src/jalview/appletgui/SeqPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.commands.EditCommand;
  25 import jalview.commands.EditCommand.Action;
  26 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  27 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  28 import jalview.datamodel.SearchResults;
  29 import jalview.datamodel.SearchResults.Match;
  30 import jalview.datamodel.Sequence;
  31 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  32 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  33 import jalview.datamodel.SequenceI;
  34 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  35 import jalview.structure.SelectionListener;
  36 import jalview.structure.SelectionSource;
  37 import jalview.structure.SequenceListener;
  38 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  39 import jalview.structure.VamsasSource;
  40 import jalview.util.MappingUtils;
  41 import jalview.util.MessageManager;
  42 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  43
  44 import java.awt.BorderLayout;
  45 import java.awt.Font;
  46 import java.awt.FontMetrics;
  47 import java.awt.Panel;
  48 import java.awt.Point;
  49 import java.awt.event.InputEvent;
  50 import java.awt.event.MouseEvent;
  51 import java.awt.event.MouseListener;
  52 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  53 import java.util.Vector;
  54
  55 public class SeqPanel extends Panel implements MouseMotionListener,
  56         MouseListener, SequenceListener, SelectionListener
  57 {
  58
  59   public SeqCanvas seqCanvas;
  60
  61   public AlignmentPanel ap;
  62
  63   protected int lastres;
  64
  65   protected int startseq;
  66
  67   protected AlignViewport av;
  68
  69   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the
  70   // conservation
  71   boolean seqEditOccurred = false;
  72
  73   ScrollThread scrollThread = null;
  74
  75   boolean mouseDragging = false;
  76
  77   boolean editingSeqs = false;
  78
  79   boolean groupEditing = false;
  80
  81   int oldSeq = -1;
  82
  83   boolean changeEndSeq = false;
  84
  85   boolean changeStartSeq = false;
  86
  87   boolean changeEndRes = false;
  88
  89   boolean changeStartRes = false;
  90
  91   SequenceGroup stretchGroup = null;
  92
  93   StringBuffer keyboardNo1;
  94
  95   StringBuffer keyboardNo2;
  96
  97   boolean mouseWheelPressed = false;
  98
  99   Point lastMousePress;
 100
 101   EditCommand editCommand;
 102
 103   StructureSelectionManager ssm;
 104
 105   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)
 106   {
 107     this.av = avp;
 108
 109     seqCanvas = new SeqCanvas(avp);
 110     setLayout(new BorderLayout());
 111     add(seqCanvas);
 112
 113     ap = p;
 114
 115     seqCanvas.addMouseMotionListener(this);
 116     seqCanvas.addMouseListener(this);
 117     ssm = StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager(av.applet);
 118     ssm.addStructureViewerListener(this);
 119     ssm.addSelectionListener(this);
 120
 121     seqCanvas.repaint();
 122   }
 123
 124   void endEditing()
 125   {
 126     if (editCommand != null && editCommand.getSize() > 0)
 127     {
 128       ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 129       av.firePropertyChange("alignment", null, av.getAlignment()
 130               .getSequences());
 131     }
 132
 133     startseq = -1;
 134     lastres = -1;
 135     editingSeqs = false;
 136     groupEditing = false;
 137     keyboardNo1 = null;
 138     keyboardNo2 = null;
 139     editCommand = null;
 140   }
 141
 142   void setCursorRow()
 143   {
 144     seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo1() - 1;
 145     scrollToVisible();
 146   }
 147
 148   void setCursorColumn()
 149   {
 150     seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;
 151     scrollToVisible();
 152   }
 153
 154   void setCursorRowAndColumn()
 155   {
 156     if (keyboardNo2 == null)
 157     {
 158       keyboardNo2 = new StringBuffer();
 159     }
 160     else
 161     {
 162       seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;
 163       seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo2() - 1;
 164       scrollToVisible();
 165     }
 166   }
 167
 168   void setCursorPosition()
 169   {
 170     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);
 171
 172     seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(getKeyboardNo1()) - 1;
 173     scrollToVisible();
 174   }
 175
 176   void moveCursor(int dx, int dy)
 177   {
 178     seqCanvas.cursorX += dx;
 179     seqCanvas.cursorY += dy;
 180     if (av.hasHiddenColumns()
 181             && !av.getColumnSelection().isVisible(seqCanvas.cursorX))
 182     {
 183       int original = seqCanvas.cursorX - dx;
 184       int maxWidth = av.getAlignment().getWidth();
 185
 186       while (!av.getColumnSelection().isVisible(seqCanvas.cursorX)
 187               && seqCanvas.cursorX < maxWidth && seqCanvas.cursorX > 0)
 188       {
 189         seqCanvas.cursorX += dx;
 190       }
 191
 192       if (seqCanvas.cursorX >= maxWidth
 193               || !av.getColumnSelection().isVisible(seqCanvas.cursorX))
 194       {
 195         seqCanvas.cursorX = original;
 196       }
 197     }
 198     scrollToVisible();
 199   }
 200
 201   void scrollToVisible()
 202   {
 203     if (seqCanvas.cursorX < 0)
 204     {
 205       seqCanvas.cursorX = 0;
 206     }
 207     else if (seqCanvas.cursorX > av.getAlignment().getWidth() - 1)
 208     {
 209       seqCanvas.cursorX = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 210     }
 211
 212     if (seqCanvas.cursorY < 0)
 213     {
 214       seqCanvas.cursorY = 0;
 215     }
 216     else if (seqCanvas.cursorY > av.getAlignment().getHeight() - 1)
 217     {
 218       seqCanvas.cursorY = av.getAlignment().getHeight() - 1;
 219     }
 220
 221     endEditing();
 222     if (av.getWrapAlignment())
 223     {
 224       ap.scrollToWrappedVisible(seqCanvas.cursorX);
 225     }
 226     else
 227     {
 228       while (seqCanvas.cursorY < av.startSeq)
 229       {
 230         ap.scrollUp(true);
 231       }
 232       while (seqCanvas.cursorY + 1 > av.endSeq)
 233       {
 234         ap.scrollUp(false);
 235       }
 236       while (seqCanvas.cursorX < av.getColumnSelection()
 237               .adjustForHiddenColumns(av.startRes))
 238       {
 239
 240         if (!ap.scrollRight(false))
 241         {
 242           break;
 243         }
 244       }
 245       while (seqCanvas.cursorX > av.getColumnSelection()
 246               .adjustForHiddenColumns(av.endRes))
 247       {
 248         if (!ap.scrollRight(true))
 249         {
