src/jalview/datamodel/AlignmentI.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel;
  22
  23 import java.util.Hashtable;
  24 import java.util.List;
  25 import java.util.Map;
  26 import java.util.Set;
  27
  28 /**
  29  * Data structure to hold and manipulate a multiple sequence alignment
  30  */
  31 public interface AlignmentI extends AnnotatedCollectionI
  32 {
  33   /**
  34    * Calculates the number of sequences in an alignment
  35    *
  36    * @return Number of sequences in alignment
  37    */
  38   int getHeight();
  39
  40   /**
  41    *
  42    * Calculates the maximum width of the alignment, including gaps.
  43    *
  44    * @return Greatest sequence length within alignment, or -1 if no sequences
  45    *         present
  46    */
  47   @Override
  48   int getWidth();
  49
  50   /**
  51    * Calculates if this set of sequences (visible and invisible) are all the
  52    * same length
  53    *
  54    * @return true if all sequences in alignment are the same length
  55    */
  56   boolean isAligned();
  57
  58   /**
  59    * Calculates if this set of sequences is all the same length
  60    *
  61    * @param includeHidden
  62    *          optionally exclude hidden sequences from test
  63    * @return true if all (or just visible) sequences are the same length
  64    */
  65   boolean isAligned(boolean includeHidden);
  66
  67   /**
  68    * Gets sequences as a Synchronized collection
  69    *
  70    * @return All sequences in alignment.
  71    */
  72   @Override
  73   List<SequenceI> getSequences();
  74
  75   /**
  76    * Gets sequences as a SequenceI[]
  77    *
  78    * @return All sequences in alignment.
  79    */
  80   SequenceI[] getSequencesArray();
  81
  82   /**
  83    * Find a specific sequence in this alignment.
  84    *
  85    * @param i
  86    *          Index of required sequence.
  87    *
  88    * @return SequenceI at given index.
  89    */
  90   SequenceI getSequenceAt(int i);
  91
  92   /**
  93    * Returns a map of lists of sequences keyed by sequence name.
  94    *
  95    * @return
  96    */
  97   Map<String, List<SequenceI>> getSequencesByName();
  98
  99   /**
 100    * Add a new sequence to this alignment.
 101    *
 102    * @param seq
 103    *          New sequence will be added at end of alignment.
 104    */
 105   void addSequence(SequenceI seq);
 106
 107   /**
 108    * Used to set a particular index of the alignment with the given sequence.
 109    *
 110    * @param i
 111    *          Index of sequence to be updated. if i>length, sequence will be
 112    *          added to end, with no intervening positions.
 113    * @param seq
 114    *          New sequence to be inserted. The existing sequence at position i
 115    *          will be replaced.
 116    * @return existing sequence (or null if i>current length)
 117    */
 118   SequenceI replaceSequenceAt(int i, SequenceI seq);
 119
 120   /**
 121    * Deletes a sequence from the alignment
 122    *
 123    * @param s
 124    *          Sequence to be deleted.
 125    */
 126   void deleteSequence(SequenceI s);
 127
 128   /**
 129    * Deletes a sequence from the alignment.
 130    *
 131    * @param i
 132    *          Index of sequence to be deleted.
 133    */
 134   void deleteSequence(int i);
 135
 136   /**
 137    * Finds sequence in alignment using sequence name as query.
 138    *
 139    * @param name
 140    *          Id of sequence to search for.
 141    *
 142    * @return Sequence matching query, if found. If not found returns null.
 143    */
 144   SequenceI findName(String name);
 145
 146   SequenceI[] findSequenceMatch(String name);
 147
 148   /**
 149    * Finds index of a given sequence in the alignment.
 150    *
 151    * @param s
 152    *          Sequence to look for.
 153    *
 154    * @return Index of sequence within the alignment or -1 if not found
 155    */
 156   int findIndex(SequenceI s);
 157
 158   /**
 159    * Returns the first group (in the order in which groups were added) that
 160    * includes the given sequence and aligned position (base 0), or null if none
 161    * found
 162    *
 163    * @param seq
 164    * @param position
 165    *
 166    * @return
 167    */
 168   SequenceGroup findGroup(SequenceI seq, int position);
 169
 170   /**
 171    * Finds all groups that a given sequence is part of.
