src/jalview/bin/Commands.java

   1 package jalview.bin;
   2
   3 import java.io.File;
   4 import java.io.IOException;
   5 import java.net.URISyntaxException;
   6 import java.util.ArrayList;
   7 import java.util.Arrays;
   8 import java.util.Collections;
   9 import java.util.HashMap;
  10 import java.util.Iterator;
  11 import java.util.List;
  12 import java.util.Locale;
  13 import java.util.Map;
  14
  15 import jalview.analysis.AlignmentUtils;
  16 import jalview.api.structures.JalviewStructureDisplayI;
  17 import jalview.bin.Jalview.ExitCode;
  18 import jalview.bin.argparser.Arg;
  19 import jalview.bin.argparser.ArgParser;
  20 import jalview.bin.argparser.ArgValue;
  21 import jalview.bin.argparser.ArgValuesMap;
  22 import jalview.bin.argparser.SubVals;
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.SequenceI;
  25 import jalview.datamodel.annotations.AlphaFoldAnnotationRowBuilder;
  26 import jalview.gui.AlignFrame;
  27 import jalview.gui.AlignmentPanel;
  28 import jalview.gui.AppJmol;
  29 import jalview.gui.Desktop;
  30 import jalview.gui.Preferences;
  31 import jalview.gui.StructureChooser;
  32 import jalview.gui.StructureViewer;
  33 import jalview.gui.StructureViewer.ViewerType;
  34 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  35 import jalview.io.BackupFiles;
  36 import jalview.io.BioJsHTMLOutput;
  37 import jalview.io.DataSourceType;
  38 import jalview.io.FileFormat;
  39 import jalview.io.FileFormatException;
  40 import jalview.io.FileFormatI;
  41 import jalview.io.FileFormats;
  42 import jalview.io.FileLoader;
  43 import jalview.io.HtmlSvgOutput;
  44 import jalview.io.IdentifyFile;
  45 import jalview.io.NewickFile;
  46 import jalview.io.exceptions.ImageOutputException;
  47 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  48 import jalview.schemes.ColourSchemeProperty;
  49 import jalview.structure.StructureImportSettings.TFType;
  50 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  51 import jalview.util.FileUtils;
  52 import jalview.util.HttpUtils;
  53 import jalview.util.ImageMaker;
  54 import jalview.util.ImageMaker.TYPE;
  55 import jalview.util.MessageManager;
  56 import jalview.util.Platform;
  57 import jalview.util.StringUtils;
  58 import jalview.util.imagemaker.BitmapImageSizing;
  59
  60 public class Commands
  61 {
  62   Desktop desktop;
  63
  64   private boolean headless;
  65
  66   private ArgParser argParser;
  67
  68   private Map<String, AlignFrame> afMap;
  69
  70   private Map<String, List<StructureViewer>> svMap;
  71
  72   private boolean commandArgsProvided = false;
  73
  74   private boolean argsWereParsed = false;
  75
  76   private List<String> errors = new ArrayList<>();
  77
  78   public Commands(ArgParser argparser, boolean headless)
  79   {
  80     this(Desktop.instance, argparser, headless);
  81   }
  82
  83   public Commands(Desktop d, ArgParser argparser, boolean h)
  84   {
  85     argParser = argparser;
  86     headless = h;
  87     desktop = d;
  88     afMap = new HashMap<>();
  89   }
  90
  91   protected boolean processArgs()
  92   {
  93     if (argParser == null)
  94     {
  95       return true;
  96     }
  97
  98     boolean theseArgsWereParsed = false;
  99
 100     if (argParser != null && argParser.getLinkedIds() != null)
 101     {
 102       for (String id : argParser.getLinkedIds())
 103       {
 104         ArgValuesMap avm = argParser.getLinkedArgs(id);
 105         theseArgsWereParsed = true;
 106         boolean processLinkedOkay = processLinked(id);
 107         theseArgsWereParsed &= processLinkedOkay;
 108
 109         processGroovyScript(id);
 110
 111         // wait around until alignFrame isn't busy
 112         AlignFrame af = afMap.get(id);
 113         while (af != null && af.getViewport().isCalcInProgress())
 114         {
 115           try
 116           {
 117             Thread.sleep(25);
 118           } catch (Exception q)
 119           {
 120           }
 121           ;
 122         }
 123
 124         theseArgsWereParsed &= processImages(id);
 125
 126         if (processLinkedOkay)
 127         {
 128           theseArgsWereParsed &= processOutput(id);
 129         }
 130
 131         // close ap
 132         if (avm.getBoolean(Arg.CLOSE))
 133         {
 134           af = afMap.get(id);
 135           if (af != null)
 136           {
 137             af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 138           }
 139         }
 140
 141       }
 142
 143     }
 144
 145     // report errors
 146     Console.warn(
 147             "The following errors and warnings occurred whilst processing files:\n"
 148                     + errorsToString());
 149     // gui errors reported in Jalview
 150
 151     if (argParser.getBoolean(Arg.QUIT))
 152     {
 153       Jalview.getInstance().exit(
 154               "Exiting due to " + Arg.QUIT.argString() + " argument.",
 155               ExitCode.OK);
 156       return true;
 157     }
 158     // carry on with jalview.bin.Jalview
 159     argsWereParsed = theseArgsWereParsed;
 160     return argsWereParsed;
 161   }
 162
 163   public boolean commandArgsProvided()
 164   {
 165     return commandArgsProvided;
 166   }
 167
 168   public boolean argsWereParsed()
 169   {
 170     return argsWereParsed;
 171   }
 172
 173   protected boolean processLinked(String id)
 174   {
 175     boolean theseArgsWereParsed = false;
 176     ArgValuesMap avm = argParser.getLinkedArgs(id);
 177     if (avm == null)
 178     {
 179       return true;
 180     }
 181
 182     Boolean isError = Boolean.valueOf(false);
 183
 184     // set wrap scope here so it can be applied after structures are opened
 185     boolean wrap = false;
 186
 187     if (avm.containsArg(Arg.APPEND) || avm.containsArg(Arg.OPEN))
 188     {
 189       commandArgsProvided = true;
 190       long progress = -1;
 191
 192       boolean first = true;
 193       boolean progressBarSet = false;
 194       AlignFrame af;
 195       // Combine the APPEND and OPEN files into one list, along with whether it
 196       // was APPEND or OPEN
 197       List<ArgValue> openAvList = new ArrayList<>();
