src/jalview/bin/Commands.java

   1 package jalview.bin;
   2
   3 import java.io.File;
   4 import java.io.IOException;
   5 import java.net.URISyntaxException;
   6 import java.util.ArrayList;
   7 import java.util.Arrays;
   8 import java.util.Collections;
   9 import java.util.EnumSet;
  10 import java.util.HashMap;
  11 import java.util.Iterator;
  12 import java.util.List;
  13 import java.util.Locale;
  14 import java.util.Map;
  15
  16 import jalview.analysis.AlignmentUtils;
  17 import jalview.api.structures.JalviewStructureDisplayI;
  18 import jalview.bin.argparser.Arg;
  19 import jalview.bin.argparser.ArgParser;
  20 import jalview.bin.argparser.ArgParser.Position;
  21 import jalview.bin.argparser.ArgValue;
  22 import jalview.bin.argparser.ArgValuesMap;
  23 import jalview.bin.argparser.SubVals;
  24 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;
  26 import jalview.datamodel.annotations.AlphaFoldAnnotationRowBuilder;
  27 import jalview.gui.AlignFrame;
  28 import jalview.gui.AlignmentPanel;
  29 import jalview.gui.AppJmol;
  30 import jalview.gui.Desktop;
  31 import jalview.gui.Preferences;
  32 import jalview.gui.StructureChooser;
  33 import jalview.gui.StructureViewer;
  34 import jalview.gui.StructureViewer.ViewerType;
  35 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  36 import jalview.io.BackupFiles;
  37 import jalview.io.BioJsHTMLOutput;
  38 import jalview.io.DataSourceType;
  39 import jalview.io.FileFormat;
  40 import jalview.io.FileFormatException;
  41 import jalview.io.FileFormatI;
  42 import jalview.io.FileFormats;
  43 import jalview.io.FileLoader;
  44 import jalview.io.HtmlSvgOutput;
  45 import jalview.io.IdentifyFile;
  46 import jalview.io.NewickFile;
  47 import jalview.io.exceptions.ImageOutputException;
  48 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  49 import jalview.schemes.ColourSchemeProperty;
  50 import jalview.structure.StructureImportSettings.TFType;
  51 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  52 import jalview.util.FileUtils;
  53 import jalview.util.HttpUtils;
  54 import jalview.util.ImageMaker;
  55 import jalview.util.ImageMaker.TYPE;
  56 import jalview.util.MessageManager;
  57 import jalview.util.Platform;
  58 import jalview.util.imagemaker.BitmapImageSizing;
  59
  60 public class Commands
  61 {
  62   Desktop desktop;
  63
  64   private boolean headless;
  65
  66   private ArgParser argParser;
  67
  68   private Map<String, AlignFrame> afMap;
  69
  70   private boolean commandArgsProvided = false;
  71
  72   private boolean argsWereParsed = false;
  73
  74   public Commands(ArgParser argparser, boolean headless)
  75   {
  76     this(Desktop.instance, argparser, headless);
  77   }
  78
  79   public Commands(Desktop d, ArgParser argparser, boolean h)
  80   {
  81     argParser = argparser;
  82     headless = h;
  83     desktop = d;
  84     afMap = new HashMap<>();
  85     if (argparser != null)
  86     {
  87       processArgs(argparser, headless);
  88     }
  89   }
  90
  91   private boolean processArgs(ArgParser argparser, boolean h)
  92   {
  93     argParser = argparser;
  94     headless = h;
  95     boolean theseArgsWereParsed = false;
  96
  97     if (argParser != null && argParser.getLinkedIds() != null)
  98     {
  99       for (String id : argParser.getLinkedIds())
 100       {
 101         ArgValuesMap avm = argParser.getLinkedArgs(id);
 102         theseArgsWereParsed = true;
 103         theseArgsWereParsed &= processLinked(id);
 104         processGroovyScript(id);
 105         boolean processLinkedOkay = theseArgsWereParsed;
 106
 107         // wait around until alignFrame isn't busy
 108         AlignFrame af=afMap.get(id);
 109         while (af!=null && af.getViewport().isCalcInProgress())
 110         {
 111           try {
 112             Thread.sleep(25);
 113           } catch (Exception q) {};
 114         }
 115
 116         theseArgsWereParsed &= processImages(id);
 117         if (processLinkedOkay)
 118           theseArgsWereParsed &= processOutput(id);
 119
 120         // close ap
 121         if (avm.getBoolean(Arg.CLOSE))
 122         {
 123           af = afMap.get(id);
 124           if (af != null)
 125           {
 126             af.closeMenuItem_actionPerformed(true);
 127           }
 128         }
 129
 130       }
 131
 132     }
 133     if (argParser.getBoolean(Arg.QUIT))
