src/jalview/appletgui/SeqPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import java.util.*;
  24
  25 import java.awt.*;
  26 import java.awt.event.*;
  27
  28 import jalview.commands.*;
  29 import jalview.datamodel.*;
  30 import jalview.schemes.*;
  31 import jalview.structure.SelectionSource;
  32 import jalview.structure.SequenceListener;
  33 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  34 import jalview.util.MessageManager;
  35
  36 public class SeqPanel extends Panel implements MouseMotionListener,
  37         MouseListener, SequenceListener
  38 {
  39
  40   public SeqCanvas seqCanvas;
  41
  42   public AlignmentPanel ap;
  43
  44   protected int lastres;
  45
  46   protected int startseq;
  47
  48   protected AlignViewport av;
  49
  50   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the
  51   // conservation
  52   boolean seqEditOccurred = false;
  53
  54   ScrollThread scrollThread = null;
  55
  56   boolean mouseDragging = false;
  57
  58   boolean editingSeqs = false;
  59
  60   boolean groupEditing = false;
  61
  62   int oldSeq = -1;
  63
  64   boolean changeEndSeq = false;
  65
  66   boolean changeStartSeq = false;
  67
  68   boolean changeEndRes = false;
  69
  70   boolean changeStartRes = false;
  71
  72   SequenceGroup stretchGroup = null;
  73
  74   StringBuffer keyboardNo1;
  75
  76   StringBuffer keyboardNo2;
  77
  78   boolean mouseWheelPressed = false;
  79
  80   Point lastMousePress;
  81
  82   EditCommand editCommand;
  83
  84   StructureSelectionManager ssm;
  85
  86   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)
  87   {
  88     this.av = avp;
  89
  90     seqCanvas = new SeqCanvas(avp);
  91     setLayout(new BorderLayout());
  92     add(seqCanvas);
  93
  94     ap = p;
  95
  96     seqCanvas.addMouseMotionListener(this);
  97     seqCanvas.addMouseListener(this);
  98     ssm = StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager(av.applet);
  99     ssm.addStructureViewerListener(this);
 100
 101     seqCanvas.repaint();
 102   }
 103
 104   void endEditing()
 105   {
 106     if (editCommand != null && editCommand.getSize() > 0)
 107     {
 108       ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 109       av.firePropertyChange("alignment", null, av.getAlignment()
 110               .getSequences());
 111     }
 112
 113     startseq = -1;
 114     lastres = -1;
 115     editingSeqs = false;
 116     groupEditing = false;
 117     keyboardNo1 = null;
 118     keyboardNo2 = null;
 119     editCommand = null;
 120   }
 121
 122   void setCursorRow()
 123   {
 124     seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo1() - 1;
 125     scrollToVisible();
 126   }
 127
 128   void setCursorColumn()
 129   {
 130     seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;
 131     scrollToVisible();
 132   }
 133
 134   void setCursorRowAndColumn()
 135   {
 136     if (keyboardNo2 == null)
 137     {
 138       keyboardNo2 = new StringBuffer();
 139     }
 140     else
 141     {
 142       seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;
 143       seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo2() - 1;
 144       scrollToVisible();
 145     }
 146   }
 147
 148   void setCursorPosition()
 149   {
 150     SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(
 151             seqCanvas.cursorY);
 152
 153     seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(getKeyboardNo1()) - 1;
 154     scrollToVisible();
 155   }
 156
 157   void moveCursor(int dx, int dy)
 158   {
 159     seqCanvas.cursorX += dx;
 160     seqCanvas.cursorY += dy;
 161     if (av.hasHiddenColumns()
 162             && !av.getColumnSelection().isVisible(seqCanvas.cursorX))
 163     {
 164       int original = seqCanvas.cursorX - dx;
 165       int maxWidth = av.getAlignment().getWidth();
 166
 167       while (!av.getColumnSelection().isVisible(seqCanvas.cursorX)
 168               && seqCanvas.cursorX < maxWidth && seqCanvas.cursorX > 0)
 169       {
 170         seqCanvas.cursorX += dx;
 171       }
 172
 173       if (seqCanvas.cursorX >= maxWidth
 174               || !av.getColumnSelection().isVisible(seqCanvas.cursorX))
 175       {
 176         seqCanvas.cursorX = original;
 177       }
 178     }
 179     scrollToVisible();
 180   }
 181
 182   void scrollToVisible()
 183   {
 184     if (seqCanvas.cursorX < 0)
 185     {
 186       seqCanvas.cursorX = 0;
 187     }
 188     else if (seqCanvas.cursorX > av.getAlignment().getWidth() - 1)
 189     {
 190       seqCanvas.cursorX = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 191     }
 192
 193     if (seqCanvas.cursorY < 0)
 194     {
 195       seqCanvas.cursorY = 0;
 196     }
 197     else if (seqCanvas.cursorY > av.getAlignment().getHeight() - 1)
 198     {
 199       seqCanvas.cursorY = av.getAlignment().getHeight() - 1;
 200     }
 201
 202     endEditing();
 203     if (av.wrapAlignment)
 204     {
 205       ap.scrollToWrappedVisible(seqCanvas.cursorX);
 206     }
 207     else
 208     {
 209       while (seqCanvas.cursorY < av.startSeq)
 210       {
 211         ap.scrollUp(true);
 212       }
 213       while (seqCanvas.cursorY + 1 > av.endSeq)
 214       {
 215         ap.scrollUp(false);
 216       }
 217       while (seqCanvas.cursorX < av.getColumnSelection()
 218               .adjustForHiddenColumns(av.startRes))
 219       {
 220
 221         if (!ap.scrollRight(false))
 222         {
 223           break;
 224         }
 225       }
 226       while (seqCanvas.cursorX > av.getColumnSelection()
 227               .adjustForHiddenColumns(av.endRes))
 228       {
 229         if (!ap.scrollRight(true))
 230         {
 231           break;
 232         }
 233       }
 234     }
 235     setStatusMessage(av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),
 236             seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);
 237
 238     seqCanvas.repaint();
 239   }
 240
 241   void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)
 242   {
 243     SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(
 244             seqCanvas.cursorY);
 245
 246     if (av.getSelectionGroup() != null)
 247     {
 248       SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 249       // Find the top and bottom of this group
 250       int min = av.getAlignment().getHeight(), max = 0;
 251       for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)
 252       {
 253         int index = av.getAlignment().findIndex(sg.getSequenceAt(i));
 254         if (index > max)
 255         {