 250           break;
 251         }
 252       }
 253     }
 254     setStatusMessage(av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),
 255             seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);
 256
 257     seqCanvas.repaint();
 258   }
 259
 260   void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)
 261   {
 262     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);
 263
 264     if (av.getSelectionGroup() != null)
 265     {
 266       SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 267       // Find the top and bottom of this group
 268       int min = av.getAlignment().getHeight(), max = 0;
 269       for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)
 270       {
 271         int index = av.getAlignment().findIndex(sg.getSequenceAt(i));
 272         if (index > max)
 273         {
 274           max = index;
 275         }
 276         if (index < min)
 277         {
 278           min = index;
 279         }
 280       }
 281
 282       max++;
 283
 284       if (topLeft)
 285       {
 286         sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 287         if (sg.getEndRes() < seqCanvas.cursorX)
 288         {
 289           sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 290         }
 291
 292         min = seqCanvas.cursorY;
 293       }
 294       else
 295       {
 296         sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 297         if (sg.getStartRes() > seqCanvas.cursorX)
 298         {
 299           sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 300         }
 301
 302         max = seqCanvas.cursorY + 1;
 303       }
 304
 305       if (min > max)
 306       {
 307         // Only the user can do this
 308         av.setSelectionGroup(null);
 309       }
 310       else
 311       {
 312         // Now add any sequences between min and max
 313         sg.clear();
 314         for (int i = min; i < max; i++)
 315         {
 316           sg.addSequence(av.getAlignment().getSequenceAt(i), false);
 317         }
 318       }
 319     }
 320
 321     if (av.getSelectionGroup() == null)
 322     {
 323       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 324       sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 325       sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 326       sg.addSequence(sequence, false);
 327       av.setSelectionGroup(sg);
 328     }
 329     ap.paintAlignment(false);
 330     av.sendSelection();
 331   }
 332
 333   void insertGapAtCursor(boolean group)
 334   {
 335     groupEditing = group;
 336     startseq = seqCanvas.cursorY;
 337     lastres = seqCanvas.cursorX;
 338     editSequence(true, seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1());
 339     endEditing();
 340   }
 341
 342   void deleteGapAtCursor(boolean group)
 343   {
 344     groupEditing = group;
 345     startseq = seqCanvas.cursorY;
 346     lastres = seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1();
 347     editSequence(false, seqCanvas.cursorX);
 348     endEditing();
 349   }
 350
 351   void numberPressed(char value)
 352   {
 353     if (keyboardNo1 == null)
 354     {
 355       keyboardNo1 = new StringBuffer();
 356     }
 357
 358     if (keyboardNo2 != null)
 359     {
 360       keyboardNo2.append(value);
 361     }
 362     else
 363     {
 364       keyboardNo1.append(value);
 365     }
 366   }
 367
 368   int getKeyboardNo1()
 369   {
 370     try
 371     {
 372       if (keyboardNo1 != null)
 373       {
 374         int value = Integer.parseInt(keyboardNo1.toString());
 375         keyboardNo1 = null;
 376         return value;
 377       }
 378     } catch (Exception x)
 379     {
 380     }
 381     keyboardNo1 = null;
 382     return 1;
 383   }
 384
 385   int getKeyboardNo2()
 386   {
 387     try
 388     {
 389       if (keyboardNo2 != null)
 390       {
 391         int value = Integer.parseInt(keyboardNo2.toString());
 392         keyboardNo2 = null;
 393         return value;
 394       }
 395     } catch (Exception x)
 396     {
 397     }
 398     keyboardNo2 = null;
 399     return 1;
 400   }
 401
 402   /**
 403    * Set status message in alignment panel
 404    *
 405    * @param sequence
 406    *          aligned sequence object
 407    * @param res
 408    *          alignment column
 409    * @param seq
 410    *          index of sequence in alignment
 411    * @return position of res in sequence
 412    */
 413   void setStatusMessage(SequenceI sequence, int res, int seq)
 414   {
 415     // TODO remove duplication of identical gui method
 416     StringBuilder text = new StringBuilder(32);
 417     String seqno = seq == -1 ? "" : " " + (seq + 1);
 418     text.append("Sequence" + seqno + " ID: " + sequence.getName());
 419
 420     String residue = null;
 421     /*
 422      * Try to translate the display character to residue name (null for gap).
 423      */
 424     final String displayChar = String.valueOf(sequence.getCharAt(res));
 425     if (av.getAlignment().isNucleotide())
 426     {
 427       residue = ResidueProperties.nucleotideName.get(displayChar);
 428       if (residue != null)
 429       {
 430         text.append(" Nucleotide: ").append(residue);
 431       }
 432     }
 433     else
 434     {
 435       residue = "X".equalsIgnoreCase(displayChar) ? "X"
 436               : ResidueProperties.aa2Triplet.get(displayChar);
 437       if (residue != null)
 438       {
 439         text.append(" Residue: ").append(residue);
 440       }
 441     }
 442
 443     int pos = -1;
 444     if (residue != null)
 445     {
 446       pos = sequence.findPosition(res);
 447       text.append(" (").append(Integer.toString(pos)).append(")");
 448     }
 449     // Object obj = null;
 450     // if (av.getAlignment().isNucleotide())
 451     // {
 452     // obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res)
 453     // + "");
 454     // if (obj != null)
 455     // {
 456     // text.append(" Nucleotide: ");
 457     // }
 458     // }
 459     // else
 460     // {
 461     // obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");
 462     // if (obj != null)
 463     // {
 464     // text.append("  Residue: ");
 465     // }
 466     // }
 467     //
 468     // if (obj != null)
 469     // {
 470     //
 471     // if (obj != "")
 472     // {
 473     // text.append(obj + " (" + sequence.findPosition(res) + ")");
 474     // }
 475     // }
 476
 477     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());
 478
 479   }
 480
 481   /**
 482    * Set the status bar message to highlight the first matched position in
 483    * search results.