 172    *
 173    * @param s
 174    *          Sequence in alignment.
 175    *
 176    * @return All groups containing given sequence.
 177    */
 178   SequenceGroup[] findAllGroups(SequenceI s);
 179
 180   /**
 181    * Adds a new SequenceGroup to this alignment.
 182    *
 183    * @param sg
 184    *          New group to be added.
 185    */
 186   void addGroup(SequenceGroup sg);
 187
 188   /**
 189    * Deletes a specific SequenceGroup
 190    *
 191    * @param g
 192    *          Group will be deleted from alignment.
 193    */
 194   void deleteGroup(SequenceGroup g);
 195
 196   /**
 197    * Get all the groups associated with this alignment.
 198    *
 199    * @return All groups as a list.
 200    */
 201   List<SequenceGroup> getGroups();
 202
 203   /**
 204    * Deletes all groups from this alignment.
 205    */
 206   void deleteAllGroups();
 207
 208   /**
 209    * Adds a new AlignmentAnnotation to this alignment
 210    *
 211    * @note Care should be taken to ensure that annotation is at least as wide as
 212    *       the longest sequence in the alignment for rendering purposes.
 213    */
 214   void addAnnotation(AlignmentAnnotation aa);
 215
 216   /**
 217    * moves annotation to a specified index in alignment annotation display stack
 218    *
 219    * @param aa
 220    *          the annotation object to be moved
 221    * @param index
 222    *          the destination position
 223    */
 224   void setAnnotationIndex(AlignmentAnnotation aa, int index);
 225
 226   /**
 227    * Delete all annotations, including auto-calculated if the flag is set true.
 228    * Returns true if at least one annotation was deleted, else false.
 229    *
 230    * @param includingAutoCalculated
 231    * @return
 232    */
 233   boolean deleteAllAnnotations(boolean includingAutoCalculated);
 234
 235   /**
 236    * Deletes a specific AlignmentAnnotation from the alignment, and removes its
 237    * reference from any SequenceI or SequenceGroup object's annotation if and
 238    * only if aa is contained within the alignment's annotation vector.
 239    * Otherwise, it will do nothing.
 240    *
 241    * @param aa
 242    *          the annotation to delete
 243    * @return true if annotation was deleted from this alignment.
 244    */
 245   boolean deleteAnnotation(AlignmentAnnotation aa);
 246
 247   /**
 248    * Deletes a specific AlignmentAnnotation from the alignment, and optionally
 249    * removes any reference from any SequenceI or SequenceGroup object's
 250    * annotation if and only if aa is contained within the alignment's annotation
 251    * vector. Otherwise, it will do nothing.
 252    *
 253    * @param aa
 254    *          the annotation to delete
 255    * @param unhook
 256    *          flag indicating if any references should be removed from
 257    *          annotation - use this if you intend to add the annotation back
 258    *          into the alignment
 259    * @return true if annotation was deleted from this alignment.
 260    */
 261   boolean deleteAnnotation(AlignmentAnnotation aa, boolean unhook);
 262
 263   /**
 264    * Get the annotation associated with this alignment (this can be null if no
 265    * annotation has ever been created on the alignment)
 266    *
 267    * @return array of AlignmentAnnotation objects
 268    */
 269   @Override
 270   AlignmentAnnotation[] getAlignmentAnnotation();
 271
 272   /**
 273    * Change the gap character used in this alignment to 'gc'
 274    *
 275    * @param gc
 276    *          the new gap character.
 277    */
 278   void setGapCharacter(char gc);
 279
 280   /**
 281    * Get the gap character used in this alignment
 282    *
 283    * @return gap character
 284    */
 285   char getGapCharacter();
 286
 287   /**
 288    * Test for all nucleotide alignment
 289    *
 290    * @return true if alignment is nucleotide sequence
 291    */
 292   boolean isNucleotide();
 293
 294   /**
 295    * Test if alignment contains RNA structure
 296    *
 297    * @return true if RNA structure AligmnentAnnotation was added to alignment
 298    */
 299   boolean hasRNAStructure();
 300
 301   /**
 302    * Set alignment to be a nucleotide sequence
 303    *
 304    */
 305   void setNucleotide(boolean b);
 306
 307   /**
 308    * Get the associated dataset for the alignment.