 256           max = index;
 257         }
 258         if (index < min)
 259         {
 260           min = index;
 261         }
 262       }
 263
 264       max++;
 265
 266       if (topLeft)
 267       {
 268         sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 269         if (sg.getEndRes() < seqCanvas.cursorX)
 270         {
 271           sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 272         }
 273
 274         min = seqCanvas.cursorY;
 275       }
 276       else
 277       {
 278         sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 279         if (sg.getStartRes() > seqCanvas.cursorX)
 280         {
 281           sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 282         }
 283
 284         max = seqCanvas.cursorY + 1;
 285       }
 286
 287       if (min > max)
 288       {
 289         // Only the user can do this
 290         av.setSelectionGroup(null);
 291       }
 292       else
 293       {
 294         // Now add any sequences between min and max
 295         sg.clear();
 296         for (int i = min; i < max; i++)
 297         {
 298           sg.addSequence(av.getAlignment().getSequenceAt(i), false);
 299         }
 300       }
 301     }
 302
 303     if (av.getSelectionGroup() == null)
 304     {
 305       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 306       sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 307       sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 308       sg.addSequence(sequence, false);
 309       av.setSelectionGroup(sg);
 310     }
 311     ap.paintAlignment(false);
 312     av.sendSelection();
 313   }
 314
 315   void insertGapAtCursor(boolean group)
 316   {
 317     groupEditing = group;
 318     startseq = seqCanvas.cursorY;
 319     lastres = seqCanvas.cursorX;
 320     editSequence(true, seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1());
 321     endEditing();
 322   }
 323
 324   void deleteGapAtCursor(boolean group)
 325   {
 326     groupEditing = group;
 327     startseq = seqCanvas.cursorY;
 328     lastres = seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1();
 329     editSequence(false, seqCanvas.cursorX);
 330     endEditing();
 331   }
 332
 333   void numberPressed(char value)
 334   {
 335     if (keyboardNo1 == null)
 336     {
 337       keyboardNo1 = new StringBuffer();
 338     }
 339
 340     if (keyboardNo2 != null)
 341     {
 342       keyboardNo2.append(value);
 343     }
 344     else
 345     {
 346       keyboardNo1.append(value);
 347     }
 348   }
 349
 350   int getKeyboardNo1()
 351   {
 352     try
 353     {
 354       if (keyboardNo1 != null)
 355       {
 356         int value = Integer.parseInt(keyboardNo1.toString());
 357         keyboardNo1 = null;
 358         return value;
 359       }
 360     } catch (Exception x)
 361     {
 362     }
 363     keyboardNo1 = null;
 364     return 1;
 365   }
 366
 367   int getKeyboardNo2()
 368   {
 369     try
 370     {
 371       if (keyboardNo2 != null)
 372       {
 373         int value = Integer.parseInt(keyboardNo2.toString());
 374         keyboardNo2 = null;
 375         return value;
 376       }
 377     } catch (Exception x)
 378     {
 379     }
 380     keyboardNo2 = null;
 381     return 1;
 382   }
 383
 384   void setStatusMessage(SequenceI sequence, int res, int seq)
 385   {
 386     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: "
 387             + sequence.getName());
 388
 389     Object obj = null;
 390     if (av.getAlignment().isNucleotide())
 391     {
 392       obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res)
 393               + "");
 394       if (obj != null)
 395       {
 396         text.append(" Nucleotide: ");
 397       }
 398     }
 399     else
 400     {
 401       obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");
 402       if (obj != null)
 403       {
 404         text.append("  Residue: ");
 405       }
 406     }
 407
 408     if (obj != null)
 409     {
 410
 411       if (obj != "")
 412       {
 413         text.append(obj + " (" + sequence.findPosition(res) + ")");
 414       }
 415     }
 416
 417     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());
 418
 419   }
 420
 421   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 422   {
 423     lastMousePress = evt.getPoint();
 424
 425     // For now, ignore the mouseWheel font resizing on Macs
 426     // As the Button2_mask always seems to be true
 427     if ((evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON2_MASK) == InputEvent.BUTTON2_MASK
 428             && !av.MAC)
 429     {
 430       mouseWheelPressed = true;
 431       return;
 432     }
 433
 434     if (evt.isShiftDown() || evt.isControlDown() || evt.isAltDown())
 435     {
 436       if (evt.isControlDown() || evt.isAltDown())
 437       {
 438         groupEditing = true;
 439       }
 440       editingSeqs = true;
 441     }
 442     else
 443     {
 444       doMousePressedDefineMode(evt);
 445       return;
 446     }
 447
 448     int seq = findSeq(evt);
 449     int res = findRes(evt);
 450
 451     if (seq < 0 || res < 0)
 452     {
 453       return;
 454     }
 455
 456     if ((seq < av.getAlignment().getHeight())
 457             && (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))
 458     {
 459       startseq = seq;
 460       lastres = res;
 461     }
 462     else
 463     {
 464       startseq = -1;
 465       lastres = -1;
 466     }
 467
 468     return;
 469   }
 470
 471   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 472   {
 473     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(findSeq(evt));
 474     if (evt.getClickCount() > 1)
 475     {
 476       if (av.getSelectionGroup() != null
 477               && av.getSelectionGroup().getSize() == 1
 478               && av.getSelectionGroup().getEndRes()
 479                       - av.getSelectionGroup().getStartRes() < 2)
 480       {
 481         av.setSelectionGroup(null);
 482       }
 483
 484       SequenceFeature[] features = findFeaturesAtRes(sequence,
 485               sequence.findPosition(findRes(evt)));
 486
 487       if (features != null && features.length > 0)
 488       {
 489         SearchResults highlight = new SearchResults();
 490         highlight.addResult(sequence, features[0].getBegin(),
 491                 features[0].getEnd());
 492         seqCanvas.highlightSearchResults(highlight);
 493       }
 494       if (features != null && features.length > 0)
 495       {
 496         seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(new SequenceI[]
