src/jalview/binding/JalviewModelSequence.java

   1 /*\r
   2  * This class was automatically generated with \r
   3  * <a href="http://www.castor.org">Castor 0.9.6</a>, using an XML\r
   4  * Schema.\r
   5  * $Id$\r
   6  */\r
   7 \r
   8 package jalview.binding;\r
   9 \r
  10   //---------------------------------/\r
  11  //- Imported classes and packages -/\r
  12 //---------------------------------/\r
  13 \r
  14 import java.io.IOException;\r
  15 import java.io.Reader;\r
  16 import java.io.Serializable;\r
  17 import java.io.Writer;\r
  18 import java.util.Enumeration;\r
  19 import java.util.Vector;\r
  20 import org.exolab.castor.xml.MarshalException;\r
  21 import org.exolab.castor.xml.Marshaller;\r
  22 import org.exolab.castor.xml.Unmarshaller;\r
  23 import org.exolab.castor.xml.ValidationException;\r
  24 import org.xml.sax.ContentHandler;\r
  25 \r
  26 /**\r
  27  * Class JalviewModelSequence.\r
  28  * \r
  29  * @version $Revision$ $Date$\r
  30  */\r
  31 public class JalviewModelSequence implements java.io.Serializable {\r
  32 \r
  33 \r
  34       //--------------------------/\r
  35      //- Class/Member Variables -/\r
  36     //--------------------------/\r
  37 \r
  38     /**\r
  39      * Field _JSeqList\r
  40      */\r
  41     private java.util.Vector _JSeqList;\r
  42 \r
  43     /**\r
  44      * Field _JGroupList\r
  45      */\r
  46     private java.util.Vector _JGroupList;\r
  47 \r
  48     /**\r
  49      * Field _viewportList\r
  50      */\r
  51     private java.util.Vector _viewportList;\r
  52 \r
  53     /**\r
  54      * Field _userColoursList\r
  55      */\r
  56     private java.util.Vector _userColoursList;\r
  57 \r
  58     /**\r
  59      * Field _treeList\r
  60      */\r
  61     private java.util.Vector _treeList;\r
  62 \r
  63 \r
  64       //----------------/\r
  65      //- Constructors -/\r
  66     //----------------/\r
  67 \r
  68     public JalviewModelSequence() {\r
  69         super();\r
  70         _JSeqList = new Vector();\r
  71         _JGroupList = new Vector();\r
  72         _viewportList = new Vector();\r
  73         _userColoursList = new Vector();\r
  74         _treeList = new Vector();\r
  75     } //-- jalview.binding.JalviewModelSequence()\r
  76 \r
  77 \r
  78       //-----------/\r
  79      //- Methods -/\r
  80     //-----------/\r
  81 \r
  82     /**\r
  83      * Method addJGroup\r
  84      * \r
  85      * \r
  86      * \r
  87      * @param vJGroup\r
  88      */\r
  89     public void addJGroup(jalview.binding.JGroup vJGroup)\r
  90         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
  91     {\r
  92         _JGroupList.addElement(vJGroup);\r
  93     } //-- void addJGroup(jalview.binding.JGroup) \r
  94 \r
  95     /**\r
  96      * Method addJGroup\r
  97      * \r
  98      * \r
  99      * \r
 100      * @param index\r
 101      * @param vJGroup\r
 102      */\r
 103     public void addJGroup(int index, jalview.binding.JGroup vJGroup)\r
 104         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 105     {\r
 106         _JGroupList.insertElementAt(vJGroup, index);\r
 107     } //-- void addJGroup(int, jalview.binding.JGroup) \r
 108 \r
 109     /**\r
 110      * Method addJSeq\r
 111      * \r
 112      * \r
 113      * \r
 114      * @param vJSeq\r
 115      */\r
 116     public void addJSeq(jalview.binding.JSeq vJSeq)\r
 117         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 118     {\r
 119         _JSeqList.addElement(vJSeq);\r
 120     } //-- void addJSeq(jalview.binding.JSeq) \r
 121 \r
 122     /**\r
 123      * Method addJSeq\r
 124      * \r
 125      * \r
 126      * \r
 127      * @param index\r
 128      * @param vJSeq\r
 129      */\r
 130     public void addJSeq(int index, jalview.binding.JSeq vJSeq)\r
 131         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 132     {\r
 133         _JSeqList.insertElementAt(vJSeq, index);\r
