src/jalview/appletgui/FeatureRenderer.java

   1 package jalview.appletgui;\r
   2 \r
   3 import jalview.datamodel.*;\r
   4 import java.awt.*;\r
   5 import java.util.*;\r
   6 \r
   7 public class FeatureRenderer\r
   8 {\r
   9   AlignViewport av;\r
  10 \r
  11   SequenceGroup currentSequenceGroup = null;\r
  12   SequenceGroup [] allGroups = null;\r
  13   Color resBoxColour;\r
  14   Graphics graphics;\r
  15 \r
  16   public FeatureRenderer(AlignViewport av)\r
  17   {\r
  18     this.av = av;\r
  19   }\r
  20 \r
  21 \r
  22   public void drawSequence(Graphics g,SequenceI seq,SequenceGroup [] sg, int start, int end, int x1, int y1, int width, int height)\r
  23   {\r
  24     Vector features = seq.getSequenceFeatures();\r
  25     Enumeration e = features.elements();\r
  26     while( e.hasMoreElements() )\r
  27     {\r
  28       SequenceFeature sf = (SequenceFeature)e.nextElement();\r
  29       if(sf.getStart()>seq.getEnd())\r
  30         continue;\r
  31 \r
  32       int fstart = seq.findIndex(sf.getStart())-1;\r
  33       int fend = seq.findIndex(sf.getEnd())-1;\r
  34 \r
  35       if(   (fstart<=end && fend>=start)  )\r
  36       {\r
  37         if(fstart<0) // fix for if the feature we have starts before the sequence start,\r
  38           fstart = 0;// but the feature end is still valid!!\r
  39 \r
  40         if(fstart==fend)\r
  41         {\r
  42           g.setColor(Color.red);\r
  43           g.fillRoundRect( (fstart - start) * width, y1, width, height, 4,4);\r
  44           g.setColor(Color.white);\r
  45 \r
  46           char s = seq.getSequence().charAt(fstart);\r
  47           FontMetrics fm = g.getFontMetrics();\r
  48           int charOffset =  (width - fm.charWidth(s))/2;\r
  49           int pady = height/5;\r
  50           g.drawString(String.valueOf(s), charOffset + x1 + width * (fstart - start), y1 + height - pady);\r
  51 \r
  52         }\r
  53         else\r
  54         {\r
  55           for (int i = fstart; i <= fend; i++)\r
  56           {\r
  57             char s = seq.getSequence().charAt(i);\r
  58             if( jalview.util.Comparison.isGap(s) )\r
  59               continue;\r
  60 \r
  61             g.setColor(Color.blue);\r
  62             g.fillRect( (i-start) * width, y1, width, height);\r
  63 \r
  64             g.setColor(Color.white);\r
  65 \r
  66             FontMetrics fm = g.getFontMetrics();\r
  67             int charOffset = (width - fm.charWidth(s)) / 2;\r
  68             int pady = height / 5;\r
  69             g.drawString(String.valueOf(s),\r
  70                          charOffset + x1 + width * (i-start),\r
  71                          y1 + height - pady);\r
  72           }\r
  73         }\r
  74       }\r
  75 \r
  76     }\r
  77    }\r
  78 \r
  79 }\r