src/jalview/datamodel/BinarySequence.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 package jalview.datamodel;\r
  20 \r
  21 import jalview.analysis.PCA;\r
  22 \r
  23 import jalview.io.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.jbgui.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.schemes.*;\r
  28 \r
  29 import java.awt.*;\r
  30 \r
  31 \r
  32 public class BinarySequence extends Sequence {\r
  33     int[] binary;\r
  34     double[] dbinary;\r
  35 \r
  36     public BinarySequence(SequenceI s) {\r
  37         super(s.getName(), s.getSequence(), s.getStart(), s.getEnd());\r
  38     }\r
  39 \r
  40     public BinarySequence(String name, String sequence, int start, int end) {\r
  41         super(name, sequence, start, end);\r
  42     }\r
  43 \r
  44     public void encode() {\r
  45         // Set all matrix to 0\r
  46         dbinary = new double[getSequence().length() * 21];\r
  47 \r
  48         int nores = 21;\r
  49 \r
  50         for (int i = 0; i < dbinary.length; i++) {\r
  51             dbinary[i] = 0.0;\r
  52         }\r
  53 \r
  54         for (int i = 0; i < getSequence().length(); i++) {\r
  55             int aanum = 20;\r
  56 \r
  57             try {\r
  58                 aanum = ((Integer) ResidueProperties.getAAHash().get(getSequence()\r
  59                                                                          .substring(i,\r
  60                             i + 1))).intValue();\r
  61             } catch (NullPointerException e) {\r
  62                 aanum = 20;\r
  63             }\r
  64 \r
  65             if (aanum > 20) {\r
  66                 aanum = 20;\r
  67             }\r
  68 \r
  69             dbinary[(i * nores) + aanum] = 1.0;\r
  70         }\r
  71     }\r
  72 \r
  73     public void blosumEncode() {\r
  74         // Set all matrix to 0\r
  75         dbinary = new double[getSequence().length() * 21];\r
  76 \r
  77         int nores = 21;\r
  78 \r
  79         //for (int i = 0; i < dbinary.length; i++) {\r
  80         //  dbinary[i] = 0.0;\r
  81         //}\r
  82         for (int i = 0; i < getSequence().length(); i++) {\r
  83             int aanum = 20;\r
  84 \r
  85             try {\r
  86                 aanum = ((Integer) ResidueProperties.getAAHash().get(getSequence()\r
  87                                                                          .substring(i,\r
  88                             i + 1))).intValue();\r
  89             } catch (NullPointerException e) {\r
  90                 aanum = 20;\r
  91             }\r
  92 \r
  93             if (aanum > 20) {\r
  94                 aanum = 20;\r
  95             }\r
  96 \r
  97             // Do the blosum thing\r
  98             for (int j = 0; j < 20; j++) {\r
  99                 dbinary[(i * nores) + j] = ResidueProperties.getBLOSUM62()[aanum][j];\r
 100             }\r
 101         }\r
 102     }\r
 103 \r
 104     public String toBinaryString() {\r
 105         String out = "";\r
 106 \r
 107         for (int i = 0; i < binary.length; i++) {\r
 108             out += (new Integer(binary[i])).toString();\r
 109 \r
 110             if (i < (binary.length - 1)) {\r
 111                 out += " ";\r
 112             }\r
 113         }\r
 114 \r
 115         return out;\r
 116     }\r
 117 \r
 118     public double[] getDBinary() {\r
 119         return dbinary;\r
 120     }\r
 121 \r
 122     public static void printMemory(Runtime rt) {\r
 123         System.out.println("DEBUG: Free memory = " + rt.freeMemory()); // log.\r
 124     }\r
 125 }\r