 134     {
 135       Jalview.getInstance().quit();
 136       return true;
 137     }
 138     // carry on with jalview.bin.Jalview
 139     argsWereParsed = theseArgsWereParsed;
 140     return argsWereParsed;
 141   }
 142
 143   public boolean commandArgsProvided()
 144   {
 145     return commandArgsProvided;
 146   }
 147
 148   public boolean argsWereParsed()
 149   {
 150     return argsWereParsed;
 151   }
 152
 153   protected boolean processUnlinked(String id)
 154   {
 155     return processLinked(id);
 156   }
 157
 158   protected boolean processLinked(String id)
 159   {
 160     boolean theseArgsWereParsed = false;
 161     ArgValuesMap avm = argParser.getLinkedArgs(id);
 162     if (avm == null)
 163       return true;
 164
 165     /*
 166      * // script to execute after all loading is completed one way or another String
 167      * groovyscript = m.get(Arg.GROOVY) == null ? null :
 168      * m.get(Arg.GROOVY).getValue(); String file = m.get(Arg.OPEN) == null ? null :
 169      * m.get(Arg.OPEN).getValue(); String data = null; FileFormatI format = null;
 170      * DataSourceType protocol = null;
 171      */
 172     if (avm.containsArg(Arg.APPEND) || avm.containsArg(Arg.OPEN))
 173     {
 174       commandArgsProvided = true;
 175       long progress = -1;
 176
 177       boolean first = true;
 178       boolean progressBarSet = false;
 179       AlignFrame af;
 180       // Combine the APPEND and OPEN files into one list, along with whether it
 181       // was APPEND or OPEN
 182       List<ArgValue> openAvList = new ArrayList<>();
 183       openAvList.addAll(avm.getArgValueList(Arg.OPEN));
 184       openAvList.addAll(avm.getArgValueList(Arg.APPEND));
 185       // sort avlist based on av.getArgIndex()
 186       Collections.sort(openAvList);
 187       for (ArgValue av : openAvList)
 188       {
 189         Arg a = av.getArg();
 190         SubVals sv = av.getSubVals();
 191         String openFile = av.getValue();
 192         if (openFile == null)
 193           continue;
 194
 195         theseArgsWereParsed = true;
 196         if (first)
 197         {
 198           first = false;
 199           if (!headless && desktop != null)
 200           {
 201             desktop.setProgressBar(
 202                     MessageManager.getString(
 203                             "status.processing_commandline_args"),
 204                     progress = System.currentTimeMillis());
 205             progressBarSet = true;
 206           }
 207         }
 208
 209         if (!Platform.isJS())
 210         /**
 211          * ignore in JavaScript -- can't just file existence - could load it?
 212          *
 213          * @j2sIgnore
 214          */
 215         {
 216           if (!HttpUtils.startsWithHttpOrHttps(openFile))
 217           {
 218             if (!(new File(openFile)).exists())
 219             {
 220               Console.warn("Can't find file '" + openFile + "'");
 221             }
 222           }
 223         }
 224
 225         DataSourceType protocol = AppletFormatAdapter
 226                 .checkProtocol(openFile);
 227
 228         FileFormatI format = null;
 229         try
 230         {
 231           format = new IdentifyFile().identify(openFile, protocol);
 232         } catch (FileFormatException e1)
 233         {
 234           Console.error("Unknown file format for '" + openFile + "'");
 235         }
 236
 237         af = afMap.get(id);
 238         // When to open a new AlignFrame
 239         if (af == null || "true".equals(av.getSubVal("new"))
 240                 || a == Arg.OPEN || format == FileFormat.Jalview)
 241         {
 242           if (a == Arg.OPEN)
 243           {
 244             Jalview.testoutput(argParser, Arg.OPEN, "examples/uniref50.fa",
 245                     openFile);
 246           }
 247
 248           Console.debug(
 249                   "Opening '" + openFile + "' in new alignment frame");
 250           FileLoader fileLoader = new FileLoader(!headless);
 251
 252           af = fileLoader.LoadFileWaitTillLoaded(openFile, protocol,
 253                   format);
 254
 255           // wrap alignment?
 256           boolean wrap = ArgParser.getFromSubValArgOrPref(avm, Arg.WRAP, sv,
 257                   null, "WRAP_ALIGNMENT", false);
 258           af.getCurrentView().setWrapAlignment(wrap);
 259
 260           // colour alignment?