 484    *
 485    * @param results
 486    * @return true if results were matched, false if not
 487    */
 488   private boolean setStatusMessage(SearchResults results)
 489   {
 490     AlignmentI al = this.av.getAlignment();
 491     int sequenceIndex = al.findIndex(results);
 492     if (sequenceIndex == -1)
 493     {
 494       return false;
 495     }
 496     SequenceI ds = al.getSequenceAt(sequenceIndex).getDatasetSequence();
 497     for (Match m : results.getResults())
 498     {
 499       SequenceI seq = m.getSequence();
 500
 501       if (seq == ds)
 502       {
 503         /*
 504          * Convert position in sequence (base 1) to sequence character array
 505          * index (base 0)
 506          */
 507         int start = m.getStart() - 1;
 508         setStatusMessage(seq, start, sequenceIndex);
 509         return true;
 510       }
 511     }
 512     return false;
 513   }
 514
 515   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 516   {
 517     lastMousePress = evt.getPoint();
 518
 519     // For now, ignore the mouseWheel font resizing on Macs
 520     // As the Button2_mask always seems to be true
 521     if ((evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON2_MASK) == InputEvent.BUTTON2_MASK
 522             && !av.MAC)
 523     {
 524       mouseWheelPressed = true;
 525       return;
 526     }
 527
 528     if (evt.isShiftDown() || evt.isControlDown() || evt.isAltDown())
 529     {
 530       if (evt.isControlDown() || evt.isAltDown())
 531       {
 532         groupEditing = true;
 533       }
 534       editingSeqs = true;
 535     }
 536     else
 537     {
 538       doMousePressedDefineMode(evt);
 539       return;
 540     }
 541
 542     int seq = findSeq(evt);
 543     int res = findRes(evt);
 544
 545     if (seq < 0 || res < 0)
 546     {
 547       return;
 548     }
 549
 550     if ((seq < av.getAlignment().getHeight())
 551             && (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))
 552     {
 553       startseq = seq;
 554       lastres = res;
 555     }
 556     else
 557     {
 558       startseq = -1;
 559       lastres = -1;
 560     }
 561
 562     return;
 563   }
 564
 565   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 566   {
 567     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(findSeq(evt));
 568     if (evt.getClickCount() > 1)
 569     {
 570       if (av.getSelectionGroup() != null
 571               && av.getSelectionGroup().getSize() == 1
 572               && av.getSelectionGroup().getEndRes()
 573                       - av.getSelectionGroup().getStartRes() < 2)
 574       {
 575         av.setSelectionGroup(null);
 576       }
 577
 578       SequenceFeature[] features = findFeaturesAtRes(sequence,
 579               sequence.findPosition(findRes(evt)));
 580
 581       if (features != null && features.length > 0)
 582       {
 583         SearchResults highlight = new SearchResults();
 584         highlight.addResult(sequence, features[0].getBegin(),
 585                 features[0].getEnd());
 586         seqCanvas.highlightSearchResults(highlight);
 587       }
 588       if (features != null && features.length > 0)
 589       {
 590         seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(new SequenceI[]
 591         { sequence }, features, false, ap);
 592
 593         seqCanvas.highlightSearchResults(null);
 594       }
 595     }
 596   }
 597
 598   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 599   {
 600     mouseDragging = false;
 601     mouseWheelPressed = false;
 602     ap.paintAlignment(true);
 603
 604     if (!editingSeqs)
 605     {
 606       doMouseReleasedDefineMode(evt);
 607       return;
 608     }
 609
 610     endEditing();
 611
 612   }
 613
 614   int startWrapBlock = -1;
 615
 616   int wrappedBlock = -1;
 617
 618   int findRes(MouseEvent evt)
 619   {
 620     int res = 0;
 621     int x = evt.getX();
 622
 623     if (av.getWrapAlignment())
 624     {
 625
 626       int hgap = av.getCharHeight();
 627       if (av.getScaleAboveWrapped())
 628       {
 629         hgap += av.getCharHeight();
 630       }
 631
 632       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.getCharHeight()
 633               + hgap
 634               + seqCanvas.getAnnotationHeight();
 635
 636       int y = evt.getY();
 637       y -= hgap;
 638       x -= seqCanvas.LABEL_WEST;
 639
 640       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(getSize().width);
 641       if (cwidth < 1)
 642       {
 643         return 0;
 644       }
 645
 646       wrappedBlock = y / cHeight;
 647       wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;
 648
 649       res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();
 650
 651     }
 652     else
 653     {
 654       res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
 655     }
 656
 657     if (av.hasHiddenColumns())
 658     {
 659       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);
 660     }
 661
 662     return res;
 663
 664   }
 665
 666   int findSeq(MouseEvent evt)
 667   {
 668     final int sqnum = findAlRow(evt);
 669     return (sqnum < 0) ? 0 : sqnum;
 670   }
 671
 672   /**
 673    *
 674    * @param evt
 675    * @return row in alignment that was selected (or -1 for column selection)
 676    */
 677   private int findAlRow(MouseEvent evt)
 678   {
 679     int seq = 0;
 680     int y = evt.getY();
 681
 682     if (av.getWrapAlignment())
 683     {
 684       int hgap = av.getCharHeight();
 685       if (av.getScaleAboveWrapped())
 686       {
 687         hgap += av.getCharHeight();
 688       }
 689
 690       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.getCharHeight()
 691               + hgap
 692               + seqCanvas.getAnnotationHeight();
 693
 694       y -= hgap;
 695
 696       seq = Math.min((y % cHeight) / av.getCharHeight(), av.getAlignment()
 697               .getHeight() - 1);
 698       if (seq < 0)
 699       {
 700         seq = -1;
 701       }
 702     }
 703     else
 704     {
 705       seq = Math.min((y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq(), av
 706               .getAlignment().getHeight() - 1);
 707       if (seq < 0)
 708       {
 709         seq = -1;
 710       }
 711     }
 712
 713     return seq;
 714   }
 715
 716   public void doMousePressed(MouseEvent evt)
 717   {
 718
 719     int seq = findSeq(evt);
 720     int res = findRes(evt);
 721
