src/jalview/ext/forester/io/ForesterParser.java

   1 package jalview.ext.forester.io;
   2
   3 import jalview.ext.archaeopteryx.AptxInit;
   4 import jalview.ext.archaeopteryx.Tree;
   5 import jalview.ext.treeviewer.TreeI;
   6 import jalview.ext.treeviewer.TreeParserI;
   7
   8 import java.io.File;
   9 import java.io.IOException;
  10
  11 import org.forester.io.parsers.PhylogenyParser;
  12 import org.forester.io.parsers.nexus.NexusPhylogeniesParser;
  13 import org.forester.io.parsers.phyloxml.PhyloXmlParser;
  14 import org.forester.io.parsers.util.PhylogenyParserException;
  15 import org.forester.phylogeny.Phylogeny;
  16
  17 public class ForesterParser
  18         implements TreeParserI
  19 {
  20   private final PhylogenyParser parser;
  21
  22   private TreeI[] parsedTrees;
  23
  24   protected ForesterParser(PhylogenyParser foresterParser, File file)
  25           throws PhylogenyParserException, IOException
  26   {
  27     parser = foresterParser;
  28     parser.setSource(file);
  29   }
  30
  31   public static ForesterParser createNexusParser(File file)
  32           throws PhylogenyParserException, IOException
  33   {
  34     NexusPhylogeniesParser nxParser = new NexusPhylogeniesParser();
  35     nxParser.setReplaceUnderscores(
  36             AptxInit.APTX_CONFIG.isReplaceUnderscoresInNhParsing());
  37     nxParser.setIgnoreQuotes(false);
  38     return new ForesterParser(nxParser, file);
  39   }
  40
  41   public static ForesterParser createPhyloXmlParser(File file)
  42           throws PhylogenyParserException, IOException
  43   {
  44     if (AptxInit.APTX_CONFIG.isValidatePhyloXmlAgainstSchema())
  45     {
  46     return new ForesterParser(
  47               PhyloXmlParser.createPhyloXmlParserXsdValidating(), file);
  48     }
  49     else
  50     {
  51       return new ForesterParser(PhyloXmlParser.createPhyloXmlParser(),
  52               file);
  53     }
  54   }
  55
  56   // ParserBasedPhylogenyFactory.getInstance().create(foresterParser, source)
  57   @Override
  58   public TreeI[] parse() throws IOException
  59   {
  60     Phylogeny[] foresterTrees = parser.parse();
  61     parsedTrees = new TreeI[foresterTrees.length];
  62
  63     for (int i = 0; i < foresterTrees.length; i++)
  64     {
  65       parsedTrees[i] = new Tree(foresterTrees[i]);
  66     }
  67     return parsedTrees;
  68
  69   }
  70
  71   @Override
  72   public void setSource(Object source) throws IOException
  73   {
  74     parser.setSource(source);
  75
  76   }
  77
  78   @Override
  79   public String getName()
  80   {
  81     return parser.getName();
  82   }
  83
  84
  85   @Override
  86   public TreeI[] getParsedTrees()
  87   {
  88     return parsedTrees;
  89   }
  90 }