src/jalview/appletgui/OverviewPanel.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import java.awt.event.*;\r
  23 import java.awt.*;\r
  24 \r
  25 public class OverviewPanel extends Panel implements Runnable\r
  26 {\r
  27   Image miniMe;\r
  28   AlignViewport av;\r
  29   AlignmentPanel ap;\r
  30   float scalew = 1f;\r
  31   float scaleh = 1f;\r
  32 \r
  33   public int width, sequencesHeight;\r
  34   int graphHeight=30;\r
  35   int boxX=-1, boxY=-1, boxWidth=-1, boxHeight=-1;\r
  36 \r
  37   boolean resizing = false;\r
  38 \r
  39   Frame nullFrame;\r
  40 \r
  41   public OverviewPanel(AlignmentPanel ap)\r
  42   {\r
  43     this.av = ap.av;\r
  44     this.ap = ap;\r
  45     setLayout(null);\r
  46     nullFrame = new Frame();\r
  47     nullFrame.addNotify();\r
  48 \r
  49     // scale the initial size of overviewpanel to shape of alignment\r
  50     float initialScale = (float)av.alignment.getWidth()/(float)av.alignment.getHeight();\r
  51     if(av.alignment.getWidth() > av.alignment.getHeight())\r
  52     {\r
  53       // wider\r
  54       width = 400;\r
  55       sequencesHeight = (int)(400f/initialScale);\r
  56     }\r
  57     else\r
  58     {\r
  59       // taller\r
  60       width = (int)(400f*initialScale);\r
  61       sequencesHeight = 300;\r
  62       if(width<120)\r
  63         width = 120;\r
  64     }\r
  65 \r
  66     setSize (new Dimension(width, sequencesHeight+graphHeight));\r
  67     addComponentListener(new ComponentAdapter()\r
  68    {\r
  69 \r
  70        public void componentResized(ComponentEvent evt)\r
  71        {\r
  72          if( getSize().width!=width || getSize().height!=sequencesHeight+graphHeight)\r
  73          {\r
  74            updateOverviewImage();\r
  75          }\r
  76        }\r
  77    });\r
  78 \r
  79     addMouseMotionListener(new MouseMotionAdapter()\r
  80            {\r
  81              public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
  82              { doMouseDragged(evt);}\r
  83            });\r
  84 \r
  85     addMouseListener(new MouseAdapter()\r
  86     {\r
  87       public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
  88       { doMousePressed(evt);}\r
  89       public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
  90       { doMouseReleased(evt);}\r
  91     });\r
  92 \r
  93     updateOverviewImage();\r
  94 \r
  95   }\r
  96 \r
  97   public void doMousePressed(MouseEvent evt)\r
  98   {\r
  99     boxX = evt.getX();\r
 100     boxY = evt.getY();\r
 101 \r
 102     checkValid();\r
 103     repaint();\r
 104   }\r
 105 \r
 106   public void doMouseReleased(MouseEvent evt)\r
 107   {\r
 108     boxX = evt.getX();\r
 109     boxY = evt.getY();\r
 110     checkValid();\r
 111     if(!resizing)\r
 112     ap.setScrollValues( (int)(boxX/scalew/av.getCharWidth()),\r
 113                         (int)(boxY/scaleh/av.getCharHeight()) );\r
 114   }\r
 115 \r
 116   public void doMouseDragged(MouseEvent evt)\r
 117   {\r
 118     boxX = evt.getX();\r
 119     boxY = evt.getY();\r
 120     checkValid();\r
 121     if(!resizing)\r
 122     ap.setScrollValues( (int)(boxX/scalew/av.getCharWidth()),\r
 123                         (int)(boxY/scaleh/av.getCharHeight()) );\r
 124     repaint();\r
 125     ap.repaint();\r
 126   }\r
 127 \r
 128   void checkValid()\r
 129   {\r
 130     if (boxY < 0)\r
 131       boxY = 0;\r
 132 \r
 133     if (boxY > sequencesHeight - boxHeight)\r
 134       boxY = sequencesHeight - boxHeight+1;\r
 135 \r
 136     if (boxX < 0)\r
 137       boxX = 0;\r
 138 \r
 139     if (boxX > width - boxWidth)\r
 140       boxX = width - boxWidth;\r
 141   }\r
 142 \r
 143   public void updateOverviewImage()\r
 144   {\r
 145     if(resizing)\r
 146     {\r
 147       return;\r
 148     }\r
 149 \r
 150     resizing = true;\r
 151     Thread thread = new Thread(this);\r
 152     thread.start();\r
 153     repaint();\r
 154   }\r
 155 \r
 156   public void run()\r
 157   {\r
 158     miniMe = null;\r
 159     int alwidth = av.alignment.getWidth();\r
 160     int alheight = av.alignment.getHeight();\r
 161 \r
 162     if(getSize().width>0 && getSize().height>0)\r
 163     {\r
 164       width = getSize().width;\r
 165       sequencesHeight = getSize().height - graphHeight;\r
 166     }\r
 167 \r
 168     setSize (new Dimension(width, sequencesHeight+graphHeight));\r