 198       openAvList.addAll(avm.getArgValueList(Arg.OPEN));
 199       openAvList.addAll(avm.getArgValueList(Arg.APPEND));
 200       // sort avlist based on av.getArgIndex()
 201       Collections.sort(openAvList);
 202       for (ArgValue av : openAvList)
 203       {
 204         Arg a = av.getArg();
 205         SubVals sv = av.getSubVals();
 206         String openFile = av.getValue();
 207         if (openFile == null)
 208           continue;
 209
 210         theseArgsWereParsed = true;
 211         if (first)
 212         {
 213           first = false;
 214           if (!headless && desktop != null)
 215           {
 216             desktop.setProgressBar(
 217                     MessageManager.getString(
 218                             "status.processing_commandline_args"),
 219                     progress = System.currentTimeMillis());
 220             progressBarSet = true;
 221           }
 222         }
 223
 224         if (!Platform.isJS())
 225         /**
 226          * ignore in JavaScript -- can't just file existence - could load it?
 227          *
 228          * @j2sIgnore
 229          */
 230         {
 231           if (!HttpUtils.startsWithHttpOrHttps(openFile))
 232           {
 233             if (!(new File(openFile)).exists())
 234             {
 235               addError("Can't find file '" + openFile + "'");
 236               isError = true;
 237               continue;
 238             }
 239           }
 240         }
 241
 242         DataSourceType protocol = AppletFormatAdapter
 243                 .checkProtocol(openFile);
 244
 245         FileFormatI format = null;
 246         try
 247         {
 248           format = new IdentifyFile().identify(openFile, protocol);
 249         } catch (FileFormatException e1)
 250         {
 251           addError("Unknown file format for '" + openFile + "'");
 252           isError = true;
 253           continue;
 254         }
 255
 256         af = afMap.get(id);
 257         // When to open a new AlignFrame
 258         if (af == null || "true".equals(av.getSubVal("new"))
 259                 || a == Arg.OPEN || format == FileFormat.Jalview)
 260         {
 261           if (a == Arg.OPEN)
 262           {
 263             Jalview.testoutput(argParser, Arg.OPEN, "examples/uniref50.fa",
 264                     openFile);
 265           }
 266
 267           Console.debug(
 268                   "Opening '" + openFile + "' in new alignment frame");
 269           FileLoader fileLoader = new FileLoader(!headless);
 270           boolean xception = false;
 271           try
 272           {
 273             af = fileLoader.LoadFileWaitTillLoaded(openFile, protocol,
 274                     format);
 275           } catch (Throwable thr)
 276           {
 277             xception = true;
 278             addError("Couldn't open '" + openFile + "' as " + format + " "
 279                     + thr.getLocalizedMessage()
 280                     + " (Enable debug for full stack trace)");
 281             isError = true;
 282             Console.debug("Exception when opening '" + openFile + "'", thr);
 283           } finally
 284           {
 285             if (af == null && !xception)
 286             {
 287               addInfo("Ignoring '" + openFile
 288                       + "' - no alignment data found.");
 289               continue;
 290             }
 291           }
 292
 293           // colour alignment
 294           String colour = avm.getFromSubValArgOrPref(av, Arg.COLOUR, sv,
 295                   null, "DEFAULT_COLOUR_PROT", "");
 296           this.colourAlignFrame(af, colour);
 297
 298           // Change alignment frame title
 299           String title = avm.getFromSubValArgOrPref(av, Arg.TITLE, sv, null,
 300                   null, null);
 301           if (title != null)
 302           {
 303             af.setTitle(title);
 304             Jalview.testoutput(argParser, Arg.TITLE, "test title", title);
 305           }
 306
 307           // Add features
 308           String featuresfile = avm.getValueFromSubValOrArg(av,
 309                   Arg.FEATURES, sv);
 310           if (featuresfile != null)
 311           {
 312             af.parseFeaturesFile(featuresfile,
 313                     AppletFormatAdapter.checkProtocol(featuresfile));
 314             Jalview.testoutput(argParser, Arg.FEATURES,
 315                     "examples/testdata/plantfdx.features", featuresfile);
 316           }
 317
 318           // Add annotations from file
 319           String annotationsfile = avm.getValueFromSubValOrArg(av,
 320                   Arg.ANNOTATIONS, sv);
 321           if (annotationsfile != null)
 322           {
 323             af.loadJalviewDataFile(annotationsfile, null, null, null);
 324             Jalview.testoutput(argParser, Arg.ANNOTATIONS,
 325                     "examples/testdata/plantfdx.annotations",
 326                     annotationsfile);
 327           }
 328
 329           // Set or clear the sortbytree flag
 330           boolean sortbytree = avm.getBoolFromSubValOrArg(Arg.SORTBYTREE,
 331                   sv);
 332           if (sortbytree)
 333           {
 334             af.getViewport().setSortByTree(true);
 335             Jalview.testoutput(argParser, Arg.SORTBYTREE);
 336           }
 337
 338           // Load tree from file
 339           String treefile = avm.getValueFromSubValOrArg(av, Arg.TREE, sv);
 340           if (treefile != null)
 341           {
 342             try
 343             {
 344               NewickFile nf = new NewickFile(treefile,
 345                       AppletFormatAdapter.checkProtocol(treefile));
 346               af.getViewport().setCurrentTree(
 347                       af.showNewickTree(nf, treefile).getTree());
 348               Jalview.testoutput(argParser, Arg.TREE,
 349                       "examples/testdata/uniref50_test_tree", treefile);
 350             } catch (IOException e)
 351             {
 352               addError("Couldn't add tree " + treefile, e);
 353               isError = true;
 354             }
 355           }
 356
 357           // Show secondary structure annotations?
