src/jalview/datamodel/ContactMatrix.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 import jalview.ws.params.InvalidArgumentException;
   4
   5 import java.util.ArrayList;
   6 import java.util.List;
   7
   8 public class ContactMatrix implements ContactMatrixI
   9 {
  10   /**
  11    * are contacts reflexive ?
  12    */
  13   boolean symmetric = true;
  14
  15   public ContactMatrix(boolean symmetric)
  16   {
  17     this.symmetric = symmetric;
  18   }
  19
  20   List<List<Float>> contacts = null;
  21
  22   int width = 0, numcontacts = 0;
  23
  24   float min = 0f, max = 0f;
  25
  26   public void addContact(int left, int right, float strength)
  27   {
  28     if (left < 0 || right < 0)
  29     {
  30       throw new Error(new InvalidArgumentException(
  31               "Cannot have negative indices for contact left=" + left
  32                       + " right=" + right + " strength=" + strength));
  33     }
  34     if (symmetric)
  35     {
  36       if (left > right)
  37       {
  38         // swap
  39         int r = right;
  40         right = left;
  41         left = r;
  42       }
  43     }
  44     if (contacts == null)
  45     {
  46       // TODO: use sparse list for efficiency ?
  47       contacts = new ArrayList<List<Float>>();
  48     }
  49     List<Float> clist = contacts.get(left);
  50     if (clist == null)
  51     {
  52       clist = new ArrayList<Float>();
  53       contacts.set(left, clist);
  54     }
  55     Float last = clist.set(right, strength);
  56     // TODO: if last is non null, may need to recompute range
  57     checkBounds(strength);
  58     if (last == null)
  59     {
  60       numcontacts++;
  61     }
  62   }
  63
  64   private void checkBounds(float strength)
  65   {
  66     if (min > strength)
  67     {
  68       min = strength;
  69     }
  70     if (max < strength)
  71     {
  72       max = strength;
  73     }
  74   }
  75
  76
  77   @Override
  78   public ContactListI getContactList(final int column)
  79   {
  80     if (column < 0 || column >= width)
  81     {
  82       return null;
  83     }
  84
  85     return new ContactListImpl(new ContactListProviderI()
  86     {
  87       int p = column;
  88
  89       @Override
  90       public int getContactHeight()
  91       {
  92         return width;
  93
  94       }
  95
  96       @Override
  97       public double getContactAt(int column)
  98       {
  99         List<Float> clist;
 100         Float cl = null;
 101         if (symmetric)
 102         {
 103           if (p < column)
 104           {
 105             clist = contacts.get(p);
 106             cl = clist.get(column);
 107           }
 108           else
 109           {
 110             clist = contacts.get(column);
 111             cl = clist.get(p);
 112           }
 113         }
 114         else
 115         {
 116           clist = contacts.get(p);
 117           cl = clist.get(column);
 118         }
 119         if (cl == null)
 120         {
 121           // return 0 not NaN ?
 122           return Double.NaN;
 123         }
 124         return cl.doubleValue();
 125       }
 126     });
 127   }
 128
 129   @Override
 130   public float getMin()
 131   {
 132     return min;
 133   }
 134
 135   @Override
 136   public float getMax()
 137   {
 138     return max;
 139   }
 140
 141   @Override
 142   public boolean hasReferenceSeq()
 143   {
 144     // TODO Auto-generated method stub
 145     return false;
 146   }
 147
 148   @Override
 149   public SequenceI getReferenceSeq()
 150   {
 151     // TODO Auto-generated method stub
 152     return null;
 153   }
 154 }