src/jalview/datamodel/AlignmentOrder.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 import java.util.*;
   4
   5 /**
   6  * <p>Title: </p>
   7  *
   8  * <p>Description: </p>
   9  *
  10  * <p>Copyright: Copyright (c) 2004</p>
  11  *
  12  * <p>Company: Dundee University</p>
  13  *
  14  * @author not attributable
  15  * @version 1.0
  16  */
  17 public class AlignmentOrder
  18 {
  19   public AlignmentOrder()
  20   {
  21   }
  22
  23   public void setType(int Type)
  24   {
  25     this.Type = Type;
  26   }
  27
  28   public int getType()
  29   {
  30     return Type;
  31   }
  32
  33   public void setName(String Name)
  34   {
  35     this.Name = Name;
  36   }
  37
  38   public String getName()
  39   {
  40     return Name;
  41   }
  42
  43   public void setOrder(Vector Order)
  44   {
  45     this.Order = Order;
  46   }
  47
  48   public Vector getOrder()
  49   {
  50
  51     return Order;
  52   }
  53 // JBPNote : this method would return a vector containing all sequences in seqset
  54 // with those also contained in order at the beginning of the vector in the order
  55 // given by order. AlignmentSorter.vectorSubsetToArray already does this, but that method
  56 // should be here for completeness.
  57
  58 /*  public Vector getOrder(AlignmentI seqset)
  59   {
  60     Vector perm = new Vector(seqset.getHeight());
  61     for (i=0, o = 0, n=seqset.getHeight(), p = Order.size(); i<n; i++)
  62       perm.setElement(i,...).
  63     return Order;
  64   }
  65  */
  66   public static final int FILE = 0;
  67   public static final int MSA = 1;
  68   public static final int USER = 2;
  69
  70   private int Type = 0;
  71   private String Name;
  72   private Vector Order = null;
  73
  74   /**
  75    * AlignmentOrder
  76    *
  77    * @param anOrder Vector
  78    */
  79   public AlignmentOrder(Vector anOrder)
  80   {
  81     Order = anOrder;
  82   }
  83
  84   /**
  85    * AlignmentOrder
  86    *
  87    * @param orderFrom AlignmentI
  88    */
  89   public AlignmentOrder(AlignmentI orderFrom)
  90   {
  91     Order = new Vector();
  92
  93     for (int i=0,ns=orderFrom.getHeight(); i<ns; i++)
  94       Order.addElement(orderFrom.getSequenceAt(i));
  95   }
  96   public AlignmentOrder(SequenceI[] orderFrom) {
  97     Order = new Vector();
  98     for (int i=0,ns=orderFrom.length; i<ns; i++)
  99       Order.addElement(orderFrom[i]);
 100   }
 101
 102
 103
 104   /**
 105    * AlignmentOrder
 106    *
 107    * @param orderThis AlignmentI
 108    * @param byThat AlignmentI
 109    */
 110   /* public AlignmentOrder(AlignmentI orderThis, AlignmentI byThat)
 111   {
 112     // Vector is an ordering of this alignment using the order of sequence objects in byThat,
 113     // where ids and unaligned sequences must match
 114
 115   } */
 116
 117 }