src/jalview/datamodel/AlignedCodonFrame.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 import java.util.AbstractList;
  24 import java.util.ArrayList;
  25 import java.util.List;
  26
  27 import jalview.util.MapList;
  28 import jalview.util.MappingUtils;
  29
  30 /**
  31  * Stores mapping between the columns of a protein alignment and a DNA alignment
  32  * and a list of individual codon to amino acid mappings between sequences.
  33  */
  34 public class AlignedCodonFrame
  35 {
  36
  37   /*
  38    * Data bean to hold mappings from one sequence to another
  39    */
  40   public class SequenceToSequenceMapping
  41   {
  42     private SequenceI fromSeq;
  43
  44     private Mapping mapping;
  45
  46     SequenceToSequenceMapping(SequenceI from, Mapping map)
  47     {
  48       this.fromSeq = from;
  49       this.mapping = map;
  50     }
  51
  52     /**
  53      * Readable representation for debugging only, not guaranteed not to change
  54      */
  55     @Override
  56     public String toString()
  57     {
  58       return String.format("From %s %s", fromSeq.getName(),
  59               mapping.toString());
  60     }
  61
  62     /**
  63      * Returns a hashCode derived from the hashcodes of the mappings and fromSeq
  64      *
  65      * @see SequenceToSequenceMapping#hashCode()
  66      */
  67     @Override
  68     public int hashCode()
  69     {
  70       return (fromSeq == null ? 0 : fromSeq.hashCode() * 31)
  71               + mapping.hashCode();
  72     }
  73
  74     /**
  75      * Answers true if the objects hold the same mapping between the same two
  76      * sequences
  77      *
  78      * @see Mapping#equals
  79      */
  80     @Override
  81     public boolean equals(Object obj)
  82     {
  83       if (!(obj instanceof SequenceToSequenceMapping))
  84       {
  85         return false;
  86       }
  87       SequenceToSequenceMapping that = (SequenceToSequenceMapping) obj;
  88       if (this.mapping == null)
  89       {
  90         return that.mapping == null;
  91       }
  92       // TODO: can simplify by asserting fromSeq is a dataset sequence
  93       return (this.fromSeq == that.fromSeq
  94               || (this.fromSeq != null && that.fromSeq != null
  95                       && this.fromSeq.getDatasetSequence() != null
  96                       && this.fromSeq.getDatasetSequence() == that.fromSeq
  97                               .getDatasetSequence()))
  98               && this.mapping.equals(that.mapping);
  99     }
 100
 101     public SequenceI getFromSeq()
 102     {
 103       return fromSeq;
 104     }
 105
 106     public Mapping getMapping()
 107     {
 108       return mapping;
 109     }
 110
 111     /**
 112      * Returns true if the mapping covers the full length of the given sequence.
 113      * This allows us to distinguish the CDS that codes for a protein from
 114      * another overlapping CDS in the parent dna sequence.
