src/jalview/datamodel/SequencePoint.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)
   3  * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.datamodel;
  20
  21 /**
  22  * DOCUMENT ME!
  23  *
  24  * @author $author$
  25  * @version $Revision$
  26  */
  27 public class SequencePoint
  28 {
  29   // SMJS PUBLIC
  30   /**
  31    * for points with no real physical association with an alignment sequence
  32    */
  33   public boolean isPlaceholder = false;
  34
  35   /**
  36    * Associated alignment sequence, or dummy sequence object.
  37    */
  38   public SequenceI sequence;
  39
  40   /**
  41    * array of coordinates in embedded sequence space.
  42    */
  43   public float[] coord;
  44
  45   // SMJS ENDPUBLIC
  46   public SequencePoint(SequenceI sequence, float[] coord)
  47   {
  48     this.sequence = sequence;
  49     this.coord = coord;
  50   }
  51 }