 358           boolean showSSAnnotations = avm.getFromSubValArgOrPref(
 359                   Arg.SHOWSSANNOTATIONS, av.getSubVals(), null,
 360                   "STRUCT_FROM_PDB", true);
 361           af.setAnnotationsVisibility(showSSAnnotations, true, false);
 362
 363           // Show sequence annotations?
 364           boolean showAnnotations = avm.getFromSubValArgOrPref(
 365                   Arg.SHOWANNOTATIONS, av.getSubVals(), null,
 366                   "SHOW_ANNOTATIONS", true);
 367           af.setAnnotationsVisibility(showAnnotations, false, true);
 368
 369           // show temperature factor annotations?
 370           if (avm.getBoolean(Arg.NOTEMPFAC))
 371           {
 372             // do this better (annotation types?)
 373             List<String> hideThese = new ArrayList<>();
 374             hideThese.add("Temperature Factor");
 375             hideThese.add(AlphaFoldAnnotationRowBuilder.LABEL);
 376             AlignmentUtils.showOrHideSequenceAnnotations(
 377                     af.getCurrentView().getAlignment(), hideThese, null,
 378                     false, false);
 379           }
 380
 381           // wrap alignment? do this last for formatting reasons
 382           wrap = avm.getFromSubValArgOrPref(Arg.WRAP, sv, null,
 383                   "WRAP_ALIGNMENT", false);
 384           // af.setWrapFormat(wrap) is applied after structures are opened for
 385           // annotation reasons
 386
 387           // store the AlignFrame for this id
 388           afMap.put(id, af);
 389
 390           // is it its own structure file?
 391           if (format.isStructureFile())
 392           {
 393             StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 394                     .getStructureSelectionManager(Desktop.instance);
 395             SequenceI seq = af.alignPanel.getAlignment().getSequenceAt(0);
 396             ssm.computeMapping(false, new SequenceI[] { seq }, null,
 397                     openFile, DataSourceType.FILE, null, null, null, false);
 398           }
 399         }
 400         else
 401         {
 402           Console.debug(
 403                   "Opening '" + openFile + "' in existing alignment frame");
 404           DataSourceType dst = HttpUtils.startsWithHttpOrHttps(openFile)
 405                   ? DataSourceType.URL
 406                   : DataSourceType.FILE;
 407           FileLoader fileLoader = new FileLoader(!headless);
 408           fileLoader.LoadFile(af.getCurrentView(), openFile, dst, null,
 409                   false);
 410         }
 411
 412         Console.debug("Command " + Arg.APPEND + " executed successfully!");
 413
 414       }
 415       if (first) // first=true means nothing opened
 416       {
 417         if (headless)
 418         {
 419           Jalview.exit("Could not open any files in headless mode",
 420                   ExitCode.NO_FILES);
 421         }
 422         else
 423         {
 424           Console.info("No more files to open");
 425         }
 426       }
 427       if (progressBarSet && desktop != null)
 428         desktop.setProgressBar(null, progress);
 429
 430     }
 431
 432     // open the structure (from same PDB file or given PDBfile)
 433     if (!avm.getBoolean(Arg.NOSTRUCTURE))
 434     {
 435       AlignFrame af = afMap.get(id);
 436       if (avm.containsArg(Arg.STRUCTURE))
 437       {
 438         commandArgsProvided = true;
 439         for (ArgValue av : avm.getArgValueList(Arg.STRUCTURE))
 440         {
 441           String val = av.getValue();
 442           SubVals subVals = av.getSubVals();
 443           int argIndex = av.getArgIndex();
 444           SequenceI seq = getSpecifiedSequence(af, avm, av);
 445           if (seq == null)
 446           {
 447             // Could not find sequence from subId, let's assume the first
 448             // sequence in the alignframe
 449             AlignmentI al = af.getCurrentView().getAlignment();
 450             seq = al.getSequenceAt(0);
 451           }
 452
 453           if (seq == null)
 454           {
 455             addWarn("Could not find sequence for argument "
 456                     + Arg.STRUCTURE.argString() + "=" + val);
 457             continue;
 458           }
 459           File structureFile = null;
