src/jalview/appletgui/TreeCanvas.java

   1 package jalview.appletgui;\r
   2 \r
   3 \r
   4 import jalview.analysis.*;\r
   5 import jalview.datamodel.*;\r
   6 import jalview.util.*;\r
   7 import jalview.schemes.*;\r
   8 import java.awt.*;\r
   9 import java.awt.event.*;\r
  10 import java.util.*;\r
  11 \r
  12 \r
  13 public class TreeCanvas extends Panel implements MouseListener\r
  14 {\r
  15   NJTree tree;\r
  16   ScrollPane scrollPane;\r
  17   AlignViewport av;\r
  18   public static final String PLACEHOLDER=" * ";\r
  19   Font font;\r
  20   int  fontSize = 12;\r
  21 \r
  22   boolean fitToWindow = true;\r
  23   boolean showDistances = false;\r
  24   boolean showBootstrap = false;\r
  25   boolean markPlaceholders = false;\r
  26 \r
  27   int offx = 20;\r
  28   int offy = 20;\r
  29 \r
  30   float threshold;\r
  31 \r
  32   String longestName;\r
  33   int labelLength=-1;\r
  34 \r
  35   //RubberbandRectangle rubberband;\r
  36 \r
  37   Vector    listeners;\r
  38 \r
  39   Hashtable nameHash = new Hashtable();\r
  40   Hashtable nodeHash = new Hashtable();\r
  41 \r
  42   public TreeCanvas(AlignViewport av, NJTree tree, ScrollPane scroller, String label)\r
  43   {\r
  44     this.av = av;\r
  45     this.tree     = tree;\r
  46     scrollPane = scroller;\r
  47     addMouseListener(this);\r
  48     tree.findHeight(tree.getTopNode());\r
  49     longestName = label;\r
  50     setLayout(null);\r
  51 \r
  52     PaintRefresher.Register(this);\r
  53   }\r
  54   public void TreeSelectionChanged(Sequence sequence)\r
  55  {\r
  56     SequenceGroup selected = av.getSelectionGroup();\r
  57     if(selected == null)\r
  58     {\r
  59       selected = new SequenceGroup();\r
  60       av.setSelectionGroup(selected);\r
  61     }\r
  62 \r
  63     selected.setEndRes(av.alignment.getWidth());\r
  64     selected.addOrRemove(sequence);\r
  65 \r
  66 \r
  67     PaintRefresher.Refresh(this);\r
  68     repaint();\r
  69  }\r
  70 \r
  71 \r
  72 \r
  73   public void setTree(NJTree tree) {\r
  74     this.tree = tree;\r
  75     tree.findHeight(tree.getTopNode());\r
  76   }\r
  77 \r
  78     public void drawNode(Graphics g,SequenceNode node, float chunk, float scale, int width,int offx, int offy) {\r
  79     if (node == null) {\r
  80       return;\r
  81     }\r
  82 \r
  83     if (node.left() == null && node.right() == null) {\r
  84       // Drawing leaf node\r
  85 \r
  86       float height = node.height;\r
  87       float dist   = node.dist;\r
  88 \r
  89       int xstart = (int)((height-dist)*scale) + offx;\r
  90       int xend =   (int)(height*scale)        + offx;\r
  91 \r
  92       int ypos = (int)(node.ycount * chunk) + offy;\r
  93 \r
  94       if (node.element() instanceof SequenceI)\r
  95       {\r
  96        if ( ( (SequenceI) ( (SequenceNode) node).element()).getColor() == Color.white)\r
  97        {\r
  98          g.setColor(Color.black);\r
  99        }\r
 100        else\r
 101         g.setColor( ( (SequenceI) ( (SequenceNode) node).element()).getColor().\r
 102                    darker());\r
 103 \r
 104       }\r
 105       else\r
 106           g.setColor(Color.black);\r
 107 \r
 108 \r
 109       // Draw horizontal line\r
 110       g.drawLine(xstart,ypos,xend,ypos);\r
 111 \r
 112       String nodeLabel = "";\r
 113       if (showDistances && node.dist > 0) {\r
 114         nodeLabel = new Format("%5.2f").form(node.dist);\r
 115       }\r
 116       if (showBootstrap) {\r
 117         if (showDistances) {\r
 118           nodeLabel = nodeLabel + " : ";\r
 119         }\r
 120         nodeLabel = nodeLabel + String.valueOf(node.getBootstrap());\r
 121       }\r
 122       if (! nodeLabel.equals("")) {\r
 123       g.drawString(nodeLabel,xstart,ypos - 10);\r
 124       }\r
 125 \r