 261           String colour = ArgParser.getFromSubValArgOrPref(avm, av,
 262                   Arg.COLOUR, sv, null, "DEFAULT_COLOUR_PROT", "");
 263           if ("" != colour)
 264           {
 265             ColourSchemeI cs = ColourSchemeProperty.getColourScheme(
 266                     af.getViewport(), af.getViewport().getAlignment(), colour);
 267
 268             if (cs==null && !"None".equals(colour))
 269             {
 270               Console.warn("Couldn't parse '"+colour+"' as a colourscheme.");
 271             } else {
 272               af.changeColour(cs);
 273             }
 274             Jalview.testoutput(argParser, Arg.COLOUR, "zappo", colour);
 275           }
 276
 277           // Change alignment frame title
 278           String title = ArgParser.getFromSubValArgOrPref(avm, av,
 279                   Arg.TITLE, sv, null, null, null);
 280           if (title != null)
 281           {
 282             af.setTitle(title);
 283             Jalview.testoutput(argParser, Arg.TITLE, "test title", title);
 284           }
 285
 286           // Add features
 287           String featuresfile = ArgParser.getValueFromSubValOrArg(avm, av,
 288                   Arg.FEATURES, sv);
 289           if (featuresfile != null)
 290           {
 291             af.parseFeaturesFile(featuresfile,
 292                     AppletFormatAdapter.checkProtocol(featuresfile));
 293             Jalview.testoutput(argParser, Arg.FEATURES,
 294                     "examples/testdata/plantfdx.features", featuresfile);
 295           }
 296
 297           // Add annotations from file
 298           String annotationsfile = ArgParser.getValueFromSubValOrArg(avm,
 299                   av, Arg.ANNOTATIONS, sv);
 300           if (annotationsfile != null)
 301           {
 302             af.loadJalviewDataFile(annotationsfile, null, null, null);
 303             Jalview.testoutput(argParser, Arg.ANNOTATIONS,
 304                     "examples/testdata/plantfdx.annotations",
 305                     annotationsfile);
 306           }
 307
 308           // Set or clear the sortbytree flag
 309           boolean sortbytree = ArgParser.getBoolFromSubValOrArg(avm,
 310                   Arg.SORTBYTREE, sv);
 311           if (sortbytree)
 312           {
 313             af.getViewport().setSortByTree(true);
 314             Jalview.testoutput(argParser, Arg.SORTBYTREE);
 315           }
 316
 317           // Load tree from file
 318           String treefile = ArgParser.getValueFromSubValOrArg(avm, av,
 319                   Arg.TREE, sv);
 320           if (treefile != null)
 321           {
 322             try
 323             {
 324               NewickFile nf = new NewickFile(treefile,
 325                       AppletFormatAdapter.checkProtocol(treefile));
 326               af.getViewport().setCurrentTree(
 327                       af.showNewickTree(nf, treefile).getTree());
 328               Jalview.testoutput(argParser, Arg.TREE,
 329                       "examples/testdata/uniref50_test_tree", treefile);
 330             } catch (IOException e)
 331             {
 332               Console.warn("Couldn't add tree " + treefile, e);
 333             }
 334           }
 335
 336           // Show secondary structure annotations?
 337           boolean showSSAnnotations = ArgParser.getFromSubValArgOrPref(avm,
 338                   Arg.SHOWSSANNOTATIONS, av.getSubVals(), null,
 339                   "STRUCT_FROM_PDB", true);
 340           af.setAnnotationsVisibility(showSSAnnotations, true, false);
 341
 342           // Show sequence annotations?
 343           boolean showAnnotations = ArgParser.getFromSubValArgOrPref(avm,
 344                   Arg.SHOWANNOTATIONS, av.getSubVals(), null,
 345                   "SHOW_ANNOTATIONS", true);
 346           af.setAnnotationsVisibility(showAnnotations, false, true);
 347
 348           // show temperature factor annotations?
 349           if (avm.getBoolean(Arg.NOTEMPFAC))
 350           {
 351             // do this better (annotation types?)
 352             List<String> hideThese = new ArrayList<>();
 353             hideThese.add("Temperature Factor");
 354             hideThese.add(AlphaFoldAnnotationRowBuilder.LABEL);
 355             AlignmentUtils.showOrHideSequenceAnnotations(
 356                     af.getCurrentView().getAlignment(), hideThese, null,
 357                     false, false);
 358           }
 359
 360           // store the AlignFrame for this id
 361           afMap.put(id, af);
 362
 363           // is it its own structure file?
