src/jalview/datamodel/SequenceGroup.java

   1 package jalview.datamodel;\r
   2 \r
   3 import jalview.schemes.*;\r
   4 import jalview.analysis.*;\r
   5 import jalview.datamodel.*;\r
   6 import java.util.Vector;\r
   7 import java.awt.*;\r
   8 \r
   9 public class SequenceGroup\r
  10 {\r
  11   String groupName;\r
  12   Conservation conserve;\r
  13   Vector aaFrequency;\r
  14   boolean displayBoxes;\r
  15   boolean displayText;\r
  16   boolean colourText;\r
  17   public Vector sequences = new Vector();\r
  18   int width = -1;\r
  19   public ColourSchemeI cs;\r
  20   int startRes = 0;\r
  21   int endRes = 0;\r
  22   Color outlineColour = Color.black;\r
  23 \r
  24   public SequenceGroup()\r
  25   {\r
  26     groupName = "Group";\r
  27     this.displayBoxes = true;\r
  28     this.displayText = true;\r
  29     this.colourText = false;\r
  30     cs = null;\r
  31   }\r
  32 \r
  33   public SequenceGroup(String groupName, ColourSchemeI scheme,\r
  34                        boolean displayBoxes, boolean displayText,\r
  35                        boolean colourText,\r
  36                        int start,\r
  37                        int end)\r
  38   {\r
  39 \r
  40     this.groupName = groupName;\r
  41     this.displayBoxes = displayBoxes;\r
  42     this.displayText = displayText;\r
  43     this.colourText = colourText;\r
  44     this.cs = scheme;\r
  45     startRes = start;\r
  46     endRes = end;\r
  47   }\r
  48 \r
  49   public boolean adjustForRemoveLeft(int col)\r
  50   {\r
  51     // return value is true if the group still exists\r
  52     if(startRes>=col)\r
  53       startRes = startRes - col;\r
  54     if(endRes>=col)\r
  55     {\r
  56       endRes = endRes - col;\r
  57       if(startRes>endRes)\r
  58         startRes = 0;\r
  59     }\r
  60     else\r
  61     {\r
  62         // must delete this group!!\r
  63         return false;\r
  64     }\r
  65 \r
  66     return true;\r
  67   }\r
  68 \r
  69   public boolean adjustForRemoveRight(int col)\r
  70   {\r
  71 \r
  72     if(startRes>col)\r
  73     {\r
  74       // delete this group\r
  75       return false;\r
  76     }\r
  77 \r
  78     if(endRes>=col)\r
  79       endRes = col;\r
  80 \r
  81     return true;\r
  82   }\r
  83 \r
  84 \r
  85   public String getName()\r
  86   {\r
  87     return groupName;\r
  88   }\r
  89 \r
  90   public void setName(String name)\r
  91   {\r
  92     groupName = name;\r
  93   }\r
  94 \r
  95   public Conservation getConservation()\r
  96   {\r
  97     return conserve;\r
  98   }\r
  99 \r
 100   public void setConservation(Conservation c)\r
 101   {\r
 102     conserve = c;\r
 103   }\r
 104 \r
 105   public void addSequence(SequenceI s)\r
 106   {\r
 107     if(!sequences.contains(s))\r
 108       sequences.addElement(s);\r
 109 \r
 110 \r
 111     if(cs!=null)\r
 112       cs.setConsensus( AAFrequency.calculate(sequences, 0, getWidth()) );\r
 113 \r
 114     if(cs instanceof ConservationColourScheme)\r
 115       recalcConservation();\r
 116   }\r
 117 \r
 118   void recalcConservation()\r
 119   {\r
 120       Conservation c = new Conservation(groupName,\r
 121                                         ResidueProperties.propHash, 3,\r
 122                                         sequences, 0, getWidth());\r
 123       c.calculate();\r
 124       c.verdict(false, 25);\r
 125       ConservationColourScheme ccs = (ConservationColourScheme)cs;\r
 126       ccs.conserve = c;\r
 127   }\r
 128 \r
 129   public void addOrRemove(SequenceI s)\r