 169 \r
 170     int fullsizeWidth  = alwidth * av.getCharWidth();\r
 171     int fullsizeHeight = alheight * av.getCharHeight();\r
 172 \r
 173     scalew = (float) width / (float) fullsizeWidth;\r
 174     scaleh = (float) sequencesHeight / (float) fullsizeHeight;\r
 175 \r
 176     miniMe = nullFrame.createImage(width, sequencesHeight + graphHeight);\r
 177 \r
 178     Graphics mg = miniMe.getGraphics();\r
 179     Image consensus = nullFrame.createImage(fullsizeWidth, 60);\r
 180     Graphics g = consensus.getGraphics();\r
 181     ap.annotationPanel.drawGraph(g, av.conservation, fullsizeWidth, 60);\r
 182     mg.drawImage(consensus, 0, sequencesHeight, width,\r
 183              sequencesHeight + graphHeight, 0, 0, fullsizeWidth, 60, this);\r
 184 \r
 185 \r
 186     boolean oldRenderGaps = av.renderGaps;\r
 187     try{\r
 188     // We'll have to draw the full size alignment in chunks, as an image of the\r
 189     // whole alignment requires too much memory\r
 190 \r
 191       // Max size depends on the font size, the following is a\r
 192       // guess at a size which works\r
 193       int maxSize = 2000 /  av.getFont().getSize();\r
 194       Image block;\r
 195       int blockx=0, blocky=0, blockw=0, blockh=0, eRes=0, eSeq=0;\r
 196 \r
 197       av.setRenderGaps(false);\r
 198       for(int sRes=0, chunkx=0; sRes<alwidth; sRes+=maxSize, chunkx++)\r
 199       {\r
 200           eSeq = 0;\r
 201           eRes+=maxSize;\r
 202           if(eRes>alwidth)\r
 203             eRes = alwidth;\r
 204 \r
 205           for(int sSeq=0, chunky=0; sSeq<alheight; sSeq+=maxSize, chunky++)\r
 206           {\r
 207             eSeq+=maxSize;\r
 208             if(eSeq>alheight)\r
 209               eSeq = alheight;\r
 210 \r
 211             blocky = 0;\r
 212             blockx = (int)((float)sRes/(float)alwidth * width);\r
 213 \r
 214             block = nullFrame.createImage((eRes-sRes)*av.charWidth, (eSeq-sSeq)*av.charHeight);\r
 215             g = block.getGraphics();\r
 216 \r
 217            ap.seqPanel.seqCanvas.drawPanel(g, sRes, eRes, sSeq, eSeq, sRes, sSeq, 0);\r
 218 \r
 219            blockh = (int)( (float)(eSeq-sSeq)/(float)alheight *  sequencesHeight  )+1 ;\r
 220            blockw = (int)( (float)(eRes-sRes)/(float)alwidth  *   width )+1;\r
 221 \r
 222            blocky += (int) ((float)sSeq/(float)alheight* sequencesHeight);\r
 223 \r
 224            mg.drawImage(block,  blockx,\r
 225                               blocky ,\r
 226                             blockx + blockw,\r
 227                             blocky + blockh,\r
 228 \r
 229                          0, 0, block.getWidth(null),block.getHeight(null), this);\r
 230 \r
 231           block = null;\r
 232           }\r
 233 \r
 234       }\r
 235 \r
 236     }catch(OutOfMemoryError error)\r
 237     {     System.err.println("Out of memory when trying to calculate the overview window image!");   }\r
 238 \r
 239 \r
 240     av.setRenderGaps(oldRenderGaps);\r
 241     resizing = false;\r
 242 \r
 243     setBoxPosition();\r
 244   }\r
 245 \r
 246   public void setBoxPosition()\r
 247   {\r
 248       boxX = (int) (av.getStartRes() * av.getCharWidth() * scalew);\r
 249       boxY = (int) (av.getStartSeq() * av.getCharHeight() * scaleh);\r
 250       boxWidth = (int) ((av.getEndRes()-av.getStartRes()+1)* av.getCharWidth() * scalew) ;\r
 251       boxHeight = (int) (av.getEndSeq() * av.getCharHeight() * scaleh) - boxY;\r
 252       repaint();\r
 253   }\r
 254 \r
 255  public void update(Graphics g)\r
 256  {\r
 257    paint(g);\r
 258  }\r
 259 \r
 260   public void paint(Graphics g)\r
 261   {\r
 262     if(resizing)\r
 263     {\r
 264       g.setColor(Color.white);\r
 265       g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);\r
 266       g.setColor(Color.black);\r
 267 \r
 268       g.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 15));\r
 269       g.drawString("Recalculating", 5, sequencesHeight/2);\r
 270       g.drawString("Overview.....", 5, sequencesHeight/2 +20);\r
 271     }\r
 272     else\r
 273     {\r
 274       if(miniMe!=null)\r
 275         g.drawImage(miniMe, 0,0,this);\r
 276 \r
 277       g.setColor(Color.red);\r
 278       g.drawRect(boxX, boxY, boxWidth, boxHeight);\r
 279       g.drawRect(boxX+1, boxY+1, boxWidth-2, boxHeight-2);\r
 280     }\r
 281   }\r
 282 \r
 283 }\r