src/jalview/appletgui/AnnotationLabels.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignmentUtils;
  24 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  25 import jalview.datamodel.Annotation;
  26 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;
  28 import jalview.util.MessageManager;
  29 import jalview.util.ParseHtmlBodyAndLinks;
  30
  31 import java.awt.Checkbox;
  32 import java.awt.CheckboxMenuItem;
  33 import java.awt.Color;
  34 import java.awt.Cursor;
  35 import java.awt.Dimension;
  36 import java.awt.FlowLayout;
  37 import java.awt.FontMetrics;
  38 import java.awt.Frame;
  39 import java.awt.Graphics;
  40 import java.awt.Image;
  41 import java.awt.MenuItem;
  42 import java.awt.Panel;
  43 import java.awt.PopupMenu;
  44 import java.awt.event.ActionEvent;
  45 import java.awt.event.ActionListener;
  46 import java.awt.event.InputEvent;
  47 import java.awt.event.ItemEvent;
  48 import java.awt.event.ItemListener;
  49 import java.awt.event.MouseEvent;
  50 import java.awt.event.MouseListener;
  51 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  52 import java.util.Arrays;
  53 import java.util.Collections;
  54 import java.util.Vector;
  55
  56 public class AnnotationLabels extends Panel
  57         implements ActionListener, MouseListener, MouseMotionListener
  58 {
  59   Image image;
  60
  61   boolean active = false;
  62
  63   AlignmentPanel ap;
  64
  65   AlignViewport av;
  66
  67   boolean resizing = false;
  68
  69   int oldY, mouseX;
  70
  71   static String ADDNEW = "Add New Row";
  72
  73   static String EDITNAME = "Edit Label/Description";
  74
  75   static String HIDE = "Hide This Row";
  76
  77   static String SHOWALL = "Show All Hidden Rows";
  78
  79   static String OUTPUT_TEXT = "Show Values In Textbox";
  80
  81   static String COPYCONS_SEQ = "Copy Consensus Sequence";
  82
  83   int scrollOffset = 0;
  84
  85   int selectedRow = -1;
  86
  87   Tooltip tooltip;
  88
  89   private boolean hasHiddenRows;
  90
  91   public AnnotationLabels(AlignmentPanel ap)
  92   {
  93     this.ap = ap;
  94     this.av = ap.av;
  95     setLayout(null);
  96
  97     /**
  98      * this retrieves the adjustable height glyph from resources. we don't use
  99      * it at the moment. java.net.URL url =
 100      * getClass().getResource("/images/idwidth.gif"); Image temp = null;
 101      *
 102      * if (url != null) { temp =
 103      * java.awt.Toolkit.getDefaultToolkit().createImage(url); }
 104      *
 105      * try { MediaTracker mt = new MediaTracker(this); mt.addImage(temp, 0);
 106      * mt.waitForID(0); } catch (Exception ex) { }
 107      *
 108      * BufferedImage bi = new BufferedImage(temp.getHeight(this),
 109      * temp.getWidth(this), BufferedImage.TYPE_INT_RGB); Graphics2D g =
 110      * (Graphics2D) bi.getGraphics(); g.rotate(Math.toRadians(90));
 111      * g.drawImage(temp, 0, -bi.getWidth(this), this); image = (Image) bi;
 112      */
 113     addMouseListener(this);
 114     addMouseMotionListener(this);
 115   }
 116
 117   public AnnotationLabels(AlignViewport av)
 118   {
 119     this.av = av;
 120   }
 121
 122   public void setScrollOffset(int y, boolean repaint)
 123   {
 124     scrollOffset = y;
 125     if (repaint)
 126     {
 127       repaint();
 128     }
 129   }
 130
 131   /**
 132    *
 133    * @param y
 134    * @return -2 if no rows are visible at all, -1 if no visible rows were
 135    *         selected
 136    */
 137   int getSelectedRow(int y)
 138   {
 139     int row = -2;
 140     AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.getAlignment()
 141             .getAlignmentAnnotation();
 142
 143     if (aa == null)
 144     {
 145       return row;
 146     }
 147     int height = 0;
 148     for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 149     {
 150       row = -1;
 151       if (!aa[i].visible)
 152       {
 153         continue;
 154       }
 155       height += aa[i].height;
 156       if (y < height)
 157       {
 158         row = i;
 159         break;
 160       }
 161     }
 162
 163     return row;
 164   }
 165
 166   @Override
 167   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 168   {
 169     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 170
 171     if (evt.getActionCommand().equals(ADDNEW))
 172     {