 115      *
 116      * @param seq
 117      * @return
 118      */
 119     public boolean covers(SequenceI seq)
 120     {
 121       return covers(seq,false,false);
 122     }
 123     /**
 124      *
 125      * @param seq
 126      * @param localCover - when true - compare extent of seq's dataset sequence rather than the local extent
 127      * @param either - when true coverage is required for either seq or the mapped sequence
 128      * @return true if mapping covers full length of given sequence (or the other if either==true)
 129      */
 130     public boolean covers(SequenceI seq, boolean localCover,boolean either)
 131     {
 132       List<int[]> mappedRanges = null,otherRanges=null;
 133       MapList mapList = mapping.getMap();
 134       int mstart=seq.getStart(),mend=seq.getEnd(),ostart,oend;
 135               ;
 136       if (fromSeq == seq || fromSeq == seq.getDatasetSequence())
 137       {
 138         if (localCover && fromSeq !=seq)
 139         {
 140           mstart=fromSeq.getStart();
 141           mend=fromSeq.getEnd();
 142         }
 143         mappedRanges = mapList.getFromRanges();
 144         otherRanges=mapList.getToRanges();
 145         ostart=mapping.to.getStart();
 146         oend=mapping.to.getEnd();
 147       }
 148       else if (mapping.to == seq || mapping.to == seq.getDatasetSequence())
 149       {
 150         if (localCover && mapping.to !=seq)
 151         {
 152           mstart=mapping.to.getStart();
 153           mend=mapping.to.getEnd();
 154         }
 155         mappedRanges = mapList.getToRanges();
 156         otherRanges=mapList.getFromRanges();
 157         ostart=fromSeq.getStart();
 158         oend=fromSeq.getEnd();
 159       }
 160       else
 161       {
 162         return false;
 163       }
 164
 165       /*
 166        * check that each mapped range lies within the sequence range
 167        * (necessary for circular CDS - example EMBL:J03321:AAA91567)
 168        * and mapped length covers (at least) sequence length
 169        */
 170       int length = countRange(mappedRanges,mstart,mend);
 171
 172       if (length != -1)
 173       {
 174         // add 1 to mapped length to allow for a mapped stop codon
 175         if (length + 1 >= (mend - mstart + 1))
 176         {
 177           return true;
 178         }
 179       }
 180       if (either)
 181       {
 182         // also check coverage of the other range
 183         length = countRange(otherRanges, ostart, oend);
 184         if (length != -1)
 185         {
 186           if (length + 1 >= (oend - ostart + 1))
 187           {
 188             return true;
 189           }
 190         }
 191       }
 192       return false;
 193     }
 194     private int countRange(List<int[]> mappedRanges,int mstart,int mend)
 195     {
 196       int length=0;
 197       for (int[] range : mappedRanges)
 198       {
 199         int from = Math.min(range[0], range[1]);
 200         int to = Math.max(range[0], range[1]);
 201         if (from < mstart || to > mend)
 202         {
 203           return -1;
 204         }
 205         length += (to - from + 1);
 206       }
 207       return length;
 208     }
 209
 210     /**
 211      * Adds any regions mapped to or from position {@code pos} in sequence
 212      * {@code seq} to the given search results
 213      *
 214      * @param seq
 215      * @param pos
 216      * @param sr
 217      */
 218     public void markMappedRegion(SequenceI seq, int pos, SearchResultsI sr)
 219     {
 220       int[] codon = null;
 221       SequenceI mappedSeq = null;
 222       SequenceI ds = seq.getDatasetSequence();
 223
 224       if (this.fromSeq == seq || this.fromSeq == ds)
 225       {
 226         codon = this.mapping.map.locateInTo(pos, pos);
 227         mappedSeq = this.mapping.to;
 228       }
 229       else if (this.mapping.to == seq || this.mapping.to == ds)
 230       {
 231         codon = this.mapping.map.locateInFrom(pos, pos);
 232         mappedSeq = this.fromSeq;
 233       }
 234
 235       if (codon != null)
 236       {
 237         for (int i = 0; i < codon.length; i += 2)
 238         {
 239           sr.addResult(mappedSeq, codon[i], codon[i + 1]);
 240         }
 241       }
 242     }
 243   }
 244
 245   private List<SequenceToSequenceMapping> mappings;
 246
 247   /**
 248    * Constructor
 249    */
 250   public AlignedCodonFrame()
 251   {
 252     mappings = new ArrayList<>();
 253   }
 254
 255   /**
 256    * Adds a mapping between the dataset sequences for the associated dna and
 257    * protein sequence objects
 258    *
 259    * @param dnaseq
 260    * @param aaseq
 261    * @param map
 262    */
 263   public void addMap(SequenceI dnaseq, SequenceI aaseq, MapList map)
 264   {
 265     addMap(dnaseq, aaseq, map, null);
 266   }
 267
 268   /**
 269    * Adds a mapping between the dataset sequences for the associated dna and
 270    * protein sequence objects
 271    *
 272    * @param dnaseq
 273    * @param aaseq
 274    * @param map
 275    * @param mapFromId
 276    */
 277   public void addMap(SequenceI dnaseq, SequenceI aaseq, MapList map,
 278           String mapFromId)
 279   {
 280     // JBPNote DEBUG! THIS !
