src/jalview/controller/AlignViewController.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.controller;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignmentSorter;
  24 import jalview.api.AlignViewControllerGuiI;
  25 import jalview.api.AlignViewControllerI;
  26 import jalview.api.AlignViewportI;
  27 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  28 import jalview.api.FeatureRenderer;
  29 import jalview.commands.OrderCommand;
  30 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  31 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  32 import jalview.datamodel.SequenceCollectionI;
  33 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  34 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  35 import jalview.datamodel.SequenceI;
  36 import jalview.io.DataSourceType;
  37 import jalview.io.FeaturesFile;
  38 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  39 import jalview.util.MessageManager;
  40
  41 import java.awt.Color;
  42 import java.util.BitSet;
  43 import java.util.List;
  44
  45 public class AlignViewController implements AlignViewControllerI
  46 {
  47   AlignViewportI viewport = null;
  48
  49   AlignmentViewPanel alignPanel = null;
  50
  51   /**
  52    * the GUI container that is handling interactions with the user
  53    */
  54   private AlignViewControllerGuiI avcg;
  55
  56   public AlignViewController(AlignViewControllerGuiI alignFrame,
  57           AlignViewportI vp, AlignmentViewPanel ap)
  58   {
  59     this.avcg = alignFrame;
  60     this.viewport = vp;
  61     this.alignPanel = ap;
  62   }
  63
  64   @Override
  65   public void setViewportAndAlignmentPanel(AlignViewportI vp,
  66           AlignmentViewPanel ap)
  67   {
  68     this.alignPanel = ap;
  69     this.viewport = vp;
  70   }
  71
  72   @Override
  73   public boolean makeGroupsFromSelection()
  74   {
  75     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();
  76     ColumnSelection cs = viewport.getColumnSelection();
  77     SequenceGroup[] gps = null;
  78     if (sg != null && (cs == null || cs.isEmpty()))
  79     {
  80       gps = jalview.analysis.Grouping.makeGroupsFrom(
  81               viewport.getSequenceSelection(),
  82               viewport.getAlignmentView(true)
  83                       .getSequenceStrings(viewport.getGapCharacter()),
  84               viewport.getAlignment().getGroups());
  85     }
  86     else
  87     {
  88       if (cs != null)
  89       {
  90         gps = jalview.analysis.Grouping.makeGroupsFromCols(
  91                 (sg == null) ? viewport.getAlignment().getSequencesArray()
  92                         : sg.getSequences().toArray(new SequenceI[0]),
  93                 cs, viewport.getAlignment().getGroups());
  94       }
  95     }
  96     if (gps != null)
  97     {
  98       viewport.getAlignment().deleteAllGroups();
  99       viewport.clearSequenceColours();
 100       viewport.setSelectionGroup(null);
 101       ColourSchemeI colours = viewport.getGlobalColourScheme();
 102       // set view properties for each group
 103       for (int g = 0; g < gps.length; g++)
 104       {
 105         // gps[g].setShowunconserved(viewport.getShowUnconserved());
 106         gps[g].setshowSequenceLogo(viewport.isShowSequenceLogo());
 107         viewport.getAlignment().addGroup(gps[g]);
 108         if (colours != null)
 109         {
 110           gps[g].setColourScheme(colours.getInstance(viewport, gps[g]));
 111         }
 112         Color col = new Color((int) (Math.random() * 255),
 113                 (int) (Math.random() * 255), (int) (Math.random() * 255));
 114         gps[g].idColour = col;
 115         viewport.setUpdateStructures(true);
 116         viewport.addSequenceGroup(gps[g]);
 117       }
 118       return true;
 119     }
 120     return false;
 121   }
 122
 123   @Override
 124   public boolean createGroup()
 125   {
 126
 127     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();
 128     if (sg != null)
 129     {
 130       viewport.getAlignment().addGroup(sg);
 131       return true;
 132     }
 133     return false;
 134   }
 135
 136   @Override
 137   public boolean unGroup()
 138   {
 139     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();
 140     if (sg != null)
 141     {
 142       viewport.getAlignment().deleteGroup(sg);
 143       return true;
 144     }
 145     return false;
 146   }
 147
 148   @Override
 149   public boolean deleteGroups()
 150   {
 151     if (viewport.getAlignment().getGroups() != null
 152             && viewport.getAlignment().getGroups().size() > 0)
 153     {
 154       viewport.getAlignment().deleteAllGroups();
 155       viewport.clearSequenceColours();
 156       viewport.setSelectionGroup(null);
 157       return true;
 158     }
 159     return false;
 160   }
 161
 162   @Override
 163   public boolean markColumnsContainingFeatures(boolean invert,
 164           boolean extendCurrent, boolean toggle, String featureType)
 165   {
 166     // JBPNote this routine could also mark rows, not just columns.