 173       AlignmentAnnotation newAnnotation = new AlignmentAnnotation("", null,
 174               new Annotation[ap.av.getAlignment().getWidth()]);
 175
 176       if (!editLabelDescription(newAnnotation))
 177       {
 178         return;
 179       }
 180
 181       ap.av.getAlignment().addAnnotation(newAnnotation);
 182       ap.av.getAlignment().setAnnotationIndex(newAnnotation, 0);
 183     }
 184     else if (evt.getActionCommand().equals(EDITNAME))
 185     {
 186       editLabelDescription(aa[selectedRow]);
 187     }
 188     else if (evt.getActionCommand().equals(HIDE))
 189     {
 190       aa[selectedRow].visible = false;
 191     }
 192     else if (evt.getActionCommand().equals(SHOWALL))
 193     {
 194       for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 195       {
 196         aa[i].visible = (aa[i].annotations == null) ? false : true;
 197       }
 198     }
 199     else if (evt.getActionCommand().equals(OUTPUT_TEXT))
 200     {
 201       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false,
 202               ap.alignFrame);
 203       Frame frame = new Frame();
 204       frame.add(cap);
 205       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame,
 206               ap.alignFrame.getTitle() + " - " + aa[selectedRow].label, 500,
 207               100);
 208       cap.setText(aa[selectedRow].toString());
 209     }
 210     else if (evt.getActionCommand().equals(COPYCONS_SEQ))
 211     {
 212       SequenceI cons = av.getConsensusSeq();
 213       if (cons != null)
 214       {
 215         copy_annotseqtoclipboard(cons);
 216       }
 217
 218     }
 219     refresh();
 220   }
 221
 222   /**
 223    * Adjust size and repaint
 224    */
 225   protected void refresh()
 226   {
 227     ap.annotationPanel.adjustPanelHeight();
 228     setSize(getSize().width, ap.annotationPanel.getSize().height);
 229     ap.validate();
 230     // TODO: only paint if we needed to
 231     ap.paintAlignment(true, true);
 232   }
 233
 234   boolean editLabelDescription(AlignmentAnnotation annotation)
 235   {
 236     Checkbox padGaps = new Checkbox(
 237             "Fill Empty Gaps With \"" + ap.av.getGapCharacter() + "\"",
 238             annotation.padGaps);
 239
 240     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(annotation.label,
 241             annotation.description, "      Annotation Label",
 242             "Annotation Description", ap.alignFrame,
 243             "Edit Annotation Name / Description", 500, 180, false);
 244
 245     Panel empty = new Panel(new FlowLayout());
 246     empty.add(padGaps);
 247     dialog.add(empty);
 248     dialog.pack();
 249
 250     dialog.setVisible(true);
 251
 252     if (dialog.accept)
 253     {
 254       annotation.label = dialog.getName();
 255       annotation.description = dialog.getDescription();
 256       annotation.setPadGaps(padGaps.getState(), av.getGapCharacter());
 257       repaint();
 258       return true;
 259     }
 260     else
 261     {
 262       return false;
 263     }
 264
 265   }
 266
 267   boolean resizePanel = false;
 268
 269   @Override
 270   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 271   {
 272     resizePanel = evt.getY() < 10 && evt.getX() < 14;
 273     setCursor(Cursor.getPredefinedCursor(
 274             resizePanel ? Cursor.S_RESIZE_CURSOR : Cursor.DEFAULT_CURSOR));
 275     int row = getSelectedRow(evt.getY() + scrollOffset);
 276
 277     if (row > -1)
 278     {
 279       ParseHtmlBodyAndLinks phb = new ParseHtmlBodyAndLinks(
 280               av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[row]
 281                       .getDescription(true),
 282               true, "\n");
 283       if (tooltip == null)
 284       {
 285         tooltip = new Tooltip(phb.getNonHtmlContent(), this);
 286       }
 287       else
 288       {
 289         tooltip.setTip(phb.getNonHtmlContent());
 290       }
 291     }
 292     else if (tooltip != null)
 293     {
 294       tooltip.setTip("");
 295     }
 296   }
 297
 298   /**
 299    * curent drag position
 300    */
 301   MouseEvent dragEvent = null;
 302
 303   /**
 304    * flag to indicate drag events should be ignored
 305    */
 306   private boolean dragCancelled = false;
 307
 308   /**
 309    * clear any drag events in progress
 310    */
 311   public void cancelDrag()