 722     if (seq < av.getAlignment().getHeight()
 723             && res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())
 724     {
 725       // char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);
 726       // Find the residue's position in the sequence (res is the position
 727       // in the alignment
 728
 729       startseq = seq;
 730       lastres = res;
 731     }
 732     else
 733     {
 734       startseq = -1;
 735       lastres = -1;
 736     }
 737
 738     return;
 739   }
 740
 741   String lastMessage;
 742
 743   public void mouseOverSequence(SequenceI sequence, int index, int pos)
 744   {
 745     String tmp = sequence.hashCode() + index + "";
 746     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(tmp))
 747     {
 748       ssm.mouseOverSequence(sequence, index, pos, av);
 749     }
 750
 751     lastMessage = tmp;
 752   }
 753
 754   public void highlightSequence(SearchResults results)
 755   {
 756     if (av.isFollowHighlight())
 757     {
 758       if (ap.scrollToPosition(results, true))
 759       {
 760         ap.alignFrame.repaint();
 761       }
 762     }
 763     setStatusMessage(results);
 764     seqCanvas.highlightSearchResults(results);
 765
 766   }
 767
 768   @Override
 769   public VamsasSource getVamsasSource()
 770   {
 771     return this.ap == null ? null : this.ap.av;
 772   }
 773
 774   public void updateColours(SequenceI seq, int index)
 775   {
 776     System.out.println("update the seqPanel colours");
 777     // repaint();
 778   }
 779
 780   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 781   {
 782     int res = findRes(evt);
 783     int seq = findSeq(evt);
 784
 785     if (seq >= av.getAlignment().getHeight() || seq < 0 || res < 0)
 786     {
 787       if (tooltip != null)
 788       {
 789         tooltip.setTip("");
 790       }
 791       return;
 792     }
 793
 794     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
 795     if (res > sequence.getLength())
 796     {
 797       if (tooltip != null)
 798       {
 799         tooltip.setTip("");
 800       }
 801       return;
 802     }
 803
 804     int respos = sequence.findPosition(res);
 805     if (ssm != null)
 806     {
 807       mouseOverSequence(sequence, res, respos);
 808     }
 809
 810     StringBuilder text = new StringBuilder();
 811     text.append("Sequence ").append(Integer.toString(seq + 1))
 812             .append(" ID: ").append(sequence.getName());
 813
 814     String obj = null;
 815     final String ch = String.valueOf(sequence.getCharAt(res));
 816     if (av.getAlignment().isNucleotide())
 817     {
 818       obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(ch);
 819       if (obj != null)
 820       {
 821         text.append(" Nucleotide: ").append(obj);
 822       }
 823     }
 824     else
 825     {
 826       obj = "X".equalsIgnoreCase(ch) ? "X"
 827               : ResidueProperties.aa2Triplet.get(ch);
 828       if (obj != null)
 829       {
 830         text.append(" Residue: ").append(obj);
 831       }
 832     }
 833
 834     if (obj != null)
 835     {
 836       text.append(" (").append(Integer.toString(respos)).append(")");
 837     }
 838
 839     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());
 840
 841     StringBuilder tooltipText = new StringBuilder();
 842     SequenceGroup[] groups = av.getAlignment().findAllGroups(sequence);
 843     if (groups != null)
 844     {
 845       for (int g = 0; g < groups.length; g++)
 846       {
 847         if (groups[g].getStartRes() <= res && groups[g].getEndRes() >= res)
 848         {
 849           if (!groups[g].getName().startsWith("JTreeGroup")
 850                   && !groups[g].getName().startsWith("JGroup"))
 851           {
 852             tooltipText.append(groups[g].getName()).append(" ");
 853           }
 854           if (groups[g].getDescription() != null)
 855           {
 856             tooltipText.append(groups[g].getDescription());
 857           }
 858           tooltipText.append("\n");
 859         }
 860       }
 861     }
 862
 863     // use aa to see if the mouse pointer is on a
 864     SequenceFeature[] allFeatures = findFeaturesAtRes(sequence,
 865             sequence.findPosition(res));
 866
 867     int index = 0;
 868     while (index < allFeatures.length)
 869     {
 870       SequenceFeature sf = allFeatures[index];
 871
 872       tooltipText.append(sf.getType() + " " + sf.begin + ":" + sf.end);
 873
 874       if (sf.getDescription() != null)
 875       {
 876         tooltipText.append(" " + sf.getDescription());
 877       }
 878
 879       if (sf.getValue("status") != null)
 880       {
 881         String status = sf.getValue("status").toString();
 882         if (status.length() > 0)
 883         {
 884           tooltipText.append(" (" + sf.getValue("status") + ")");
 885         }
 886       }
 887       tooltipText.append("\n");
 888
 889       index++;
 890     }
 891
 892     if (tooltip == null)
 893     {
 894       tooltip = new Tooltip(tooltipText.toString(), seqCanvas);
 895     }
 896     else
 897     {
 898       tooltip.setTip(tooltipText.toString());
 899     }
 900   }
 901
 902   SequenceFeature[] findFeaturesAtRes(SequenceI sequence, int res)
 903   {
 904     Vector tmp = new Vector();
 905     SequenceFeature[] features = sequence.getSequenceFeatures();
 906     if (features != null)
 907     {
 908       for (int i = 0; i < features.length; i++)
 909       {
 910         if (av.getFeaturesDisplayed() == null
 911                 || !av.getFeaturesDisplayed().isVisible(features[i].getType()))
 912         {
 913           continue;
 914         }
 915
 916         if (features[i].featureGroup != null
 917                 && !seqCanvas.fr.checkGroupVisibility(features[i].featureGroup,false))
 918         {
 919           continue;
 920         }
 921
 922         if ((features[i].getBegin() <= res)
 923                 && (features[i].getEnd() >= res))
 924         {
 925           tmp.addElement(features[i]);
 926         }
 927       }
 928     }
 929
 930     features = new SequenceFeature[tmp.size()];
 931     tmp.copyInto(features);
 932
 933     return features;
 934   }
 935
 936   Tooltip tooltip;
 937
 938   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 939   {
 940     if (mouseWheelPressed)
 941     {
 942       int oldWidth = av.getCharWidth();
 943
 944       // Which is bigger, left-right or up-down?