 364           if (format.isStructureFile())
 365           {
 366             StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
 367                     .getStructureSelectionManager(Desktop.instance);
 368             SequenceI seq = af.alignPanel.getAlignment().getSequenceAt(0);
 369             ssm.computeMapping(false, new SequenceI[] { seq }, null,
 370                     openFile, DataSourceType.FILE, null, null, null, false);
 371           }
 372         }
 373         else
 374         {
 375           Console.debug(
 376                   "Opening '" + openFile + "' in existing alignment frame");
 377           DataSourceType dst = HttpUtils.startsWithHttpOrHttps(openFile)
 378                   ? DataSourceType.URL
 379                   : DataSourceType.FILE;
 380           FileLoader fileLoader = new FileLoader(!headless);
 381           fileLoader.LoadFile(af.getCurrentView(), openFile, dst, null,
 382                   false);
 383         }
 384
 385         Console.debug("Command " + Arg.APPEND + " executed successfully!");
 386
 387       }
 388       if (first) // first=true means nothing opened
 389       {
 390         if (headless)
 391         {
 392           Jalview.exit("Could not open any files in headless mode", 1);
 393         }
 394         else
 395         {
 396           Console.warn("No more files to open");
 397         }
 398       }
 399       if (progressBarSet && desktop != null)
 400         desktop.setProgressBar(null, progress);
 401
 402     }
 403
 404     // open the structure (from same PDB file or given PDBfile)
 405     if (!avm.getBoolean(Arg.NOSTRUCTURE))
 406     {
 407       AlignFrame af = afMap.get(id);
 408       if (avm.containsArg(Arg.STRUCTURE))
 409       {
 410         commandArgsProvided = true;
 411         for (ArgValue av : avm.getArgValueList(Arg.STRUCTURE))
 412         {
 413           String val = av.getValue();
 414           SubVals subVals = av.getSubVals();
 415           SequenceI seq = getSpecifiedSequence(af, avm, av);
 416           if (seq == null)
 417           {
 418             // Could not find sequence from subId, let's assume the first
 419             // sequence in the alignframe
 420             AlignmentI al = af.getCurrentView().getAlignment();
 421             seq = al.getSequenceAt(0);
 422           }
 423
 424           if (seq == null)
 425           {
 426             Console.warn("Could not find sequence for argument "
 427                     + Arg.STRUCTURE.argString() + "=" + val);
 428             // you probably want to continue here, not break
 429             // break;
 430             continue;
 431           }
 432           File structureFile = null;
 433           if (subVals.getContent() != null
 434                   && subVals.getContent().length() != 0)
 435           {
 436             structureFile = new File(subVals.getContent());
 437             Console.debug("Using structure file (from argument) '"
 438                     + structureFile.getAbsolutePath() + "'");
 439           }
 440           // TRY THIS
 441           /*
 442            * PDBEntry fileEntry = new AssociatePdbFileWithSeq()
 443            * .associatePdbWithSeq(selectedPdbFileName, DataSourceType.FILE,
 444            * selectedSequence, true, Desktop.instance);
 445            *
 446            * sViewer = launchStructureViewer(ssm, new PDBEntry[] { fileEntry }, ap, new
 447            * SequenceI[] { selectedSequence });
 448            *
 449            */
 450           /* THIS DOESN'T WORK */
 451           else if (seq.getAllPDBEntries() != null
 452                   && seq.getAllPDBEntries().size() > 0)
 453           {
 454             structureFile = new File(
 455                     seq.getAllPDBEntries().elementAt(0).getFile());
 456             Console.debug("Using structure file (from sequence) '"
 457                     + structureFile.getAbsolutePath() + "'");
 458           }
 459
 460           if (structureFile == null)
 461           {
 462             Console.warn("Not provided structure file with '" + val + "'");
 463             continue;
 464           }
 465
 466           if (!structureFile.exists())
 467           {
 468             Console.warn("Structure file '"
 469                     + structureFile.getAbsoluteFile() + "' not found.");
 470             continue;
 471           }
 472
 473           Console.debug("Using structure file "
 474                   + structureFile.getAbsolutePath());
 475
 476           // open structure view
 477           AlignmentPanel ap = af.alignPanel;
 478           if (headless)
 479           {
 480             Cache.setProperty(Preferences.STRUCTURE_DISPLAY,
 481                     StructureViewer.ViewerType.JMOL.toString());
 482           }
 483
 484           String structureFilepath = structureFile.getAbsolutePath();
 485