 134     } //-- void addJSeq(int, jalview.binding.JSeq) \r
 135 \r
 136     /**\r
 137      * Method addTree\r
 138      * \r
 139      * \r
 140      * \r
 141      * @param vTree\r
 142      */\r
 143     public void addTree(jalview.binding.Tree vTree)\r
 144         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 145     {\r
 146         _treeList.addElement(vTree);\r
 147     } //-- void addTree(jalview.binding.Tree) \r
 148 \r
 149     /**\r
 150      * Method addTree\r
 151      * \r
 152      * \r
 153      * \r
 154      * @param index\r
 155      * @param vTree\r
 156      */\r
 157     public void addTree(int index, jalview.binding.Tree vTree)\r
 158         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 159     {\r
 160         _treeList.insertElementAt(vTree, index);\r
 161     } //-- void addTree(int, jalview.binding.Tree) \r
 162 \r
 163     /**\r
 164      * Method addUserColours\r
 165      * \r
 166      * \r
 167      * \r
 168      * @param vUserColours\r
 169      */\r
 170     public void addUserColours(jalview.binding.UserColours vUserColours)\r
 171         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 172     {\r
 173         _userColoursList.addElement(vUserColours);\r
 174     } //-- void addUserColours(jalview.binding.UserColours) \r
 175 \r
 176     /**\r
 177      * Method addUserColours\r
 178      * \r
 179      * \r
 180      * \r
 181      * @param index\r
 182      * @param vUserColours\r
 183      */\r
 184     public void addUserColours(int index, jalview.binding.UserColours vUserColours)\r
 185         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 186     {\r
 187         _userColoursList.insertElementAt(vUserColours, index);\r
 188     } //-- void addUserColours(int, jalview.binding.UserColours) \r
 189 \r
 190     /**\r
 191      * Method addViewport\r
 192      * \r
 193      * \r
 194      * \r
 195      * @param vViewport\r
 196      */\r
 197     public void addViewport(jalview.binding.Viewport vViewport)\r
 198         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 199     {\r
 200         _viewportList.addElement(vViewport);\r
 201     } //-- void addViewport(jalview.binding.Viewport) \r
 202 \r
 203     /**\r
 204      * Method addViewport\r
 205      * \r
 206      * \r
 207      * \r
 208      * @param index\r
 209      * @param vViewport\r
 210      */\r
 211     public void addViewport(int index, jalview.binding.Viewport vViewport)\r
 212         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 213     {\r
 214         _viewportList.insertElementAt(vViewport, index);\r
 215     } //-- void addViewport(int, jalview.binding.Viewport) \r
 216 \r
 217     /**\r
 218      * Method enumerateJGroup\r
 219      * \r
 220      * \r
 221      * \r
 222      * @return Enumeration\r
 223      */\r
 224     public java.util.Enumeration enumerateJGroup()\r
 225     {\r
 226         return _JGroupList.elements();\r
 227     } //-- java.util.Enumeration enumerateJGroup() \r
 228 \r
 229     /**\r
 230      * Method enumerateJSeq\r
 231      * \r
 232      * \r
 233      * \r
 234      * @return Enumeration\r
 235      */\r
 236     public java.util.Enumeration enumerateJSeq()\r
 237     {\r
 238         return _JSeqList.elements();\r
 239     } //-- java.util.Enumeration enumerateJSeq() \r
 240 \r
 241     /**\r
 242      * Method enumerateTree\r
 243      * \r
 244      * \r
 245      * \r
 246      * @return Enumeration\r
 247      */\r
 248     public java.util.Enumeration enumerateTree()\r
 249     {\r
 250         return _treeList.elements();\r
 251     } //-- java.util.Enumeration enumerateTree() \r
 252 \r
 253     /**\r
 254      * Method enumerateUserColours\r
 255      * \r
 256      * \r
 257      * \r
 258      * @return Enumeration\r
 259      */\r
 260     public java.util.Enumeration enumerateUserColours()\r
 261     {\r
 262         return _userColoursList.elements();\r