 945       if (Math.abs(evt.getY() - lastMousePress.y) > Math.abs(evt.getX()
 946               - lastMousePress.x))
 947       {
 948         int fontSize = av.font.getSize();
 949
 950         if (evt.getY() < lastMousePress.y && av.getCharHeight() > 1)
 951         {
 952           fontSize--;
 953         }
 954         else if (evt.getY() > lastMousePress.y)
 955         {
 956           fontSize++;
 957         }
 958
 959         if (fontSize < 1)
 960         {
 961           fontSize = 1;
 962         }
 963
 964         av.setFont(new Font(av.font.getName(), av.font.getStyle(), fontSize));
 965         av.setCharWidth(oldWidth);
 966       }
 967       else
 968       {
 969         if (evt.getX() < lastMousePress.x && av.getCharWidth() > 1)
 970         {
 971           av.setCharWidth(av.getCharWidth() - 1);
 972         }
 973         else if (evt.getX() > lastMousePress.x)
 974         {
 975           av.setCharWidth(av.getCharWidth() + 1);
 976         }
 977
 978         if (av.getCharWidth() < 1)
 979         {
 980           av.setCharWidth(1);
 981         }
 982       }
 983
 984       ap.fontChanged();
 985
 986       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 987       av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.getCharWidth();
 988
 989       lastMousePress = evt.getPoint();
 990
 991       ap.paintAlignment(false);
 992       ap.annotationPanel.image = null;
 993       return;
 994     }
 995
 996     if (!editingSeqs)
 997     {
 998       doMouseDraggedDefineMode(evt);
 999       return;
1000     }
1001
1002     int res = findRes(evt);
1003
1004     if (res < 0)
1005     {
1006       res = 0;
1007     }
1008
1009     if ((lastres == -1) || (lastres == res))
1010     {
1011       return;
1012     }
1013
1014     if ((res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))
1015     {
1016       // dragLeft, delete gap
1017       editSequence(false, res);
1018     }
1019     else
1020     {
1021       editSequence(true, res);
1022     }
1023
1024     mouseDragging = true;
1025     if (scrollThread != null)
1026     {
1027       scrollThread.setEvent(evt);
1028     }
1029
1030   }
1031
1032   synchronized void editSequence(boolean insertGap, int startres)
1033   {
1034     int fixedLeft = -1;
1035     int fixedRight = -1;
1036     boolean fixedColumns = false;
1037     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
1038
1039     SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(startseq);
1040
1041     if (!groupEditing && av.hasHiddenRows())
1042     {
1043       if (av.isHiddenRepSequence(seq))
1044       {
1045         sg = av.getRepresentedSequences(seq);
1046         groupEditing = true;
1047       }
1048     }
1049
1050     StringBuffer message = new StringBuffer();
1051     if (groupEditing)
1052     {
1053       message.append(MessageManager.getString("action.edit_group")).append(
1054               ":");
1055       if (editCommand == null)
1056       {
1057         editCommand = new EditCommand(
1058                 MessageManager.getString("action.edit_group"));
1059       }
1060     }
1061     else
1062     {
1063       message.append(MessageManager.getString("label.edit_sequence"))
1064               .append(" " + seq.getName());
1065       String label = seq.getName();
1066       if (label.length() > 10)
1067       {
1068         label = label.substring(0, 10);
1069       }
1070       if (editCommand == null)
1071       {
1072         editCommand = new EditCommand(MessageManager.formatMessage(
1073                 "label.edit_params", new String[]
1074                 { label }));
1075       }
1076     }
1077
1078     if (insertGap)
1079     {
1080       message.append(" insert ");
1081     }
1082     else
1083     {
1084       message.append(" delete ");
1085     }
1086
1087     message.append(Math.abs(startres - lastres) + " gaps.");
1088     ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());
1089
1090     // Are we editing within a selection group?
1091     if (groupEditing
1092             || (sg != null && sg.getSequences(av.getHiddenRepSequences())
1093                     .contains(seq)))
1094     {
1095       fixedColumns = true;
1096
1097       // sg might be null as the user may only see 1 sequence,
1098       // but the sequence represents a group
1099       if (sg == null)
1100       {
1101         if (!av.isHiddenRepSequence(seq))
1102         {
1103           endEditing();
1104           return;
1105         }
1106
1107         sg = av.getRepresentedSequences(seq);
1108       }
1109
1110       fixedLeft = sg.getStartRes();
1111       fixedRight = sg.getEndRes();
1112
1113       if ((startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)
1114               || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)
1115               || (startres > fixedRight && lastres <= fixedRight)
1116               || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))
1117       {
1118         endEditing();
1119         return;
1120       }
1121
1122       if (fixedLeft > startres)
1123       {
1124         fixedRight = fixedLeft - 1;
1125         fixedLeft = 0;
1126       }
1127       else if (fixedRight < startres)
1128       {
1129         fixedLeft = fixedRight;
1130         fixedRight = -1;
1131       }
1132     }
1133
1134     if (av.hasHiddenColumns())
1135     {
1136       fixedColumns = true;
1137       int y1 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryLeft(startres);
1138       int y2 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres);
1139
1140       if ((insertGap && startres > y1 && lastres < y1)
1141               || (!insertGap && startres < y2 && lastres > y2))
1142       {
1143         endEditing();
1144         return;
1145       }
1146
1147       // System.out.print(y1+" "+y2+" "+fixedLeft+" "+fixedRight+"~~");
1148       // Selection spans a hidden region
1149       if (fixedLeft < y1 && (fixedRight > y2 || fixedRight == -1))
1150       {
1151         if (startres >= y2)
1152         {
1153           fixedLeft = y2;
1154         }
1155         else
1156         {
1157           fixedRight = y2 - 1;
1158         }
1159       }
1160     }
1161
1162     if (groupEditing)
1163     {
1164       SequenceI[] groupSeqs = sg.getSequences(av.getHiddenRepSequences())
1165               .toArray(new SequenceI[0]);
1166
1167       // drag to right
1168       if (insertGap)
1169       {
1170         // If the user has selected the whole sequence, and is dragging to
1171         // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup
1172         if (sg.getStartRes() == 0 && sg.getEndRes() == fixedRight
1173                 && sg.getEndRes() == av.getAlignment().getWidth() - 1)
1174         {
1175           sg.setEndRes(av.getAlignment().getWidth() + startres - lastres);
1176           fixedRight = sg.getEndRes();
1177         }
1178
1179         // Is it valid with fixed columns??
1180         // Find the next gap before the end
1181         // of the visible region boundary
1182         boolean blank = false;
1183         for (fixedRight = fixedRight; fixedRight > lastres; fixedRight--)
1184         {
1185           blank = true;
1186
1187           for (SequenceI gs : groupSeqs)
1188           {
1189             for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)
1190             {
1191               if (!jalview.util.Comparison.isGap(gs.getCharAt(fixedRight
1192                       - j)))
1193               {
1194                 blank = false;
1195                 break;
1196               }
1197             }
1198           }
1199           if (blank)
1200           {
1201             break;
1202           }
1203         }
1204
1205         if (!blank)
1206         {
1207           if (sg.getSize() == av.getAlignment().getHeight())
1208           {
1209             if ((av.hasHiddenColumns() && startres < av
1210                     .getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres)))
1211             {
1212               endEditing();
1213               return;
1214             }
1215
1216             int alWidth = av.getAlignment().getWidth();
1217             if (av.hasHiddenRows())
1218             {
1219               int hwidth = av.getAlignment().getHiddenSequences()
1220                       .getWidth();
1221               if (hwidth > alWidth)
1222               {
1223                 alWidth = hwidth;
1224               }
1225             }
1226             // We can still insert gaps if the selectionGroup
1227             // contains all the sequences
1228             sg.setEndRes(sg.getEndRes() + startres - lastres);
1229             fixedRight = alWidth + startres - lastres;
1230           }
1231           else
1232           {
1233             endEditing();
1234             return;
1235           }
1236         }
1237       }
1238
1239       // drag to left
1240       else if (!insertGap)
1241       {
1242         // / Are we able to delete?
