src/jalview/datamodel/FloatContactMatrix.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 public class FloatContactMatrix extends GroupSetHolder
   4         implements ContactMatrixI
   5 {
   6
   7   int maxrow = 0, maxcol = 0;
   8
   9   float[][] elements;
  10
  11   float maxscore;
  12
  13   public FloatContactMatrix(float[][] matrix)
  14   {
  15     maxcol = 0;
  16     for (float[] row : matrix)
  17     {
  18       if (row.length > maxcol)
  19       {
  20         maxcol = row.length;
  21       }
  22       maxscore = row[0];
  23       for (float f : row)
  24       {
  25         if (maxscore < f)
  26         {
  27           maxscore = f;
  28         }
  29       }
  30     }
  31     maxrow = matrix.length;
  32     elements = matrix;
  33   }
  34
  35   public FloatContactMatrix(float[][] elements2, GroupSet grps2)
  36   {
  37     this(elements2);
  38     setGroupSet(grps2);
  39   }
  40
  41   /**
  42    * getContactList(column) @returns the vector of predicted alignment errors
  43    * for reference position given by column
  44    */
  45   @Override
  46   public ContactListI getContactList(final int column)
  47   {
  48     if (column < 0 || column >= elements.length)
  49     {
  50       return null;
  51     }
  52
  53     return new ContactListImpl(new ContactListProviderI()
  54     {
  55       @Override
  56       public int getPosition()
  57       {
  58         return column;
  59       }
  60
  61       @Override
  62       public int getContactHeight()
  63       {
  64         return maxcol - 1;
  65       }
  66
  67       @Override
  68       public double getContactAt(int mcolumn)
  69       {
  70         if (mcolumn < 0 || mcolumn >= elements[column].length)
  71         {
  72           return -1;
  73         }
  74         return elements[column][mcolumn];
  75       }
  76     });
  77   }
  78
  79   /**
  80    * getElementAt(column, i) @returns the predicted superposition error for the
  81    * ith position when column is used as reference
  82    */
  83   @Override
  84   public double getElementAt(int _column, int i)
  85   {
  86     return elements[_column][i];
  87   }
  88
  89   @Override
  90   public float getMin()
  91   {
  92     return 0;
  93   }
  94
  95   @Override
  96   public float getMax()
  97   {
  98     return maxscore;
  99   }
 100
 101   @Override
 102   public String getAnnotDescr()
 103   {
 104     // TODO Auto-generated method stub
 105     return null;
 106   }
 107
 108   @Override
 109   public String getAnnotLabel()
 110   {
 111     // TODO Auto-generated method stub
 112     return null;
 113   }
 114
 115   @Override
 116   public String getType()
 117   {
 118     return null;
 119   }
 120
 121   @Override
 122   public int getWidth()
 123   {
 124     return maxcol;
 125   }
 126
 127   @Override
 128   public int getHeight()
 129   {
 130     return maxrow;
 131   }
 132 }