src/jalview/appletgui/TreePanel.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 \r
  20 package jalview.appletgui;\r
  21 \r
  22 import jalview.datamodel.*;\r
  23 import jalview.io.NewickFile;\r
  24 import jalview.analysis.*;\r
  25 import jalview.jbappletgui.GTreePanel;\r
  26 import java.awt.event.*;\r
  27 import java.util.*;\r
  28 import jalview.io.NewickFile;\r
  29 \r
  30 \r
  31 public class TreePanel extends GTreePanel\r
  32 {\r
  33   SequenceI[] seq;\r
  34   String type;\r
  35   String pwtype;\r
  36   AlignViewport av;\r
  37   int start;\r
  38   int end;\r
  39   TreeCanvas treeCanvas;\r
  40   NJTree tree;\r
  41 \r
  42   public NJTree getTree()\r
  43   {\r
  44     return tree;\r
  45   }\r
  46 \r
  47   public TreePanel(AlignViewport av, Vector seqVector, String type, String pwtype, int s, int e)\r
  48   {\r
  49     super();\r
  50 \r
  51     this.type = type;\r
  52     this.pwtype = pwtype;\r
  53 \r
  54     start = s;\r
  55     end = e;\r
  56 \r
  57     String longestName = "";\r
  58     seq = new Sequence [seqVector.size()];\r
  59     for (int i=0;i < seqVector.size();i++)\r
  60     {\r
  61       seq[i] = (Sequence) seqVector.elementAt(i);\r
  62       if(seq[i].getName().length()>longestName.length())\r
  63         longestName = seq[i].getName();\r
  64     }\r
  65 \r
  66     tree = new NJTree(seq, type, pwtype, start, end);\r
  67 \r
  68     treeCanvas = new TreeCanvas(av, tree, scrollPane, longestName);\r
  69 \r
  70     tree.reCount(tree.getTopNode());\r
  71     tree.findHeight(tree.getTopNode());\r
  72     scrollPane.add(treeCanvas);\r
  73 \r
  74   }\r
  75   public TreePanel(AlignViewport av, Vector seqVector, NewickFile newtree,\r
  76                    String type, String pwtype)\r
  77     {\r
  78       super();\r
  79       // These are probably only  arbitrary strings reflecting source of tree\r
  80       this.type = type;\r
  81       this.pwtype = pwtype;\r
  82 \r
  83       start = 0;\r
  84       end = seqVector.size();\r
  85 \r
  86       String longestName = "";\r
  87       seq = new Sequence [seqVector.size()];\r
  88       for (int i=0;i < seqVector.size();i++)\r
  89       {\r
  90         seq[i] = (Sequence) seqVector.elementAt(i);\r
  91       }\r
  92       // This constructor matches sequence names to treenodes and sets up the tree layouts.\r
  93       tree = new NJTree(seq, newtree);\r
  94       // Now have to calculate longest name based on the leaves\r
  95       Vector leaves = tree.findLeaves(tree.getTopNode(),new Vector());\r
  96 \r
  97       for (int i=0;i < leaves.size();i++)\r
  98         if (longestName.length()<((Sequence) ((SequenceNode) leaves.elementAt(i)).element()).getName().length())\r
  99           longestName = TreeCanvas.PLACEHOLDER+((Sequence) ((SequenceNode) leaves.elementAt(i)).element()).getName();\r
 100 \r
 101       tree.reCount(tree.getTopNode());\r
 102       tree.findHeight(tree.getTopNode());\r
 103 \r
 104       treeCanvas = new TreeCanvas(av, tree, scrollPane, longestName);\r
 105       treeCanvas.setShowBootstrap(newtree.HasBootstrap());\r
 106       treeCanvas.setShowDistances(newtree.HasDistances());\r
 107       distanceMenu.setState(newtree.HasDistances());\r
 108       bootstrapMenu.setState(newtree.HasBootstrap());\r
 109       if (true) // JBPNote TODO: preference for always marking placeholders in new associated tree\r
 110         placeholdersMenu.setState(treeCanvas.markPlaceholders);\r
 111       scrollPane.add(treeCanvas);\r
 112 \r
 113     }\r
 114 \r
 115 public String getText(String format) {\r
 116   return null;\r
 117 }\r
 118 \r
 119   protected void fitToWindow_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 120   {\r
 121     treeCanvas.fitToWindow = fitToWindow.getState();\r
 122     repaint();\r
 123   }\r
 124 \r
 125   public void newickOutput_actionPerformed(ActionEvent actionEvent)\r
 126   {\r
 127     jalview.io.NewickFile fout = new jalview.io.NewickFile(tree.getTopNode());\r
 128     String output = fout.print(false, true);\r
 129     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false);\r
 130     cap.setText(output);\r
 131     java.awt.Frame frame = new java.awt.Frame();\r
 132     frame.add(cap);\r
 133     jalview.bin.JalviewLite.addFrame(frame, type+" "+pwtype, 500,100);\r
 134   }\r
 135 \r
 136 \r
 137 \r
 138   protected void fontSize_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 139   {\r
 140  /*   if( treeCanvas==null )\r
 141      return;\r
 142 \r
 143    String size = fontSize.getLabel().substring( fontSize.getLabel().indexOf("-")+1);\r
 144 \r
 145    Object selection = JOptionPane.showInternalInputDialog(Desktop.desktop,\r
 146                                "Select font size",\r
 147                                "Font size",\r
 148                                JOptionPane.QUESTION_MESSAGE,\r
 149                                null, new String[]{"1","2","4","6","8","10","12","14","16","18","20"}\r
 150                                ,"Font Size - "+size);\r
 151    if(selection!=null)\r
 152    {\r
 153      fontSize.setText("Font Size - " + selection);\r
 154 \r
 155      int i = Integer.parseInt(selection.toString());\r
 156      treeCanvas.setFontSize(i);\r
 157    }\r
 158     scrollPane.setViewportView(treeCanvas);\r
 159 */\r
 160   }\r
 161 \r
 162   protected void distanceMenu_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 163   {\r
 164     treeCanvas.setShowDistances(distanceMenu.getState());\r
 165   }\r
 166 \r
 167   protected void bootstrapMenu_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 168   {\r
 169     treeCanvas.setShowBootstrap(bootstrapMenu.getState());\r
 170   }\r
 171 \r
 172   protected void placeholdersMenu_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 173   {\r
 174       treeCanvas.setMarkPlaceholders(placeholdersMenu.getState());\r
 175   }\r
 176 \r
 177 }\r