1243         // ie are all columns blank?
1244
1245         for (SequenceI gs : groupSeqs)
1246         {
1247           for (int j = startres; j < lastres; j++)
1248           {
1249             if (gs.getLength() <= j)
1250             {
1251               continue;
1252             }
1253
1254             if (!jalview.util.Comparison.isGap(gs.getCharAt(j)))
1255             {
1256               // Not a gap, block edit not valid
1257               endEditing();
1258               return;
1259             }
1260           }
1261         }
1262       }
1263
1264       if (insertGap)
1265       {
1266         // dragging to the right
1267         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1268         {
1269           for (int j = lastres; j < startres; j++)
1270           {
1271             insertChar(j, groupSeqs, fixedRight);
1272           }
1273         }
1274         else
1275         {
1276           editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP, groupSeqs, startres,
1277                   startres - lastres, av.getAlignment(), true);
1278         }
1279       }
1280       else
1281       {
1282         // dragging to the left
1283         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1284         {
1285           for (int j = lastres; j > startres; j--)
1286           {
1287             deleteChar(startres, groupSeqs, fixedRight);
1288           }
1289         }
1290         else
1291         {
1292           editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP, groupSeqs, startres,
1293                   lastres - startres, av.getAlignment(), true);
1294         }
1295
1296       }
1297     }
1298     else
1299     // ///Editing a single sequence///////////
1300     {
1301       if (insertGap)
1302       {
1303         // dragging to the right
1304         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1305         {
1306           for (int j = lastres; j < startres; j++)
1307           {
1308             insertChar(j, new SequenceI[]
1309             { seq }, fixedRight);
1310           }
1311         }
1312         else
1313         {
1314           editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP, new SequenceI[]
1315           { seq }, lastres, startres - lastres, av.getAlignment(), true);
1316         }
1317       }
1318       else
1319       {
1320         // dragging to the left
1321         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1322         {
1323           for (int j = lastres; j > startres; j--)
1324           {
1325             if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(startres)))
1326             {
1327               endEditing();
1328               break;
1329             }
1330             deleteChar(startres, new SequenceI[]
1331             { seq }, fixedRight);
1332           }
1333         }
1334         else
1335         {
1336           // could be a keyboard edit trying to delete none gaps
1337           int max = 0;
1338           for (int m = startres; m < lastres; m++)
1339           {
1340             if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(m)))
1341             {
1342               break;
1343             }
1344             max++;
1345           }
1346
1347           if (max > 0)
1348           {
1349             editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP, new SequenceI[]
1350             { seq }, startres, max, av.getAlignment(), true);
1351           }
1352         }
1353       }
1354     }
1355
1356     lastres = startres;
1357     seqCanvas.repaint();
1358   }
1359
1360   void insertChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)
1361   {
1362     int blankColumn = fixedColumn;
1363     for (int s = 0; s < seq.length; s++)
1364     {
1365       // Find the next gap before the end of the visible region boundary
1366       // If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion
1367
1368       for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)
1369       {
1370         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq[s].getCharAt(blankColumn)))
1371         {
1372           // Theres a space, so break and insert the gap
1373           break;
1374         }
1375       }
1376
1377       if (blankColumn <= j)
1378       {
1379         blankColumn = fixedColumn;
1380         endEditing();
1381         return;
1382       }
1383     }
1384
1385     editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP, seq, blankColumn, 1,
1386             av.getAlignment(), true);
1387
1388     editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP, seq, j, 1, av.getAlignment(),
1389             true);
1390
1391   }
1392
1393   void deleteChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)
1394   {
1395
1396     editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP, seq, j, 1, av.getAlignment(),
1397             true);
1398
1399     editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP, seq, fixedColumn, 1,
1400             av.getAlignment(), true);
1401   }
1402
1403   // ////////////////////////////////////////
1404   // ///Everything below this is for defining the boundary of the rubberband
1405   // ////////////////////////////////////////
1406   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)
1407   {
1408     if (scrollThread != null)
1409     {
1410       scrollThread.running = false;
1411       scrollThread = null;
1412     }
1413
1414     int res = findRes(evt);
1415     int seq = findSeq(evt);
1416     oldSeq = seq;
1417     startWrapBlock = wrappedBlock;
1418
1419     if (seq == -1)
1420     {
1421       return;
1422     }
1423
1424     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
1425
1426     if (sequence == null || res > sequence.getLength())
1427     {
1428       return;
1429     }
1430
1431     stretchGroup = av.getSelectionGroup();
1432
1433     if (stretchGroup == null)
1434     {
1435       stretchGroup = av.getAlignment().findGroup(sequence);
1436       if (stretchGroup != null && res > stretchGroup.getStartRes()
1437               && res < stretchGroup.getEndRes())
1438       {
1439         av.setSelectionGroup(stretchGroup);
1440       }
1441       else
1442       {
1443         stretchGroup = null;
1444       }
1445     }
1446
1447     else if (!stretchGroup.getSequences(null).contains(sequence)
1448             || stretchGroup.getStartRes() > res
1449             || stretchGroup.getEndRes() < res)
1450     {
1451       stretchGroup = null;
1452
1453       SequenceGroup[] allGroups = av.getAlignment().findAllGroups(sequence);
1454
1455       if (allGroups != null)
1456       {
1457         for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)
1458         {
1459           if (allGroups[i].getStartRes() <= res
1460                   && allGroups[i].getEndRes() >= res)
1461           {
1462             stretchGroup = allGroups[i];
1463             break;
1464           }
1465         }
1466       }
1467       av.setSelectionGroup(stretchGroup);
1468     }
1469
1470     // DETECT RIGHT MOUSE BUTTON IN AWT
1471     if ((evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) == InputEvent.BUTTON3_MASK)
1472     {
1473       SequenceFeature[] allFeatures = findFeaturesAtRes(sequence,
1474               sequence.findPosition(res));
1475
1476       Vector<String> links = null;
1477       if (allFeatures != null)
1478       {
1479         for (int i = 0; i < allFeatures.length; i++)
1480         {
1481           if (allFeatures[i].links != null)
1482           {
1483             if (links == null)
1484             {
1485               links = new Vector<String>();
1486             }
1487             for (int j = 0; j < allFeatures[i].links.size(); j++)
1488             {
1489               links.addElement(allFeatures[i].links.elementAt(j));