 497         { sequence }, features, false, ap);
 498
 499         seqCanvas.highlightSearchResults(null);
 500       }
 501     }
 502   }
 503
 504   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 505   {
 506     mouseDragging = false;
 507     mouseWheelPressed = false;
 508     ap.paintAlignment(true);
 509
 510     if (!editingSeqs)
 511     {
 512       doMouseReleasedDefineMode(evt);
 513       return;
 514     }
 515
 516     endEditing();
 517
 518   }
 519
 520   int startWrapBlock = -1;
 521
 522   int wrappedBlock = -1;
 523
 524   int findRes(MouseEvent evt)
 525   {
 526     int res = 0;
 527     int x = evt.getX();
 528
 529     if (av.wrapAlignment)
 530     {
 531
 532       int hgap = av.charHeight;
 533       if (av.scaleAboveWrapped)
 534       {
 535         hgap += av.charHeight;
 536       }
 537
 538       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight + hgap
 539               + seqCanvas.getAnnotationHeight();
 540
 541       int y = evt.getY();
 542       y -= hgap;
 543       x -= seqCanvas.LABEL_WEST;
 544
 545       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(getSize().width);
 546       if (cwidth < 1)
 547       {
 548         return 0;
 549       }
 550
 551       wrappedBlock = y / cHeight;
 552       wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;
 553
 554       res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();
 555
 556     }
 557     else
 558     {
 559       res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
 560     }
 561
 562     if (av.hasHiddenColumns())
 563     {
 564       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);
 565     }
 566
 567     return res;
 568
 569   }
 570
 571   int findSeq(MouseEvent evt)
 572   {
 573     final int sqnum = findAlRow(evt);
 574     return (sqnum < 0) ? 0 : sqnum;
 575   }
 576
 577   /**
 578    *
 579    * @param evt
 580    * @return row in alignment that was selected (or -1 for column selection)
 581    */
 582   private int findAlRow(MouseEvent evt)
 583   {
 584     int seq = 0;
 585     int y = evt.getY();
 586
 587     if (av.wrapAlignment)
 588     {
 589       int hgap = av.charHeight;
 590       if (av.scaleAboveWrapped)
 591       {
 592         hgap += av.charHeight;
 593       }
 594
 595       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight + hgap
 596               + seqCanvas.getAnnotationHeight();
 597
 598       y -= hgap;
 599
 600       seq = Math.min((y % cHeight) / av.getCharHeight(), av.getAlignment()
 601               .getHeight() - 1);
 602       if (seq < 0)
 603       {
 604         seq = -1;
 605       }
 606     }
 607     else
 608     {
 609       seq = Math.min((y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq(), av
 610               .getAlignment().getHeight() - 1);
 611       if (seq < 0)
 612       {
 613         seq = -1;
 614       }
 615     }
 616
 617     return seq;
 618   }
 619
 620   public void doMousePressed(MouseEvent evt)
 621   {
 622
 623     int seq = findSeq(evt);
 624     int res = findRes(evt);
 625
 626     if (seq < av.getAlignment().getHeight()
 627             && res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())
 628     {
 629       // char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);
 630       // Find the residue's position in the sequence (res is the position
 631       // in the alignment
 632
 633       startseq = seq;
 634       lastres = res;
 635     }
 636     else
 637     {
 638       startseq = -1;
 639       lastres = -1;
 640     }
 641
 642     return;
 643   }
 644
 645   String lastMessage;
 646
 647   public void mouseOverSequence(SequenceI sequence, int index, int pos)
 648   {
 649     String tmp = sequence.hashCode() + index + "";
 650     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(tmp))
 651       ssm.mouseOverSequence(sequence, index, pos, av);
 652
 653     lastMessage = tmp;
 654   }
 655
 656   public void highlightSequence(SearchResults results)
 657   {
 658     if (av.followHighlight)
 659     {
 660       if (ap.scrollToPosition(results, true))
 661       {
 662         ap.alignFrame.repaint();
 663       }
 664     }
 665     seqCanvas.highlightSearchResults(results);
 666
 667   }
 668
 669   public void updateColours(SequenceI seq, int index)
 670   {
 671     System.out.println("update the seqPanel colours");
 672     // repaint();
 673   }
 674
 675   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 676   {
 677     int res = findRes(evt);
 678     int seq = findSeq(evt);
 679
 680     if (seq >= av.getAlignment().getHeight() || seq < 0 || res < 0)
 681     {
 682       if (tooltip != null)
 683       {
 684         tooltip.setTip("");
 685       }
 686       return;
 687     }
 688
 689     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
 690     if (res > sequence.getLength())
 691     {
 692       if (tooltip != null)
 693       {
 694         tooltip.setTip("");
 695       }
 696       return;
 697     }
 698
 699     int respos = sequence.findPosition(res);
 700     if (ssm != null)
 701       mouseOverSequence(sequence, res, respos);
 702
 703     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: "
 704             + sequence.getName());
 705
 706     Object obj = null;
 707     if (av.getAlignment().isNucleotide())
 708     {
 709       obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res)
 710               + "");
 711       if (obj != null)
 712       {
 713         text.append(" Nucleotide: ");
 714       }
 715     }
 716     else
 717     {
 718       obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");
 719       if (obj != null)
 720       {
 721         text.append("  Residue: ");
 722       }
 723     }
 724
 725     if (obj != null)
 726     {
 727       if (obj != "")
 728       {
 729         text.append(obj + " (" + respos + ")");
 730       }
 731     }
 732
 733     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());
 734
 735     StringBuffer tooltipText = new StringBuffer();
 736     SequenceGroup[] groups = av.getAlignment().findAllGroups(sequence);
 737     if (groups != null)
 738     {
 739       for (int g = 0; g < groups.length; g++)
 740       {
 741         if (groups[g].getStartRes() <= res && groups[g].getEndRes() >= res)
 742         {
 743           if (!groups[g].getName().startsWith("JTreeGroup")
 744                   && !groups[g].getName().startsWith("JGroup"))
 745           {
 746             tooltipText.append(groups[g].getName() + " ");
 747           }
 748           if (groups[g].getDescription() != null)