 309    *
 310    * @return Alignment containing dataset sequences or null of this is a
 311    *         dataset.
 312    */
 313   AlignmentI getDataset();
 314
 315   /**
 316    * Set the associated dataset for the alignment, or create one.
 317    *
 318    * @param dataset
 319    *          The dataset alignment or null to construct one.
 320    */
 321   void setDataset(AlignmentI dataset);
 322
 323   /**
 324    * pads sequences with gaps (to ensure the set looks like an alignment)
 325    *
 326    * @return boolean true if alignment was modified
 327    */
 328   boolean padGaps();
 329
 330   HiddenSequences getHiddenSequences();
 331
 332   /**
 333    * Compact representation of alignment
 334    *
 335    * @return CigarArray
 336    */
 337   CigarArray getCompactAlignment();
 338
 339   /**
 340    * Set an arbitrary key value pair for an alignment. Note: both key and value
 341    * objects should return a meaningful, human readable response to .toString()
 342    *
 343    * @param key
 344    * @param value
 345    */
 346   void setProperty(Object key, Object value);
 347
 348   /**
 349    * Get a named property from the alignment.
 350    *
 351    * @param key
 352    * @return value of property
 353    */
 354   Object getProperty(Object key);
 355
 356   /**
 357    * Get the property hashtable.
 358    *
 359    * @return hashtable of alignment properties (or null if none are defined)
 360    */
 361   Hashtable getProperties();
 362
 363   /**
 364    * add a reference to a frame of aligned codons for this alignment
 365    *
 366    * @param codons
 367    */
 368   void addCodonFrame(AlignedCodonFrame codons);
 369
 370   /**
 371    * remove a particular codon frame reference from this alignment
 372    *
 373    * @param codons
 374    * @return true if codon frame was removed.
 375    */
 376   boolean removeCodonFrame(AlignedCodonFrame codons);
 377
 378   /**
 379    * get all codon frames associated with this alignment
 380    *
 381    * @return
 382    */
 383   List<AlignedCodonFrame> getCodonFrames();
 384
 385   /**
 386    * Set the codon frame mappings (replacing any existing list).
 387    */
 388   void setCodonFrames(List<AlignedCodonFrame> acfs);
 389
 390   /**
 391    * get codon frames involving sequenceI
 392    */
 393   List<AlignedCodonFrame> getCodonFrame(SequenceI seq);
 394
 395   /**
 396    * find sequence with given name in alignment
 397    *
 398    * @param token
 399    *          name to find
 400    * @param b
 401    *          true implies that case insensitive matching will <em>also</em> be
 402    *          tried
 403    * @return matched sequence or null
 404    */
 405   SequenceI findName(String token, boolean b);
 406
 407   /**
 408    * find next sequence with given name in alignment starting after a given
 409    * sequence
 410    *
 411    * @param startAfter
 412    *          the sequence after which the search will be started (usually the
 413    *          result of the last call to findName)
 414    * @param token
 415    *          name to find
 416    * @param b
 417    *          true implies that case insensitive matching will <em>also</em> be
 418    *          tried
 419    * @return matched sequence or null
 420    */
 421   SequenceI findName(SequenceI startAfter, String token, boolean b);
 422
 423   /**
 424    * find first sequence in alignment which is involved in the given search
 425    * result object
 426    *
 427    * @param results
 428    * @return -1 or index of sequence in alignment
 429    */
 430   int findIndex(SearchResultsI results);
 431
 432   /**
 433    * append sequences and annotation from another alignment object to this one.
 434    * Note: this is a straight transfer of object references, and may result in
 435    * toappend's dependent data being transformed to fit the alignment (changing
 436    * gap characters, etc...). If you are uncertain, use the copy Alignment copy
 437    * constructor to create a new version which can be appended without side
 438    * effect.
