src/jalview/appletgui/PairwiseAlignPanel.java

   1 package jalview.appletgui;\r
   2 \r
   3 import jalview.datamodel.*;\r
   4 import jalview.jbappletgui.GPairwiseAlignPanel;\r
   5 import jalview.analysis.*;\r
   6 import java.awt.event.*;\r
   7 import java.util.*;\r
   8 \r
   9 \r
  10 public class PairwiseAlignPanel extends GPairwiseAlignPanel\r
  11 {\r
  12     Vector sequences = new Vector();\r
  13     AlignViewport av;\r
  14 \r
  15     public PairwiseAlignPanel(AlignViewport av)\r
  16     {\r
  17       super();\r
  18       this.av = av;\r
  19       float scores[][] = new float[av.getAlignment().getHeight()][av.getAlignment().getHeight()];\r
  20       double totscore = 0;\r
  21       int count = av.getSelectionGroup().getSize();\r
  22 \r
  23       int acount = 0;\r
  24         for (int i = 1; i < count; i++)\r
  25         {\r
  26           for (int j = 0; j < i; j++)\r
  27           {\r
  28             acount++;\r
  29             AlignSeq as = new AlignSeq(av.getSelectionGroup().getSequenceAt(i),\r
  30                                        av.getSelectionGroup().getSequenceAt(j),"pep");\r
  31 \r
  32             as.calcScoreMatrix();\r
  33             as.traceAlignment();\r
  34             as.printAlignment();\r
  35             scores[i][j] = (float)as.getMaxScore()/(float)as.getASeq1().length;\r
  36             totscore = totscore + scores[i][j];\r
  37 \r
  38             textarea.append(as.getOutput());\r
  39             sequences.addElement( new Sequence( as.getS1().getName(), as.getAStr1()) );\r
  40             sequences.addElement( new Sequence( as.getS2().getName(), as.getAStr2()) );\r
  41 \r
  42 \r
  43           }\r
  44         }\r
  45 \r
  46         if (count > 2)\r
  47         {\r
  48           for (int i = 0; i < count;i++)\r
  49             for (int j = 0; j < i; j++)\r
  50               jalview.util.Format.print(System.out,"%7.3f",scores[i][j]/totscore);\r
  51         }\r
  52       }\r
  53 \r
  54 \r
  55   protected void viewInEditorButton_actionPerformed(ActionEvent e)\r
  56   {\r
  57 \r
  58       Sequence [] seq = new Sequence[sequences.size()];\r
  59 \r
  60       for (int i=0;i<sequences.size();i++)\r
  61        seq[i] = (Sequence) sequences.elementAt(i);\r
  62 \r
  63 \r
  64       AlignFrame af = new AlignFrame(new Alignment(seq));\r
  65       jalview.bin.JalviewLite.addFrame(af, "Pairwise Aligned Sequences",\r
  66                                AlignFrame.NEW_WINDOW_WIDTH,\r
  67                                AlignFrame.NEW_WINDOW_HEIGHT);\r
  68 \r
  69   }\r
  70 \r
  71 }\r