 281     // dnaseq.transferAnnotation(aaseq, mp);
 282     // aaseq.transferAnnotation(dnaseq, new Mapping(map.getInverse()));
 283
 284     SequenceI fromSeq = (dnaseq.getDatasetSequence() == null) ? dnaseq
 285             : dnaseq.getDatasetSequence();
 286     SequenceI toSeq = (aaseq.getDatasetSequence() == null) ? aaseq
 287             : aaseq.getDatasetSequence();
 288
 289     /*
 290      * if we already hold a mapping between these sequences, just add to it
 291      * note that 'adding' a duplicate map does nothing; this protects against
 292      * creating duplicate mappings in AlignedCodonFrame
 293      */
 294     for (SequenceToSequenceMapping ssm : mappings)
 295     {
 296       if (ssm.fromSeq == fromSeq && ssm.mapping.to == toSeq)
 297       {
 298         ssm.mapping.map.addMapList(map);
 299         return;
 300       }
 301     }
 302
 303     /*
 304      * otherwise, add a new sequence mapping
 305      */
 306     Mapping mp = new Mapping(toSeq, map);
 307     mp.setMappedFromId(mapFromId);
 308     mappings.add(new SequenceToSequenceMapping(fromSeq, mp));
 309   }
 310
 311   public SequenceI[] getdnaSeqs()
 312   {
 313     // TODO return a list instead?
 314     // return dnaSeqs;
 315     List<SequenceI> seqs = new ArrayList<>();
 316     for (SequenceToSequenceMapping ssm : mappings)
 317     {
 318       seqs.add(ssm.fromSeq);
 319     }
 320     return seqs.toArray(new SequenceI[seqs.size()]);
 321   }
 322
 323   public SequenceI[] getAaSeqs()
 324   {
 325     // TODO not used - remove?
 326     List<SequenceI> seqs = new ArrayList<>();
 327     for (SequenceToSequenceMapping ssm : mappings)
 328     {
 329       seqs.add(ssm.mapping.to);
 330     }
 331     return seqs.toArray(new SequenceI[seqs.size()]);
 332   }
 333
 334   public MapList[] getdnaToProt()
 335   {
 336     List<MapList> maps = new ArrayList<>();
 337     for (SequenceToSequenceMapping ssm : mappings)
 338     {
 339       maps.add(ssm.mapping.map);
 340     }
 341     return maps.toArray(new MapList[maps.size()]);
 342   }
 343
 344   public Mapping[] getProtMappings()
 345   {
 346     List<Mapping> maps = new ArrayList<>();
 347     for (SequenceToSequenceMapping ssm : mappings)
 348     {
 349       maps.add(ssm.mapping);
 350     }
 351     return maps.toArray(new Mapping[maps.size()]);
 352   }
 353
 354   /**
 355    * Returns the first mapping found which is to or from the given sequence, or
 356    * null if none is found
 357    *
 358    * @param seq
 359    * @return
 360    */
 361   public Mapping getMappingForSequence(SequenceI seq)
 362   {
 363     SequenceI seqDs = seq.getDatasetSequence();
 364     seqDs = seqDs != null ? seqDs : seq;
 365
 366     for (SequenceToSequenceMapping ssm : mappings)
 367     {
 368       if (ssm.fromSeq == seqDs || ssm.mapping.to == seqDs)
 369       {
 370         return ssm.mapping;
 371       }
 372     }
 373     return null;
 374   }
 375
 376   /**
 377    * Return the corresponding aligned or dataset aa sequence for given dna
 378    * sequence, null if not found.