 439    *
 440    * @param toappend
 441    *          - the alignment to be appended.
 442    */
 443   void append(AlignmentI toappend);
 444
 445   /**
 446    * Justify the sequences to the left or right by deleting and inserting gaps
 447    * before the initial residue or after the terminal residue
 448    *
 449    * @param right
 450    *          true if alignment padded to right, false to justify to left
 451    * @return true if alignment was changed TODO: return undo object
 452    */
 453   boolean justify(boolean right);
 454
 455   /**
 456    * add given annotation row at given position (0 is start, -1 is end)
 457    *
 458    * @param consensus
 459    * @param i
 460    */
 461   void addAnnotation(AlignmentAnnotation consensus, int i);
 462
 463   /**
 464    * search for or create a specific annotation row on the alignment
 465    *
 466    * @param name
 467    *          name for annotation (must match)
 468    * @param calcId
 469    *          calcId for the annotation (null or must match)
 470    * @param autoCalc
 471    *          - value of autocalc flag for the annotation
 472    * @param seqRef
 473    *          - null or specific sequence reference
 474    * @param groupRef
 475    *          - null or specific group reference
 476    * @param method
 477    *          - CalcId for the annotation (must match)
 478    *
 479    * @return existing annotation matching the given attributes
 480    */
 481   AlignmentAnnotation findOrCreateAnnotation(String name, String calcId,
 482           boolean autoCalc, SequenceI seqRef, SequenceGroup groupRef);
 483
 484   /**
 485    * move the given group up or down in the alignment by the given number of
 486    * rows. Implementor assumes given group is already present on alignment - no
 487    * recalculations are triggered.
 488    *
 489    * @param sg
 490    * @param map
 491    * @param up
 492    * @param i
 493    */
 494   void moveSelectedSequencesByOne(SequenceGroup sg,
 495           Map<SequenceI, SequenceCollectionI> map, boolean up);
 496
 497   /**
 498    * validate annotation after an edit and update any alignment state flags
 499    * accordingly
 500    *
 501    * @param alignmentAnnotation
 502    */
 503   void validateAnnotation(AlignmentAnnotation alignmentAnnotation);
 504
 505   /**
 506    * Align this alignment the same as the given one. If both of the same type
 507    * (nucleotide/protein) then align both identically. If this is nucleotide and
 508    * the other is protein, make 3 gaps for each gap in the protein sequences. If
 509    * this is protein and the other is nucleotide, insert a gap for each 3 gaps
 510    * (or part thereof) between nucleotide bases. Returns the number of mapped
 511    * sequences that were realigned .
 512    *
 513    * @param al
 514    * @return
 515    */
 516   int alignAs(AlignmentI al);
 517
 518   /**
 519    * Returns the set of distinct sequence names in the alignment.
 520    *
 521    * @return
 522    */
 523   Set<String> getSequenceNames();
 524
 525   /**
 526    * Checks if the alignment has at least one sequence with one non-gaped
 527    * residue
 528    *
 529    * @return
 530    */
 531   public boolean hasValidSequence();
 532
 533   /**
 534    * Update any mappings to 'virtual' sequences to compatible real ones, if
 535    * present in the added sequences. Returns a count of mappings updated.
 536    *
 537    * @param seqs
 538    * @return
 539    */
 540   int realiseMappings(List<SequenceI> seqs);
 541
 542   /**
 543    * Returns the first AlignedCodonFrame that has a mapping between the given
 544    * dataset sequences
 545    *
 546    * @param mapFrom
 547    * @param mapTo
 548    * @return
 549    */
 550   AlignedCodonFrame getMapping(SequenceI mapFrom, SequenceI mapTo);
 551
 552   /**
 553    * Calculate the visible start and end index of an alignment. The result is
 554    * returned an int array where: int[0] = startIndex, and int[1] = endIndex.
 555    *
 556    * @param hiddenCols
 557    * @return
 558    */
 559   public int[] getVisibleStartAndEndIndex(List<int[]> hiddenCols);
 560 }