 749           {
 750             tooltipText.append(groups[g].getDescription());
 751           }
 752           tooltipText.append("\n");
 753         }
 754       }
 755     }
 756
 757     // use aa to see if the mouse pointer is on a
 758     SequenceFeature[] allFeatures = findFeaturesAtRes(sequence,
 759             sequence.findPosition(res));
 760
 761     int index = 0;
 762     while (index < allFeatures.length)
 763     {
 764       SequenceFeature sf = allFeatures[index];
 765
 766       tooltipText.append(sf.getType() + " " + sf.begin + ":" + sf.end);
 767
 768       if (sf.getDescription() != null)
 769       {
 770         tooltipText.append(" " + sf.getDescription());
 771       }
 772
 773       if (sf.getValue("status") != null)
 774       {
 775         String status = sf.getValue("status").toString();
 776         if (status.length() > 0)
 777         {
 778           tooltipText.append(" (" + sf.getValue("status") + ")");
 779         }
 780       }
 781       tooltipText.append("\n");
 782
 783       index++;
 784     }
 785
 786     if (tooltip == null)
 787     {
 788       tooltip = new Tooltip(tooltipText.toString(), seqCanvas);
 789     }
 790     else
 791     {
 792       tooltip.setTip(tooltipText.toString());
 793     }
 794   }
 795
 796   SequenceFeature[] findFeaturesAtRes(SequenceI sequence, int res)
 797   {
 798     Vector tmp = new Vector();
 799     SequenceFeature[] features = sequence.getSequenceFeatures();
 800     if (features != null)
 801     {
 802       for (int i = 0; i < features.length; i++)
 803       {
 804         if (av.featuresDisplayed == null
 805                 || !av.featuresDisplayed.containsKey(features[i].getType()))
 806         {
 807           continue;
 808         }
 809
 810         if (features[i].featureGroup != null
 811                 && seqCanvas.fr.featureGroups != null
 812                 && seqCanvas.fr.featureGroups
 813                         .containsKey(features[i].featureGroup)
 814                 && !((Boolean) seqCanvas.fr.featureGroups
 815                         .get(features[i].featureGroup)).booleanValue())
 816           continue;
 817
 818         if ((features[i].getBegin() <= res)
 819                 && (features[i].getEnd() >= res))
 820         {
 821           tmp.addElement(features[i]);
 822         }
 823       }
 824     }
 825
 826     features = new SequenceFeature[tmp.size()];
 827     tmp.copyInto(features);
 828
 829     return features;
 830   }
 831
 832   Tooltip tooltip;
 833
 834   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 835   {
 836     if (mouseWheelPressed)
 837     {
 838       int oldWidth = av.charWidth;
 839
 840       // Which is bigger, left-right or up-down?
 841       if (Math.abs(evt.getY() - lastMousePress.y) > Math.abs(evt.getX()
 842               - lastMousePress.x))
 843       {
 844         int fontSize = av.font.getSize();
 845
 846         if (evt.getY() < lastMousePress.y && av.charHeight > 1)
 847         {
 848           fontSize--;
 849         }
 850         else if (evt.getY() > lastMousePress.y)
 851         {
 852           fontSize++;
 853         }
 854
 855         if (fontSize < 1)
 856         {
 857           fontSize = 1;
 858         }
 859
 860         av.setFont(new Font(av.font.getName(), av.font.getStyle(), fontSize));
 861         av.charWidth = oldWidth;
 862       }
 863       else
 864       {
 865         if (evt.getX() < lastMousePress.x && av.charWidth > 1)
 866         {
 867           av.charWidth--;
 868         }
 869         else if (evt.getX() > lastMousePress.x)
 870         {
 871           av.charWidth++;
 872         }
 873
 874         if (av.charWidth < 1)
 875         {
 876           av.charWidth = 1;
 877         }
 878       }
 879
 880       ap.fontChanged();
 881
 882       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 883       av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.charWidth;
 884
 885       lastMousePress = evt.getPoint();
 886
 887       ap.paintAlignment(false);
 888       ap.annotationPanel.image = null;
 889       return;
 890     }
 891
 892     if (!editingSeqs)
 893     {
 894       doMouseDraggedDefineMode(evt);
 895       return;
 896     }
 897
 898     int res = findRes(evt);
 899
 900     if (res < 0)
 901     {
 902       res = 0;
 903     }
 904
 905     if ((lastres == -1) || (lastres == res))
 906     {
 907       return;
 908     }
 909
 910     if ((res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))
 911     {
 912       // dragLeft, delete gap
 913       editSequence(false, res);
 914     }
 915     else
 916     {
 917       editSequence(true, res);
 918     }
 919
 920     mouseDragging = true;
 921     if (scrollThread != null)
 922     {
 923       scrollThread.setEvent(evt);
 924     }
 925
 926   }
 927
 928   synchronized void editSequence(boolean insertGap, int startres)
 929   {
 930     int fixedLeft = -1;
 931     int fixedRight = -1;
 932     boolean fixedColumns = false;
 933     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 934
 935     SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(startseq);
 936
 937     if (!groupEditing && av.hasHiddenRows())
 938     {
 939       if (av.isHiddenRepSequence(seq))
 940       {
 941         sg = (SequenceGroup) av.getRepresentedSequences(seq);
 942         groupEditing = true;
 943       }
 944     }
 945
 946     StringBuffer message = new StringBuffer();
 947     if (groupEditing)
 948     {
 949       message.append(MessageManager.getString("action.edit_group")).append(":");
 950       if (editCommand == null)
 951       {
 952         editCommand = new EditCommand(MessageManager.getString("action.edit_group"));
 953       }
 954     }
 955     else
 956     {
 957       message.append(MessageManager.getString("label.edit_sequence")).append(" " + seq.getName());
 958       String label = seq.getName();
 959       if (label.length() > 10)
 960       {
 961         label = label.substring(0, 10);
 962       }
 963       if (editCommand == null)
 964       {
 965         editCommand = new EditCommand(MessageManager.formatMessage("label.edit_params", new String[]{label}));
 966       }
 967     }
 968
 969     if (insertGap)
 970     {
 971       message.append(" insert ");
 972     }
 973     else
 974     {
 975       message.append(" delete ");
 976     }
 977
 978     message.append(Math.abs(startres - lastres) + " gaps.");
 979     ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());
 980
 981     // Are we editing within a selection group?