 312   {
 313     dragEvent = null;
 314     dragCancelled = true;
 315   }
 316
 317   @Override
 318   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 319   {
 320     if (dragCancelled)
 321     {
 322       return;
 323     }
 324     ;
 325     dragEvent = evt;
 326
 327     if (resizePanel)
 328     {
 329       Dimension d = ap.annotationPanelHolder.getSize(),
 330               e = ap.annotationSpaceFillerHolder.getSize(),
 331               f = ap.seqPanelHolder.getSize();
 332       int dif = evt.getY() - oldY;
 333
 334       dif /= ap.av.getCharHeight();
 335       dif *= ap.av.getCharHeight();
 336
 337       if ((d.height - dif) > 20 && (f.height + dif) > 20)
 338       {
 339         ap.annotationPanel.setSize(d.width, d.height - dif);
 340         setSize(new Dimension(e.width, d.height - dif));
 341         ap.annotationSpaceFillerHolder
 342                 .setSize(new Dimension(e.width, d.height - dif));
 343         ap.annotationPanelHolder
 344                 .setSize(new Dimension(d.width, d.height - dif));
 345         ap.apvscroll.setValues(ap.apvscroll.getValue(), d.height - dif, 0,
 346                 av.calcPanelHeight());
 347         f.height += dif;
 348         ap.seqPanelHolder.setPreferredSize(f);
 349         ap.setScrollValues(av.getRanges().getStartRes(),
 350                 av.getRanges().getStartSeq());
 351         ap.validate();
 352         // ap.paintAlignment(true);
 353         ap.addNotify();
 354       }
 355
 356     }
 357     else
 358     {
 359       int diff;
 360       if ((diff = 6 - evt.getY()) > 0)
 361       {
 362         // nudge scroll up
 363         ap.apvscroll.setValue(ap.apvscroll.getValue() - diff);
 364         ap.adjustmentValueChanged(null);
 365
 366       }
 367       else if ((0 < (diff = 6
 368               - ap.annotationSpaceFillerHolder.getSize().height
 369               + evt.getY())))
 370       {
 371         // nudge scroll down
 372         ap.apvscroll.setValue(ap.apvscroll.getValue() + diff);
 373         ap.adjustmentValueChanged(null);
 374       }
 375       repaint();
 376     }
 377   }
 378
 379   @Override
 380   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 381   {
 382   }
 383
 384   @Override
 385   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 386   {
 387     if (!resizePanel && !dragCancelled)
 388     {
 389       int start = selectedRow;
 390
 391       int end = getSelectedRow(evt.getY() + scrollOffset);
 392
 393       if (start > -1 && start != end)
 394       {
 395         // Swap these annotations
 396         AlignmentAnnotation startAA = ap.av.getAlignment()
 397                 .getAlignmentAnnotation()[start];
 398         if (end == -1)
 399         {
 400           end = ap.av.getAlignment().getAlignmentAnnotation().length - 1;
 401         }
 402         AlignmentAnnotation endAA = ap.av.getAlignment()
 403                 .getAlignmentAnnotation()[end];
 404
 405         ap.av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[end] = startAA;
 406         ap.av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[start] = endAA;
 407       }
 408     }
 409     resizePanel = false;
 410     dragEvent = null;
 411     dragCancelled = false;
 412     setCursor(Cursor.getPredefinedCursor(Cursor.DEFAULT_CURSOR));
 413     repaint();
 414     ap.annotationPanel.repaint();
 415   }
 416
 417   @Override
 418   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 419   {
 420     if (evt.getY() < 10 && evt.getX() < 14)
 421     {
 422       resizePanel = true;
 423       repaint();
 424     }
 425     setCursor(Cursor.getPredefinedCursor(
 426             resizePanel ? Cursor.S_RESIZE_CURSOR : Cursor.DEFAULT_CURSOR));
 427   }
 428
 429   @Override
 430   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 431   {
 432     dragCancelled = false;
 433
 434     if (dragEvent == null)
 435     {
 436       resizePanel = false;
 437     }
 438     else
 439     {
 440       if (!resizePanel)
 441       {
 442         dragEvent = null;
 443       }
 444     }
 445     repaint();
 446   }
 447
 448   @Override
 449   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 450   {
 451     oldY = evt.getY();
 452     if (resizePanel)
 453     {
 454       return;
 455     }
 456     dragCancelled = false;
 457     // todo: move below to mouseClicked ?