 486           // get PAEMATRIX file and label from subvals or Arg.PAEMATRIX
 487           String paeFilepath = ArgParser
 488                   .getFromSubValArgOrPrefWithSubstitutions(argParser, avm,
 489                           Arg.PAEMATRIX, Position.AFTER, av, subVals, null,
 490                           null, null);
 491           if (paeFilepath != null)
 492           {
 493             File paeFile = new File(paeFilepath);
 494
 495             try
 496             {
 497               paeFilepath = paeFile.getCanonicalPath();
 498             } catch (IOException e)
 499             {
 500               paeFilepath = paeFile.getAbsolutePath();
 501               Console.warn("Problem with the PAE file path: '"
 502                       + paeFile.getPath() + "'");
 503             }
 504           }
 505
 506           // showing annotations from structure file or not
 507           boolean ssFromStructure = ArgParser.getFromSubValArgOrPref(avm,
 508                   Arg.SHOWSSANNOTATIONS, subVals, null, "STRUCT_FROM_PDB",
 509                   true);
 510
 511           // get TEMPFAC type from subvals or Arg.TEMPFAC in case user Adds
 512           // reference annotations
 513           String tftString = ArgParser
 514                   .getFromSubValArgOrPrefWithSubstitutions(argParser, avm,
 515                           Arg.TEMPFAC, Position.AFTER, av, subVals, null,
 516                           null, null);
 517           boolean notempfac = ArgParser.getFromSubValArgOrPref(avm,
 518                   Arg.NOTEMPFAC, subVals, null, "ADD_TEMPFACT_ANN", false,
 519                   true);
 520           TFType tft = notempfac ? null : TFType.DEFAULT;
 521           if (tftString != null && !notempfac)
 522           {
 523             // get kind of temperature factor annotation
 524             try
 525             {
 526               tft = TFType.valueOf(tftString.toUpperCase(Locale.ROOT));
 527               Console.debug("Obtained Temperature Factor type of '" + tft
 528                       + "' for structure '" + structureFilepath + "'");
 529             } catch (IllegalArgumentException e)
 530             {
 531               // Just an error message!
 532               StringBuilder sb = new StringBuilder().append("Cannot set ")
 533                       .append(Arg.TEMPFAC.argString()).append(" to '")
 534                       .append(tft)
 535                       .append("', ignoring.  Valid values are: ");
 536               Iterator<TFType> it = Arrays.stream(TFType.values())
 537                       .iterator();
 538               while (it.hasNext())
 539               {
 540                 sb.append(it.next().toString().toLowerCase(Locale.ROOT));
 541                 if (it.hasNext())
 542                   sb.append(", ");
 543               }
 544               Console.warn(sb.toString());
 545             }
 546           }
 547
 548           String sViewer = ArgParser.getFromSubValArgOrPref(avm,
 549                   Arg.STRUCTUREVIEWER, Position.AFTER, av, subVals, null,
 550                   null, "jmol");
 551           ViewerType viewerType = null;
 552           if (!"none".equals(sViewer))
 553           {
 554             for (ViewerType v : EnumSet.allOf(ViewerType.class))
 555             {
 556               String name = v.name().toLowerCase(Locale.ROOT)
 557                       .replaceAll(" ", "");
 558               if (sViewer.equals(name))
 559               {
 560                 viewerType = v;
 561                 break;
 562               }
 563             }
 564           }
 565
 566           // TODO use ssFromStructure
 567           StructureViewer sv = StructureChooser
 568                   .openStructureFileForSequence(null, null, ap, seq, false,
 569                           structureFilepath, tft, paeFilepath, false,
 570                           ssFromStructure, false, viewerType);
 571
 572           if (sv==null)
 573           {
 574             Console.error("Failed to import and open structure view.");
 575             continue;
 576           }
 577           try
 578           {
 579             long tries=1000;
 580             while (sv.isBusy() && tries>0)
 581             {
 582               Thread.sleep(25);
 583               if (sv.isBusy())
 584               {
 585                 tries--;
 586                 Console.debug(
 587                         "Waiting for viewer for " + structureFilepath);
 588               }
 589             }
 590             if (tries==0 && sv.isBusy())
 591             {
 592               Console.warn("Gave up waiting for structure viewer to load. Something may have gone wrong.");
 593             }
 594           } catch (Exception x)
 595           {
 596             Console.warn("Exception whilst waiting for structure viewer "+structureFilepath,x);
 597           }
 598           Console.debug("Successfully opened viewer for "+structureFilepath);