 263     } //-- java.util.Enumeration enumerateUserColours() \r
 264 \r
 265     /**\r
 266      * Method enumerateViewport\r
 267      * \r
 268      * \r
 269      * \r
 270      * @return Enumeration\r
 271      */\r
 272     public java.util.Enumeration enumerateViewport()\r
 273     {\r
 274         return _viewportList.elements();\r
 275     } //-- java.util.Enumeration enumerateViewport() \r
 276 \r
 277     /**\r
 278      * Method getJGroup\r
 279      * \r
 280      * \r
 281      * \r
 282      * @param index\r
 283      * @return JGroup\r
 284      */\r
 285     public jalview.binding.JGroup getJGroup(int index)\r
 286         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 287     {\r
 288         //-- check bounds for index\r
 289         if ((index < 0) || (index > _JGroupList.size())) {\r
 290             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 291         }\r
 292         \r
 293         return (jalview.binding.JGroup) _JGroupList.elementAt(index);\r
 294     } //-- jalview.binding.JGroup getJGroup(int) \r
 295 \r
 296     /**\r
 297      * Method getJGroup\r
 298      * \r
 299      * \r
 300      * \r
 301      * @return JGroup\r
 302      */\r
 303     public jalview.binding.JGroup[] getJGroup()\r
 304     {\r
 305         int size = _JGroupList.size();\r
 306         jalview.binding.JGroup[] mArray = new jalview.binding.JGroup[size];\r
 307         for (int index = 0; index < size; index++) {\r
 308             mArray[index] = (jalview.binding.JGroup) _JGroupList.elementAt(index);\r
 309         }\r
 310         return mArray;\r
 311     } //-- jalview.binding.JGroup[] getJGroup() \r
 312 \r
 313     /**\r
 314      * Method getJGroupCount\r
 315      * \r
 316      * \r
 317      * \r
 318      * @return int\r
 319      */\r
 320     public int getJGroupCount()\r
 321     {\r
 322         return _JGroupList.size();\r
 323     } //-- int getJGroupCount() \r
 324 \r
 325     /**\r
 326      * Method getJSeq\r
 327      * \r
 328      * \r
 329      * \r
 330      * @param index\r
 331      * @return JSeq\r
 332      */\r
 333     public jalview.binding.JSeq getJSeq(int index)\r
 334         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 335     {\r
 336         //-- check bounds for index\r
 337         if ((index < 0) || (index > _JSeqList.size())) {\r
 338             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 339         }\r
 340         \r
 341         return (jalview.binding.JSeq) _JSeqList.elementAt(index);\r
 342     } //-- jalview.binding.JSeq getJSeq(int) \r
 343 \r
 344     /**\r
 345      * Method getJSeq\r
 346      * \r
 347      * \r
 348      * \r
 349      * @return JSeq\r
 350      */\r
 351     public jalview.binding.JSeq[] getJSeq()\r
 352     {\r
 353         int size = _JSeqList.size();\r
 354         jalview.binding.JSeq[] mArray = new jalview.binding.JSeq[size];\r
 355         for (int index = 0; index < size; index++) {\r
 356             mArray[index] = (jalview.binding.JSeq) _JSeqList.elementAt(index);\r
 357         }\r
 358         return mArray;\r
 359     } //-- jalview.binding.JSeq[] getJSeq() \r
 360 \r
 361     /**\r
 362      * Method getJSeqCount\r
 363      * \r
 364      * \r
 365      * \r
 366      * @return int\r
 367      */\r
 368     public int getJSeqCount()\r
 369     {\r
 370         return _JSeqList.size();\r
 371     } //-- int getJSeqCount() \r
 372 \r
 373     /**\r
 374      * Method getTree\r
 375      * \r
 376      * \r
 377      * \r
 378      * @param index\r
 379      * @return Tree\r
 380      */\r
 381     public jalview.binding.Tree getTree(int index)\r
 382         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 383     {\r
 384         //-- check bounds for index\r
 385         if ((index < 0) || (index > _treeList.size())) {\r
 386             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 387         }\r
 388         \r
 389         return (jalview.binding.Tree) _treeList.elementAt(index);\r