 458     selectedRow = getSelectedRow(evt.getY() + scrollOffset);
 459
 460     AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.getAlignment()
 461             .getAlignmentAnnotation();
 462
 463     // DETECT RIGHT MOUSE BUTTON IN AWT
 464     if ((evt.getModifiers()
 465             & InputEvent.BUTTON3_MASK) == InputEvent.BUTTON3_MASK)
 466     {
 467
 468       PopupMenu popup = new PopupMenu(
 469               MessageManager.getString("label.annotations"));
 470
 471       MenuItem item = new MenuItem(ADDNEW);
 472       item.addActionListener(this);
 473       popup.add(item);
 474       if (selectedRow < 0)
 475       {
 476         // this never happens at moment: - see comment on JAL-563
 477         if (hasHiddenRows)
 478         {
 479           item = new MenuItem(SHOWALL);
 480           item.addActionListener(this);
 481           popup.add(item);
 482         }
 483         this.add(popup);
 484         popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 485         return;
 486       }
 487       // add the rest if there are actually rows to show
 488       item = new MenuItem(EDITNAME);
 489       item.addActionListener(this);
 490       popup.add(item);
 491       item = new MenuItem(HIDE);
 492       item.addActionListener(this);
 493       popup.add(item);
 494
 495       /*
 496        * Hide all <label>:
 497        */
 498       if (selectedRow < aa.length)
 499       {
 500         if (aa[selectedRow].sequenceRef != null)
 501         {
 502           final String label = aa[selectedRow].label;
 503           MenuItem hideType = new MenuItem(
 504                   MessageManager.getString("label.hide_all") + " " + label);
 505           hideType.addActionListener(new ActionListener()
 506           {
 507             @Override
 508             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 509             {
 510               AlignmentUtils.showOrHideSequenceAnnotations(
 511                       ap.av.getAlignment(), Collections.singleton(label),
 512                       null, false, false);
 513               refresh();
 514             }
 515           });
 516           popup.add(hideType);
 517         }
 518       }
 519
 520       if (hasHiddenRows)
 521       {
 522         item = new MenuItem(SHOWALL);
 523         item.addActionListener(this);
 524         popup.add(item);
 525       }
 526       this.add(popup);
 527       item = new MenuItem(OUTPUT_TEXT);
 528       item.addActionListener(this);
 529       popup.add(item);
 530       if (selectedRow < aa.length)
 531       {
 532         if (aa[selectedRow].autoCalculated)
 533         {
 534           if (aa[selectedRow].label.indexOf("Consensus") > -1)
 535           {
 536             popup.addSeparator();
 537             final CheckboxMenuItem cbmi = new CheckboxMenuItem(
 538                     MessageManager.getString("label.ignore_gaps_consensus"),
 539                     (aa[selectedRow].groupRef != null)
 540                             ? aa[selectedRow].groupRef
 541                                     .getIgnoreGapsConsensus()
 542                             : ap.av.isIgnoreGapsConsensus());
 543             final AlignmentAnnotation aaa = aa[selectedRow];
 544             cbmi.addItemListener(new ItemListener()
 545             {
 546               @Override
 547               public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 548               {
 549                 if (aaa.groupRef != null)
 550                 {
 551                   // TODO: pass on reference to ap so the view can be updated.