 599           String structureImageFilename = ArgParser.getValueFromSubValOrArg(
 600                   avm, av, Arg.STRUCTUREIMAGE, subVals);
 601           if (sv != null && structureImageFilename != null)
 602           {
 603             ArgValue siAv = avm.getClosestNextArgValueOfArg(av,
 604                     Arg.STRUCTUREIMAGE);
 605             SubVals sisv = null;
 606             if (structureImageFilename.equals(siAv.getValue()))
 607             {
 608               sisv = siAv.getSubVals();
 609             }
 610             File structureImageFile = new File(structureImageFilename);
 611             String width = ArgParser.getValueFromSubValOrArg(avm, av,
 612                     Arg.STRUCTUREIMAGEWIDTH, sisv);
 613             String height = ArgParser.getValueFromSubValOrArg(avm, av,
 614                     Arg.STRUCTUREIMAGEHEIGHT, sisv);
 615             String scale = ArgParser.getValueFromSubValOrArg(avm, av,
 616                     Arg.STRUCTUREIMAGESCALE, sisv);
 617             String renderer = ArgParser.getValueFromSubValOrArg(avm, av,
 618                     Arg.STRUCTUREIMAGETEXTRENDERER, sisv);
 619             String typeS = ArgParser.getValueFromSubValOrArg(avm, av,
 620                     Arg.STRUCTUREIMAGETYPE, sisv);
 621             if (typeS == null || typeS.length() == 0)
 622             {
 623               typeS = FileUtils.getExtension(structureImageFile);
 624             }
 625             TYPE imageType;
 626             try
 627             {
 628               imageType = Enum.valueOf(TYPE.class,
 629                       typeS.toUpperCase(Locale.ROOT));
 630             } catch (IllegalArgumentException e)
 631             {
 632               Console.warn("Do not know image format '" + typeS
 633                       + "', using PNG");
 634               imageType = TYPE.PNG;
 635             }
 636             BitmapImageSizing userBis = ImageMaker
 637                     .parseScaleWidthHeightStrings(scale, width, height);
 638             // TODO MAKE THIS VIEWER INDEPENDENT!!
 639             switch (StructureViewer.getViewerType())
 640             {
 641             case JMOL:
 642               try
 643               {
 644                 Thread.sleep(1000); // WHY ???
 645               } catch (InterruptedException e)
 646               {
 647                 // TODO Auto-generated catch block
 648                 e.printStackTrace();
 649               }
 650               JalviewStructureDisplayI sview = sv
 651                       .getJalviewStructureDisplay();
 652               if (sview instanceof AppJmol)
 653               {
 654                 AppJmol jmol = (AppJmol) sview;
 655                 try {
 656                   Console.debug("Rendering image to "+structureImageFile);
 657                   jmol.makePDBImage(structureImageFile, imageType, renderer,
 658                         userBis);
 659                   Console.debug("Finished Rendering image to "+structureImageFile);
 660
 661                 }
 662                 catch (ImageOutputException ioexc)
 663                 {
 664                   Console.warn("Unexpected error whilst exporting image to "+structureImageFile,ioexc);
 665                 }
 666
 667               }
 668               break;
 669             default:
 670               Console.warn("Cannot export image for structure viewer "
 671                       + sv.getViewerType() + " yet");
 672               break;
 673             }
 674           }
 675         }
 676       }
 677     }
 678
 679     /*
 680     boolean doShading = avm.getBoolean(Arg.TEMPFAC_SHADING);
 681     if (doShading)
 682     {
 683       AlignFrame af = afMap.get(id);
 684       for (AlignmentAnnotation aa : af.alignPanel.getAlignment()
 685               .findAnnotation(PDBChain.class.getName().toString()))
 686       {
 687         AnnotationColourGradient acg = new AnnotationColourGradient(aa,
 688                 af.alignPanel.av.getGlobalColourScheme(), 0);
 689         acg.setSeqAssociated(true);
 690         af.changeColour(acg);
 691         Console.info("Changed colour " + acg.toString());
 692       }
 693     }
 694     */
 695
 696     return theseArgsWereParsed;
 697   }
 698
 699   protected void processGroovyScript(String id)
 700   {
 701     ArgValuesMap avm = argParser.getLinkedArgs(id);
 702     AlignFrame af = afMap.get(id);
 703
 704     if (af == null)
 705     {
 706       Console.warn("Did not have an alignment window for id=" + id);
 707       return;
 708     }
 709
 710     if (avm.containsArg(Arg.GROOVY))
 711     {
 712       String groovyscript = avm.getValue(Arg.GROOVY);
 713       if (groovyscript != null)
 714       {
 715         // Execute the groovy script after we've done all the rendering stuff
 716         // and before any images or figures are generated.
