src/jalview/datamodel/GroupSetI.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 import java.awt.Color;
   4 import java.util.BitSet;
   5 import java.util.List;
   6
   7 public interface GroupSetI
   8 {
   9   boolean hasGroups();
  10
  11   String getNewick();
  12
  13   boolean hasTree();
  14
  15   void updateGroups(List<BitSet> colGroups);
  16
  17   BitSet getGroupsFor(int column);
  18
  19   Color getColourForGroup(BitSet bs);
  20
  21   void setColorForGroup(BitSet bs, Color color);
  22
  23   void restoreGroups(List<BitSet> newgroups, String treeMethod, String tree,
  24           double thresh2);
  25
  26   boolean hasCutHeight();
  27
  28   double getCutHeight();
  29
  30   String getTreeMethod();
  31
  32   List<BitSet> getGroups();
  33
  34 }