src/jalview/datamodel/SeqDistanceContactMatrix.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 import java.awt.Color;
   4 import java.util.BitSet;
   5 import java.util.HashMap;
   6 import java.util.List;
   7
   8 import jalview.util.MapList;
   9 import jalview.ws.datamodel.alphafold.MappableContactMatrix;
  10
  11 /**
  12  * Dummy contact matrix based on sequence distance
  13  *
  14  * @author jprocter
  15  *
  16  */
  17 public class SeqDistanceContactMatrix
  18         extends MappableContactMatrix<SeqDistanceContactMatrix>
  19         implements ContactMatrixI
  20 {
  21   private static final String SEQUENCE_DISTANCE = "SEQUENCE_DISTANCE";
  22
  23   private int width = 0;
  24
  25   public SeqDistanceContactMatrix(int width)
  26   {
  27     this.width = width;
  28   }
  29
  30   @Override
  31   public float getMin()
  32   {
  33     return 0f;
  34   }
  35
  36   @Override
  37   public float getMax()
  38   {
  39     return width;
  40   }
  41
  42   @Override
  43   public ContactListI getContactList(final int column)
  44   {
  45     if (column < 0 || column >= width)
  46     {
  47       return null;
  48     }
  49     return new ContactListImpl(new ContactListProviderI()
  50     {
  51
  52       int p = column;
  53
  54       // @Override
  55       // public Color getColorForScore(int column)
  56       // {
  57       // return jalview.util.ColorUtils.getGraduatedColour(Math.abs(column-p),
  58       // 0, Color.white, width, Color.magenta);
  59       // }
  60       // @Override
  61       // public Color getColorForRange(int from_column, int to_column)
  62       // {
  63       // return jalview.util.ColorUtils.getGraduatedColour(
  64       // Math.abs(to_column + from_column - 2 * p) / 2, 0, Color.white, width,
  65       // Color.magenta);
  66       // }
  67
  68       @Override
  69       public int getContactHeight()
  70       {
  71         return width;
  72
  73       }
  74
  75       @Override
  76       public int getPosition()
  77       {
  78         return p;
  79       }
  80
  81       @Override
  82       public double getContactAt(int column)
  83       {
  84         return Math.abs(column - p);
  85       }
  86     });
  87   }
  88
  89   @Override
  90   public String getAnnotDescr()
  91   {
  92     return "Sequence distance matrix";
  93   }
  94
  95   @Override
  96   public String getAnnotLabel()
  97   {
  98     return "Sequence Distance";
  99   }
 100
 101   @Override
 102   public String getType()
 103   {
 104     return SEQUENCE_DISTANCE;
 105   }
 106
 107   @Override
 108   public int getWidth()
 109   {
 110     return width;
 111   }
 112
 113   @Override
 114   public int getHeight()
 115   {
 116     return width;
 117   }
 118
 119   @Override
 120   public double getElementAt(int _column, int i)
 121   {
 122     return Math.abs(_column - i);
 123   }
 124
 125   @Override
 126   protected SeqDistanceContactMatrix newMappableContactMatrix(
 127           SequenceI newRefSeq, MapList newFromMapList)
 128   {
 129
 130     return new SeqDistanceContactMatrix(width);
 131   }
 132 }