 390     } //-- jalview.binding.Tree getTree(int) \r
 391 \r
 392     /**\r
 393      * Method getTree\r
 394      * \r
 395      * \r
 396      * \r
 397      * @return Tree\r
 398      */\r
 399     public jalview.binding.Tree[] getTree()\r
 400     {\r
 401         int size = _treeList.size();\r
 402         jalview.binding.Tree[] mArray = new jalview.binding.Tree[size];\r
 403         for (int index = 0; index < size; index++) {\r
 404             mArray[index] = (jalview.binding.Tree) _treeList.elementAt(index);\r
 405         }\r
 406         return mArray;\r
 407     } //-- jalview.binding.Tree[] getTree() \r
 408 \r
 409     /**\r
 410      * Method getTreeCount\r
 411      * \r
 412      * \r
 413      * \r
 414      * @return int\r
 415      */\r
 416     public int getTreeCount()\r
 417     {\r
 418         return _treeList.size();\r
 419     } //-- int getTreeCount() \r
 420 \r
 421     /**\r
 422      * Method getUserColours\r
 423      * \r
 424      * \r
 425      * \r
 426      * @param index\r
 427      * @return UserColours\r
 428      */\r
 429     public jalview.binding.UserColours getUserColours(int index)\r
 430         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 431     {\r
 432         //-- check bounds for index\r
 433         if ((index < 0) || (index > _userColoursList.size())) {\r
 434             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 435         }\r
 436         \r
 437         return (jalview.binding.UserColours) _userColoursList.elementAt(index);\r
 438     } //-- jalview.binding.UserColours getUserColours(int) \r
 439 \r
 440     /**\r
 441      * Method getUserColours\r
 442      * \r
 443      * \r
 444      * \r
 445      * @return UserColours\r
 446      */\r
 447     public jalview.binding.UserColours[] getUserColours()\r
 448     {\r
 449         int size = _userColoursList.size();\r
 450         jalview.binding.UserColours[] mArray = new jalview.binding.UserColours[size];\r
 451         for (int index = 0; index < size; index++) {\r
 452             mArray[index] = (jalview.binding.UserColours) _userColoursList.elementAt(index);\r
 453         }\r
 454         return mArray;\r
 455     } //-- jalview.binding.UserColours[] getUserColours() \r
 456 \r
 457     /**\r
 458      * Method getUserColoursCount\r
 459      * \r
 460      * \r
 461      * \r
 462      * @return int\r
 463      */\r
 464     public int getUserColoursCount()\r
 465     {\r
 466         return _userColoursList.size();\r
 467     } //-- int getUserColoursCount() \r
 468 \r
 469     /**\r
 470      * Method getViewport\r
 471      * \r
 472      * \r
 473      * \r
 474      * @param index\r
 475      * @return Viewport\r
 476      */\r
 477     public jalview.binding.Viewport getViewport(int index)\r
 478         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 479     {\r
 480         //-- check bounds for index\r
 481         if ((index < 0) || (index > _viewportList.size())) {\r
 482             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 483         }\r
 484         \r
 485         return (jalview.binding.Viewport) _viewportList.elementAt(index);\r
 486     } //-- jalview.binding.Viewport getViewport(int) \r
 487 \r
 488     /**\r
 489      * Method getViewport\r
 490      * \r
 491      * \r
 492      * \r
 493      * @return Viewport\r
 494      */\r
 495     public jalview.binding.Viewport[] getViewport()\r
 496     {\r
 497         int size = _viewportList.size();\r
 498         jalview.binding.Viewport[] mArray = new jalview.binding.Viewport[size];\r
 499         for (int index = 0; index < size; index++) {\r
 500             mArray[index] = (jalview.binding.Viewport) _viewportList.elementAt(index);\r
 501         }\r
 502         return mArray;\r
 503     } //-- jalview.binding.Viewport[] getViewport() \r
 504 \r
 505     /**\r
 506      * Method getViewportCount\r
 507      * \r