 552                   aaa.groupRef.setIgnoreGapsConsensus(cbmi.getState());
 553                 }
 554                 else
 555                 {
 556                   ap.av.setIgnoreGapsConsensus(cbmi.getState(), ap);
 557                 }
 558                 ap.paintAlignment(true, true);
 559               }
 560             });
 561             popup.add(cbmi);
 562             if (aaa.groupRef != null)
 563             {
 564               final CheckboxMenuItem chist = new CheckboxMenuItem(
 565                       MessageManager
 566                               .getString("label.show_group_histogram"),
 567                       aa[selectedRow].groupRef.isShowConsensusHistogram());
 568               chist.addItemListener(new ItemListener()
 569               {
 570                 @Override
 571                 public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 572                 {
 573                   // TODO: pass on reference
 574                   // to ap
 575                   // so the
 576                   // view
 577                   // can be
 578                   // updated.
 579                   aaa.groupRef.setShowConsensusHistogram(chist.getState());
 580                   ap.repaint();
 581                   // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 582                 }
 583               });
 584               popup.add(chist);
 585               final CheckboxMenuItem cprofl = new CheckboxMenuItem(
 586                       MessageManager.getString("label.show_group_logo"),
 587                       aa[selectedRow].groupRef.isShowSequenceLogo());
 588               cprofl.addItemListener(new ItemListener()
 589               {
 590                 @Override
 591                 public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 592                 {
 593                   // TODO: pass on reference
 594                   // to ap
 595                   // so the
 596                   // view
 597                   // can be
 598                   // updated.
 599                   aaa.groupRef.setshowSequenceLogo(cprofl.getState());
 600                   ap.repaint();
 601                   // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 602                 }
 603               });
 604
 605               popup.add(cprofl);
 606               final CheckboxMenuItem cprofn = new CheckboxMenuItem(
 607                       MessageManager
 608                               .getString("label.normalise_group_logo"),
 609                       aa[selectedRow].groupRef.isNormaliseSequenceLogo());
 610               cprofn.addItemListener(new ItemListener()
 611               {
 612                 @Override
 613                 public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 614                 {
 615                   // TODO: pass on reference
 616                   // to ap
 617                   // so the
 618                   // view
 619                   // can be
 620                   // updated.
 621                   aaa.groupRef.setshowSequenceLogo(true);
 622                   aaa.groupRef.setNormaliseSequenceLogo(cprofn.getState());
 623                   ap.repaint();
 624                   // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 625                 }
 626               });
 627               popup.add(cprofn);
 628             }
 629             else
 630             {
 631               final CheckboxMenuItem chist = new CheckboxMenuItem(
 632                       MessageManager.getString("label.show_histogram"),
 633                       av.isShowConsensusHistogram());
 634               chist.addItemListener(new ItemListener()
 635               {
 636                 @Override
 637                 public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 638                 {
 639                   // TODO: pass on reference
 640                   // to ap
 641                   // so the
 642                   // view
 643                   // can be
 644                   // updated.
 645                   av.setShowConsensusHistogram(chist.getState());
 646                   ap.alignFrame.showConsensusHistogram
 647                           .setState(chist.getState()); // TODO: implement
 648                                                        // ap.updateGUI()/alignFrame.updateGUI
 649                                                        // for applet
 650                   ap.repaint();
 651                   // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 652                 }
 653               });
 654               popup.add(chist);
 655               final CheckboxMenuItem cprof = new CheckboxMenuItem(
 656                       MessageManager.getString("label.show_logo"),
 657                       av.isShowSequenceLogo());
 658               cprof.addItemListener(new ItemListener()
 659               {
 660                 @Override
 661                 public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 662                 {
 663                   // TODO: pass on reference
 664                   // to ap
 665                   // so the
 666                   // view
 667                   // can be
 668                   // updated.
 669                   av.setShowSequenceLogo(cprof.getState());
 670                   ap.alignFrame.showSequenceLogo.setState(cprof.getState()); // TODO:
 671                                                                              // implement
 672                                                                              // ap.updateGUI()/alignFrame.updateGUI
 673                                                                              // for
 674                                                                              // applet
 675                   ap.repaint();
 676                   // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 677                 }
 678               });
 679               popup.add(cprof);
 680               final CheckboxMenuItem cprofn = new CheckboxMenuItem(
 681                       MessageManager.getString("label.normalise_logo"),
 682                       av.isNormaliseSequenceLogo());
 683               cprofn.addItemListener(new ItemListener()
 684               {
 685                 @Override
 686                 public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 687                 {
 688                   // TODO: pass on reference
 689                   // to ap
 690                   // so the
 691                   // view
 692                   // can be
 693                   // updated.