 379    *
 380    * @param sequenceRef
 381    * @return
 382    */
 383   public SequenceI getAaForDnaSeq(SequenceI dnaSeqRef)
 384   {
 385     SequenceI dnads = dnaSeqRef.getDatasetSequence();
 386     for (SequenceToSequenceMapping ssm : mappings)
 387     {
 388       if (ssm.fromSeq == dnaSeqRef || ssm.fromSeq == dnads)
 389       {
 390         return ssm.mapping.to;
 391       }
 392     }
 393     return null;
 394   }
 395
 396   /**
 397    * Return the corresponding aligned or dataset dna sequence for given amino
 398    * acid sequence, or null if not found. returns the sequence from the first
 399    * mapping found that involves the protein sequence.
 400    *
 401    * @param aaSeqRef
 402    * @return
 403    */
 404   public SequenceI getDnaForAaSeq(SequenceI aaSeqRef)
 405   {
 406     SequenceI aads = aaSeqRef.getDatasetSequence();
 407     for (SequenceToSequenceMapping ssm : mappings)
 408     {
 409       if (ssm.mapping.to == aaSeqRef || ssm.mapping.to == aads)
 410       {
 411         return ssm.fromSeq;
 412       }
 413     }
 414     return null;
 415   }
 416
 417   /**
 418    * test to see if codon frame involves seq in any way
 419    *
 420    * @param seq
 421    *          a nucleotide or protein sequence
 422    * @return true if a mapping exists to or from this sequence to any translated
 423    *         sequence
 424    */
 425   public boolean involvesSequence(SequenceI seq)
 426   {
 427     return getAaForDnaSeq(seq) != null || getDnaForAaSeq(seq) != null;
 428   }
 429
 430   /**
 431    * Add search results for regions in other sequences that translate or are
 432    * translated from a particular position in seq
 433    *
 434    * @param seq
 435    * @param index
 436    *          position in seq
 437    * @param results
 438    *          where highlighted regions go
 439    */
 440   public void markMappedRegion(SequenceI seq, int index,
 441           SearchResultsI results)
 442   {
 443     SequenceI ds = seq.getDatasetSequence();
 444     for (SequenceToSequenceMapping ssm : mappings)
 445     {
 446       ssm.markMappedRegion(ds, index, results);
 447     }
 448   }
 449
 450   /**
 451    * Returns the DNA codon positions (base 1) for the given position (base 1) in
 452    * a mapped protein sequence, or null if no mapping is found.
 453    *
 454    * Intended for use in aligning cDNA to match aligned protein. Only the first
 455    * mapping found is returned, so not suitable for use if multiple protein
 456    * sequences are mapped to the same cDNA (but aligning cDNA as protein is
 457    * ill-defined for this case anyway).
 458    *
 459    * @param seq
 460    *          the DNA dataset sequence
 461    * @param aaPos
 462    *          residue position (base 1) in a protein sequence
 463    * @return
 464    */
 465   public int[] getDnaPosition(SequenceI seq, int aaPos)
 466   {
 467     /*
 468      * Adapted from markMappedRegion().
 469      */
 470     MapList ml = null;
 471     int i = 0;
 472     for (SequenceToSequenceMapping ssm : mappings)
 473     {
 474       if (ssm.fromSeq == seq)
 475       {
 476         ml = getdnaToProt()[i];
 477         break;
 478       }
 479       i++;
 480     }
 481     return ml == null ? null : ml.locateInFrom(aaPos, aaPos);
 482   }
 483
 484   /**
 485    * Convenience method to return the first aligned sequence in the given
 486    * alignment whose dataset has a mapping with the given (aligned or dataset)
 487    * sequence.