 167     // need a decent query structure to allow all types of feature searches
 168     BitSet bs = new BitSet();
 169     boolean searchSelection = viewport.getSelectionGroup() != null
 170             && !extendCurrent;
 171     SequenceCollectionI sqcol = searchSelection ? viewport
 172             .getSelectionGroup() : viewport.getAlignment();
 173
 174     int nseq = findColumnsWithFeature(featureType, sqcol, bs);
 175
 176     ColumnSelection cs = viewport.getColumnSelection();
 177     if (cs == null)
 178     {
 179       cs = new ColumnSelection();
 180     }
 181
 182     if (bs.cardinality() > 0 || invert)
 183     {
 184       boolean changed = cs.markColumns(bs, sqcol.getStartRes(),
 185               sqcol.getEndRes(), invert, extendCurrent, toggle);
 186       if (changed)
 187       {
 188         viewport.setColumnSelection(cs);
 189         alignPanel.paintAlignment(false, false);
 190         int columnCount = invert
 191                 ? (sqcol.getEndRes() - sqcol.getStartRes() + 1)
 192                         - bs.cardinality()
 193                 : bs.cardinality();
 194         avcg.setStatus(MessageManager.formatMessage(
 195                 "label.view_controller_toggled_marked", new String[]
 196                 { toggle ? MessageManager.getString("label.toggled")
 197                         : MessageManager.getString("label.marked"),
 198                     String.valueOf(columnCount),
 199                     invert ? MessageManager
 200                             .getString("label.not_containing")
 201                             : MessageManager.getString("label.containing"),
 202                     featureType, Integer.valueOf(nseq).toString() }));
 203         return true;
 204       }
 205     }
 206     else
 207     {
 208       String key = searchSelection ? "label.no_feature_found_selection"
 209               : "label.no_feature_of_type_found";
 210       avcg.setStatus(MessageManager.formatMessage(key,
 211               new String[] { featureType }));
 212       if (!extendCurrent)
 213       {
 214         cs.clear();
 215         alignPanel.paintAlignment(false, false);
 216       }
 217     }
 218     return false;
 219   }
 220
 221   /**
 222    * Sets a bit in the BitSet for each column (base 0) in the sequence
 223    * collection which includes a visible feature of the specified feature type.
 224    * Returns the number of sequences which have the feature visible in the
 225    * selected range.
