src/jalview/datamodel/SeqDistanceContactMatrix.java

   1 package jalview.datamodel;
   2
   3 /**
   4  * Dummy contact matrix based on sequence distance
   5  *
   6  * @author jprocter
   7  *
   8  */
   9 public class SeqDistanceContactMatrix implements ContactMatrixI
  10 {
  11   private int width = 0;
  12
  13   public SeqDistanceContactMatrix(int width)
  14   {
  15     this.width = width;
  16   }
  17
  18   @Override
  19   public float getMin()
  20   {
  21     return 0f;
  22   }
  23
  24   @Override
  25   public float getMax()
  26   {
  27     return width;
  28   }
  29   @Override
  30   public ContactListI getContactList(final int column)
  31   {
  32     if (column < 0 || column >= width)
  33     {
  34       return null;
  35     }
  36     return new ContactListImpl(new ContactListProviderI()
  37     {
  38
  39       int p = column;
  40
  41       // @Override
  42       // public Color getColorForScore(int column)
  43       // {
  44       // return jalview.util.ColorUtils.getGraduatedColour(Math.abs(column-p),
  45       // 0, Color.white, width, Color.magenta);
  46       // }
  47       // @Override
  48       // public Color getColorForRange(int from_column, int to_column)
  49       // {
  50       // return jalview.util.ColorUtils.getGraduatedColour(
  51       // Math.abs(to_column + from_column - 2 * p) / 2, 0, Color.white, width,
  52       // Color.magenta);
  53       // }
  54
  55       @Override
  56       public int getContactHeight()
  57       {
  58         return width;
  59
  60       }
  61
  62       @Override
  63       public double getContactAt(int column)
  64       {
  65         return Math.abs(column - p);
  66       }
  67     });
  68   }
  69
  70   @Override
  71   public boolean hasReferenceSeq()
  72   {
  73     // TODO Auto-generated method stub
  74     return false;
  75   }
  76
  77   @Override
  78   public SequenceI getReferenceSeq()
  79   {
  80     // TODO Auto-generated method stub
  81     return null;
  82   }
  83
  84 }