 126       String name    = (markPlaceholders && node.isPlaceholder()) ? (PLACEHOLDER+node.getName()) : node.getName();\r
 127       FontMetrics fm = g.getFontMetrics(font);\r
 128       int charWidth  = fm.stringWidth(name) + 3;\r
 129       int charHeight = fm.getHeight();\r
 130 \r
 131       Rectangle rect = new Rectangle(xend+20,ypos-charHeight,\r
 132                                      charWidth,charHeight);\r
 133 \r
 134       nameHash.put((SequenceI)node.element(),rect);\r
 135 \r
 136       // Colour selected leaves differently\r
 137       SequenceGroup selected = av.getSelectionGroup();\r
 138       if (selected!=null && selected.sequences.contains((SequenceI)node.element())) {\r
 139         g.setColor(Color.gray);\r
 140 \r
 141         g.fillRect(xend + 10, ypos - charHeight + 3,charWidth,charHeight);\r
 142         g.setColor(Color.white);\r
 143       }\r
 144       g.drawString(name,xend+10,ypos);\r
 145       g.setColor(Color.black);\r
 146     } else {\r
 147       drawNode(g,(SequenceNode)node.left(), chunk,scale,width,offx,offy);\r
 148       drawNode(g,(SequenceNode)node.right(),chunk,scale,width,offx,offy);\r
 149 \r
 150       float height = node.height;\r
 151       float dist   = node.dist;\r
 152 \r
 153       int xstart = (int)((height-dist)*scale) + offx;\r
 154       int xend   = (int)(height       *scale) + offx;\r
 155       int ypos   = (int)(node.ycount  *chunk) + offy;\r
 156 \r
 157       g.setColor(((SequenceNode)node).color.darker());\r
 158 \r
 159       // Draw horizontal line\r
 160       g.drawLine(xstart,ypos,xend,ypos);\r
 161       g.fillRect(xend-2, ypos-2, 4,4);\r
 162 \r
 163       int ystart = (int)(((SequenceNode)node.left()) .ycount * chunk) + offy;\r
 164       int yend   = (int)(((SequenceNode)node.right()).ycount * chunk) + offy;\r
 165 \r
 166       Rectangle pos = new Rectangle(xend-2,ypos-2,5,5);\r
 167       nodeHash.put(node,pos);\r
 168 \r
 169       g.drawLine((int)(height*scale) + offx, ystart,\r
 170                  (int)(height*scale) + offx, yend);\r
 171 \r
 172       if (showDistances && node.dist > 0) {\r
 173         g.drawString(new Format("%5.2f").form(node.dist),xstart,ypos - 5);\r
 174       }\r
 175 \r
 176     }\r
 177   }\r
 178   public Object findElement(int x, int y) {\r
 179        Enumeration keys = nameHash.keys();\r
 180 \r
 181     while (keys.hasMoreElements()) {\r
 182             Object ob = keys.nextElement();\r
 183             Rectangle rect = (Rectangle)nameHash.get(ob);\r
 184 \r
 185             if (x >= rect.x && x <= (rect.x + rect.width) &&\r
 186               y >= rect.y && y <= (rect.y + rect.height)) {\r
 187               return ob;\r
 188             }\r
 189   }\r
 190   keys = nodeHash.keys();\r
 191 \r
 192     while (keys.hasMoreElements()) {\r
 193             Object ob = keys.nextElement();\r
 194             Rectangle rect = (Rectangle)nodeHash.get(ob);\r
 195 \r
 196             if (x >= rect.x && x <= (rect.x + rect.width) &&\r
 197               y >= rect.y && y <= (rect.y + rect.height)) {\r
 198               return ob;\r
 199             }\r
 200     }\r
 201       return null;\r
 202 \r
 203   }\r
 204 \r
 205   public void pickNodes(Rectangle pickBox) {\r
 206     int width  = getSize().width;\r
 207     int height = getSize().height;\r
 208 \r
 209     SequenceNode top = tree.getTopNode();\r
 210 \r
 211     float wscale = (float)(width*.8-offx*2)/tree.getMaxHeight()\r
 212 ;\r
 213     if (top.count == 0) {\r
 214       top.count = ((SequenceNode)top.left()).count + ((SequenceNode)top.right()).count ;\r
 215     }\r
 216     float chunk = (float)(height-offy*2)/top.count;\r
 217 \r
 218     pickNode(pickBox,top,chunk,wscale,width,offx,offy);\r
 219   }\r
 220 \r
 221   public void pickNode(Rectangle pickBox, SequenceNode node, float chunk, float scale, int width,int offx, int offy) {\r
