src/jalview/ext/ensembl/Species.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
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   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.ext.ensembl;
  22
  23 /**
  24  * Selected species identifiers used by Ensembl
  25  *
  26  * @author gmcarstairs
  27  * @see http://rest.ensembl.org/info/species?content-type=text/xml
  28  */
  29 enum Species
  30 {
  31   /*
  32    * using any suitably readable alias as the enum name; these are all
  33    * valid species parameters to Ensembl REST services where applicable
  34    */
  35   human(true), mouse(true), s_cerevisiae(true), cow(false), pig(false),
  36   rat(true), celegans(true), sheep(false), horse(false), gorilla(false),
  37   rabbit(false), gibbon(false), dog(false), orangutan(false), xenopus(true),
  38   chimpanzee(false), cat(false), zebrafish(true), chicken(true),
  39   dmelanogaster(true);
  40
  41   boolean modelOrganism;
  42
  43   private Species(boolean model)
  44   {
  45     this.modelOrganism = model;
  46   }
  47
  48   boolean isModelOrganism()
  49   {
  50     return modelOrganism;
  51   }
  52 }