 460           if (subVals.getContent() != null
 461                   && subVals.getContent().length() != 0)
 462           {
 463             structureFile = new File(subVals.getContent());
 464             Console.debug("Using structure file (from argument) '"
 465                     + structureFile.getAbsolutePath() + "'");
 466           }
 467           // TRY THIS
 468           /*
 469            * PDBEntry fileEntry = new AssociatePdbFileWithSeq()
 470            * .associatePdbWithSeq(selectedPdbFileName, DataSourceType.FILE,
 471            * selectedSequence, true, Desktop.instance);
 472            *
 473            * sViewer = launchStructureViewer(ssm, new PDBEntry[] { fileEntry }, ap, new
 474            * SequenceI[] { selectedSequence });
 475            *
 476            */
 477           /* THIS DOESN'T WORK */
 478           else if (seq.getAllPDBEntries() != null
 479                   && seq.getAllPDBEntries().size() > 0)
 480           {
 481             structureFile = new File(
 482                     seq.getAllPDBEntries().elementAt(0).getFile());
 483             Console.debug("Using structure file (from sequence) '"
 484                     + structureFile.getAbsolutePath() + "'");
 485           }
 486
 487           if (structureFile == null)
 488           {
 489             addWarn("Not provided structure file with '" + val + "'");
 490             continue;
 491           }
 492
 493           if (!structureFile.exists())
 494           {
 495             addWarn("Structure file '" + structureFile.getAbsoluteFile()
 496                     + "' not found.");
 497             continue;
 498           }
 499
 500           Console.debug("Using structure file "
 501                   + structureFile.getAbsolutePath());
 502
 503           // open structure view
 504           AlignmentPanel ap = af.alignPanel;
 505           if (headless)
 506           {
 507             Cache.setProperty(Preferences.STRUCTURE_DISPLAY,
 508                     StructureViewer.ViewerType.JMOL.toString());
 509           }
 510
 511           String structureFilepath = structureFile.getAbsolutePath();
 512
 513           // get PAEMATRIX file and label from subvals or Arg.PAEMATRIX
 514           String paeFilepath = avm.getFromSubValArgOrPrefWithSubstitutions(
 515                   argParser, Arg.PAEMATRIX, ArgValuesMap.Position.AFTER, av,
 516                   subVals, null, null, null);
 517           if (paeFilepath != null)
 518           {
 519             File paeFile = new File(paeFilepath);
 520
 521             try
 522             {
 523               paeFilepath = paeFile.getCanonicalPath();
 524             } catch (IOException e)
 525             {
 526               paeFilepath = paeFile.getAbsolutePath();
 527               addWarn("Problem with the PAE file path: '"
 528                       + paeFile.getPath() + "'");
 529             }
 530           }
 531
 532           // showing annotations from structure file or not
 533           boolean ssFromStructure = avm.getFromSubValArgOrPref(
 534                   Arg.SHOWSSANNOTATIONS, subVals, null, "STRUCT_FROM_PDB",
 535                   true);
 536
 537           // get TEMPFAC type from subvals or Arg.TEMPFAC in case user Adds
 538           // reference annotations
 539           String tftString = avm.getFromSubValArgOrPrefWithSubstitutions(
 540                   argParser, Arg.TEMPFAC, ArgValuesMap.Position.AFTER, av,
 541                   subVals, null, null, null);
 542           boolean notempfac = avm.getFromSubValArgOrPref(Arg.NOTEMPFAC,
 543                   subVals, null, "ADD_TEMPFACT_ANN", false, true);
 544           TFType tft = notempfac ? null : TFType.DEFAULT;
 545           if (tftString != null && !notempfac)
 546           {
 547             // get kind of temperature factor annotation
 548             try
 549             {
 550               tft = TFType.valueOf(tftString.toUpperCase(Locale.ROOT));
 551               Console.debug("Obtained Temperature Factor type of '" + tft
 552                       + "' for structure '" + structureFilepath + "'");
 553             } catch (IllegalArgumentException e)
 554             {
 555               // Just an error message!