 222     if (node == null) {\r
 223       return;\r
 224     }\r
 225 \r
 226     if (node.left() == null && node.right() == null) {\r
 227       float height = node.height;\r
 228       float dist   = node.dist;\r
 229 \r
 230       int xstart = (int)((height-dist)*scale) + offx;\r
 231       int xend   = (int)(height*scale) + offx;\r
 232 \r
 233       int ypos = (int)(node.ycount * chunk) + offy;\r
 234 \r
 235       if (pickBox.contains(new Point(xend,ypos))) {\r
 236         if (node.element() instanceof SequenceI) {\r
 237           SequenceI seq = (SequenceI)node.element();\r
 238           SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 239           if(sg!=null)\r
 240             sg.addOrRemove(seq);\r
 241         }\r
 242       }\r
 243     } else {\r
 244       pickNode(pickBox,(SequenceNode)node.left(), chunk,scale,width,offx,offy);\r
 245       pickNode(pickBox,(SequenceNode)node.right(),chunk,scale,width,offx,offy);\r
 246     }\r
 247   }\r
 248 \r
 249   public void setColor(SequenceNode node, Color c)\r
 250   {\r
 251     if (node == null)\r
 252       return;\r
 253 \r
 254     if (node.left() == null && node.right() == null)\r
 255     {\r
 256       node.color = c;\r
 257 \r
 258       if (node.element() instanceof SequenceI)\r
 259           ((SequenceI)node.element()).setColor(c);\r
 260     } else\r
 261     {\r
 262       node.color = c;\r
 263       setColor((SequenceNode)node.left(),c);\r
 264       setColor((SequenceNode)node.right(),c);\r
 265     }\r
 266   }\r
 267 \r
 268 \r
 269   public void paint(Graphics g)\r
 270   {\r
 271 \r
 272     font = new Font("Verdana",Font.PLAIN,fontSize);\r
 273     g.setFont(font);\r
 274 \r
 275     FontMetrics fm = g.getFontMetrics(font);\r
 276 \r
 277     if(nameHash.size()==0)\r
 278       repaint();\r
 279 \r
 280 \r
 281     if( fitToWindow || (!fitToWindow && scrollPane.getSize().height > fm.getHeight() * nameHash.size()+offy ) )\r
 282      {\r
 283          draw(g,scrollPane.getSize().width,scrollPane.getSize().height);\r
 284      }\r
 285     else\r
 286      {\r
 287          setSize(new Dimension(scrollPane.getSize().width, fm.getHeight() * nameHash.size()));\r
 288          draw( g,scrollPane.getSize().width, fm.getHeight() * nameHash.size());\r
 289      }\r
 290 \r
 291     scrollPane.validate();\r
 292   }\r
 293     public int getFontSize() {\r
 294         return fontSize;\r
 295     }\r
 296     public void setFontSize(int fontSize) {\r
 297         this.fontSize = fontSize;\r
 298         repaint();\r
 299     }\r
 300   public void draw(Graphics g, int width, int height) {\r
 301 \r
 302       g.setColor(Color.white);\r
 303       g.fillRect(0,0,width,height);\r
 304 \r
 305 \r
 306       labelLength = g.getFontMetrics(font).stringWidth(longestName)+ 20;//20 allows for scrollbar\r
 307 \r
 308       float wscale =(float)(width - labelLength -offx*2)/tree.getMaxHeight();\r
 309 \r
 310       SequenceNode top = tree.getTopNode();\r
 311 \r
 312       if (top.count == 0) {\r
 313           top.count = ((SequenceNode)top.left()).count + ((SequenceNode)top.right()).count ;\r
 314       }\r
 315       float chunk = (float)(height-offy*2)/top.count ;\r
 316 \r
 317       drawNode(g,tree.getTopNode(),chunk,wscale,width,offx,offy);\r
 318 \r
 319       if (threshold != 0)\r
 320       {\r
 321         if(av.getCurrentTree() == tree)\r
 322           g.setColor(Color.red);\r
 323         else\r
 324           g.setColor(Color.gray);\r
 325 \r
 326           int x = (int)(    threshold * (float)(getSize().width-labelLength - 2*offx) +offx   ) ;\r
 327 \r
 328           g.drawLine(x,0,x,getSize().height);\r
 329       }\r
 330 \r
 331   }\r
 332 \r
 333   public void mouseReleased(MouseEvent e) { }\r
 334   public void mouseEntered(MouseEvent e) { }\r
 335   public void mouseExited(MouseEvent e) { }\r
