src/jalview/commands/RemoveGapsCommand.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.8.2)
   3  * Copyright (C) 2014 The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.commands;
  22
  23 /*
  24  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer Copyright (C) 2007 AM
  25  * Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
  26  *
  27  * This program is free software; you can redistribute it and/or modify it under
  28  * the terms of the GNU General Public License as published by the Free Software
  29  * Foundation; either version 2 of the License, or (at your option) any later
  30  * version.
  31  *
  32  * This program is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT
  33  * ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS
  34  * FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU General Public License for more
  35  * details.
  36  *
  37  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with
  38  * this program; if not, write to the Free Software Foundation, Inc., 51
  39  * Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  40  */
  41
  42 import jalview.datamodel.*;
  43
  44 public class RemoveGapsCommand extends EditCommand
  45 {
  46   public RemoveGapsCommand(String description, SequenceI[] seqs,
  47           AlignmentI al)
  48   {
  49     this.description = description;
  50     int width = 0;
  51     for (int i = 0; i < seqs.length; i++)
  52     {
  53       if (seqs[i].getLength() > width)
  54       {
  55         width = seqs[i].getLength();
  56       }
  57     }
  58
  59     findGaps(seqs, 0, width, al);
  60   }
  61
  62   public RemoveGapsCommand(String description, SequenceI[] seqs, int start,
  63           int end, AlignmentI al)
  64   {
  65     this.description = description;
  66     findGaps(seqs, start, end, al);
  67   }
  68
  69   void findGaps(SequenceI[] seqs, int start, int end, AlignmentI al)
  70   {
  71
  72     int startCol = -1, endCol = -1;
  73     int deletedCols = 0;
  74
  75     int j, jSize;
  76
  77     edits = new Edit[0];
  78
  79     boolean delete = true;
  80     char[] sequence;
  81
  82     for (int s = 0; s < seqs.length; s++)
  83     {
  84       deletedCols = 0;
  85       startCol = -1;
  86       endCol = -1;
  87       sequence = seqs[s].getSequence(start, end + 1);
  88
  89       jSize = sequence.length;
  90       for (j = 0; j < jSize; j++)
  91       {
  92         delete = true;
  93
  94         if (!jalview.util.Comparison.isGap(sequence[j]))
  95         {
  96           if (delete)
  97           {
  98             endCol = j;
  99           }
 100
 101           delete = false;
 102         }
 103
 104         if (delete && startCol == -1)
 105         {
 106           startCol = j;
 107         }
 108
 109         if (!delete && startCol > -1)
 110         {
 111           this.appendEdit(DELETE_GAP, new SequenceI[]
 112           { seqs[s] }, start + startCol - deletedCols, endCol - startCol,
 113                   al, false, null);
 114
 115           deletedCols += (endCol - startCol);
 116           startCol = -1;
 117           endCol = -1;
 118         }
 119       }
 120       if (delete && startCol > -1)
 121       {
 122         this.appendEdit(DELETE_GAP, new SequenceI[]
 123         { seqs[s] }, start + startCol - deletedCols, jSize - startCol, al,
 124                 false, null);
 125       }
 126
 127     }
 128
 129     performEdit(0, null);
 130   }
 131
 132 }