 556               StringBuilder sb = new StringBuilder().append("Cannot set ")
 557                       .append(Arg.TEMPFAC.argString()).append(" to '")
 558                       .append(tft)
 559                       .append("', ignoring.  Valid values are: ");
 560               Iterator<TFType> it = Arrays.stream(TFType.values())
 561                       .iterator();
 562               while (it.hasNext())
 563               {
 564                 sb.append(it.next().toString().toLowerCase(Locale.ROOT));
 565                 if (it.hasNext())
 566                   sb.append(", ");
 567               }
 568               addWarn(sb.toString());
 569             }
 570           }
 571
 572           String sViewerName = avm.getFromSubValArgOrPref(
 573                   Arg.STRUCTUREVIEWER, ArgValuesMap.Position.AFTER, av,
 574                   subVals, null, null, "jmol");
 575           ViewerType viewerType = ViewerType.getFromString(sViewerName);
 576
 577           // TODO use ssFromStructure
 578           StructureViewer structureViewer = StructureChooser
 579                   .openStructureFileForSequence(null, null, ap, seq, false,
 580                           structureFilepath, tft, paeFilepath, false,
 581                           ssFromStructure, false, viewerType);
 582
 583           if (structureViewer == null)
 584           {
 585             addError("Failed to import and open structure view for file '"
 586                     + structureFile + "'.");
 587             continue;
 588           }
 589           try
 590           {
 591             long tries = 1000;
 592             while (structureViewer.isBusy() && tries > 0)
 593             {
 594               Thread.sleep(25);
 595               if (structureViewer.isBusy())
 596               {
 597                 tries--;
 598                 Console.debug(
 599                         "Waiting for viewer for " + structureFilepath);
 600               }
 601             }
 602             if (tries == 0 && structureViewer.isBusy())
 603             {
 604               addWarn("Gave up waiting for structure viewer to load file '"
 605                       + structureFile
 606                       + "'. Something may have gone wrong.");
 607             }
 608           } catch (Exception x)
 609           {
 610             addError("Exception whilst waiting for structure viewer "
 611                     + structureFilepath, x);
 612             isError = true;
 613           }
 614
 615           // add StructureViewer to svMap list
 616           if (svMap == null)
 617           {
 618             svMap = new HashMap<>();
 619           }
 620           if (svMap.get(id) == null)
 621           {
 622             svMap.put(id, new ArrayList<>());
 623           }
 624           svMap.get(id).add(structureViewer);
 625
 626           Console.debug(
 627                   "Successfully opened viewer for " + structureFilepath);
 628
 629           if (avm.containsArg(Arg.STRUCTUREIMAGE))
 630           {
 631             for (ArgValue structureImageArgValue : avm
 632                     .getArgValueList(Arg.STRUCTUREIMAGE))
 633             {
 634               String structureImageFilename = structureImageArgValue
 635                       .getValue();
 636               if (structureViewer != null && structureImageFilename != null)
 637               {
 638                 SubVals structureImageSubVals = null;
 639                 structureImageSubVals = structureImageArgValue.getSubVals();
 640                 File structureImageFile = new File(structureImageFilename);
 641                 String width = avm.getValueFromSubValOrArg(
 642                         structureImageArgValue, Arg.WIDTH,
 643                         structureImageSubVals);
 644                 String height = avm.getValueFromSubValOrArg(
 645                         structureImageArgValue, Arg.HEIGHT,
 646                         structureImageSubVals);
 647                 String scale = avm.getValueFromSubValOrArg(
 648                         structureImageArgValue, Arg.SCALE,
 649                         structureImageSubVals);
 650                 String renderer = avm.getValueFromSubValOrArg(
 651                         structureImageArgValue, Arg.TEXTRENDERER,
 652                         structureImageSubVals);
 653                 String typeS = avm.getValueFromSubValOrArg(
 654                         structureImageArgValue, Arg.TYPE,
 655                         structureImageSubVals);
 656                 if (typeS == null || typeS.length() == 0)
 657                 {
 658                   typeS = FileUtils.getExtension(structureImageFile);
 659                 }
 660                 TYPE imageType;
 661                 try
 662                 {
 663                   imageType = Enum.valueOf(TYPE.class,
 664                           typeS.toUpperCase(Locale.ROOT));
 665                 } catch (IllegalArgumentException e)
 666                 {
 667                   addWarn("Do not know image format '" + typeS
 668                           + "', using PNG");
 669                   imageType = TYPE.PNG;
 670                 }
 671                 BitmapImageSizing userBis = ImageMaker
 672                         .parseScaleWidthHeightStrings(scale, width, height);
 673
 674                 String imageColour = avm.getValueFromSubValOrArg(
 675                         structureImageArgValue, Arg.IMAGECOLOUR,
 676                         structureImageSubVals);
 677                 ColourSchemeI originalColourScheme = this
 678                         .getColourScheme(af);
 679                 this.colourAlignFrame(af, imageColour);
 680
 681                 List<String> extraCommands = new ArrayList<>();
 682
 683                 String bgcolour = avm.getValueFromSubValOrArg(
 684                         structureImageArgValue, Arg.BGCOLOUR,
 685                         structureImageSubVals);
 686                 if (bgcolour != null && bgcolour.length() > 0)
 687                 {
 688                   if (bgcolour.charAt(0) == '#')
 689                   {
 690                     bgcolour = "[x" + bgcolour.substring(1) + "]";
 691                   }
 692                   extraCommands.add("background " + bgcolour);
 693                 }
 694
 695                 // TODO MAKE THIS VIEWER INDEPENDENT!!
