src/jalview/datamodel/Annotation.java

   1 /*
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4 *
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8 * of the License, or (at your option) any later version.
   9 *
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13 * GNU General Public License for more details.
  14 *
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18 */\r
  19 package jalview.datamodel;\r
  20 \r
  21 import java.awt.*;\r
  22 \r
  23 \r
  24 public class Annotation {\r
  25     public String displayCharacter = "";\r
  26     public String description = ""; // currently used as mouse over\r
  27     public char secondaryStructure = ' '; // recognises H and E\r
  28     public float value;\r
  29 \r
  30     // add visual cues here\r
  31     public Color colour = Color.black;\r
  32 \r
  33     public Annotation(String displayChar, String desc, char ss, float val) {\r
  34         displayCharacter = displayChar;\r
  35         description = desc;\r
  36         secondaryStructure = ss;\r
  37         value = val;\r
  38     }\r
  39 \r
  40     public Annotation(String displayChar, String desc, char ss, float val,\r
  41         Color colour) {\r
  42         this(displayChar, desc, ss, val);\r
  43         this.colour = colour;\r
  44     }\r
  45 }\r