 226    *
 227    * @param featureType
 228    * @param sqcol
 229    * @param bs
 230    * @return
 231    */
 232   int findColumnsWithFeature(String featureType,
 233           SequenceCollectionI sqcol, BitSet bs)
 234   {
 235     FeatureRenderer fr = alignPanel == null ? null : alignPanel
 236             .getFeatureRenderer();
 237
 238     final int startColumn = sqcol.getStartRes() + 1; // converted to base 1
 239     final int endColumn = sqcol.getEndRes() + 1;
 240     List<SequenceI> seqs = sqcol.getSequences();
 241     int nseq = 0;
 242     for (SequenceI sq : seqs)
 243     {
 244       if (sq != null)
 245       {
 246         // int ist = sq.findPosition(sqcol.getStartRes());
 247         List<SequenceFeature> sfs = sq.findFeatures(startColumn,
 248                 endColumn, featureType);
 249
 250         boolean found = false;
 251         for (SequenceFeature sf : sfs)
 252         {
 253           if (fr.getColour(sf) == null)
 254           {
 255             continue;
 256           }
 257           if (!found)
 258           {
 259             nseq++;
 260           }
 261           found = true;
 262
 263           int sfStartCol = sq.findIndex(sf.getBegin());
 264           int sfEndCol = sq.findIndex(sf.getEnd());
 265
 266           if (sf.isContactFeature())
 267           {
 268             /*
 269              * 'contact' feature - check for 'start' or 'end'
 270              * position within the selected region
 271              */
 272             if (sfStartCol >= startColumn && sfStartCol <= endColumn)
 273             {
 274               bs.set(sfStartCol - 1);
 275             }
 276             if (sfEndCol >= startColumn && sfEndCol <= endColumn)
 277             {
 278               bs.set(sfEndCol - 1);
 279             }
 280             continue;
 281           }
 282
 283           /*
 284            * contiguous feature - select feature positions (if any)
 285            * within the selected region
 286            */
 287           if (sfStartCol < startColumn)
 288           {
 289             sfStartCol = startColumn;
 290           }
 291           // not sure what the point of this is
 292           // if (sfStartCol < ist)
 293           // {
 294           // sfStartCol = ist;
 295           // }
 296           if (sfEndCol > endColumn)
 297           {
 298             sfEndCol = endColumn;
 299           }
 300           for (; sfStartCol <= sfEndCol; sfStartCol++)
 301           {
 302             bs.set(sfStartCol - 1); // convert to base 0
 303           }
 304         }
 305       }
 306     }
 307     return nseq;
 308   }
 309
 310   @Override
 311   public void sortAlignmentByFeatureDensity(List<String> typ)
 312   {
 313     String methodText = MessageManager.getString("label.sort_by_density");
 314     sortByFeatures(typ, methodText, AlignmentSorter.FEATURE_DENSITY);
 315   }
 316
 317   /**
 318    * Sorts the alignment (or current selection) by either average score or density
 319    * of the specified feature types, and adds to the command history. If
 320    * {@code types} is null, all visible feature types are used for the sort. If no
 321    * feature types apply, does nothing.
 322    *
 323    * @param types
 324    * @param methodText
 325    *                     - text shown in Undo/Redo command
 326    * @param method
 327    *                     - passed to
 328    *                     jalview.analysis.AlignmentSorter.sortByFeatures()
 329    */
 330   protected void sortByFeatures(List<String> types, String methodText,
 331           final String method)
 332   {
 333     FeatureRenderer fr = alignPanel.getFeatureRenderer();
 334     if (types == null && fr != null)
 335     {
 336       types = fr.getDisplayedFeatureTypes();
 337     }
 338     if (types.isEmpty())
 339     {
 340       return; // nothing to do
 341     }
 342     List<String> gps = null;
 343     if (fr != null)
 344     {
 345       gps = fr.getDisplayedFeatureGroups();
 346     }
 347     AlignmentI al = viewport.getAlignment();
 348
 349     int start, stop;
 350     SequenceGroup sg = viewport.getSelectionGroup();
 351     if (sg != null)
 352     {
 353       start = sg.getStartRes();
 354       stop = sg.getEndRes();