 488    *
 489    * @param seq
 490    *
 491    * @param al
 492    * @return
 493    */
 494   public SequenceI findAlignedSequence(SequenceI seq, AlignmentI al)
 495   {
 496     return findAlignedSequence(seq, al, null);
 497   }
 498   /**
 499    * Convenience method to return the first aligned sequence in the given
 500    * alignment whose dataset has a mapping with the given (aligned or dataset)
 501    * sequence, and optionally the mapping that relates them
 502    *
 503    * @param seq
 504    * @param al
 505    * @param map - list to add the mapping to
 506    * @return sequence from al that maps to seq
 507    */
 508   public SequenceI findAlignedSequence(SequenceI seq, AlignmentI al,List<SequenceToSequenceMapping> map)
 509   {
 510     /*
 511      * Search mapped protein ('to') sequences first.
 512      */
 513     for (SequenceToSequenceMapping ssm : mappings)
 514     {
 515       int mStart=ssm.getMapping().getMap().getFromLowest(),mEnd=ssm.getMapping().map.getFromHighest();
 516       if ((ssm.fromSeq == seq || ssm.fromSeq == seq.getDatasetSequence())
 517               // here AlignmentUtilsTest. testAlignProteinAsDna_incompleteStartCodon fails because mStart/mEnd is contained by seq
 518               // without this filter, we don't get the correct mapping, however
 519            )//   && seq.getStart()>=mStart && seq.getEnd()<=mEnd)
 520       {
 521         for (SequenceI sourceAligned : al.getSequences())
 522         {
 523           if (ssm.covers(sourceAligned,true,false))
 524           {
 525             if (map != null)
 526             {
 527               map.add(ssm);
 528             }
 529             return sourceAligned;
 530           }
 531         }
 532       }
 533     }
 534
 535     /*
 536      * Then try mapped dna sequences.
 537      */
 538     for (SequenceToSequenceMapping ssm : mappings)
 539     {
 540       int mStart=ssm.getMapping().getMap().getToLowest(),mEnd=ssm.getMapping().map.getToHighest();
 541       if ((ssm.mapping.to == seq
 542               || ssm.mapping.to == seq.getDatasetSequence())
 543               && seq.getStart()>=mStart && seq.getEnd()<=mEnd)
 544       {
 545         for (SequenceI sourceAligned : al.getSequences())
 546         {
 547           if (ssm.covers(sourceAligned,true,true))
 548           {
 549             if (map != null)
 550             {
 551               map.add(ssm);
 552             }
 553             return sourceAligned;
 554           }
 555         }
 556       }
 557     }
 558
 559     return null;
 560   }
 561
 562   /**
 563    * Returns the region in the target sequence's dataset that is mapped to the
 564    * given position (base 1) in the query sequence's dataset. The region is a
 565    * set of start/end position pairs.
 566    *
 567    * @param target
 568    * @param query
 569    * @param queryPos
 570    * @return
 571    */
 572   public int[] getMappedRegion(SequenceI target, SequenceI query,
 573           int queryPos)
 574   {
 575     SequenceI targetDs = target.getDatasetSequence() == null ? target
 576             : target.getDatasetSequence();
 577     SequenceI queryDs = query.getDatasetSequence() == null ? query
 578             : query.getDatasetSequence();
 579     if (targetDs == null || queryDs == null /*|| dnaToProt == null*/)
 580     {
 581       return null;
 582     }
 583     for (SequenceToSequenceMapping ssm : mappings)
 584     {
 585       /*
 586        * try mapping from target to query
 587        */
 588       if (ssm.fromSeq == targetDs && ssm.mapping.to == queryDs)
 589       {
 590         int[] codon = ssm.mapping.map.locateInFrom(queryPos, queryPos);
 591         if (codon != null)
 592         {
 593           return codon;
 594         }
 595       }
 596       /*
 597        * else try mapping from query to target
 598        */
 599       else if (ssm.fromSeq == queryDs && ssm.mapping.to == targetDs)
 600       {
 601         int[] codon = ssm.mapping.map.locateInTo(queryPos, queryPos);
 602         if (codon != null)
 603         {
 604           return codon;
 605         }
 606       }
 607     }
 608     return null;
 609   }
 610
 611   /**
 612    * Returns the mapped DNA codons for the given position in a protein sequence,
 613    * or null if no mapping is found. Returns a list of (e.g.) ['g', 'c', 't']
 614    * codons. There may be more than one codon mapped to the protein if (for
 615    * example), there are mappings to cDNA variants.