 696                 switch (StructureViewer.getViewerType())
 697                 {
 698                 case JMOL:
 699                   JalviewStructureDisplayI sview = structureViewer
 700                           .getJalviewStructureDisplay();
 701                   if (sview instanceof AppJmol)
 702                   {
 703                     AppJmol jmol = (AppJmol) sview;
 704                     try
 705                     {
 706                       boolean success = this.checksBeforeWritingToFile(avm,
 707                               subVals, false, structureImageFilename,
 708                               "structure image", isError);
 709                       if (!success)
 710                       {
 711                         continue;
 712                       }
 713
 714                       Console.debug(
 715                               "Rendering image to " + structureImageFile);
 716                       jmol.makePDBImage(structureImageFile, imageType,
 717                               renderer, userBis, extraCommands);
 718                       Console.debug("Finished Rendering image to "
 719                               + structureImageFile);
 720
 721                     } catch (ImageOutputException ioexc)
 722                     {
 723                       addError("Unexpected error whilst exporting image to "
 724                               + structureImageFile, ioexc);
 725                       isError = true;
 726                       continue;
 727                     }
 728
 729                   }
 730                   break;
 731                 default:
 732                   addWarn("Cannot export image for structure viewer "
 733                           + structureViewer.getViewerType() + " yet");
 734                   continue;
 735                 }
 736                 this.colourAlignFrame(af, originalColourScheme);
 737               }
 738             }
 739           }
 740         }
 741       }
 742     }
 743
 744     if (wrap)
 745     {
 746       AlignFrame af = afMap.get(id);
 747       if (af != null)
 748       {
 749         af.setWrapFormat(wrap, true);
 750       }
 751     }
 752
 753     /*
 754     boolean doShading = avm.getBoolean(Arg.TEMPFAC_SHADING);
 755     if (doShading)
 756     {
 757       AlignFrame af = afMap.get(id);
 758       for (AlignmentAnnotation aa : af.alignPanel.getAlignment()
 759               .findAnnotation(PDBChain.class.getName().toString()))
 760       {
 761         AnnotationColourGradient acg = new AnnotationColourGradient(aa,
 762                 af.alignPanel.av.getGlobalColourScheme(), 0);
 763         acg.setSeqAssociated(true);
 764         af.changeColour(acg);
 765         Console.info("Changed colour " + acg.toString());
 766       }
 767     }
 768     */
 769
 770     return theseArgsWereParsed && !isError;
 771   }
 772
 773   protected void processGroovyScript(String id)
 774   {
 775     ArgValuesMap avm = argParser.getLinkedArgs(id);
 776     AlignFrame af = afMap.get(id);
 777
 778     if (af == null)
 779     {
 780       addWarn("Did not have an alignment window for id=" + id);
 781       return;
 782     }
 783
 784     if (avm.containsArg(Arg.GROOVY))
 785     {
 786       String groovyscript = avm.getValue(Arg.GROOVY);
 787       if (groovyscript != null)
 788       {
 789         // Execute the groovy script after we've done all the rendering stuff
 790         // and before any images or figures are generated.
 791         Console.info("Executing script " + groovyscript);
 792         Jalview.getInstance().executeGroovyScript(groovyscript, af);
 793       }
 794     }
 795   }
 796
 797   protected boolean processImages(String id)
 798   {
 799     ArgValuesMap avm = argParser.getLinkedArgs(id);
 800     AlignFrame af = afMap.get(id);
 801
 802     if (af == null)
 803     {
 804       addWarn("Did not have an alignment window for id=" + id);
 805       return false;
 806     }
 807
 808     Boolean isError = Boolean.valueOf(false);
 809     if (avm.containsArg(Arg.IMAGE))
 810     {
 811       for (ArgValue imageAv : avm.getArgValueList(Arg.IMAGE))
 812       {
 813         String val = imageAv.getValue();
 814         SubVals imageSubVals = imageAv.getSubVals();
 815         String fileName = imageSubVals.getContent();
 816         File file = new File(fileName);
 817         String name = af.getName();
 818         String renderer = avm.getValueFromSubValOrArg(imageAv,
 819                 Arg.TEXTRENDERER, imageSubVals);
 820         if (renderer == null)
 821           renderer = "text";
 822         String type = "png"; // default
 823
 824         String scale = avm.getValueFromSubValOrArg(imageAv, Arg.SCALE,
 825                 imageSubVals);
 826         String width = avm.getValueFromSubValOrArg(imageAv, Arg.WIDTH,
 827                 imageSubVals);
 828         String height = avm.getValueFromSubValOrArg(imageAv, Arg.HEIGHT,
 829                 imageSubVals);
 830         BitmapImageSizing userBis = ImageMaker
 831                 .parseScaleWidthHeightStrings(scale, width, height);
 832
 833         type = avm.getValueFromSubValOrArg(imageAv, Arg.TYPE, imageSubVals);
 834         if (type == null && fileName != null)
 835         {
 836           for (String ext : new String[] { "svg", "png", "html", "eps" })
 837           {
 838             if (fileName.toLowerCase(Locale.ROOT).endsWith("." + ext))
 839             {
 840               type = ext;
 841             }
 842           }
 843         }
 844         // for moment we disable JSON export
 845         Cache.setPropsAreReadOnly(true);
 846         Cache.setProperty("EXPORT_EMBBED_BIOJSON", "false");
 847
 848         String imageColour = avm.getValueFromSubValOrArg(imageAv,
 849                 Arg.IMAGECOLOUR, imageSubVals);
 850         ColourSchemeI originalColourScheme = this.getColourScheme(af);
