src/jalview/appletgui/Finder.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import jalview.jbappletgui.GFinder;\r
  23 import jalview.datamodel.*;\r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 import java.util.*;\r
  26 import java.awt.*;\r
  27 \r
  28 public class Finder extends GFinder\r
  29 {\r
  30   AlignViewport av;\r
  31   AlignmentPanel ap;\r
  32   Frame frame;\r
  33   SuperGroup searchGroup;\r
  34   Vector searchResults;\r
  35 \r
  36   int seqIndex = 0;\r
  37   int resIndex = 0;\r
  38   public Finder(final AlignmentPanel ap)\r
  39   {\r
  40     this.av = ap.av;\r
  41     this.ap = ap;\r
  42     frame = new Frame();\r
  43     frame.add(this);\r
  44     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, "Find", 340,120);\r
  45     frame.repaint();\r
  46     frame.addWindowListener(new WindowAdapter()\r
  47         {public void windowClosing(WindowEvent evt)\r
  48               { ap.highlightSearchResults( null ); }\r
  49         });\r
  50   }\r
  51 \r
  52   public void textfield_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  53   {\r
  54     doSearch(false);\r
  55   }\r
  56 \r
  57   public void findNext_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  58   {\r
  59     doSearch(false);\r
  60   }\r
  61 \r
  62   public void findAll_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  63   {\r
  64     resIndex=0;\r
  65     seqIndex=0;\r
  66     doSearch(true);\r
  67   }\r
  68 \r
  69   public void cancel_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  70   {\r
  71     try{\r
  72       // if allResults is null, this effectively switches displaySearch flag in seqCanvas\r
  73       ap.highlightSearchResults( null );\r
  74       ap.idPanel.highlightSearchResults( null );\r
  75      // frame.setClosed(true);\r
  76     }catch(Exception ex){ }\r
  77   }\r
  78 \r
  79 \r
  80   public void createNewGroup_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  81   {\r
  82    Color [] newColors = new Color[24];\r
  83    for(int i=0; i<24; i++)\r
  84      newColors[i] = new Color(60,160,115);\r
  85 \r
  86    jalview.schemes.UserColourScheme ucs = new jalview.schemes.UserColourScheme(newColors);\r
  87    String searchString = textfield.getText();\r
  88 \r
  89    searchGroup = new SuperGroup(searchString, ucs , true, true, false);\r
  90 \r
  91 \r
  92     for(int i=0; i<searchResults.size(); i+=3)\r
  93     {\r
  94       // its possible edits may have occurred since search was performed\r
  95       // account for this here\r
  96 \r
  97       SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt( Integer.parseInt(searchResults.elementAt(i).toString()) );\r
  98       int startRes = seq.findIndex( Integer.parseInt(searchResults.elementAt(i+1).toString()) )-1;\r
  99       int endRes = seq.findIndex(   Integer.parseInt(searchResults.elementAt(i+2).toString()) )-1;\r
 100 \r
 101       SequenceGroup sg = new SequenceGroup(searchString, ucs, true, true, false, startRes , endRes  );\r
 102       sg.addSequence(seq);\r
 103       av.alignment.addGroup(sg);\r
 104       searchGroup.addGroup( sg );\r
 105 \r
 106     }\r
 107 \r
 108     ap.av.alignment.addSuperGroup(searchGroup);\r
 109     ap.highlightSearchResults( null );\r
 110   }\r
 111 \r
 112 \r
 113   void doSearch(boolean findAll)\r
 114   {\r
 115     createNewGroup.setEnabled(false);\r
 116 \r
 117     String searchString = textfield.getText().toUpperCase();\r
 118 \r
 119     com.stevesoft.pat.Regex regex = new  com.stevesoft.pat.Regex(searchString);\r
 120 \r
 121     searchResults = new Vector();\r
 122     int [] allResults = null;\r
 123 \r
 124     Sequence seq;\r
 125     String item=null;\r
 126     boolean found = false;\r
 127 \r
 128     ////// is the searchString a residue number?\r
 129     try{\r
 130       int res = Integer.parseInt(searchString);\r
 131       found = true;\r
 132 \r
 133       if(av.getSelectionGroup().getSize()>0)\r
 134         seq = (Sequence)(av.getSelectionGroup().getSequenceAt(0));\r
 135       else\r
 136         seq = (Sequence)av.getAlignment().getSequenceAt(0);\r
 137 \r
