src/jalview/datamodel/ContactListImpl.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 import jalview.renderer.ContactGeometry.contactInterval;
   4
   5 /**
   6  * helper class to compute min/max/mean for a range on a contact list
   7  *
   8  * @author jprocter
   9  *
  10  */
  11 public class ContactListImpl implements ContactListI
  12 {
  13   ContactListProviderI clist;
  14
  15   public static ContactListI newContactList(ContactListProviderI list)
  16   {
  17     return new ContactListImpl(list);
  18   }
  19
  20   public ContactListImpl(ContactListProviderI list)
  21   {
  22     clist = list;
  23   }
  24
  25   @Override
  26   public int getPosition()
  27   {
  28     return clist.getPosition();
  29   }
  30
  31   @Override
  32   public double getContactAt(int column)
  33   {
  34     return clist.getContactAt(column);
  35   }
  36
  37   @Override
  38   public int getContactHeight()
  39   {
  40     return clist.getContactHeight();
  41   }
  42
  43   @Override
  44   public ContactRange getRangeFor(int from_column, int to_column)
  45   {
  46     // TODO: consider caching ContactRange for a particular call ?
  47     if (clist instanceof ContactListI)
  48     {
  49       // clist may implement getRangeFor in a more efficient way, so use theirs
  50       return ((ContactListI) clist).getRangeFor(from_column, to_column);
  51     }
  52     if (from_column < 0)
  53     {
  54       from_column = 0;
  55     }
  56     if (to_column > getContactHeight())
  57     {
  58       to_column = getContactHeight();
  59     }
  60     ContactRange cr = new ContactRange();
  61     cr.setFrom_column(from_column);
  62     cr.setTo_column(to_column);
  63     double tot = 0;
  64     for (int i = from_column; i <= to_column; i++)
  65     {
  66       double contact = getContactAt(i);
  67       tot += contact;
  68       if (i == from_column)
  69       {
  70         cr.setMin(contact);
  71         cr.setMax(contact);
  72         cr.setMinPos(i);
  73         cr.setMaxPos(i);
  74       }
  75       else
  76       {
  77         if (cr.getMax() < contact)
  78         {
  79           cr.setMax(contact);
  80           cr.setMaxPos(i);
  81         }
  82         if (cr.getMin() < contact)
  83         {
  84           cr.setMin(contact);
  85           cr.setMinPos(i);
  86         }
  87       }
  88     }
  89     if (tot > 0)
  90     {
  91       cr.setMean(tot / (1 + to_column - from_column));
  92     }
  93     else
  94     {
  95       cr.setMean(tot);
  96     }
  97     return cr;
  98   }
  99 }