src/jalview/datamodel/ContactMapHolder.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 import java.util.Collection;
   4 import java.util.Collections;
   5 import java.util.HashMap;
   6 import java.util.Map;
   7
   8 public class ContactMapHolder implements ContactMapHolderI
   9 {
  10
  11   Map<Object, ContactMatrixI> contactmaps = new HashMap<>();
  12
  13   @Override
  14   public Collection<ContactMatrixI> getContactMaps()
  15   {
  16     if (contactmaps != null && contactmaps.size() > 0)
  17     {
  18       return contactmaps.values();
  19     }
  20     return Collections.EMPTY_LIST;
  21   }
  22
  23   @Override
  24   public ContactListI getContactListFor(AlignmentAnnotation _aa, int column)
  25   {
  26     ContactMatrixI cm = contactmaps.get(_aa.annotationId);
  27     if (cm == null)
  28     {
  29       return null;
  30     }
  31     // TODO: could resolve sequence position to column position here
  32     // TODO: what about for complexes - where contactMatrix may involve two or
  33     // more sequences
  34     return cm.getContactList(column);
  35   }
  36
  37   @Override
  38   public AlignmentAnnotation addContactList(ContactMatrixI cm)
  39   {
  40
  41     AlignmentAnnotation aa = new AlignmentAnnotation(cm.getAnnotLabel(),
  42             cm.getAnnotDescr(), new Annotation[0]);
  43     aa.graph = AlignmentAnnotation.CONTACT_MAP;
  44     aa.graphMin = cm.getMin();
  45     aa.graphMax = cm.getMax();
  46     aa.editable = false;
  47     aa.calcId=cm.getType();
  48
  49     contactmaps.put(aa.annotationId, cm);
  50     // TODO: contact matrices could be intra or inter - more than one refseq
  51     // possible!
  52     if (cm.hasReferenceSeq())
  53     {
  54       aa.setSequenceRef(cm.getReferenceSeq());
  55     }
  56     return aa;
  57   }
  58
  59   @Override
  60   public ContactMatrixI getContactMatrixFor(AlignmentAnnotation ann)
  61   {
  62     return contactmaps == null ? null : contactmaps.get(ann.annotationId);
  63   }
  64
  65   @Override
  66   public void addContactListFor(AlignmentAnnotation annotation,
  67           ContactMatrixI cm)
  68   {
  69     // update annotation with data from contact map
  70     annotation.graphMin = cm.getMin();
  71     annotation.graphMax = cm.getMax();
  72     annotation.editable = false;
  73     annotation.graph = AlignmentAnnotation.CONTACT_MAP;
  74     annotation.calcId = cm.getType();
  75     annotation.label = cm.getAnnotLabel();
  76     annotation.description = cm.getAnnotDescr();
  77     contactmaps.put(annotation.annotationId, cm);
  78   }
  79 }