdb.getFile()+" ("+protocol+") to any sequences");\r
3638       }\r
3639       return;\r
3640     }\r
3641     if (applet.isAlignPdbStructures() && applet.jmolAvailable)\r
3642     {\r
3643       // can only do alignments with Jmol\r
3644       // find the last jmol window assigned to this alignment\r
3645       jalview.appletgui.AppletJmol ajm = null, tajm;\r
3646       Vector jmols = applet\r
3647               .getAppletWindow(jalview.appletgui.AppletJmol.class);\r
3648       for (int i = 0, iSize = jmols.size(); i < iSize; i++)\r
3649       {\r
3650         tajm = (jalview.appletgui.AppletJmol) jmols.elementAt(i);\r
3651         if (tajm.ap.alignFrame == this)\r
3652         {\r
3653           ajm = tajm;\r
3654           break;\r
3655         }\r
3656       }\r
3657       if (ajm != null)\r
3658       {\r
3659         System.err\r
3660                 .println("Incremental adding and aligning structure to existing Jmol view not yet implemented.");\r
3661         // try and add the pdb structure\r
3662         // ajm.addS\r
3663         ajm = null;\r
3664       }\r
3665     }\r
3666     // otherwise, create a new window\r
3667     if (applet.jmolAvailable)\r
3668     {\r
3669       new jalview.appletgui.AppletJmol(pdb, seqs, chains, alignPanel,\r
3670               protocol);\r
3671       applet.lastFrameX += 40;\r
3672       applet.lastFrameY += 40;\r
3673     }\r
3674     else\r
3675     {\r
3676       new MCview.AppletPDBViewer(pdb, seqs, chains, alignPanel, protocol);\r
3677     }\r
3678 \r
3679   }\r
3680 \r
3681   public void alignedStructureView(JalviewLite applet, PDBEntry[] pdb,\r
3682           SequenceI[][] seqs, String[][] chains, String[] protocols)\r
3683   {\r
3684     // TODO Auto-generated method stub\r
3685     System.err.println("Aligned Structure View: Not yet implemented.");\r
3686   }\r
3687 \r
3688   /**\r
3689    * modify the current selection, providing the user has not made a selection already.\r
3690    * @param sel - sequences from this alignment \r
3691    * @param csel - columns to be selected on the alignment\r
3692    */\r
3693   public void select(SequenceGroup sel, ColumnSelection csel)\r
3694   {\r
3695     alignPanel.seqPanel.selection(sel, csel, null);\r
3696   }\r
3697 \r
3698   public void scrollTo(int row, int column)\r
3699   {\r
3700     alignPanel.seqPanel.scrollTo(row, column);    \r
3701   }\r
3702   public void scrollToRow(int row)\r
3703   {\r
3704     alignPanel.seqPanel.scrollToRow(row);    \r
3705   }\r
3706   public void scrollToColumn(int column)\r
3707   {\r
3708     alignPanel.seqPanel.scrollToColumn(column);    \r
3709   }\r
3710   /**\r
3711    * @return the alignments unique ID.\r
3712    */\r
3713   public String getSequenceSetId() {\r
3714     return viewport.getSequenceSetId();\r
3715   }\r
3716   \r
3717   \r
3718   /**\r
3719    * Load the (T-Coffee) score file from the specified url \r
3720    * \r
3721    * @param source File/URL/T-COFFEE score file contents\r
3722    * @throws IOException \r
3723    * @return true if alignment was annotated with data from source\r
3724    */\r
3725   public boolean loadScoreFile( String source ) throws IOException {\r
3726 \r
3727     TCoffeeScoreFile file = new TCoffeeScoreFile(source, AppletFormatAdapter.checkProtocol(source));\r
3728           if( !file.isValid()) {\r
3729             // TODO: raise dialog for gui\r
3730             System.err.println("Problems parsing T-Coffee scores: "+file.getWarningMessage());\r
3731             System.err.println("Origin was:\n"+source);\r
3732             return false;\r
3733           }\r
3734           \r
3735           /*\r
3736            * check that the score matrix matches the alignment dimensions\r
3737            */\r
3738           AlignmentI aln; \r
3739           if( (aln=viewport.getAlignment()) != null && (aln.getHeight() != file.getHeight() || aln.getWidth() != file.getWidth()) ) {\r
3740             // TODO: raise a dialog box here rather than bomb out.\r
3741             System.err.println("The scores matrix does not match the alignment dimensions");\r
3742                   \r
3743           }\r
3744           \r
3745            // TODO add parameter to indicate if matching should be done\r
3746           if (file.annotateAlignment(alignPanel.getAlignment(), false))\r
3747           {\r
3748             alignPanel.fontChanged();\r
3749             tcoffeeColour.setEnabled(true);\r
3750                   // switch to this color\r
3751                   changeColour(new TCoffeeColourScheme(alignPanel.getAlignment()));\r
3752                   return true;\r
3753           } else {\r
3754             System.err.println("Problems resolving T-Coffee scores:");\r
3755             if (file.getWarningMessage()!=null) {\r
3756               System.err.println(file.getWarningMessage());\r
3757             }\r
3758           }\r
3759           return false;\r
3760   }\r
3761   \r
3762   \r
3763 }\r