 130   {\r
 131     if(sequences.contains(s))\r
 132       deleteSequence(s);\r
 133     else\r
 134       addSequence(s);\r
 135   }\r
 136 \r
 137   public void deleteSequence(SequenceI s)\r
 138   {\r
 139     sequences.removeElement(s);\r
 140 \r
 141     if(cs!=null)\r
 142       cs.setConsensus( AAFrequency.calculate(sequences, 0, getWidth()) );\r
 143 \r
 144     if(cs instanceof ConservationColourScheme)\r
 145       recalcConservation();\r
 146   }\r
 147 \r
 148 \r
 149   public int getStartRes()\r
 150   {\r
 151     return startRes;\r
 152   }\r
 153 \r
 154   public int getEndRes()\r
 155   {\r
 156     return endRes;\r
 157   }\r
 158 \r
 159   public void setStartRes(int i)\r
 160   {\r
 161     startRes = i;\r
 162   }\r
 163 \r
 164   public void setEndRes(int i)\r
 165   {\r
 166     endRes = i;\r
 167   }\r
 168 \r
 169   public int getSize()\r
 170   {\r
 171     return sequences.size();\r
 172   }\r
 173 \r
 174   public SequenceI getSequenceAt(int i)\r
 175   {\r
 176     return (SequenceI) sequences.elementAt(i);\r
 177   }\r
 178 \r
 179   public void setColourText(boolean state)\r
 180   {\r
 181     colourText = state;\r
 182   }\r
 183 \r
 184   public boolean getColourText()\r
 185   {\r
 186     return colourText;\r
 187   }\r
 188 \r
 189   public void setDisplayText(boolean state)\r
 190   {\r
 191     displayText = state;\r
 192   }\r
 193 \r
 194   public boolean getDisplayText()\r
 195   {\r
 196     return displayText;\r
 197   }\r
 198 \r
 199   public void setDisplayBoxes(boolean state)\r
 200   {\r
 201     displayBoxes = state;\r
 202   }\r
 203 \r
 204   public boolean getDisplayBoxes()\r
 205   {\r
 206     return displayBoxes;\r
 207   }\r
 208 \r
 209   public int getWidth()\r
 210   {\r
 211     // MC This needs to get reset when characters are inserted and deleted\r
 212     if (sequences.size()>0)\r
 213       width = ((SequenceI) sequences.elementAt(0)).getLength();\r
 214     for (int i = 1; i < sequences.size(); i++)\r
 215     {\r
 216       SequenceI seq = (SequenceI) sequences.elementAt(i);\r
 217       if (seq.getLength() > width)\r
 218         width = seq.getLength();\r
 219     }\r
 220     return width;\r
 221   }\r
 222 \r
 223 \r
 224   public void setOutlineColour(Color c)\r
 225   {\r
 226     outlineColour = c;\r
 227   }\r
 228   public Color getOutlineColour()\r
 229   {\r
 230     return outlineColour;\r
 231   }\r
 232   /**\r
 233    *\r
 234    * returns the sequences in the group ordered by the ordering given by al\r
 235    *\r
 236    * @param al Alignment\r
 237    * @return SequenceI[]\r
 238    */\r
 239   public SequenceI[] getSequencesInOrder(Alignment al) {\r
 240     int sz;\r
 241     java.util.Hashtable orderedSeqs = new java.util.Hashtable();\r
 242     SequenceI[] seqs=new SequenceI[sz=sequences.size()];\r
 243     for(int i=0; i<sz; i++)\r
 244     {\r
 245       SequenceI seq = (SequenceI) sequences.elementAt(i);\r
 246       int index = al.findIndex(seq);\r
 247       orderedSeqs.put(index+"", seq);\r
 248     }\r
 249 \r
 250     int index=0;\r
 251     for(int i=0; i<sz; i++) {\r
 252       SequenceI seq = null;\r
 253       while (seq == null)\r
 254       {\r
 255         if (orderedSeqs.containsKey(index + ""))\r
 256         {\r
 257           seq = (SequenceI) orderedSeqs.get(index + "");\r
 258           index++;\r
 259           break;\r
 260         }\r
 261         else\r
 262           index++;\r
 263       }\r
 264       seqs[index] = seq;\r
 265     }\r
 266     return seqs;\r
 267   }\r
 268 }\r