 508      * \r
 509      * \r
 510      * @return int\r
 511      */\r
 512     public int getViewportCount()\r
 513     {\r
 514         return _viewportList.size();\r
 515     } //-- int getViewportCount() \r
 516 \r
 517     /**\r
 518      * Method isValid\r
 519      * \r
 520      * \r
 521      * \r
 522      * @return boolean\r
 523      */\r
 524     public boolean isValid()\r
 525     {\r
 526         try {\r
 527             validate();\r
 528         }\r
 529         catch (org.exolab.castor.xml.ValidationException vex) {\r
 530             return false;\r
 531         }\r
 532         return true;\r
 533     } //-- boolean isValid() \r
 534 \r
 535     /**\r
 536      * Method marshal\r
 537      * \r
 538      * \r
 539      * \r
 540      * @param out\r
 541      */\r
 542     public void marshal(java.io.Writer out)\r
 543         throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 544     {\r
 545         \r
 546         Marshaller.marshal(this, out);\r
 547     } //-- void marshal(java.io.Writer) \r
 548 \r
 549     /**\r
 550      * Method marshal\r
 551      * \r
 552      * \r
 553      * \r
 554      * @param handler\r
 555      */\r
 556     public void marshal(org.xml.sax.ContentHandler handler)\r
 557         throws java.io.IOException, org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 558     {\r
 559         \r
 560         Marshaller.marshal(this, handler);\r
 561     } //-- void marshal(org.xml.sax.ContentHandler) \r
 562 \r
 563     /**\r
 564      * Method removeAllJGroup\r
 565      * \r
 566      */\r
 567     public void removeAllJGroup()\r
 568     {\r
 569         _JGroupList.removeAllElements();\r
 570     } //-- void removeAllJGroup() \r
 571 \r
 572     /**\r
 573      * Method removeAllJSeq\r
 574      * \r
 575      */\r
 576     public void removeAllJSeq()\r
 577     {\r
 578         _JSeqList.removeAllElements();\r
 579     } //-- void removeAllJSeq() \r
 580 \r
 581     /**\r
 582      * Method removeAllTree\r
 583      * \r
 584      */\r
 585     public void removeAllTree()\r
 586     {\r
 587         _treeList.removeAllElements();\r
 588     } //-- void removeAllTree() \r
 589 \r
 590     /**\r
 591      * Method removeAllUserColours\r
 592      * \r
 593      */\r
 594     public void removeAllUserColours()\r
 595     {\r
 596         _userColoursList.removeAllElements();\r
 597     } //-- void removeAllUserColours() \r
 598 \r
 599     /**\r
 600      * Method removeAllViewport\r
 601      * \r
 602      */\r
 603     public void removeAllViewport()\r
 604     {\r
 605         _viewportList.removeAllElements();\r
 606     } //-- void removeAllViewport() \r
 607 \r
 608     /**\r
 609      * Method removeJGroup\r
 610      * \r
 611      * \r
 612      * \r
 613      * @param index\r
 614      * @return JGroup\r
 615      */\r
 616     public jalview.binding.JGroup removeJGroup(int index)\r
 617     {\r
 618         java.lang.Object obj = _JGroupList.elementAt(index);\r
 619         _JGroupList.removeElementAt(index);\r
 620         return (jalview.binding.JGroup) obj;\r
 621     } //-- jalview.binding.JGroup removeJGroup(int) \r
 622 \r
 623     /**\r
 624      * Method removeJSeq\r
 625      * \r
 626      * \r
 627      * \r
 628      * @param index\r
 629      * @return JSeq\r
 630      */\r
 631     public jalview.binding.JSeq removeJSeq(int index)\r
 632     {\r
 633         java.lang.Object obj = _JSeqList.elementAt(index);\r
 634         _JSeqList.removeElementAt(index);\r
 635         return (jalview.binding.JSeq) obj;\r
 636     } //-- jalview.binding.JSeq removeJSeq(int) \r
 637 \r
 638     /**\r
 639      * Method removeTree\r
 640      * \r
 641      * \r
 642      * \r
 643      * @param index\r
 644      * @return Tree\r
 645      */\r
 646     public jalview.binding.Tree removeTree(int index)\r
 647     {\r
 648         java.lang.Object obj = _treeList.elementAt(index);\r
 649         _treeList.removeElementAt(index);\r
