src/jalview/datamodel/SearchResults.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.datamodel;\r
  20 \r
  21 public class SearchResults\r
  22 {\r
  23 \r
  24   Match [] matches;\r
  25 \r
  26     /**\r
  27      * This method replaces the old search results which merely\r
  28      * held an alignment index of search matches. This broke\r
  29      * when sequences were moved around the alignment\r
  30      * @param seq Sequence\r
  31      * @param start int\r
  32      * @param end int\r
  33      */\r
  34   public void addResult(SequenceI seq, int start, int end)\r
  35   {\r
  36     if(matches == null)\r
  37     {\r
  38       matches = new Match[]{new Match(seq, start, end)};\r
  39       return;\r
  40     }\r
  41 \r
  42     int mSize = matches.length;\r
  43 \r
  44     Match [] tmp = new Match[mSize+1];\r
  45     int m;\r
  46     for(m=0; m<mSize; m++)\r
  47     {\r
  48       tmp[m] = matches[m];\r
  49     }\r
  50 \r
  51     tmp[m] = new Match(seq, start, end);\r
  52 \r
  53     matches = tmp;\r
  54   }\r
  55 \r
  56   /**\r
  57   * This Method returns the search matches which lie between the\r
  58   * start and end points of the sequence in question. It is\r
  59   * optimised for returning objects for drawing on SequenceCanvas\r
  60   */\r
  61   public int [] getResults(SequenceI sequence, int start, int end)\r
  62   {\r
  63     if(matches==null)\r
  64       return null;\r
  65 \r
  66     int [] result = null;\r
  67     int [] tmp = null;\r
  68     int resultLength;\r
  69 \r
  70     for(int m=0; m<matches.length; m++)\r
  71     {\r
  72       if( matches[m].sequence == sequence )\r
  73       {\r
  74         int matchStart = matches[m].sequence.findIndex( matches[m].start ) - 1;\r
  75         int matchEnd = matches[m].sequence.findIndex( matches[m].end ) - 1;\r
  76 \r
  77         if(matchStart<=end && matchEnd>=start)\r
  78         {\r
  79           if(matchStart<start)\r
  80             matchStart = start;\r
  81 \r
  82           if(matchEnd>end)\r
  83             matchEnd = end;\r
  84 \r
  85 \r
  86           if(result==null)\r
  87             result = new int[]{matchStart, matchEnd};\r
  88           else\r
  89           {\r
  90             resultLength = result.length;\r
  91             tmp = new int[resultLength+2];\r
  92             System.arraycopy(result,0,tmp,0,resultLength);\r
  93             result = tmp;\r
  94             result[resultLength] = matchStart;\r
  95             result[resultLength+1] = matchEnd;\r
  96           }\r
  97         }\r
  98       }\r
  99     }\r
 100     return result;\r
 101   }\r
 102 \r
 103   public int getSize()\r
 104   {\r
 105     return matches==null ? 0 : matches.length;\r
 106   }\r
 107 \r
 108   public SequenceI getResultSequence(int index)\r
 109   {    return matches[index].sequence;  }\r
 110 \r
 111   public int getResultStart(int index)\r
 112   {    return matches[index].start;  }\r
 113 \r
 114   public int getResultEnd(int index)\r
 115   {    return matches[index].end;  }\r
 116 \r
 117   class Match\r
 118   {\r
 119     SequenceI sequence;\r
 120     int start;\r
 121     int end;\r
 122 \r
 123     public Match(SequenceI seq, int start, int end)\r
 124     {\r
 125      sequence = seq;\r
 126      this.start = start;\r
 127      this.end = end;\r
 128     }\r
 129   }\r
 130 }\r