 355     }
 356     else
 357     {
 358       start = 0;
 359       stop = al.getWidth();
 360     }
 361     SequenceI[] oldOrder = al.getSequencesArray();
 362     AlignmentSorter.sortByFeature(types, gps, start, stop, al, method);
 363     avcg.addHistoryItem(new OrderCommand(methodText, oldOrder,
 364             viewport.getAlignment()));
 365     alignPanel.paintAlignment(true, false);
 366
 367   }
 368
 369   @Override
 370   public void sortAlignmentByFeatureScore(List<String> typ)
 371   {
 372     String methodText = MessageManager.getString("label.sort_by_score");
 373     sortByFeatures(typ, methodText, AlignmentSorter.FEATURE_SCORE);
 374   }
 375
 376   @Override
 377   public boolean parseFeaturesFile(String file, DataSourceType protocol,
 378           boolean relaxedIdMatching)
 379   {
 380     boolean featuresAdded = false;
 381     FeatureRenderer fr = alignPanel.getFeatureRenderer();
 382     try
 383     {
 384       featuresAdded = new FeaturesFile(false, file, protocol).parse(
 385               viewport.getAlignment().getDataset(), fr.getFeatureColours(),
 386               fr.getFeatureFilters(), false, relaxedIdMatching);
 387     } catch (Exception ex)
 388     {
 389       ex.printStackTrace();
 390     }
 391
 392     if (featuresAdded)
 393     {
 394       avcg.refreshFeatureUI(true);
 395       if (fr != null)
 396       {
 397         // update the min/max ranges where necessary
 398         fr.findAllFeatures(true);
 399       }
 400       if (avcg.getFeatureSettingsUI() != null)
 401       {
 402         avcg.getFeatureSettingsUI().discoverAllFeatureData();
 403       }
 404       alignPanel.paintAlignment(true, true);
 405     }
 406
 407     return featuresAdded;
 408
 409   }
 410
 411   @Override
 412   public boolean markHighlightedColumns(boolean invert,
 413           boolean extendCurrent, boolean toggle)
 414   {
 415     if (!viewport.hasSearchResults())
 416     {
 417       // do nothing if no selection exists
 418       return false;
 419     }
 420     // JBPNote this routine could also mark rows, not just columns.
 421     BitSet bs = new BitSet();
 422     SequenceCollectionI sqcol = (viewport.getSelectionGroup() == null
 423             || extendCurrent) ? viewport.getAlignment()
 424                     : viewport.getSelectionGroup();
 425
 426     // this could be a lambda... - the remains of the method is boilerplate,
 427     // except for the different messages for reporting selection.
 428     int nseq = viewport.getSearchResults().markColumns(sqcol, bs);
 429
 430     ColumnSelection cs = viewport.getColumnSelection();
 431     if (cs == null)
 432     {
 433       cs = new ColumnSelection();
 434     }
 435
 436     if (bs.cardinality() > 0 || invert)
 437     {
 438       boolean changed = cs.markColumns(bs, sqcol.getStartRes(),
 439               sqcol.getEndRes(), invert, extendCurrent, toggle);
 440       if (changed)
 441       {
 442         viewport.setColumnSelection(cs);
 443         alignPanel.paintAlignment(false, false);
 444         int columnCount = invert
 445                 ? (sqcol.getEndRes() - sqcol.getStartRes() + 1)
 446                         - bs.cardinality()
 447                 : bs.cardinality();
 448         avcg.setStatus(MessageManager.formatMessage(
 449                 "label.view_controller_toggled_marked", new String[]
 450                 { toggle ? MessageManager.getString("label.toggled")
 451                         : MessageManager.getString("label.marked"),
 452                     String.valueOf(columnCount),
 453                     invert ? MessageManager
 454                             .getString("label.not_containing")
 455                             : MessageManager.getString("label.containing"),
 456                     "Highlight", Integer.valueOf(nseq).toString() }));
 457         return true;
 458       }
 459     }
 460     else
 461     {
 462       avcg.setStatus(MessageManager
 463               .formatMessage("No highlighted regions marked"));
 464       if (!extendCurrent)
 465       {
 466         cs.clear();
 467         alignPanel.paintAlignment(false, false);
 468       }
 469     }
 470     return false;
 471   }
 472
 473 }