src/jalview/datamodel/ContactListImpl.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 /**
   4  * helper class to compute min/max/mean for a range on a contact list
   5  *
   6  * @author jprocter
   7  *
   8  */
   9 public class ContactListImpl implements ContactListI
  10 {
  11   ContactListProviderI clist;
  12
  13   public static ContactListI newContactList(ContactListProviderI list)
  14   {
  15     return new ContactListImpl(list);
  16   }
  17
  18   public ContactListImpl(ContactListProviderI list)
  19   {
  20     clist = list;
  21   }
  22
  23   @Override
  24   public double getContactAt(int column)
  25   {
  26     return clist.getContactAt(column);
  27   }
  28
  29   @Override
  30   public int getContactHeight()
  31   {
  32     return clist.getContactHeight();
  33   }
  34
  35   @Override
  36   public ContactRange getRangeFor(int from_column, int to_column)
  37   {
  38     if (clist instanceof ContactListI)
  39     {
  40       // clist may implement getRangeFor in a more efficient way, so use theirs
  41       return ((ContactListI) clist).getRangeFor(from_column, to_column);
  42     }
  43     if (from_column < 0)
  44     {
  45       from_column = 0;
  46     }
  47     if (to_column > getContactHeight())
  48     {
  49       to_column = getContactHeight();
  50     }
  51     ContactRange cr = new ContactRange();
  52     cr.setFrom_column(from_column);
  53     cr.setTo_column(to_column);
  54     double tot = 0;
  55     for (int i = from_column; i <= to_column; i++)
  56     {
  57       double contact = getContactAt(i);
  58       tot += contact;
  59       if (i == from_column)
  60       {
  61         cr.setMin(contact);
  62         cr.setMax(contact);
  63         cr.setMinPos(i);
  64         cr.setMaxPos(i);
  65       }
  66       else
  67       {
  68         if (cr.getMax() < contact)
  69         {
  70           cr.setMax(contact);
  71           cr.setMaxPos(i);
  72         }
  73         if (cr.getMin() < contact)
  74         {
  75           cr.setMin(contact);
  76           cr.setMinPos(i);
  77         }
  78       }
  79     }
  80     if (tot > 0)
  81     {
  82       cr.setMean(tot / (1 + to_column - from_column));
  83     }
  84     else
  85     {
  86       cr.setMean(tot);
  87     }
  88     return cr;
  89   }
  90
  91 }