 694                   av.setShowSequenceLogo(true);
 695                   ap.alignFrame.normSequenceLogo
 696                           .setState(cprofn.getState()); // TODO:
 697                                                         // implement
 698                                                         // ap.updateGUI()/alignFrame.updateGUI
 699                                                         // for
 700                                                         // applet
 701                   av.setNormaliseSequenceLogo(cprofn.getState());
 702                   ap.repaint();
 703                   // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 704                 }
 705               });
 706               popup.add(cprofn);
 707             }
 708
 709             item = new MenuItem(COPYCONS_SEQ);
 710             item.addActionListener(this);
 711             popup.add(item);
 712           }
 713         }
 714       }
 715       popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 716     }
 717     else
 718     {
 719       // selection action.
 720       if (selectedRow > -1 && selectedRow < aa.length)
 721       {
 722         if (aa[selectedRow].groupRef != null)
 723         {
 724           if (evt.getClickCount() >= 2)
 725           {
 726             // todo: make the ap scroll to the selection - not necessary, first
 727             // click highlights/scrolls, second selects
 728             ap.seqPanel.ap.idPanel.highlightSearchResults(null);
 729             // process modifiers
 730             SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 731             if (sg == null || sg == aa[selectedRow].groupRef
 732                     || !(jalview.util.Platform.isControlDown(evt)
 733                             || evt.isShiftDown()))
 734             {
 735               if (jalview.util.Platform.isControlDown(evt)
 736                       || evt.isShiftDown())
 737               {
 738                 // clone a new selection group from the associated group
 739                 ap.av.setSelectionGroup(
 740                         new SequenceGroup(aa[selectedRow].groupRef));
 741               }
 742               else
 743               {
 744                 // set selection to the associated group so it can be edited
 745                 ap.av.setSelectionGroup(aa[selectedRow].groupRef);
 746               }
 747             }
 748             else
 749             {
 750               // modify current selection with associated group
 751               int remainToAdd = aa[selectedRow].groupRef.getSize();
 752               for (SequenceI sgs : aa[selectedRow].groupRef.getSequences())
 753               {
 754                 if (jalview.util.Platform.isControlDown(evt))
 755                 {
 756                   sg.addOrRemove(sgs, --remainToAdd == 0);
 757                 }
 758                 else
 759                 {
 760                   // notionally, we should also add intermediate sequences from
 761                   // last added sequence ?
 762                   sg.addSequence(sgs, --remainToAdd == 0);
 763                 }
 764               }
 765             }
 766             ap.paintAlignment(false, false);
 767             PaintRefresher.Refresh(ap, ap.av.getSequenceSetId());
 768             ap.av.sendSelection();
 769           }
 770           else
 771           {
 772             ap.seqPanel.ap.idPanel.highlightSearchResults(
 773                     aa[selectedRow].groupRef.getSequences(null));
 774           }
 775           return;
 776         }
 777         else if (aa[selectedRow].sequenceRef != null)
 778         {
 779           if (evt.getClickCount() == 1)
 780           {
 781             ap.seqPanel.ap.idPanel
 782                     .highlightSearchResults(Arrays.asList(new SequenceI[]
 783                     { aa[selectedRow].sequenceRef }));
 784           }
 785           else if (evt.getClickCount() >= 2)
 786           {
 787             ap.seqPanel.ap.idPanel.highlightSearchResults(null);
 788             SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 789             if (sg != null)
 790             {
 791               // we make a copy rather than edit the current selection if no
 792               // modifiers pressed
 793               // see Enhancement JAL-1557
 794               if (!(jalview.util.Platform.isControlDown(evt)
 795                       || evt.isShiftDown()))
 796               {
 797                 sg = new SequenceGroup(sg);
 798                 sg.clear();
 799                 sg.addSequence(aa[selectedRow].sequenceRef, false);
 800               }
 801               else
 802               {
 803                 if (jalview.util.Platform.isControlDown(evt))
 804                 {
 805                   sg.addOrRemove(aa[selectedRow].sequenceRef, true);
 806                 }
 807                 else
 808                 {
 809                   // notionally, we should also add intermediate sequences from
 810                   // last added sequence ?