 616    *
 617    * @param protein
 618    *          the peptide dataset sequence
 619    * @param aaPos
 620    *          residue position (base 1) in the peptide sequence
 621    * @return
 622    */
 623   public List<char[]> getMappedCodons(SequenceI protein, int aaPos)
 624   {
 625     MapList ml = null;
 626     SequenceI dnaSeq = null;
 627     List<char[]> result = new ArrayList<>();
 628
 629     for (SequenceToSequenceMapping ssm : mappings)
 630     {
 631       if (ssm.mapping.to == protein
 632               && ssm.mapping.getMap().getFromRatio() == 3)
 633       {
 634         ml = ssm.mapping.map;
 635         dnaSeq = ssm.fromSeq;
 636
 637         int[] codonPos = ml.locateInFrom(aaPos, aaPos);
 638         if (codonPos == null)
 639         {
 640           return null;
 641         }
 642
 643         /*
 644          * Read off the mapped nucleotides (converting to position base 0)
 645          */
 646         codonPos = MappingUtils.flattenRanges(codonPos);
 647         int start = dnaSeq.getStart();
 648         char c1 = dnaSeq.getCharAt(codonPos[0] - start);
 649         char c2 = dnaSeq.getCharAt(codonPos[1] - start);
 650         char c3 = dnaSeq.getCharAt(codonPos[2] - start);
 651         result.add(new char[] { c1, c2, c3 });
 652       }
 653     }
 654     return result.isEmpty() ? null : result;
 655   }
 656
 657   /**
 658    * Returns any mappings found which are from the given sequence, and to
 659    * distinct sequences.
 660    *
 661    * @param seq
 662    * @return
 663    */
 664   public List<Mapping> getMappingsFromSequence(SequenceI seq)
 665   {
 666     List<Mapping> result = new ArrayList<>();
 667     List<SequenceI> related = new ArrayList<>();
 668     SequenceI seqDs = seq.getDatasetSequence();
 669     seqDs = seqDs != null ? seqDs : seq;
 670
 671     for (SequenceToSequenceMapping ssm : mappings)
 672     {
 673       final Mapping mapping = ssm.mapping;
 674       if (ssm.fromSeq == seqDs)
 675       {
 676         if (!related.contains(mapping.to))
 677         {
 678           result.add(mapping);
 679           related.add(mapping.to);
 680         }
 681       }
 682     }
 683     return result;
 684   }
 685
 686   /**
 687    * Test whether the given sequence is substitutable for one or more dummy
 688    * sequences in this mapping
 689    *
 690    * @param map
 691    * @param seq
 692    * @return
 693    */
 694   public boolean isRealisableWith(SequenceI seq)
 695   {
 696     return realiseWith(seq, false) > 0;
 697   }
 698
 699   /**
 700    * Replace any matchable mapped dummy sequences with the given real one.
 701    * Returns the count of sequence mappings instantiated.
 702    *
 703    * @param seq
 704    * @return
 705    */
 706   public int realiseWith(SequenceI seq)
 707   {
 708     return realiseWith(seq, true);
 709   }
 710
 711   /**
 712    * Returns the number of mapped dummy sequences that could be replaced with
 713    * the given real sequence.