 982     if (groupEditing
 983             || (sg != null && sg.getSequences(av.getHiddenRepSequences())
 984                     .contains(seq)))
 985     {
 986       fixedColumns = true;
 987
 988       // sg might be null as the user may only see 1 sequence,
 989       // but the sequence represents a group
 990       if (sg == null)
 991       {
 992         if (!av.isHiddenRepSequence(seq))
 993         {
 994           endEditing();
 995           return;
 996         }
 997
 998         sg = av.getRepresentedSequences(seq);
 999       }
1000
1001       fixedLeft = sg.getStartRes();
1002       fixedRight = sg.getEndRes();
1003
1004       if ((startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)
1005               || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)
1006               || (startres > fixedRight && lastres <= fixedRight)
1007               || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))
1008       {
1009         endEditing();
1010         return;
1011       }
1012
1013       if (fixedLeft > startres)
1014       {
1015         fixedRight = fixedLeft - 1;
1016         fixedLeft = 0;
1017       }
1018       else if (fixedRight < startres)
1019       {
1020         fixedLeft = fixedRight;
1021         fixedRight = -1;
1022       }
1023     }
1024
1025     if (av.hasHiddenColumns())
1026     {
1027       fixedColumns = true;
1028       int y1 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryLeft(startres);
1029       int y2 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres);
1030
1031       if ((insertGap && startres > y1 && lastres < y1)
1032               || (!insertGap && startres < y2 && lastres > y2))
1033       {
1034         endEditing();
1035         return;
1036       }
1037
1038       // System.out.print(y1+" "+y2+" "+fixedLeft+" "+fixedRight+"~~");
1039       // Selection spans a hidden region
1040       if (fixedLeft < y1 && (fixedRight > y2 || fixedRight == -1))
1041       {
1042         if (startres >= y2)
1043         {
1044           fixedLeft = y2;
1045         }
1046         else
1047         {
1048           fixedRight = y2 - 1;
1049         }
1050       }
1051     }
1052
1053     if (groupEditing)
1054     {
1055       SequenceI[] groupSeqs = sg.getSequences(av.getHiddenRepSequences())
1056               .toArray(new SequenceI[0]);
1057
1058       // drag to right
1059       if (insertGap)
1060       {
1061         // If the user has selected the whole sequence, and is dragging to
1062         // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup
1063         if (sg.getStartRes() == 0 && sg.getEndRes() == fixedRight
1064                 && sg.getEndRes() == av.getAlignment().getWidth() - 1)
1065         {
1066           sg.setEndRes(av.getAlignment().getWidth() + startres - lastres);
1067           fixedRight = sg.getEndRes();
1068         }
1069
1070         // Is it valid with fixed columns??
1071         // Find the next gap before the end
1072         // of the visible region boundary
1073         boolean blank = false;
1074         for (fixedRight = fixedRight; fixedRight > lastres; fixedRight--)
1075         {
1076           blank = true;
1077
1078           for (SequenceI gs : groupSeqs)
1079           {
1080             for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)
1081             {
1082               if (!jalview.util.Comparison.isGap(gs.getCharAt(fixedRight
1083                       - j)))
1084               {
1085                 blank = false;
1086                 break;
1087               }
1088             }
1089           }
1090           if (blank)
1091           {
1092             break;
1093           }
1094         }
1095
1096         if (!blank)
1097         {
1098           if (sg.getSize() == av.getAlignment().getHeight())
1099           {
1100             if ((av.hasHiddenColumns() && startres < av
1101                     .getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres)))
1102             {
1103               endEditing();
1104               return;
1105             }
1106
1107             int alWidth = av.getAlignment().getWidth();
1108             if (av.hasHiddenRows())
1109             {
1110               int hwidth = av.getAlignment().getHiddenSequences()
1111                       .getWidth();
1112               if (hwidth > alWidth)
1113               {
1114                 alWidth = hwidth;
1115               }
1116             }
1117             // We can still insert gaps if the selectionGroup
1118             // contains all the sequences
1119             sg.setEndRes(sg.getEndRes() + startres - lastres);
1120             fixedRight = alWidth + startres - lastres;
1121           }
1122           else
1123           {
1124             endEditing();
1125             return;
1126           }
1127         }
1128       }
1129
1130       // drag to left
1131       else if (!insertGap)
1132       {
1133         // / Are we able to delete?
1134         // ie are all columns blank?