1490             }
1491           }
1492         }
1493       }
1494       APopupMenu popup = new APopupMenu(ap, null, links);
1495       this.add(popup);
1496       popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());
1497       return;
1498     }
1499
1500     if (av.cursorMode)
1501     {
1502       seqCanvas.cursorX = findRes(evt);
1503       seqCanvas.cursorY = findSeq(evt);
1504       seqCanvas.repaint();
1505       return;
1506     }
1507
1508     // Only if left mouse button do we want to change group sizes
1509
1510     if (stretchGroup == null)
1511     {
1512       // define a new group here
1513       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
1514       sg.setStartRes(res);
1515       sg.setEndRes(res);
1516       sg.addSequence(sequence, false);
1517       av.setSelectionGroup(sg);
1518       stretchGroup = sg;
1519
1520       if (av.getConservationSelected())
1521       {
1522         SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getGlobalColourScheme(),
1523                 "Background");
1524       }
1525       if (av.getAbovePIDThreshold())
1526       {
1527         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),
1528                 "Background");
1529       }
1530
1531     }
1532   }
1533
1534   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)
1535   {
1536     if (stretchGroup == null)
1537     {
1538       return;
1539     }
1540
1541     stretchGroup.recalcConservation(); // always do this - annotation has own
1542                                        // state
1543     if (stretchGroup.cs != null)
1544     {
1545       stretchGroup.cs.alignmentChanged(stretchGroup,
1546               av.getHiddenRepSequences());
1547
1548       if (stretchGroup.cs.conservationApplied())
1549       {
1550         SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,
1551                 stretchGroup.getName());
1552       }
1553       else
1554       {
1555         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,
1556                 stretchGroup.getName());
1557       }
1558     }
1559     changeEndRes = false;
1560     changeStartRes = false;
1561     stretchGroup = null;
1562     PaintRefresher.Refresh(ap, av.getSequenceSetId());
1563     ap.paintAlignment(true);
1564     av.sendSelection();
1565   }
1566
1567   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)
1568   {
1569     int res = findRes(evt);
1570     int y = findSeq(evt);
1571
1572     if (wrappedBlock != startWrapBlock)
1573     {
1574       return;
1575     }
1576
1577     if (stretchGroup == null)
1578     {
1579       return;
1580     }
1581
1582     mouseDragging = true;
1583
1584     if (y > av.getAlignment().getHeight())
1585     {
1586       y = av.getAlignment().getHeight() - 1;
1587     }
1588
1589     if (res >= av.getAlignment().getWidth())
1590     {
1591       res = av.getAlignment().getWidth() - 1;
1592     }
1593
1594     if (stretchGroup.getEndRes() == res)
1595     {
1596       // Edit end res position of selected group
1597       changeEndRes = true;
1598     }
1599     else if (stretchGroup.getStartRes() == res)
1600     {
1601       // Edit start res position of selected group
1602       changeStartRes = true;
1603     }
1604
1605     if (res < 0)
1606     {
1607       res = 0;
1608     }
1609
1610     if (changeEndRes)
1611     {
1612       if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))
1613       {
1614         stretchGroup.setEndRes(res);
1615       }
1616     }
1617     else if (changeStartRes)
1618     {
1619       if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))
1620       {
1621         stretchGroup.setStartRes(res);
1622       }
1623     }
1624
1625     int dragDirection = 0;
1626
1627     if (y > oldSeq)
1628     {
1629       dragDirection = 1;
1630     }
1631     else if (y < oldSeq)
1632     {
1633       dragDirection = -1;
1634     }
1635
1636     while ((y != oldSeq) && (oldSeq > -1)
1637             && (y < av.getAlignment().getHeight()))
1638     {
1639       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the
1640       // selection is quite slow.
1641       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);
1642
1643       oldSeq += dragDirection;
1644
1645       if (oldSeq < 0)
1646       {
1647         break;
1648       }
1649
1650       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);
1651
1652       if (stretchGroup.getSequences(null).contains(nextSeq))
1653       {
1654         stretchGroup.deleteSequence(seq, false);
1655       }
1656       else
1657       {
1658         if (seq != null)
1659         {
1660           stretchGroup.addSequence(seq, false);
1661         }
1662
1663         stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);
1664       }
1665     }
1666
1667     if (oldSeq < 0)
1668     {
1669       oldSeq = -1;
1670     }
1671
1672     if (res > av.endRes || res < av.startRes || y < av.startSeq
1673             || y > av.endSeq)
1674     {
1675       mouseExited(evt);
1676     }
1677
1678     if (scrollThread != null)
1679     {
1680       scrollThread.setEvent(evt);
1681     }
1682
1683     seqCanvas.repaint();
1684   }
1685
1686   public void mouseEntered(MouseEvent e)
1687   {
1688     if (oldSeq < 0)
1689     {
1690       oldSeq = 0;
1691     }
1692
1693     if (scrollThread != null)
1694     {
1695       scrollThread.running = false;
1696       scrollThread = null;
1697     }
1698   }
1699
1700   public void mouseExited(MouseEvent e)
1701   {
1702     if (av.getWrapAlignment())
1703     {
1704       return;
1705     }
1706
1707     if (mouseDragging && scrollThread == null)
1708     {
1709       scrollThread = new ScrollThread();
1710     }
1711   }
1712
1713   void scrollCanvas(MouseEvent evt)
1714   {
1715     if (evt == null)
1716     {
1717       if (scrollThread != null)
1718       {
1719         scrollThread.running = false;
1720         scrollThread = null;
1721       }
1722       mouseDragging = false;
1723     }
1724     else
1725     {
1726       if (scrollThread == null)
1727       {
1728         scrollThread = new ScrollThread();
1729       }
1730
1731       mouseDragging = true;
1732       scrollThread.setEvent(evt);
1733     }
1734
1735   }
1736
1737   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment
1738   class ScrollThread extends Thread
1739   {
1740     MouseEvent evt;
1741
1742     boolean running = false;
1743
1744     public ScrollThread()
1745     {
1746       start();
1747     }
1748
1749     public void setEvent(MouseEvent e)
1750     {
1751       evt = e;
1752     }
1753
1754     public void stopScrolling()
1755     {
1756       running = false;
1757     }
1758
1759     public void run()
1760     {
1761       running = true;
1762       while (running)
1763       {
1764
1765         if (evt != null)
1766         {
1767
1768           if (mouseDragging && evt.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)
1769           {
1770             running = ap.scrollUp(true);
1771           }
1772
1773           if (mouseDragging && evt.getY() >= getSize().height
1774                   && av.getAlignment().getHeight() > av.getEndSeq())
1775           {
1776             running = ap.scrollUp(false);
1777           }
1778
1779           if (mouseDragging && evt.getX() < 0)
1780           {
1781             running = ap.scrollRight(false);
1782           }
1783
1784           else if (mouseDragging && evt.getX() >= getSize().width)
1785           {
1786             running = ap.scrollRight(true);
1787           }
1788         }
1789
1790         try
1791         {
1792           Thread.sleep(75);
1793         } catch (Exception ex)
1794         {
1795         }
1796       }
1797     }
1798   }
1799
1800   /**
1801    * modify current selection according to a received message.
