src/jalview/datamodel/xdb/uniprot/UniprotFeature.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.datamodel.xdb.uniprot;
  22
  23 /**
  24  * A data model class for binding from Uniprot XML via uniprot_mapping.xml
  25  */
  26 public class UniprotFeature
  27 {
  28   private String type;
  29
  30   private String description = null;
  31
  32   private String original = null;
  33
  34   private String variation = null;
  35
  36   private String status;
  37
  38   private int begin;
  39
  40   private int end;
  41
  42   public String getType()
  43   {
  44     return type;
  45   }
  46
  47   public void setType(String t)
  48   {
  49     this.type = t;
  50   }
  51
  52   public String getDescription()
  53   {
  54     return (description == null && variation == null && original == null)
  55             ? null
  56             : (description == null ? "" : description)
  57                     + ((variation != null)
  58                             ? "Variation: '" + variation + "' "
  59                     : "")
  60             + ((original != null) ? "Original: '" + original + "'" : "");
  61   }
  62
  63   public void setDescription(String d)
  64   {
  65     this.description = d;
  66   }
  67
  68   public String getStatus()
  69   {
  70     return status;
  71   }
  72
  73   public void setStatus(String s)
  74   {
  75     this.status = s;
  76   }
  77
  78   public int getBegin()
  79   {
  80     return begin;
  81   }
  82
  83   public void setBegin(int b)
  84   {
  85     this.begin = b;
  86   }
  87
  88   public int getEnd()
  89   {
  90     return end;
  91   }
  92
  93   public void setEnd(int e)
  94   {
  95     this.end = e;
  96   }
  97
  98   public int getPosition()
  99   {
 100     return begin;
 101   }
 102
 103   public void setPosition(int p)
 104   {
 105     this.begin = p;
 106     this.end = p;
 107   }
 108
 109   public String getOriginal()
 110   {
 111     return original;
 112   }
 113
 114   public void setOriginal(String original)
 115   {
 116     this.original = original;
 117   }
 118
 119   public String getVariation()
 120   {
 121     return variation;
 122   }
 123
 124   public void setVariation(String variant)
 125   {
 126     this.variation = variant;
 127   }
 128 }