 714    *
 715    * @param seq
 716    *          a dataset sequence
 717    * @param doUpdate
 718    *          if true, performs replacements, else only counts
 719    * @return
 720    */
 721   protected int realiseWith(SequenceI seq, boolean doUpdate)
 722   {
 723     SequenceI ds = seq.getDatasetSequence() != null
 724             ? seq.getDatasetSequence()
 725             : seq;
 726     int count = 0;
 727
 728     /*
 729      * check for replaceable DNA ('map from') sequences
 730      */
 731     for (SequenceToSequenceMapping ssm : mappings)
 732     {
 733       SequenceI dna = ssm.fromSeq;
 734       if (dna instanceof SequenceDummy
 735               && dna.getName().equals(ds.getName()))
 736       {
 737         Mapping mapping = ssm.mapping;
 738         int mapStart = mapping.getMap().getFromLowest();
 739         int mapEnd = mapping.getMap().getFromHighest();
 740         boolean mappable = couldRealiseSequence(dna, ds, mapStart, mapEnd);
 741         if (mappable)
 742         {
 743           count++;
 744           if (doUpdate)
 745           {
 746             // TODO: new method ? ds.realise(dna);
 747             // might want to copy database refs as well
 748             ds.setSequenceFeatures(dna.getSequenceFeatures());
 749             // dnaSeqs[i] = ds;
 750             ssm.fromSeq = ds;
 751             System.out.println("Realised mapped sequence " + ds.getName());
 752           }
 753         }
 754       }
 755
 756       /*
 757        * check for replaceable protein ('map to') sequences
 758        */
 759       Mapping mapping = ssm.mapping;
 760       SequenceI prot = mapping.getTo();
 761       int mapStart = mapping.getMap().getToLowest();
 762       int mapEnd = mapping.getMap().getToHighest();
 763       boolean mappable = couldRealiseSequence(prot, ds, mapStart, mapEnd);
 764       if (mappable)
 765       {
 766         count++;
 767         if (doUpdate)
 768         {
 769           // TODO: new method ? ds.realise(dna);
 770           // might want to copy database refs as well
 771           ds.setSequenceFeatures(dna.getSequenceFeatures());
 772           ssm.mapping.setTo(ds);
 773         }
 774       }
 775     }
 776     return count;
 777   }
 778
 779   /**
 780    * Helper method to test whether a 'real' sequence could replace a 'dummy'
 781    * sequence in the map. The criteria are that they have the same name, and
 782    * that the mapped region overlaps the candidate sequence.
 783    *
 784    * @param existing
 785    * @param replacement
 786    * @param mapStart
 787    * @param mapEnd
 788    * @return
 789    */
 790   protected static boolean couldRealiseSequence(SequenceI existing,
 791           SequenceI replacement, int mapStart, int mapEnd)
 792   {
 793     if (existing instanceof SequenceDummy
 794             && !(replacement instanceof SequenceDummy)
 795             && existing.getName().equals(replacement.getName()))
 796     {
 797       int start = replacement.getStart();
 798       int end = replacement.getEnd();
 799       boolean mappingOverlapsSequence = (mapStart >= start
 800               && mapStart <= end) || (mapEnd >= start && mapEnd <= end);
 801       if (mappingOverlapsSequence)
 802       {
 803         return true;
 804       }
 805     }
 806     return false;
 807   }
 808
 809   /**
 810    * Change any mapping to the given sequence to be to its dataset sequence
 811    * instead. For use when mappings are created before their referenced
 812    * sequences are instantiated, for example when parsing GFF data.