 138       searchResults.addElement( Integer.toString( av.getAlignment().findIndex(seq) ) );\r
 139       searchResults.addElement( Integer.toString( seq.findIndex(res)-1 ) );\r
 140       searchResults.addElement( Integer.toString( seq.findIndex(res)-1 ) );\r
 141 \r
 142     }catch(NumberFormatException ex){}\r
 143     ///////////////////////////////////////////////\r
 144 \r
 145 \r
 146     int end = av.alignment.getHeight();\r
 147 \r
 148     SequenceGroup selection = av.getSelectionGroup();\r
 149     if(selection!=null)\r
 150      if(selection.getSize()<1 || (selection.getEndRes()-selection.getStartRes()<2))\r
 151       selection = null;\r
 152 \r
 153     while( !found && seqIndex<end)\r
 154     {\r
 155       seq = (Sequence)av.alignment.getSequenceAt(seqIndex);\r
 156 \r
 157 \r
 158       if(selection!=null && !selection.sequences.contains(seq))\r
 159       {\r
 160         seqIndex++;\r
 161         resIndex=0;\r
 162         continue;\r
 163       }\r
 164 \r
 165       item = seq.getSequence().toUpperCase();\r
 166 \r
 167       if(selection!=null && selection.getEndRes()<av.alignment.getWidth())\r
 168           item = item.substring(0, selection.getEndRes()+1);\r
 169 \r
 170       ///Shall we ignore gaps????\r
 171       StringBuffer noGaps = new StringBuffer();\r
 172       int insertCount=0;\r
 173       Vector spaces = new Vector();\r
 174 \r
 175       for (int j=0; j < item.length(); j++)\r
 176       {\r
 177 \r
 178         if(!jalview.util.Comparison.isGap(item.charAt(j)))\r
 179          {\r
 180            noGaps.append(item.charAt(j));\r
 181            spaces.addElement(new Integer(insertCount));\r
 182          }\r
 183         else\r
 184            insertCount++;\r
 185       }\r
 186 \r
 187 \r
 188 \r
 189       for(int r = resIndex; r<noGaps.length(); r++)\r
 190       {\r
 191 \r
 192        if( regex.searchFrom( noGaps.toString(), r ) )\r
 193        {\r
 194          resIndex = regex.matchedFrom();\r
 195          if(selection!=null && ( resIndex+ Integer.parseInt(spaces.elementAt(resIndex).toString()) )<selection.getStartRes())\r
 196            continue;\r
 197 \r
 198          searchResults.addElement( Integer.toString( seqIndex) );\r
 199          int sres = seq.findPosition( resIndex+ Integer.parseInt(spaces.elementAt(resIndex).toString()) );\r
 200          int eres = seq.findPosition( regex.matchedTo()-1 + Integer.parseInt(spaces.elementAt(regex.matchedTo()-1).toString()) );\r
 201           searchResults.addElement( sres+"" );\r
 202           searchResults.addElement( eres+"" );\r
 203 \r
 204 \r
 205          if(!findAll)\r
 206          {\r
 207            // thats enough, break and display the result\r
 208            found = true;\r
 209            resIndex++;\r
 210            break;\r
 211          }\r
 212 \r
 213          r=resIndex;\r
 214        }\r
 215       }\r
 216       if(!found)\r
 217       {\r
 218         seqIndex++;\r
 219         resIndex = 0;\r
 220       }\r
 221     }\r
 222 \r
 223 \r
 224     Vector idMatch = new Vector();\r
 225     for(int id = 0; id<av.alignment.getHeight(); id++)\r
 226     {\r
 227       if(   regex.search( av.alignment.getSequenceAt(id).getName() ) )\r
 228         idMatch.addElement( av.alignment.getSequenceAt(id) );\r
 229     }\r
 230 \r
 231     if(searchResults.size()==0 && idMatch.size()>0)\r
 232       ap.idPanel.highlightSearchResults( idMatch );\r
 233 \r
 234 \r
 235     if(searchResults.size()>0)\r
 236     {\r
 237       allResults = new int[searchResults.size()];\r
 238       for(int i=0; i<searchResults.size(); i++)\r
 239         allResults[i] = Integer.parseInt(searchResults.elementAt(i).toString());\r
 240 \r
 241       createNewGroup.setEnabled(true);\r
 242     }\r
 243     else\r
 244     {\r
 245       resIndex=0;\r
 246       seqIndex=0;\r
 247     }\r
 248 \r
 249     // if allResults is null, this effectively switches displaySearch flag in seqCanvas\r
 250     ap.highlightSearchResults( allResults );\r
 251 \r
 252     if (findAll)\r
 253     {\r
 254       String message =  (searchResults.size()/3) + " matches found.";\r
 255       System.out.println(message);\r
 256     }\r
 257 \r
 258   }\r
 259 \r
 260 }\r