 650         return (jalview.binding.Tree) obj;\r
 651     } //-- jalview.binding.Tree removeTree(int) \r
 652 \r
 653     /**\r
 654      * Method removeUserColours\r
 655      * \r
 656      * \r
 657      * \r
 658      * @param index\r
 659      * @return UserColours\r
 660      */\r
 661     public jalview.binding.UserColours removeUserColours(int index)\r
 662     {\r
 663         java.lang.Object obj = _userColoursList.elementAt(index);\r
 664         _userColoursList.removeElementAt(index);\r
 665         return (jalview.binding.UserColours) obj;\r
 666     } //-- jalview.binding.UserColours removeUserColours(int) \r
 667 \r
 668     /**\r
 669      * Method removeViewport\r
 670      * \r
 671      * \r
 672      * \r
 673      * @param index\r
 674      * @return Viewport\r
 675      */\r
 676     public jalview.binding.Viewport removeViewport(int index)\r
 677     {\r
 678         java.lang.Object obj = _viewportList.elementAt(index);\r
 679         _viewportList.removeElementAt(index);\r
 680         return (jalview.binding.Viewport) obj;\r
 681     } //-- jalview.binding.Viewport removeViewport(int) \r
 682 \r
 683     /**\r
 684      * Method setJGroup\r
 685      * \r
 686      * \r
 687      * \r
 688      * @param index\r
 689      * @param vJGroup\r
 690      */\r
 691     public void setJGroup(int index, jalview.binding.JGroup vJGroup)\r
 692         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 693     {\r
 694         //-- check bounds for index\r
 695         if ((index < 0) || (index > _JGroupList.size())) {\r
 696             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 697         }\r
 698         _JGroupList.setElementAt(vJGroup, index);\r
 699     } //-- void setJGroup(int, jalview.binding.JGroup) \r
 700 \r
 701     /**\r
 702      * Method setJGroup\r
 703      * \r
 704      * \r
 705      * \r
 706      * @param JGroupArray\r
 707      */\r
 708     public void setJGroup(jalview.binding.JGroup[] JGroupArray)\r
 709     {\r
 710         //-- copy array\r
 711         _JGroupList.removeAllElements();\r
 712         for (int i = 0; i < JGroupArray.length; i++) {\r
 713             _JGroupList.addElement(JGroupArray[i]);\r
 714         }\r
 715     } //-- void setJGroup(jalview.binding.JGroup) \r
 716 \r
 717     /**\r
 718      * Method setJSeq\r
 719      * \r
 720      * \r
 721      * \r
 722      * @param index\r
 723      * @param vJSeq\r
 724      */\r
 725     public void setJSeq(int index, jalview.binding.JSeq vJSeq)\r
 726         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 727     {\r
 728         //-- check bounds for index\r
 729         if ((index < 0) || (index > _JSeqList.size())) {\r
 730             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 731         }\r
 732         _JSeqList.setElementAt(vJSeq, index);\r
 733     } //-- void setJSeq(int, jalview.binding.JSeq) \r
 734 \r
 735     /**\r
 736      * Method setJSeq\r
 737      * \r
 738      * \r
 739      * \r
 740      * @param JSeqArray\r
 741      */\r
 742     public void setJSeq(jalview.binding.JSeq[] JSeqArray)\r
 743     {\r
 744         //-- copy array\r
 745         _JSeqList.removeAllElements();\r
 746         for (int i = 0; i < JSeqArray.length; i++) {\r
 747             _JSeqList.addElement(JSeqArray[i]);\r
 748         }\r
 749     } //-- void setJSeq(jalview.binding.JSeq) \r
 750 \r
 751     /**\r
 752      * Method setTree\r
 753      * \r
 754      * \r
 755      * \r
 756      * @param index\r
 757      * @param vTree\r
 758      */\r
 759     public void setTree(int index, jalview.binding.Tree vTree)\r
 760         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 761     {\r
 762         //-- check bounds for index\r
 763         if ((index < 0) || (index > _treeList.size())) {\r
 764             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 765         }\r
 766         _treeList.setElementAt(vTree, index);\r