 717         Console.info("Executing script " + groovyscript);
 718         Jalview.getInstance().executeGroovyScript(groovyscript, af);
 719       }
 720     }
 721   }
 722
 723   protected boolean processImages(String id)
 724   {
 725     ArgValuesMap avm = argParser.getLinkedArgs(id);
 726     AlignFrame af = afMap.get(id);
 727
 728     if (af == null)
 729     {
 730       Console.warn("Did not have an alignment window for id=" + id);
 731       return false;
 732     }
 733
 734     if (avm.containsArg(Arg.IMAGE))
 735     {
 736       for (ArgValue av : avm.getArgValueList(Arg.IMAGE))
 737       {
 738         String val = av.getValue();
 739         SubVals subVal = av.getSubVals();
 740         String fileName = subVal.getContent();
 741         File file = new File(fileName);
 742         String name = af.getName();
 743         String renderer = ArgParser.getValueFromSubValOrArg(avm, av,
 744                 Arg.TEXTRENDERER, subVal);
 745         if (renderer == null)
 746           renderer = "text";
 747         String type = "png"; // default
 748
 749         String scale = ArgParser.getValueFromSubValOrArg(avm, av, Arg.SCALE,
 750                 subVal);
 751         String width = ArgParser.getValueFromSubValOrArg(avm, av, Arg.WIDTH,
 752                 subVal);
 753         String height = ArgParser.getValueFromSubValOrArg(avm, av,
 754                 Arg.HEIGHT, subVal);
 755         BitmapImageSizing userBis = ImageMaker
 756                 .parseScaleWidthHeightStrings(scale, width, height);
 757
 758         type = ArgParser.getValueFromSubValOrArg(avm, av, Arg.TYPE, subVal);
 759         if (type == null && fileName != null)
 760         {
 761           for (String ext : new String[] { "svg", "png", "html", "eps" })
 762           {
 763             if (fileName.toLowerCase(Locale.ROOT).endsWith("." + ext))
 764             {
 765               type = ext;
 766             }
 767           }
 768         }
 769         // for moment we disable JSON export
 770         Cache.setPropsAreReadOnly(true);
 771         Cache.setProperty("EXPORT_EMBBED_BIOJSON", "false");
 772
 773         Console.info("Writing " + file);
 774         try {
 775         switch (type)
 776         {
 777
 778         case "svg":
 779           Console.debug("Outputting type '" + type + "' to " + fileName);
 780           af.createSVG(file, renderer);
 781           break;
 782
 783         case "png":
 784           Console.debug("Outputting type '" + type + "' to " + fileName);
 785           af.createPNG(file, null, userBis);
 786           break;
 787
 788         case "html":
 789           Console.debug("Outputting type '" + type + "' to " + fileName);
 790           HtmlSvgOutput htmlSVG = new HtmlSvgOutput(af.alignPanel);
 791           htmlSVG.exportHTML(fileName, renderer);
 792           break;
 793
 794         case "biojs":
 795           Console.debug("Creating BioJS MSA Viwer HTML file: " + fileName);
 796           try
 797           {
 798             BioJsHTMLOutput.refreshVersionInfo(
 799                     BioJsHTMLOutput.BJS_TEMPLATES_LOCAL_DIRECTORY);
 800           } catch (URISyntaxException e)
 801           {
 802             e.printStackTrace();
 803           }
 804           BioJsHTMLOutput bjs = new BioJsHTMLOutput(af.alignPanel);
 805           bjs.exportHTML(fileName);
 806           break;
 807
 808         case "eps":
 809           Console.debug("Creating EPS file: " + fileName);
 810           af.createEPS(file, name);
 811           break;
 812
 813         case "imagemap":
 814           Console.debug("Creating ImageMap file: " + fileName);
 815           af.createImageMap(file, name);
 816           break;
 817
 818         default:
 819           Console.warn(Arg.IMAGE.argString() + " type '" + type
 820                   + "' not known. Ignoring");
 821           break;
 822         }
 823         } catch (Exception ioex) {
 824           Console.warn("Unexpected error during export",ioex);
 825         }
 826       }
 827     }
 828     return true;
 829   }
 830
 831   protected boolean processOutput(String id)
 832   {
 833     ArgValuesMap avm = argParser.getLinkedArgs(id);
 834     AlignFrame af = afMap.get(id);
 835
 836     if (af == null)
 837     {
 838       Console.warn("Did not have an alignment window for id=" + id);
 839       return false;
 840     }
 841
 842     if (avm.containsArg(Arg.OUTPUT))
 843     {
 844       for (ArgValue av : avm.getArgValueList(Arg.OUTPUT))
 845       {
 846         String val = av.getValue();
 847         SubVals subVals = av.getSubVals();
 848         String fileName = subVals.getContent();
 849         File file = new File(fileName);
 850         boolean overwrite = ArgParser.getFromSubValArgOrPref(avm,
 851                 Arg.OVERWRITE, subVals, null, "OVERWRITE_OUTPUT", false);
 852         // backups. Use the Arg.BACKUPS or subval "backups" setting first,
 853         // otherwise if headless assume false, if not headless use the user
 854         // preference with default true.