 851         this.colourAlignFrame(af, imageColour);
 852
 853         Console.info("Writing " + file);
 854
 855         boolean success = checksBeforeWritingToFile(avm, imageSubVals,
 856                 false, fileName, "image", isError);
 857         if (!success)
 858         {
 859           continue;
 860         }
 861
 862         try
 863         {
 864           switch (type)
 865           {
 866
 867           case "svg":
 868             Console.debug("Outputting type '" + type + "' to " + fileName);
 869             af.createSVG(file, renderer);
 870             break;
 871
 872           case "png":
 873             Console.debug("Outputting type '" + type + "' to " + fileName);
 874             af.createPNG(file, null, userBis);
 875             break;
 876
 877           case "html":
 878             Console.debug("Outputting type '" + type + "' to " + fileName);
 879             HtmlSvgOutput htmlSVG = new HtmlSvgOutput(af.alignPanel);
 880             htmlSVG.exportHTML(fileName, renderer);
 881             break;
 882
 883           case "biojs":
 884             Console.debug(
 885                     "Outputting BioJS MSA Viwer HTML file: " + fileName);
 886             try
 887             {
 888               BioJsHTMLOutput.refreshVersionInfo(
 889                       BioJsHTMLOutput.BJS_TEMPLATES_LOCAL_DIRECTORY);
 890             } catch (URISyntaxException e)
 891             {
 892               e.printStackTrace();
 893             }
 894             BioJsHTMLOutput bjs = new BioJsHTMLOutput(af.alignPanel);
 895             bjs.exportHTML(fileName);
 896             break;
 897
 898           case "eps":
 899             Console.debug("Outputting EPS file: " + fileName);
 900             af.createEPS(file, renderer);
 901             break;
 902
 903           case "imagemap":
 904             Console.debug("Outputting ImageMap file: " + fileName);
 905             af.createImageMap(file, name);
 906             break;
 907
 908           default:
 909             addWarn(Arg.IMAGE.argString() + " type '" + type
 910                     + "' not known. Ignoring");
 911             break;
 912           }
 913         } catch (Exception ioex)
 914         {
 915           addError("Unexpected error during export to '" + fileName + "'",
 916                   ioex);
 917           isError = true;
 918         }
 919
 920         this.colourAlignFrame(af, originalColourScheme);
 921       }
 922     }
 923     return !isError;
 924   }
 925
 926   protected boolean processOutput(String id)
 927   {
 928     ArgValuesMap avm = argParser.getLinkedArgs(id);
 929     AlignFrame af = afMap.get(id);
 930
 931     if (af == null)
 932     {
 933       addWarn("Did not have an alignment window for id=" + id);
 934       return false;
 935     }
 936
 937     Boolean isError = Boolean.valueOf(false);
 938
 939     if (avm.containsArg(Arg.OUTPUT))
 940     {
 941       for (ArgValue av : avm.getArgValueList(Arg.OUTPUT))
 942       {
 943         String val = av.getValue();
 944         SubVals subVals = av.getSubVals();
 945         String fileName = subVals.getContent();
 946         boolean stdout = ArgParser.STDOUTFILENAME.equals(fileName);
 947         File file = new File(fileName);
 948
 949         String name = af.getName();
 950         String format = avm.getValueFromSubValOrArg(av, Arg.FORMAT,
 951                 subVals);
 952         FileFormats ffs = FileFormats.getInstance();
 953         List<String> validFormats = ffs.getWritableFormats(false);
 954
 955         FileFormatI ff = null;
 956         if (format == null && fileName != null)
 957         {
 958           FORMAT: for (String fname : validFormats)
 959           {
 960             FileFormatI tff = ffs.forName(fname);
 961             String[] extensions = tff.getExtensions().split(",");
 962             for (String ext : extensions)
 963             {
 964               if (fileName.toLowerCase(Locale.ROOT).endsWith("." + ext))
 965               {
 966                 ff = tff;
 967                 format = ff.getName();
 968                 break FORMAT;
 969               }
 970             }
 971           }
 972         }
 973         if (ff == null && format != null)
 974         {
 975           ff = ffs.forName(format);
 976         }
 977         if (ff == null)
 978         {
 979           if (stdout)
 980           {
 981             ff = FileFormat.Fasta;
 982           }
 983           else
 984           {
 985             StringBuilder validSB = new StringBuilder();
 986             for (String f : validFormats)
 987             {
 988               if (validSB.length() > 0)
 989                 validSB.append(", ");
 990               validSB.append(f);
 991               FileFormatI tff = ffs.forName(f);
 992               validSB.append(" (");
 993               validSB.append(tff.getExtensions());
 994               validSB.append(")");
 995             }
 996
 997             addError("No valid format specified for "
 998                     + Arg.OUTPUT.argString() + ". Valid formats are "
 999                     + validSB.toString() + ".");
1000             continue;
1001           }
1002         }
1003
1004         boolean success = checksBeforeWritingToFile(avm, subVals, true,
1005                 fileName, ff.getName(), isError);
1006         if (!success)
1007         {
1008           continue;
1009         }
1010
1011         boolean backups = avm.getFromSubValArgOrPref(Arg.BACKUPS, subVals,
1012                 null, Platform.isHeadless() ? null : BackupFiles.ENABLED,
1013                 !Platform.isHeadless());
1014
1015         Console.info("Writing " + fileName);
1016
1017         af.saveAlignment(fileName, ff, stdout, backups);
1018         if (af.isSaveAlignmentSuccessful())
1019         {
1020           Console.debug("Written alignment '" + name + "' in "
1021                   + ff.getName() + " format to '" + file + "'");
