src/jalview/datamodel/SequenceNode.java

   1 /*\r
   2 * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3 * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4 *\r
   5 * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6 * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7 * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8 * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9 *\r
  10 * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11 * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12 * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13 * GNU General Public License for more details.\r
  14 *\r
  15 * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16 * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17 * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18 */\r
  19 \r
  20 package jalview.datamodel;\r
  21 \r
  22 import java.awt.*;\r
  23 \r
  24 public class SequenceNode extends BinaryNode {\r
  25 \r
  26   public float dist;\r
  27   public int count;\r
  28   public float height;\r
  29   public float ycount;\r
  30   public Color color = Color.black;\r
  31   public boolean dummy = false;\r
  32   private boolean placeholder = false;\r
  33 \r
  34   public SequenceNode() {\r
  35     super();\r
  36   }\r
  37 \r
  38   public SequenceNode(Object val, SequenceNode parent, float dist,String name) {\r
  39     super(val,parent,name);\r
  40     this.dist = dist;\r
  41   }\r
  42   public SequenceNode(Object val, SequenceNode parent, String name, float dist, int bootstrap, boolean dummy) {\r
  43     super(val,parent,name);\r
  44     this.dist = dist;\r
  45     this.bootstrap = bootstrap;\r
  46     this.dummy = dummy;\r
  47   }\r
  48 \r
  49 \r
  50   /**\r
  51    * @param dummy true if node is created for the representation of polytomous trees\r
  52    */\r
  53 \r
  54   public boolean isDummy() {\r
  55     return dummy;\r
  56   }\r
  57   /* @param placeholder is true if the sequence refered to in the\r
  58    *  element node is not actually present in the associated alignment\r
  59    */\r
  60   public boolean isPlaceholder()\r
  61   {\r
  62     return placeholder;\r
  63   }\r
  64 \r
  65   public boolean setDummy(boolean newstate) {\r
  66     boolean oldstate = dummy;\r
  67     dummy = newstate;\r
  68     return oldstate;\r
  69   }\r
  70 \r
  71   public void setPlaceholder(boolean Placeholder)\r
  72   {\r
  73     this.placeholder = Placeholder;\r
  74   }\r
  75 \r
  76   /**\r
  77    * ascends the tree but doesn't stop until a non-dummy node is discovered.\r
  78    * This will probably break if the tree is a mixture of BinaryNodes and SequenceNodes.\r
  79    */\r
  80 \r
  81   public SequenceNode AscendTree() {\r
  82     SequenceNode c = this;\r
  83     do {\r
  84       c = (SequenceNode) c.parent();\r
  85     } while (c!=null && c.dummy);\r
  86     return c;\r
  87   }\r
  88 }\r