 336   public void mouseClicked(MouseEvent e) {\r
 337   }\r
 338 \r
 339   public void mousePressed(MouseEvent e) {\r
 340 \r
 341       av.setCurrentTree(tree);\r
 342 \r
 343       int x = e.getX();\r
 344       int y = e.getY();\r
 345 \r
 346       Object ob = findElement(x,y);\r
 347 \r
 348       if (ob instanceof SequenceI)\r
 349       {\r
 350           TreeSelectionChanged((Sequence)ob);\r
 351           repaint();\r
 352           return;\r
 353 \r
 354       } else if (ob instanceof SequenceNode) {\r
 355           SequenceNode tmpnode = (SequenceNode)ob;\r
 356           tree.swapNodes(tmpnode);\r
 357           tree.reCount(tree.getTopNode());\r
 358           tree.findHeight(tree.getTopNode());\r
 359       } else {\r
 360           // Find threshold\r
 361 \r
 362           if (tree.getMaxHeight() != 0) {\r
 363               threshold = (float)(x - offx)/(float)(getSize().width-labelLength - 2*offx);\r
 364 \r
 365               tree.getGroups().removeAllElements();\r
 366               tree.groupNodes(tree.getTopNode(),threshold);\r
 367               setColor(tree.getTopNode(),Color.black);\r
 368 \r
 369               av.setSelectionGroup(null);\r
 370               av.alignment.deleteAllGroups();\r
 371 \r
 372               for (int i=0; i < tree.getGroups().size(); i++)\r
 373               {\r
 374 \r
 375                   Color col = new Color((int)(Math.random()*255),\r
 376                                         (int)(Math.random()*255),\r
 377                                         (int)(Math.random()*255));\r
 378                   setColor((SequenceNode)tree.getGroups().elementAt(i),col.brighter());\r
 379 \r
 380                   Vector l = tree.findLeaves((SequenceNode)tree.getGroups().elementAt(i),new Vector());\r
 381                   SequenceGroup sg = null;\r
 382                   for (int j = 0; j < l.size(); j++)\r
 383                   {\r
 384                     SequenceNode sn = (SequenceNode) l.elementAt(j);\r
 385                     if(sg==null)\r
 386                        sg = new SequenceGroup("TreeGroup", av.getGlobalColourScheme(), true, true,false,0,av.alignment.getWidth());\r
 387 \r
 388                     sg.addSequence( (Sequence) sn.element());\r
 389                   }\r
 390 \r
 391                   if (av.getGlobalColourScheme() instanceof ConservationColourScheme)\r
 392                   {\r
 393                     ConservationColourScheme ccs = (ConservationColourScheme) av.getGlobalColourScheme();\r
 394                     Conservation c = new Conservation("Group",\r
 395                                                       ResidueProperties.propHash, 3,\r
 396                                                       sg.sequences, sg.getStartRes(),\r
 397                                                       sg.getEndRes());\r
 398 \r
 399                     c.calculate();\r
 400                     c.verdict(false, av.ConsPercGaps);\r
 401                     ccs = new ConservationColourScheme(c, ccs.cs);\r
 402 \r
 403                     sg.cs = ccs;\r
 404 \r
 405                   }\r
 406 \r
 407 \r
 408 \r
 409                   av.alignment.addGroup(sg);\r
 410 \r
 411               }\r
 412           }\r
 413       }\r
 414 \r
 415       PaintRefresher.Refresh(this);\r
 416       repaint();\r
 417 \r
 418   }\r
 419 \r
 420     public void setShowDistances(boolean state) {\r
 421         this.showDistances = state;\r
 422         repaint();\r
 423     }\r
 424 \r
 425     public void setShowBootstrap(boolean state) {\r
 426       this.showBootstrap = state;\r
 427       repaint();\r
 428     }\r
 429     public void setMarkPlaceholders(boolean state) {\r
 430             this.markPlaceholders = state;\r
 431             repaint();\r
 432     }\r
 433 \r
 434 }\r
 435 \r