1022         }
1023         else
1024         {
1025           addError("Error writing file '" + file + "' in " + ff.getName()
1026                   + " format!");
1027           isError = true;
1028           continue;
1029         }
1030
1031       }
1032     }
1033     return !isError;
1034   }
1035
1036   private SequenceI getSpecifiedSequence(AlignFrame af, ArgValuesMap avm,
1037           ArgValue av)
1038   {
1039     SubVals subVals = av.getSubVals();
1040     ArgValue idAv = avm.getClosestNextArgValueOfArg(av, Arg.SEQID, true);
1041     SequenceI seq = null;
1042     if (subVals == null && idAv == null)
1043       return null;
1044     if (af == null || af.getCurrentView() == null)
1045     {
1046       return null;
1047     }
1048     AlignmentI al = af.getCurrentView().getAlignment();
1049     if (al == null)
1050     {
1051       return null;
1052     }
1053     if (subVals != null)
1054     {
1055       if (subVals.has(Arg.SEQID.getName()))
1056       {
1057         seq = al.findName(subVals.get(Arg.SEQID.getName()));
1058       }
1059       else if (-1 < subVals.getIndex()
1060               && subVals.getIndex() < al.getSequences().size())
1061       {
1062         seq = al.getSequenceAt(subVals.getIndex());
1063       }
1064     }
1065     if (seq == null && idAv != null)
1066     {
1067       seq = al.findName(idAv.getValue());
1068     }
1069     return seq;
1070   }
1071
1072   public AlignFrame[] getAlignFrames()
1073   {
1074     AlignFrame[] afs = null;
1075     if (afMap != null)
1076     {
1077       afs = (AlignFrame[]) afMap.values().toArray();
1078     }
1079
1080     return afs;
1081   }
1082
1083   public List<StructureViewer> getStructureViewers()
1084   {
1085     List<StructureViewer> svs = null;
1086     if (svMap != null)
1087     {
1088       for (List<StructureViewer> svList : svMap.values())
1089       {
1090         if (svs == null)
1091         {
1092           svs = new ArrayList<>();
1093         }
1094         svs.addAll(svList);
1095       }
1096     }
1097     return svs;
1098   }
1099
1100   private void colourAlignFrame(AlignFrame af, String colour)
1101   {
1102     // use string "none" to remove colour scheme
1103     if (colour != null && "" != colour)
1104     {
1105       ColourSchemeI cs = ColourSchemeProperty.getColourScheme(
1106               af.getViewport(), af.getViewport().getAlignment(), colour);
1107       if (cs == null && !StringUtils.equalsIgnoreCase(colour, "none"))
1108       {
1109         addWarn("Couldn't parse '" + colour + "' as a colourscheme.");
1110       }
1111       else
1112       {
1113         Jalview.testoutput(argParser, Arg.COLOUR, "zappo", colour);
1114         colourAlignFrame(af, cs);
1115       }
1116     }
1117   }
1118
1119   private void colourAlignFrame(AlignFrame af, ColourSchemeI cs)
1120   {
1121     // Note that cs == null removes colour scheme from af
1122     af.changeColour(cs);
1123   }
1124
1125   private ColourSchemeI getColourScheme(AlignFrame af)
1126   {
1127     return af.getViewport().getGlobalColourScheme();
1128   }
1129
1130   private void addInfo(String errorMessage)
1131   {
1132     Console.info(errorMessage);
1133     errors.add(errorMessage);
1134   }
1135
1136   private void addWarn(String errorMessage)
1137   {
1138     Console.warn(errorMessage);
1139     errors.add(errorMessage);
1140   }
1141
1142   private void addError(String errorMessage)
1143   {
1144     addError(errorMessage, null);
1145   }
1146
1147   private void addError(String errorMessage, Exception e)
1148   {
1149     Console.error(errorMessage, e);
1150     errors.add(errorMessage);
1151   }
1152
1153   private boolean checksBeforeWritingToFile(ArgValuesMap avm,
1154           SubVals subVal, boolean includeBackups, String filename,
1155           String adjective, Boolean isError)
1156   {
1157     File file = new File(filename);
1158
1159     boolean overwrite = avm.getFromSubValArgOrPref(Arg.OVERWRITE, subVal,
1160             null, "OVERWRITE_OUTPUT", false);
1161     boolean stdout = false;
1162     boolean backups = false;
1163     if (includeBackups)
1164     {
1165       stdout = ArgParser.STDOUTFILENAME.equals(filename);
1166       // backups. Use the Arg.BACKUPS or subval "backups" setting first,
1167       // otherwise if headless assume false, if not headless use the user
1168       // preference with default true.
1169       backups = avm.getFromSubValArgOrPref(Arg.BACKUPS, subVal, null,
1170               Platform.isHeadless() ? null : BackupFiles.ENABLED,
1171               !Platform.isHeadless());
1172     }
1173
1174     if (file.exists() && !(overwrite || backups || stdout))
1175     {
1176       addWarn("Won't overwrite file '" + filename + "' without "
1177               + Arg.OVERWRITE.argString()
1178               + (includeBackups ? " or " + Arg.BACKUPS.argString() : "")
1179               + " set");
1180       return false;
1181     }
1182
1183     boolean mkdirs = avm.getFromSubValArgOrPref(Arg.MKDIRS, subVal, null,
1184             "MKDIRS_OUTPUT", false);
1185
1186     if (!FileUtils.checkParentDir(file, mkdirs))
1187     {
1188       addError("Directory '"
1189               + FileUtils.getParentDir(file).getAbsolutePath()
1190               + "' does not exist for " + adjective + " file '" + filename
1191               + "'."
1192               + (mkdirs ? "" : "  Try using " + Arg.MKDIRS.argString()));
1193       isError = true;
1194       return false;
1195     }
1196
1197     return true;
1198   }
1199
1200   public List<String> getErrors()
1201   {
1202     return errors;
1203   }
1204
1205   public String errorsToString()
1206   {
1207     StringBuilder sb = new StringBuilder();
1208     for (String error : errors)
1209     {
1210       if (sb.length() > 0)
1211         sb.append("\n");
1212       sb.append("- " + error);
1213     }
1214     return sb.toString();
1215   }
1216 }