 767     } //-- void setTree(int, jalview.binding.Tree) \r
 768 \r
 769     /**\r
 770      * Method setTree\r
 771      * \r
 772      * \r
 773      * \r
 774      * @param treeArray\r
 775      */\r
 776     public void setTree(jalview.binding.Tree[] treeArray)\r
 777     {\r
 778         //-- copy array\r
 779         _treeList.removeAllElements();\r
 780         for (int i = 0; i < treeArray.length; i++) {\r
 781             _treeList.addElement(treeArray[i]);\r
 782         }\r
 783     } //-- void setTree(jalview.binding.Tree) \r
 784 \r
 785     /**\r
 786      * Method setUserColours\r
 787      * \r
 788      * \r
 789      * \r
 790      * @param index\r
 791      * @param vUserColours\r
 792      */\r
 793     public void setUserColours(int index, jalview.binding.UserColours vUserColours)\r
 794         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 795     {\r
 796         //-- check bounds for index\r
 797         if ((index < 0) || (index > _userColoursList.size())) {\r
 798             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 799         }\r
 800         _userColoursList.setElementAt(vUserColours, index);\r
 801     } //-- void setUserColours(int, jalview.binding.UserColours) \r
 802 \r
 803     /**\r
 804      * Method setUserColours\r
 805      * \r
 806      * \r
 807      * \r
 808      * @param userColoursArray\r
 809      */\r
 810     public void setUserColours(jalview.binding.UserColours[] userColoursArray)\r
 811     {\r
 812         //-- copy array\r
 813         _userColoursList.removeAllElements();\r
 814         for (int i = 0; i < userColoursArray.length; i++) {\r
 815             _userColoursList.addElement(userColoursArray[i]);\r
 816         }\r
 817     } //-- void setUserColours(jalview.binding.UserColours) \r
 818 \r
 819     /**\r
 820      * Method setViewport\r
 821      * \r
 822      * \r
 823      * \r
 824      * @param index\r
 825      * @param vViewport\r
 826      */\r
 827     public void setViewport(int index, jalview.binding.Viewport vViewport)\r
 828         throws java.lang.IndexOutOfBoundsException\r
 829     {\r
 830         //-- check bounds for index\r
 831         if ((index < 0) || (index > _viewportList.size())) {\r
 832             throw new IndexOutOfBoundsException();\r
 833         }\r
 834         _viewportList.setElementAt(vViewport, index);\r
 835     } //-- void setViewport(int, jalview.binding.Viewport) \r
 836 \r
 837     /**\r
 838      * Method setViewport\r
 839      * \r
 840      * \r
 841      * \r
 842      * @param viewportArray\r
 843      */\r
 844     public void setViewport(jalview.binding.Viewport[] viewportArray)\r
 845     {\r
 846         //-- copy array\r
 847         _viewportList.removeAllElements();\r
 848         for (int i = 0; i < viewportArray.length; i++) {\r
 849             _viewportList.addElement(viewportArray[i]);\r
 850         }\r
 851     } //-- void setViewport(jalview.binding.Viewport) \r
 852 \r
 853     /**\r
 854      * Method unmarshal\r
 855      * \r
 856      * \r
 857      * \r
 858      * @param reader\r
 859      * @return Object\r
 860      */\r
 861     public static java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader reader)\r
 862         throws org.exolab.castor.xml.MarshalException, org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 863     {\r
 864         return (jalview.binding.JalviewModelSequence) Unmarshaller.unmarshal(jalview.binding.JalviewModelSequence.class, reader);\r
 865     } //-- java.lang.Object unmarshal(java.io.Reader) \r
 866 \r
 867     /**\r
 868      * Method validate\r
 869      * \r
 870      */\r
 871     public void validate()\r
 872         throws org.exolab.castor.xml.ValidationException\r
 873     {\r
 874         org.exolab.castor.xml.Validator validator = new org.exolab.castor.xml.Validator();\r
 875         validator.validate(this);\r
 876     } //-- void validate() \r
 877 \r
 878 }\r