 855         boolean backups = ArgParser.getFromSubValArgOrPref(avm, Arg.BACKUPS,
 856                 subVals, null,
 857                 Platform.isHeadless() ? null : BackupFiles.ENABLED,
 858                 !Platform.isHeadless());
 859
 860         // if backups is not true then --overwrite must be specified
 861         if (file.exists() && !(overwrite || backups))
 862         {
 863           Console.error("Won't overwrite file '" + fileName + "' without "
 864                   + Arg.OVERWRITE.argString() + " or "
 865                   + Arg.BACKUPS.argString() + " set");
 866           return false;
 867         }
 868
 869         String name = af.getName();
 870         String format = ArgParser.getValueFromSubValOrArg(avm, av,
 871                 Arg.FORMAT, subVals);
 872         FileFormats ffs = FileFormats.getInstance();
 873         List<String> validFormats = ffs.getWritableFormats(false);
 874
 875         FileFormatI ff = null;
 876         if (format == null && fileName != null)
 877         {
 878           FORMAT: for (String fname : validFormats)
 879           {
 880             FileFormatI tff = ffs.forName(fname);
 881             String[] extensions = tff.getExtensions().split(",");
 882             for (String ext : extensions)
 883             {
 884               if (fileName.toLowerCase(Locale.ROOT).endsWith("." + ext))
 885               {
 886                 ff = tff;
 887                 format = ff.getName();
 888                 break FORMAT;
 889               }
 890             }
 891           }
 892         }
 893         if (ff == null && format != null)
 894         {
 895           ff = ffs.forName(format);
 896         }
 897         if (ff == null)
 898         {
 899           StringBuilder validSB = new StringBuilder();
 900           for (String f : validFormats)
 901           {
 902             if (validSB.length() > 0)
 903               validSB.append(", ");
 904             validSB.append(f);
 905             FileFormatI tff = ffs.forName(f);
 906             validSB.append(" (");
 907             validSB.append(tff.getExtensions());
 908             validSB.append(")");
 909           }
 910
 911           Jalview.exit("No valid format specified for "
 912                   + Arg.OUTPUT.argString() + ". Valid formats are "
 913                   + validSB.toString() + ".", 1);
 914           // this return really shouldn't happen
 915           return false;
 916         }
 917
 918         String savedBackupsPreference = Cache
 919                 .getDefault(BackupFiles.ENABLED, null);
 920         Console.debug("Setting backups to " + backups);
 921         Cache.applicationProperties.put(BackupFiles.ENABLED,
 922                 Boolean.toString(backups));
 923
 924         Console.info("Writing " + fileName);
 925
 926         af.saveAlignment(fileName, ff);
 927         Console.debug("Returning backups to " + savedBackupsPreference);
 928         if (savedBackupsPreference != null)
 929           Cache.applicationProperties.put(BackupFiles.ENABLED,
 930                   savedBackupsPreference);
 931         if (af.isSaveAlignmentSuccessful())
 932         {
 933           Console.debug("Written alignment '" + name + "' in "
 934                   + ff.getName() + " format to " + file);
 935         }
 936         else
 937         {
 938           Console.warn("Error writing file " + file + " in " + ff.getName()
 939                   + " format!");
 940         }
 941
 942       }
 943     }
 944     return true;
 945   }
 946
 947   private SequenceI getSpecifiedSequence(AlignFrame af, ArgValuesMap avm,
 948           ArgValue av)
 949   {
 950     SubVals subVals = av.getSubVals();
 951     ArgValue idAv = avm.getClosestNextArgValueOfArg(av, Arg.SEQID);
 952     SequenceI seq = null;
 953     if (subVals == null && idAv == null)
 954       return null;
 955     if (af == null || af.getCurrentView() == null)
 956     {
 957       return null;
 958     }
 959     AlignmentI al = af.getCurrentView().getAlignment();
 960     if (al == null)
 961     {
 962       return null;
 963     }
 964     if (subVals != null)
 965     {
 966       if (subVals.has(Arg.SEQID.getName()))
 967       {
 968         seq = al.findName(subVals.get(Arg.SEQID.getName()));
 969       }
 970       else if (-1 < subVals.getIndex()
 971               && subVals.getIndex() < al.getSequences().size())
 972       {
 973         seq = al.getSequenceAt(subVals.getIndex());
 974       }
 975     }
 976     else if (idAv != null)
 977     {
 978       seq = al.findName(idAv.getValue());
 979     }
 980     return seq;
 981   }
 982 }