1135
1136         for (SequenceI gs : groupSeqs)
1137         {
1138           for (int j = startres; j < lastres; j++)
1139           {
1140             if (gs.getLength() <= j)
1141             {
1142               continue;
1143             }
1144
1145             if (!jalview.util.Comparison.isGap(gs.getCharAt(j)))
1146             {
1147               // Not a gap, block edit not valid
1148               endEditing();
1149               return;
1150             }
1151           }
1152         }
1153       }
1154
1155       if (insertGap)
1156       {
1157         // dragging to the right
1158         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1159         {
1160           for (int j = lastres; j < startres; j++)
1161           {
1162             insertChar(j, groupSeqs, fixedRight);
1163           }
1164         }
1165         else
1166         {
1167           editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP, groupSeqs,
1168                   startres, startres - lastres, av.getAlignment(), true);
1169         }
1170       }
1171       else
1172       {
1173         // dragging to the left
1174         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1175         {
1176           for (int j = lastres; j > startres; j--)
1177           {
1178             deleteChar(startres, groupSeqs, fixedRight);
1179           }
1180         }
1181         else
1182         {
1183           editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP, groupSeqs,
1184                   startres, lastres - startres, av.getAlignment(), true);
1185         }
1186
1187       }
1188     }
1189     else
1190     // ///Editing a single sequence///////////
1191     {
1192       if (insertGap)
1193       {
1194         // dragging to the right
1195         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1196         {
1197           for (int j = lastres; j < startres; j++)
1198           {
1199             insertChar(j, new SequenceI[]
1200             { seq }, fixedRight);
1201           }
1202         }
1203         else
1204         {
1205           editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP, new SequenceI[]
1206           { seq }, lastres, startres - lastres, av.getAlignment(), true);
1207         }
1208       }
1209       else
1210       {
1211         // dragging to the left
1212         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1213         {
1214           for (int j = lastres; j > startres; j--)
1215           {
1216             if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(startres)))
1217             {
1218               endEditing();
1219               break;
1220             }
1221             deleteChar(startres, new SequenceI[]
1222             { seq }, fixedRight);
1223           }
1224         }
1225         else
1226         {
1227           // could be a keyboard edit trying to delete none gaps
1228           int max = 0;
1229           for (int m = startres; m < lastres; m++)
1230           {
1231             if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(m)))
1232             {
1233               break;
1234             }
1235             max++;
1236           }
1237
1238           if (max > 0)
1239           {
1240             editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP, new SequenceI[]
1241             { seq }, startres, max, av.getAlignment(), true);
1242           }
1243         }
1244       }
1245     }
1246
1247     lastres = startres;
1248     seqCanvas.repaint();
1249   }
1250
1251   void insertChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)
1252   {
1253     int blankColumn = fixedColumn;
1254     for (int s = 0; s < seq.length; s++)
1255     {
1256       // Find the next gap before the end of the visible region boundary
1257       // If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion
1258
1259       for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)
1260       {
1261         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq[s].getCharAt(blankColumn)))
1262         {
1263           // Theres a space, so break and insert the gap
1264           break;
1265         }
1266       }
1267
1268       if (blankColumn <= j)
1269       {
1270         blankColumn = fixedColumn;
1271         endEditing();
1272         return;
1273       }
1274     }
1275
1276     editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP, seq, blankColumn, 1,
1277             av.getAlignment(), true);
1278
1279     editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP, seq, j, 1,
1280             av.getAlignment(), true);
1281
1282   }
1283
1284   void deleteChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)
1285   {
1286
1287     editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP, seq, j, 1,
1288             av.getAlignment(), true);
1289
1290     editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP, seq, fixedColumn, 1,
1291             av.getAlignment(), true);
1292   }
1293
1294   // ////////////////////////////////////////
1295   // ///Everything below this is for defining the boundary of the rubberband
1296   // ////////////////////////////////////////
1297   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)
1298   {
1299     if (scrollThread != null)
1300     {
1301       scrollThread.running = false;
1302       scrollThread = null;
1303     }
1304
1305     int res = findRes(evt);
1306     int seq = findSeq(evt);
1307     oldSeq = seq;
1308     startWrapBlock = wrappedBlock;
1309
1310     if (seq == -1)
1311     {
1312       return;
1313     }
1314
1315     SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
1316
1317     if (sequence == null || res > sequence.getLength())
1318     {
1319       return;
1320     }
1321
1322     stretchGroup = av.getSelectionGroup();
1323
1324     if (stretchGroup == null)
1325     {
1326       stretchGroup = av.getAlignment().findGroup(sequence);
1327       if (stretchGroup != null && res > stretchGroup.getStartRes()
1328               && res < stretchGroup.getEndRes())
1329       {
1330         av.setSelectionGroup(stretchGroup);
1331       }
1332       else
1333       {
1334         stretchGroup = null;
1335       }
1336     }
1337
1338     else if (!stretchGroup.getSequences(null).contains(sequence)
1339             || stretchGroup.getStartRes() > res
1340             || stretchGroup.getEndRes() < res)
1341     {
1342       stretchGroup = null;
1343
1344       SequenceGroup[] allGroups = av.getAlignment().findAllGroups(sequence);
1345
1346       if (allGroups != null)
1347       {
1348         for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)
1349         {
1350           if (allGroups[i].getStartRes() <= res
1351                   && allGroups[i].getEndRes() >= res)
1352           {
1353             stretchGroup = allGroups[i];
1354             break;
1355           }
1356         }
1357       }
1358       av.setSelectionGroup(stretchGroup);
1359     }
1360
1361     // DETECT RIGHT MOUSE BUTTON IN AWT
1362     if ((evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) == InputEvent.BUTTON3_MASK)
1363     {
1364       SequenceFeature[] allFeatures = findFeaturesAtRes(sequence,
1365               sequence.findPosition(res));
1366
1367       Vector links = null;
1368       if (allFeatures != null)
1369       {
1370         for (int i = 0; i < allFeatures.length; i++)
1371         {
1372           if (allFeatures[i].links != null)
1373           {
1374             if (links == null)
1375             {
1376               links = new Vector();
1377             }
1378             for (int j = 0; j < allFeatures[i].links.size(); j++)
1379             {
1380               links.addElement(allFeatures[i].links.elementAt(j));
1381             }