 813    *
 814    * @param seq
 815    */
 816   public void updateToDataset(SequenceI seq)
 817   {
 818     if (seq == null || seq.getDatasetSequence() == null)
 819     {
 820       return;
 821     }
 822     SequenceI ds = seq.getDatasetSequence();
 823
 824     for (SequenceToSequenceMapping ssm : mappings)
 825     /*
 826      * 'from' sequences
 827      */
 828     {
 829       if (ssm.fromSeq == seq)
 830       {
 831         ssm.fromSeq = ds;
 832       }
 833
 834       /*
 835        * 'to' sequences
 836        */
 837       if (ssm.mapping.to == seq)
 838       {
 839         ssm.mapping.to = ds;
 840       }
 841     }
 842   }
 843
 844   /**
 845    * Answers true if this object contains no mappings
 846    *
 847    * @return
 848    */
 849   public boolean isEmpty()
 850   {
 851     return mappings.isEmpty();
 852   }
 853
 854   /**
 855    * Method for debug / inspection purposes only, may change in future
 856    */
 857   @Override
 858   public String toString()
 859   {
 860     return mappings == null ? "null" : mappings.toString();
 861   }
 862
 863   /**
 864    * Returns the first mapping found that is between 'fromSeq' and 'toSeq', or
 865    * null if none found
 866    *
 867    * @param fromSeq
 868    *          aligned or dataset sequence
 869    * @param toSeq
 870    *          aligned or dataset sequence
 871    * @return
 872    */
 873   public Mapping getMappingBetween(SequenceI fromSeq, SequenceI toSeq)
 874   {
 875     SequenceI dssFrom = fromSeq.getDatasetSequence() == null ? fromSeq
 876             : fromSeq.getDatasetSequence();
 877     SequenceI dssTo = toSeq.getDatasetSequence() == null ? toSeq
 878             : toSeq.getDatasetSequence();
 879
 880     for (SequenceToSequenceMapping mapping : mappings)
 881     {
 882       SequenceI from = mapping.fromSeq;
 883       SequenceI to = mapping.mapping.to;
 884       if ((from == dssFrom && to == dssTo)
 885               || (from == dssTo && to == dssFrom))
 886       {
 887         return mapping.mapping;
 888       }
 889     }
 890     return null;
 891   }
 892
 893   /**
 894    * Returns a hashcode derived from the list of sequence mappings
 895    *
 896    * @see SequenceToSequenceMapping#hashCode()
 897    * @see AbstractList#hashCode()
 898    */
 899   @Override
 900   public int hashCode()
 901   {
 902     return this.mappings.hashCode();
 903   }
 904
 905   /**
 906    * Two AlignedCodonFrame objects are equal if they hold the same ordered list
 907    * of mappings
 908    *
 909    * @see SequenceToSequenceMapping#equals
 910    */
 911   @Override
 912   public boolean equals(Object obj)
 913   {
 914     if (!(obj instanceof AlignedCodonFrame))
 915     {
 916       return false;
 917     }
 918     return this.mappings.equals(((AlignedCodonFrame) obj).mappings);
 919   }
 920
 921   public List<SequenceToSequenceMapping> getMappings()
 922   {
 923     return mappings;
 924   }
 925
 926   /**
 927    * Returns the first mapping found which is between the two given sequences,
 928    * and covers the full extent of both.
 929    *
 930    * @param seq1
 931    * @param seq2
 932    * @return
 933    */
 934   public SequenceToSequenceMapping getCoveringMapping(SequenceI seq1,
 935           SequenceI seq2)
 936   {
 937     for (SequenceToSequenceMapping mapping : mappings)
 938     {
 939       if (mapping.covers(seq2) && mapping.covers(seq1))
 940       {
 941         return mapping;
 942       }
 943     }
 944     return null;
 945   }
 946
 947   /**
 948    * Returns the first mapping found which is between the given sequence and
 949    * another, is a triplet mapping (3:1 or 1:3), and covers the full extent of
 950    * both sequences involved.
 951    *
 952    * @param seq
 953    * @return
 954    */
 955   public SequenceToSequenceMapping getCoveringCodonMapping(SequenceI seq)
 956   {
 957     for (SequenceToSequenceMapping mapping : mappings)
 958     {
 959       if (mapping.getMapping().getMap().isTripletMap()
 960               && mapping.covers(seq))
 961       {
 962         if (mapping.fromSeq == seq
 963                 && mapping.covers(mapping.getMapping().getTo()))
 964         {
 965           return mapping;
 966         }
 967         else if (mapping.getMapping().getTo() == seq
 968                 && mapping.covers(mapping.fromSeq))
 969         {
 970           return mapping;
 971         }
 972       }
 973     }
 974     return null;
 975   }
 976 }