1802    */
1803   public void selection(SequenceGroup seqsel, ColumnSelection colsel,
1804           SelectionSource source)
1805   {
1806     // TODO: fix this hack - source of messages is align viewport, but SeqPanel
1807     // handles selection messages...
1808     // TODO: extend config options to allow user to control if selections may be
1809     // shared between viewports.
1810     if (av != null
1811             && (av == source || !av.followSelection || (source instanceof AlignViewport && ((AlignmentViewport) source)
1812                     .getSequenceSetId().equals(av.getSequenceSetId()))))
1813     {
1814       return;
1815     }
1816
1817     /*
1818      * Check for selection in a view of which this one is a dna/protein
1819      * complement.
1820      */
1821     if (selectionFromTranslation(seqsel, colsel, source))
1822     {
1823       return;
1824     }
1825
1826     // do we want to thread this ? (contention with seqsel and colsel locks, I
1827     // suspect)
1828     // rules are: colsel is copied if there is a real intersection between
1829     // sequence selection
1830     boolean repaint = false, copycolsel = true;
1831     if (av.getSelectionGroup() == null || !av.isSelectionGroupChanged(true))
1832     {
1833       SequenceGroup sgroup = null;
1834       if (seqsel != null && seqsel.getSize() > 0)
1835       {
1836         if (av.getAlignment() == null)
1837         {
1838           System.out
1839                   .println("Selection message: alignviewport av SeqSetId="
1840                           + av.getSequenceSetId() + " ViewId="
1841                           + av.getViewId()
1842                           + " 's alignment is NULL! returning immediatly.");
1843           return;
1844         }
1845         sgroup = seqsel.intersect(av.getAlignment(),
1846                 (av.hasHiddenRows()) ? av.getHiddenRepSequences() : null);
1847         if ((sgroup == null || sgroup.getSize() == 0)
1848                 && (colsel == null || colsel.size() == 0))
1849         {
1850           // don't copy columns if the region didn't intersect.
1851           copycolsel = false;
1852         }
1853       }
1854       if (sgroup != null && sgroup.getSize() > 0)
1855       {
1856         av.setSelectionGroup(sgroup);
1857       }
1858       else
1859       {
1860         av.setSelectionGroup(null);
1861       }
1862       repaint = av.isSelectionGroupChanged(true);
1863     }
1864     if (copycolsel
1865             && (av.getColumnSelection() == null || !av
1866                     .isColSelChanged(true)))
1867     {
1868       // the current selection is unset or from a previous message
1869       // so import the new colsel.
1870       if (colsel == null || colsel.size() == 0)
1871       {
1872         if (av.getColumnSelection() != null)
1873         {
1874           av.getColumnSelection().clear();
1875         }
1876       }
1877       else
1878       {
1879         // TODO: shift colSel according to the intersecting sequences
1880         if (av.getColumnSelection() == null)
1881         {
1882           av.setColumnSelection(new ColumnSelection(colsel));
1883         }
1884         else
1885         {
1886           av.getColumnSelection().setElementsFrom(colsel);
1887         }
1888       }
1889       repaint |= av.isColSelChanged(true);
1890     }
1891     if (copycolsel
1892             && av.hasHiddenColumns()
1893             && (av.getColumnSelection() == null || av.getColumnSelection()
1894                     .getHiddenColumns() == null))
1895     {
1896       System.err.println("Bad things");
1897     }
1898     if (repaint)
1899     {
1900       ap.scalePanelHolder.repaint();
1901       ap.repaint();
1902     }
1903   }
1904
1905   /**
1906    * scroll to the given row/column - or nearest visible location
1907    *
1908    * @param row
1909    * @param column
1910    */
1911   public void scrollTo(int row, int column)
1912   {
1913
1914     row = row < 0 ? ap.av.startSeq : row;
1915     column = column < 0 ? ap.av.startRes : column;
1916     ap.scrollTo(column, column, row, true, true);
1917   }
1918
1919   /**
1920    * scroll to the given row - or nearest visible location
1921    *
1922    * @param row
1923    */
1924   public void scrollToRow(int row)
1925   {
1926
1927     row = row < 0 ? ap.av.startSeq : row;
1928     ap.scrollTo(ap.av.startRes, ap.av.startRes, row, true, true);
1929   }
1930
1931   /**
1932    * scroll to the given column - or nearest visible location
1933    *
1934    * @param column
1935    */
1936   public void scrollToColumn(int column)
1937   {
1938
1939     column = column < 0 ? ap.av.startRes : column;
1940     ap.scrollTo(column, column, ap.av.startSeq, true, true);
1941   }
1942
1943   /**
1944    * If this panel is a cdna/protein translation view of the selection source,
1945    * tries to map the source selection to a local one, and returns true. Else
1946    * returns false.
1947    *
1948    * @param seqsel
1949    * @param colsel
1950    * @param source
1951    */
1952   protected boolean selectionFromTranslation(SequenceGroup seqsel,
1953           ColumnSelection colsel, SelectionSource source)
1954   {
1955     if (!(source instanceof AlignViewportI)) {
1956       return false;
1957     }
1958     final AlignViewportI sourceAv = (AlignViewportI) source;
1959     if (sourceAv.getCodingComplement() != av && av.getCodingComplement() != sourceAv)
1960     {
1961       return false;
1962     }
1963
1964     /*
1965      * Map sequence selection
1966      */
1967     SequenceGroup sg = MappingUtils.mapSequenceGroup(seqsel, sourceAv, av);
1968     av.setSelectionGroup(sg);
1969     av.isSelectionGroupChanged(true);
1970
1971     /*
1972      * Map column selection
1973      */
1974     ColumnSelection cs = MappingUtils.mapColumnSelection(colsel, sourceAv,
1975             av);
1976     av.setColumnSelection(cs);
1977     av.isColSelChanged(true);
1978
1979     ap.scalePanelHolder.repaint();
1980     ap.repaint();
1981
1982     return true;
1983   }
1984
1985 }