1382           }
1383         }
1384       }
1385       APopupMenu popup = new APopupMenu(ap, null, links);
1386       this.add(popup);
1387       popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());
1388       return;
1389     }
1390
1391     if (av.cursorMode)
1392     {
1393       seqCanvas.cursorX = findRes(evt);
1394       seqCanvas.cursorY = findSeq(evt);
1395       seqCanvas.repaint();
1396       return;
1397     }
1398
1399     // Only if left mouse button do we want to change group sizes
1400
1401     if (stretchGroup == null)
1402     {
1403       // define a new group here
1404       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
1405       sg.setStartRes(res);
1406       sg.setEndRes(res);
1407       sg.addSequence(sequence, false);
1408       av.setSelectionGroup(sg);
1409       stretchGroup = sg;
1410
1411       if (av.getConservationSelected())
1412       {
1413         SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getGlobalColourScheme(),
1414                 "Background");
1415       }
1416       if (av.getAbovePIDThreshold())
1417       {
1418         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),
1419                 "Background");
1420       }
1421
1422     }
1423   }
1424
1425   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)
1426   {
1427     if (stretchGroup == null)
1428     {
1429       return;
1430     }
1431
1432     stretchGroup.recalcConservation(); // always do this - annotation has own
1433                                        // state
1434     if (stretchGroup.cs != null)
1435     {
1436       stretchGroup.cs.alignmentChanged(stretchGroup,
1437               av.getHiddenRepSequences());
1438
1439       if (stretchGroup.cs.conservationApplied())
1440       {
1441         SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,
1442                 stretchGroup.getName());
1443       }
1444       else
1445       {
1446         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,
1447                 stretchGroup.getName());
1448       }
1449     }
1450     changeEndRes = false;
1451     changeStartRes = false;
1452     stretchGroup = null;
1453     PaintRefresher.Refresh(ap, av.getSequenceSetId());
1454     ap.paintAlignment(true);
1455     av.sendSelection();
1456   }
1457
1458   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)
1459   {
1460     int res = findRes(evt);
1461     int y = findSeq(evt);
1462
1463     if (wrappedBlock != startWrapBlock)
1464     {
1465       return;
1466     }
1467
1468     if (stretchGroup == null)
1469     {
1470       return;
1471     }
1472
1473     mouseDragging = true;
1474
1475     if (y > av.getAlignment().getHeight())
1476     {
1477       y = av.getAlignment().getHeight() - 1;
1478     }
1479
1480     if (res >= av.getAlignment().getWidth())
1481     {
1482       res = av.getAlignment().getWidth() - 1;
1483     }
1484
1485     if (stretchGroup.getEndRes() == res)
1486     {
1487       // Edit end res position of selected group
1488       changeEndRes = true;
1489     }
1490     else if (stretchGroup.getStartRes() == res)
1491     {
1492       // Edit start res position of selected group
1493       changeStartRes = true;
1494     }
1495
1496     if (res < 0)
1497     {
1498       res = 0;
1499     }
1500
1501     if (changeEndRes)
1502     {
1503       if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))
1504       {
1505         stretchGroup.setEndRes(res);
1506       }
1507     }
1508     else if (changeStartRes)
1509     {
1510       if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))
1511       {
1512         stretchGroup.setStartRes(res);
1513       }
1514     }
1515
1516     int dragDirection = 0;
1517
1518     if (y > oldSeq)
1519     {
1520       dragDirection = 1;
1521     }
1522     else if (y < oldSeq)
1523     {
1524       dragDirection = -1;
1525     }
1526
1527     while ((y != oldSeq) && (oldSeq > -1)
1528             && (y < av.getAlignment().getHeight()))
1529     {
1530       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the
1531       // selection is quite slow.
1532       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);
1533
1534       oldSeq += dragDirection;
1535
1536       if (oldSeq < 0)
1537       {
1538         break;
1539       }
1540
1541       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);
1542
1543       if (stretchGroup.getSequences(null).contains(nextSeq))
1544       {
1545         stretchGroup.deleteSequence(seq, false);
1546       }
1547       else
1548       {
1549         if (seq != null)
1550         {
1551           stretchGroup.addSequence(seq, false);
1552         }
1553
1554         stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);
1555       }
1556     }
1557
1558     if (oldSeq < 0)
1559     {
1560       oldSeq = -1;
1561     }
1562
1563     if (res > av.endRes || res < av.startRes || y < av.startSeq
1564             || y > av.endSeq)
1565     {
1566       mouseExited(evt);
1567     }
1568
1569     if (scrollThread != null)
1570     {
1571       scrollThread.setEvent(evt);
1572     }
1573
1574     seqCanvas.repaint();
1575   }
1576
1577   public void mouseEntered(MouseEvent e)
1578   {
1579     if (oldSeq < 0)
1580     {
1581       oldSeq = 0;
1582     }
1583
1584     if (scrollThread != null)
1585     {
1586       scrollThread.running = false;
1587       scrollThread = null;
1588     }
1589   }
1590
1591   public void mouseExited(MouseEvent e)
1592   {
1593     if (av.getWrapAlignment())
1594     {
1595       return;
1596     }
1597
1598     if (mouseDragging && scrollThread == null)
1599     {
1600       scrollThread = new ScrollThread();
1601     }
1602   }
1603
1604   void scrollCanvas(MouseEvent evt)
1605   {
1606     if (evt == null)
1607     {
1608       if (scrollThread != null)
1609       {
1610         scrollThread.running = false;
1611         scrollThread = null;
1612       }
1613       mouseDragging = false;
1614     }
1615     else
1616     {
1617       if (scrollThread == null)
1618       {
1619         scrollThread = new ScrollThread();
1620       }
1621
1622       mouseDragging = true;
1623       scrollThread.setEvent(evt);
1624     }
1625
1626   }
1627
1628   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment
1629   class ScrollThread extends Thread
1630   {
1631     MouseEvent evt;
1632
1633     boolean running = false;
1634
1635     public ScrollThread()
1636     {
1637       start();
1638     }
1639
1640     public void setEvent(MouseEvent e)
1641     {
1642       evt = e;
1643     }
1644
1645     public void stopScrolling()
1646     {
1647       running = false;
1648     }
1649
1650     public void run()
1651     {
1652       running = true;
1653       while (running)
1654       {
1655
1656         if (evt != null)
1657         {
1658
1659           if (mouseDragging && evt.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)
1660           {
1661             running = ap.scrollUp(true);
1662           }
1663
1664           if (mouseDragging && evt.getY() >= getSize().height
1665                   && av.getAlignment().getHeight() > av.getEndSeq())
1666           {
1667             running = ap.scrollUp(false);
1668           }
1669
1670           if (mouseDragging && evt.getX() < 0)
1671           {
1672             running = ap.scrollRight(false);
1673           }
1674
1675           else if (mouseDragging && evt.getX() >= getSize().width)
1676           {
1677             running = ap.scrollRight(true);
1678           }
1679         }
1680
1681         try
1682         {
1683           Thread.sleep(75);
1684         } catch (Exception ex)
1685         {
1686         }
1687       }
1688     }
1689   }
1690
1691   /**
1692    * modify current selection according to a received message.