 811                   sg.addSequence(aa[selectedRow].sequenceRef, true);
 812                 }
 813               }
 814             }
 815             else
 816             {
 817               sg = new SequenceGroup();
 818               sg.setStartRes(0);
 819               sg.setEndRes(ap.av.getAlignment().getWidth() - 1);
 820               sg.addSequence(aa[selectedRow].sequenceRef, false);
 821             }
 822             ap.av.setSelectionGroup(sg);
 823             ap.paintAlignment(false, false);
 824             PaintRefresher.Refresh(ap, ap.av.getSequenceSetId());
 825             ap.av.sendSelection();
 826           }
 827
 828         }
 829       }
 830
 831     }
 832   }
 833
 834   /**
 835    * DOCUMENT ME!
 836    *
 837    * @param e
 838    *          DOCUMENT ME!
 839    */
 840   protected void copy_annotseqtoclipboard(SequenceI sq)
 841   {
 842     if (sq == null || sq.getLength() < 1)
 843     {
 844       return;
 845     }
 846     jalview.appletgui.AlignFrame.copiedSequences = new StringBuffer();
 847     jalview.appletgui.AlignFrame.copiedSequences
 848             .append(sq.getName() + "\t" + sq.getStart() + "\t" + sq.getEnd()
 849                     + "\t" + sq.getSequenceAsString() + "\n");
 850     if (av.hasHiddenColumns())
 851     {
 852       jalview.appletgui.AlignFrame.copiedHiddenColumns = new Vector<>(
 853               av.getAlignment().getHiddenColumns().getHiddenColumnsCopy());
 854     }
 855   }
 856
 857   @Override
 858   public void update(Graphics g)
 859   {
 860     paint(g);
 861   }
 862
 863   @Override
 864   public void paint(Graphics g)
 865   {
 866     int w = getSize().width;
 867     int h = getSize().height;
 868     if (image == null || w != image.getWidth(this)
 869             || h != image.getHeight(this))
 870     {
 871       image = createImage(w, ap.annotationPanel.getSize().height);
 872     }
 873
 874     drawComponent(image.getGraphics(), w);
 875     g.drawImage(image, 0, 0, this);
 876   }
 877
 878   public void drawComponent(Graphics g, int width)
 879   {
 880     g.setFont(av.getFont());
 881     FontMetrics fm = g.getFontMetrics(av.getFont());
 882     g.setColor(Color.white);
 883     g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);
 884
 885     g.translate(0, -scrollOffset);
 886     g.setColor(Color.black);
 887
 888     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 889     int y = 0, fy = g.getFont().getSize();
 890     int x = 0, offset;
 891
 892     if (aa != null)
 893     {
 894       hasHiddenRows = false;
 895       for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 896       {
 897         if (!aa[i].visible)
 898         {
 899           hasHiddenRows = true;
 900           continue;
 901         }
 902
 903         x = width - fm.stringWidth(aa[i].label) - 3;
 904
 905         y += aa[i].height;
 906         offset = -(aa[i].height - fy) / 2;
 907
 908         g.drawString(aa[i].label, x, y + offset);
 909       }
 910     }
 911     g.translate(0, +scrollOffset);
 912
 913     if (!resizePanel && !dragCancelled && dragEvent != null && aa != null)
 914     {
 915       g.setColor(Color.lightGray);
 916       g.drawString(aa[selectedRow].label, dragEvent.getX(),
 917               dragEvent.getY());
 918     }
 919
 920     if (!av.getWrapAlignment() && ((aa == null) || (aa.length < 1)))
 921     {
 922       g.setColor(Color.black);
 923       g.drawString(MessageManager.getString("label.right_click"), 2, 8);
 924       g.drawString(MessageManager.getString("label.to_add_annotation"), 2,
 925               18);
 926     }
 927   }
 928 }