1693    */
1694   public void selection(SequenceGroup seqsel, ColumnSelection colsel,
1695           SelectionSource source)
1696   {
1697     // TODO: fix this hack - source of messages is align viewport, but SeqPanel
1698     // handles selection messages...
1699     // TODO: extend config options to allow user to control if selections may be
1700     // shared between viewports.
1701     if (av != null
1702             && (av == source || !av.followSelection || (source instanceof AlignViewport && ((AlignViewport) source)
1703                     .getSequenceSetId().equals(av.getSequenceSetId()))))
1704     {
1705       return;
1706     }
1707     // do we want to thread this ? (contention with seqsel and colsel locks, I
1708     // suspect)
1709     // rules are: colsel is copied if there is a real intersection between
1710     // sequence selection
1711     boolean repaint = false, copycolsel = true;
1712     if (av.getSelectionGroup() == null || !av.isSelectionGroupChanged(true))
1713     {
1714       SequenceGroup sgroup = null;
1715       if (seqsel != null && seqsel.getSize() > 0)
1716       {
1717         if (av.getAlignment() == null)
1718         {
1719           System.out
1720                   .println("Selection message: alignviewport av SeqSetId="
1721                           + av.getSequenceSetId() + " ViewId="
1722                           + av.getViewId()
1723                           + " 's alignment is NULL! returning immediatly.");
1724           return;
1725         }
1726         sgroup = seqsel.intersect(av.getAlignment(),
1727                 (av.hasHiddenRows()) ? av.getHiddenRepSequences() : null);
1728         if ((sgroup == null || sgroup.getSize() == 0)
1729                 && (colsel == null || colsel.size() == 0))
1730         {
1731           // don't copy columns if the region didn't intersect.
1732           copycolsel = false;
1733         }
1734       }
1735       if (sgroup != null && sgroup.getSize() > 0)
1736       {
1737         av.setSelectionGroup(sgroup);
1738       }
1739       else
1740       {
1741         av.setSelectionGroup(null);
1742       }
1743       repaint = av.isSelectionGroupChanged(true);
1744     }
1745     if (copycolsel
1746             && (av.getColumnSelection() == null || !av
1747                     .isColSelChanged(true)))
1748     {
1749       // the current selection is unset or from a previous message
1750       // so import the new colsel.
1751       if (colsel == null || colsel.size() == 0)
1752       {
1753         if (av.getColumnSelection() != null)
1754         {
1755           av.getColumnSelection().clear();
1756         }
1757       }
1758       else
1759       {
1760         // TODO: shift colSel according to the intersecting sequences
1761         if (av.getColumnSelection() == null)
1762         {
1763           av.setColumnSelection(new ColumnSelection(colsel));
1764         }
1765         else
1766         {
1767           av.getColumnSelection().setElementsFrom(colsel);
1768         }
1769       }
1770       repaint |= av.isColSelChanged(true);
1771     }
1772     if (copycolsel
1773             && av.hasHiddenColumns()
1774             && (av.getColumnSelection() == null || av.getColumnSelection()
1775                     .getHiddenColumns() == null))
1776     {
1777       System.err.println("Bad things");
1778     }
1779     if (repaint)
1780     {
1781       ap.scalePanelHolder.repaint();
1782       ap.repaint();
1783     }
1784   }
1785
1786   /**
1787    * scroll to the given row/column - or nearest visible location
1788    *
1789    * @param row
1790    * @param column
1791    */
1792   public void scrollTo(int row, int column)
1793   {
1794
1795     row = row < 0 ? ap.av.startSeq : row;
1796     column = column < 0 ? ap.av.startRes : column;
1797     ap.scrollTo(column, column, row, true, true);
1798   }
1799
1800   /**
1801    * scroll to the given row - or nearest visible location
1802    *
1803    * @param row
1804    */
1805   public void scrollToRow(int row)
1806   {
1807
1808     row = row < 0 ? ap.av.startSeq : row;
1809     ap.scrollTo(ap.av.startRes, ap.av.startRes, row, true, true);
1810   }
1811
1812   /**
1813    * scroll to the given column - or nearest visible location
1814    *
1815    * @param column
1816    */
1817   public void scrollToColumn(int column)
1818   {
1819
1820     column = column < 0 ? ap.av.startRes : column;
1821     ap.scrollTo(column, column, ap.av.startSeq, true, true);
1822   }
1823
1824 }